两年之后，他又大修南宫玉堂，并铸铜人、铜钟、铜蛤蟆等大肆挥霍国库，全然不顾处于战乱、灾荒中的百姓，他几乎将东汉的财政掏空了，政权已经动摇。
  灵帝晚年，面临着选择继承人的问题。长子刘辩，为何皇后所生，举止轻浮，没有做皇帝的威仪，灵帝不喜欢他，打算立少子刘协，又怕何皇后和何进不同意，所以迟迟没有决定。中平六年（189）四月，灵帝一病不起，自知将不久于人世，只好和上军校尉蹇硕商议，让他拥立刘协。蹇硕打算先杀掉何进，再立刘协为帝。不久，灵帝病死。蹇硕秘不发丧，假传圣旨让大将军何进入宫。何进接了圣旨，匆匆入宫；刚到宫门，正与蹇硕的司马潘隐相遇。潘隐与何进是故交，连忙用手向何进示意，让他别过去。何进慌忙退至营中，蹇硕的阴谋没有得逞，不得已立刘辩为帝，史称少帝，进何皇后为皇太后。刘辩才14岁，不能亲政，由何太后临朝。
  董卓废少帝立刘协
  何进掌权后，杀掉了蹇硕，收编了他统领的禁军。又派官吏逼迫董太后出宫，董太后出宫后暴病身亡。当时的渤海王刘协也被改封为陈留王。之后，何进想除掉宫中的宦官势力，但遭到姐姐何太后的反对。因为此事，何进与何太后渐渐疏远。佐军校尉袁绍建议何进召四方豪杰进京，迫使太后除去宦官。主薄陈琳认为不可，认为何进倚仗皇威掌握兵权，要想除去宦官易如反掌，只要当机立断便可成功。如果借助外臣，召其进京，正所谓倒持干戈，授人以俩，不但无功，反而会招来祸患！可何进不加理睬，反而让人写好文书，造使出发。驻守西凉的前将军董卓得到文书，派人前来报告，说指日即可进京。
  宦官听到消息，决定先下手为强，劝说何太后让何进进宫，再替他们求情。太后召何进进宫，何进傻了巴叽还真去了，结果被宦官杀死。袁绍听说何进被杀，率兵包围内宫。一边放火，一边往里冲，冲进北宫，关上大门，分头搜寻宦官，见一个杀一个，一共杀了三千多人。何太后还不知道何进已死，惊慌失措，被宦官张让等人挟持着，同少帝和陈留王刘协一起，从地道逃出来。尚书卢植领兵来追，眼看要追到的时候，张让等宦官投河死了，卢植就领着少帝和刘协、何太后还宫，半路上就遇到了领兵前来的董卓。
  董卓拜见少帝刘辩，刘辩看见董卓很害怕，惊魄未定之余，说话结结巴巴，不知所云。刘协从容自如，抚慰董卓之外，简要说明事情经过，月始日终，无一失言，董卓暗暗称奇。
  董卓进京以后，逐渐控制了局势，便想通过废立皇帝，树立自己的威严。他说少帝昏聩，而陈留王聪敏机智，就废掉少帝刘辩，立刘协为皇帝，史称献帝。刘辩被废为弘农王，何太后迁居永安宫，后被董卓毒死。满朝文武对董卓的擅自废立恨之入骨，但董卓手握重兵，他们都无可奈何。
  兴平元年（194）长安发生饥荒，谷一斛卖到50万钱，发生了人吃人的事。献帝命令侍御史侯汶开仓济民，用米豆为饥民作糜粥，但饿死者并没减少。献帝怀疑所发米豆不实，亲自于御前量试，证实发放中确有克扣现象，于是下诏杖责侯汶。从此以后，米豆得以如实发放，使饥民们切实受到赈济。这一年他只有14岁。
  董卓不久升为相国，控制朝中大权。他贪财恋色，纵容士兵抢劫，他自己在家中等着，士兵抢劫回来，他必定亲自查验，最贵的珍宝和最美的妇人都留给自己，其他的分给士兵。宫中的公主只要被董卓看中，都逃脱不了厄运。
  董卓的暴行引起人们的义愤。各地豪强势力纷纷兴起，讨伐董卓。渤海太守袁绍首先起兵，不久，集结起14路人马，包围洛阳。为躲避兵锋，董草决定迁都长安，下令火烧洛阳鸡犬不留。数百万百姓背井离乡，一路上颠沛流离，冻死、饿死的不计其数。［奇+書网-QＩＳuu.cＯm］
  袁绍等人各有打算，谁也不想与董卓真正决战，不久就散了。初平三年（192），司徒王允设计，利用董卓的义子吕布杀掉了董卓。献帝命王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，封温侯，二人共同主持朝政。
  落入李傕郭汜之手
  这时百姓中流传谣言，说朝廷准备杀尽凉州人，董卓的部将李傕、郭汜等人都是凉州人，他们派人到长安请求朝廷赦免，王允不同意。李傕、郭汜就朝长安进发，一路上收拾残兵，达10万多人。
