转眼到了第二年年初，改年号为建安（196）。这一年的七月，献帝回到洛阳。宫殿还没有修成，暂时住在中常侍赵忠的府第中，作为行宫。不久迁居杨安殿。献帝安顿下来后，大肆行赏功臣。只是好端端的洛阳城被董卓一把火烧掉，短时间内不能修复，除了杨安殿以外，四处瓦砾成堆，荆榛满目。百官无处安身，只得暂时栖身于破壁断垣中。城中没有粮食吃，献帝派人向州郡征求，十无一应。自尚书郎以下的官员亲自出城去采野谷子充饥，有的甚至朝不保夕，往往饿死。
  曹操挟天子以令诸侯
  刘协从登基即位的那一天起，就是有皇帝之名而无皇帝之实。但他毕竟是国家最高权力的象征，谁掌握了他，谁就能以皇帝的名义向其他地方割据政权发号施令。这个道理虽然简单，真正明白的人却不多，袁绍就不懂。
  建安元年（196），袁绍谋臣沮授曾劝说他，如果能“西迎大驾，挟天子而令诸侯”，就会收到没有谁“能御之”的功效。袁绍偏偏不听，觉得献帝是个废物，把他弄来还得养着，怪麻烦的。可见袁绍根本不是个政治家，虽然空有雄兵猛将，却不懂军事不过是政治的工具，最后难免失败。
  而曹操更是早有此识。初平二年（191），曹操做东郡太守不久，皇室刘邈在献帝面前称赞曹操忠诚，曹操为此十分感激。初平三年（192），治中从事毛玠向他建议“奉天子以令不臣”，他觉得是说到了点子上。
  献帝东迁后，曹操觉得机会来了，当时宫中食用困乏，曹操便经常向献帝进献食品和器物。献帝还在洛阳时，曹操就曾向他进献过缝帐2顶，丝线10斤，山阳郡所产的甜梨2箱，稗枣2箱。献帝都许后，曹操更是经常进献，其中有桓帝时赐给他祖父曹腾的家藏器物，也有属下陆续搜寻到的一些宫中流失的器物。
  迎接汉献帝来许昌，是曹操的另一个杰作。他最初提起此议时，只有荀彧赞同，并极力说明迎献帝的迫切性和对今后斗争的有利性，说这是一件“大顺”、“大略”、“大德”的事。但最初的迎接由于董承等人的阻拦并未如愿。后来董承为抵抗韩暹的势力暗召曹操到洛阳。部下董昭又提醒他只有把献帝迎到他的地盘许昌，方可成就大业，万事无虞。这样，曹操借口京都无粮，要送献帝到鲁阳就食，把献帝安全转抵许昌。建安元年（196），汉献帝迁都于许昌。
  曹操对献帝的物质保障和适度尊重，果然得到了他所期待的巨大回报。献帝授给曹操节钺，录尚书事，任司隶校尉，迁都许昌后，又任命他为大将军，实际获取了高出于所有文臣武将的地位。
  汉献帝刘协在许都虽然衣食无忧，却也无所事事。特别是虽然是贵为天子，曹操也还算尊重自己，但他却时时感觉到一种无形的压力，这种压力来自于曹操不断地诛除公卿大臣，不断地集军政大权于一身。建安元年八月，曹操进驻洛阳，立刻趁张杨、杨奉兵众在外，赶跑了韩暹，接着做了三件事：杀侍中台崇、尚书冯硕等，谓“讨有罪”；封董承、伏完等，谓“赏有功”；追赐射声校尉沮俊，谓“矜死节”。然后在第九天趁他人尚未来得及反应的情况下，迁帝都许，使皇帝摆脱其他势力的控制。此后，他还加紧步伐剪除异己，提高自己的权势。他首先向最有影响力的三公发难，罢免太尉杨彪、司空张喜；其次诛杀议郎赵彦；再次是发兵征讨杨奉，解除近兵之忧；最后是一方面以天子名义谴责袁绍，打击其气焰，另一方面将大将军让予袁绍，稳定大敌。
  衣带诏
  曹操的专权行为，引起汉献帝和一些大臣的不满。汉献帝先是试图削弱曹操的权力，在建安四年（199）任命董承为车骑将军，后来准备除掉曹操，恢复皇权。他用鲜血写成了一封诏书，秘密地藏在衣带之中，赐给董承，让他与刘备等谋诛曹操，这就是历史上有名的“衣带诏”。这是汉献帝刘协试图收回皇权所做的一次努力，是他对命运所做的一次抗争。但不幸的是，他失败了。第二年春（200），密谋泄露，刘备先前已借故出走，得免于难。几员主谋董承、王服、种辑等均被处斩，夷灭三族。董承的女儿是献帝的贵人，这时已怀有身孕，献帝极力保护，最后也未能幸免。曹操借此杀了一大批忠于献帝的臣子，朝廷上下安排的都是他的亲信。
  这一年，曹操在官渡之战中，以少胜多击败袁绍，取得北方大片土地。此后，曹操相继占领北方州郡，到建安十二年（207），降服乌桓，基本统一了北方。次年（208）六月，曹操罢三公，置丞相、御史大夫。曹操自封为丞相。七月，曹操南征，在赤壁被孙权和刘备的联军击败，三国鼎立的局面形成。建安十八年（213），曹操自立为魏公，加九锡。
  董贵人被曹操害死后，伏皇后内心不安，她写信给她的哥哥伏完，历数曹操罪恶，请伏完寻找机会，除掉曹操。建安十九年(214)，伏皇后给他哥哥伏完的信被伏家的一个仆人偷偷地献给曹操。曹操勃然大怒，进宫胁迫献帝废去伏皇后。献帝犹豫不忍。曹操不等献帝许可，便让尚书令华歆起草废后的诏书，逼献帝盖印。伏皇后得到诏书，正想搬出后宫，忽然听到外面人声嘈杂，原来是华歆带人来搜捕皇后。伏皇后吓得躲进宫中的夹墙里，被华歆发现。华歆揪住伏皇后的头发，将她拖到外殿。献帝正在外殿和御史大夫郗虑坐着，见伏皇后披头散发，赤着双脚，情形十分悲惨，不禁泪流满面。伏皇后对献帝哭泣说：“真的就不能活命了吗?”献帝叹了一口气，说：“我也不知道自己能活到哪一天!”华歆不由分说，将伏皇后拉走，关在监狱里，幽闭而死。伏皇后生的两个儿子被毒死，伏氏家族受株连被处死的有100多人。建安二十年（215）正月，曹操立他的第二个女儿曹节为皇后。
  禅位曹丕
  建安二十五年(220)，曹操病死，他的儿子曹丕袭爵为魏王。献帝以为曹操一死，自己就可亲政，于是改建安二十五年为延康元年。
  其实这早已是个美丽的不可实现的梦想。还在曹操活着的时候，孙权曾劝曹操称帝，曹操还说：“这小子是想把我放在火上烤啊！”一边把孙权的上书传给大家看，在炫耀中也表明了一种心迹，他是在做着舆论上的准备，也是让群臣们做着心理上的准备。果然，侍中陈群立即回应，称“汉祚已终”，劝曹操“宜正大统”。而曹操则早已掩饰不住内心的激动，说“如果天命如此，那么就让我做周文王吧！”
  曹丕对父亲的旨意是最明白不过的了。因此曹操死后不久，他就让手下的人捏造出种种祥瑞来，说汉代的气数已尽，将由魏来代替。曹丕还命华歆等人先行到许都，胁迫献帝让位。
  华歆进宫后说明来意，献帝吃了一惊，不禁流下泪来，还在犹豫，忽然外面涌进许多全副武装的兵士。献帝慌忙起身，转身向宫内走。华歆等人追赶。到了中宫，曹皇后闻声而出，见献帝慌慌张张，忙问出了什么事，献帝哭泣着说：“你的哥哥要夺走我的帝位呢!”曹皇后一听，不禁竖起柳眉，她绕过献帝，拦住华歆等人，开口就骂：“你们贪图富贵，胆敢谋反。试想我的父亲功盖寰宇，尚且始终事奉汉朝为臣，我的哥哥继立魏王才几天，就想夺取皇位，这是不可能的事，一定是你们这些人怂恿他干的!”因为曹皇后是曹丕的亲妹妹，华歆等人也不敢怎么样，只得暂时退却。
  过了几天，听说曹丕马上就要到许都了，华歆等人会合群臣，请献帝出殿，献帝迫不得已，只好勉强出来。华歆已经起草好了退位的诏书，逼迫献帝颁布。献帝含糊答应，派御史大夫张音将诏书送给曹丕。曹丕正在曲蠡，得到诏书，心中大喜，但表面上不肯接受，上表推辞。张音回来报告，华歆等人连忙致书劝曹丕登位，一面胁迫献帝交出玉玺。献帝流着泪，对他说：“玉玺由皇后收藏，不在朕身边。”华歆去向曹皇后索要玉玺，曹皇后不肯给。华歆将此事报告曹丕。曹丕派曹洪、曹休领兵入宫，夺取玉玺。曹皇后把玉玺甩到窗外，边哭边说：“上天将不保佑你!”曹洪得到玉玺，仍旧派张音将玉玺连同第二道诏书一起给曹丕送去。曹丕得到玉玺和诏书，还不肯接受，再让张音将玉玺退回。不得已，献帝只好第三次下诏，曹丕这才答应了。
  十月，汉献帝告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅位于曹丕。曹丕在繁阳亭登上受禅坛，接受玉玺，即皇帝位。随即进入许都，改延康元年为黄初元年，国号为魏，追尊曹操为武皇帝，庙号太祖。废献帝为山阳公，曹皇后为山阳公夫人，勒令搬出宫去，但仍然可以用汉天子礼乐，算是另眼看待。汉献帝做了大半辈子的傀儡，到最后也没有摆脱被取代的命运。
  14年之后，即魏青龙二年(234)，献帝死去，终年54岁。以汉天子礼仪葬于禅陵，谥号为献皇帝。
  虚待斋曰
  在东汉后期的几个皇帝中，汉献帝刘协的聪明睿智，是别的皇帝不能比的。他从小就失去母亲，由董太后养大，对宫廷中的刀光剑影你争我夺，比别的皇子龙孙要懂得早，懂得多，自然也要出人头地一些。在逃难之中遇到大军阀董卓，能够从容应对，不失皇家威严，就显露了少年老成的性格，那时候他才9岁，难怪董卓引以为奇，觉得他才是真命天子。