  李傕、郭汜率兵包围长安，吕布部下发生兵变，偷偷打开城门，李榷等人攻入城内。吕布逃走，王允被杀，献帝落到李傕、郭汜手中。李傕晋升车骑将军，郭汜为后将军，两人共同掌握朝政。 转眼过了两年，献帝行了加冠礼，改年号为兴平。次年（195），李傕、郭汜互相猜忌，相互攻击。为了取得主动，郭汜想把献帝挟持到自己手中，不料消息走漏，李傕抢了先，用三辆大车载着献帝及皇后到了李傕大营。随后纵兵入官，大肆抢劫，宫中的金银财宝全都被搬到李傕大营中，之后放起一把火，把宫阙焚烧殆尽。
  献帝在李傕营中寝食不安，日夜担忧。为了摆脱两强相争的局面，他派太尉杨彪等几位大臣到郭汜营中讲和。郭汜不同意，反倒将杨彪等几位大臣扣住，逼迫他们一起攻打李傕。李傕召集数千胡人，分给他们财物，让他们向郭汜进攻。郭汜则偷偷地贿赂李傕同伙、中郎将张苞，约为内应，自己率兵攻打李傕军营。箭射到献帝住的营帐中，李傕左耳中了一箭。张苞在营后放火，李傕吓得将献帝转移到北坞，派人监守坞门。由于内外隔绝，饮食难以供应，群臣脸上都现出饥饿之色。献帝向李傕要五斗米、五具牛骨头，以便分给群臣。李傕大怒，说：“早晚都供应给你们饭吃，还要米做什么？”只派人送去五具臭牛骨。献帝见了，心中有气，但也只能哭天抹泪。
  艰难困苦的流亡之旅
  后来经过献帝反复说和，李郭二人讲和，郭汜放了群臣，洛阳已成为一片瓦砾，献帝在镇东将军张济的保护下，启程去弘农。李傕不愿去弘农，出屯池阳，郭汜仍旧领兵跟随献帝。等走到新丰，郭汜又想胁迫献帝还都。后将军杨定、董太后侄子董承率兵阻止，郭汜寡不敌众，逃入南山。不久，献帝一行到了华阴，宁辑将军段煨出营迎接，供给献帝及皇后饮食衣服，请献帝临幸他的军营。
  这时李傕、郭汜二人又重新联合，来追赶献帝。杨定恐怕抵挡不住，索性丢弃献帝，逃往蓝田，中途被郭汜拦截，被打败逃往荆州。董承护卫献帝等人，当晚赶到弘农。郭汜、李傕追上献帝，董承寡不敌众，被杀得大败，御物国宝，抛弃殆尽，只有献帝和皇后两人分乘两辆车子，由董承拼死保护，才得逃脱。
  一行人逃入曹阳境内，已是夜幕低垂，君臣无处栖身，只好露宿一晚。董承一面使出缓兵之计，假意派人与李傕讲和，一面派人到河东请求援兵。援兵与董承联合，大破李傕的军队，杀死几千人。献帝一行人继续东进，走了几里之后，只见后面尘土飞扬，原来李傕探知河东援兵不过数千，况且为乌合之众，因此又追赶上来。李傕分三面夹击，把董承的队伍冲乱，随同的大臣死伤很多。董承护卫献帝逃走，走不了几里，后面追兵又到了。有人劝献帝骑上马快跑，献帝硬咽着说：“不行，百官有什么罪，我不能丢弃他们逃走。”董承等人且战且走，到天黑才到达陕西境内。这时追兵稍微少了一些，将士们结成营寨自守。这次战斗，将土损伤十分之七八，虎贲羽林军剩下不满百人。李傕等人围着营寨大呼小叫，众人大惊失色，商议逃走。
  有人主张渡过黄河，好不容易找到一只船，众人拥着献帝，徒步出营。伏皇后头发蓬松，面色惨淡，跟随献帝。伏皇后的哥哥伏完一手扶着皇后，一手还挟着十匹绢。董承瞧见，心里不痛快，让人上去争夺，一人被杀死，血迹溅到伏皇后的衣服上。伏皇后吓得发抖，连忙拉住献帝的衣服，哭泣着求救。献帝出言呵止，这场争端才平息。走到河边，只见天寒地冻，岸高数丈，献帝和伏皇后不能上船。幸好伏完手中还有残绢，就用绢裹住献帝，由两人抬着，放到船上。伏完背着皇后，一跃跳上船。其余的人，有的伏在地上爬下去，有的从岸上跳下去，帽子和发巾都被弄坏了。到河边后，士兵们争先恐后地跳上船，没有上船的纷纷拄住船缆。董承用戈乱砍，在船中被砍掉的手指可以一把一把地捧起来。
  一起渡河的只有太尉杨彪以下的几十人，那些宫女以及官民不能渡河的，都被乱兵掠夺，衣服被剥光，头发也被割掉，冻死的人不计其数。
  李傕得知后，派人去追击，正好看见献帝在船上，董承害怕他们射箭，就用被子当屏障。李傕把岸上丢弃的东西抢劫一空。献帝一行人渡过黄河后，步行数里，抵达大阳，这时天已大亮了。董承到民间搜寻车马，毫无所得。只找到一辆牛车，载着献帝，其余的人步行相随，赶到安邑。
  河内太守张杨、河东太守王邑前来接驾。献帝拜张杨为安国将军，王邑为列侯，军中的一些将领也纷纷求官，以至于刻的印章都供应不上，只好用锥子在石头上画字。献帝住在以荆棘为篱笆的房子中，窗门不能关闭，群臣议事，就借茅舍作为朝堂，士兵们趴在篱笆上观看，相互拥挤取笑。