西班牙人殖民委内瑞拉后，接着开始了对哥伦比亚的殖民进程。居住在哥伦比亚的土著人主要是印第安奇布查人，人口在50-300万人之间，一部分奇布查人在哥伦比亚中部大平原地区建立了穆伊斯卡（Muisca）联盟。
  弘治十二年（1499年），西班牙人罗德里戈·德·巴斯蒂达斯（Ro de Bastidas）率一支远征队从西班牙加的斯港（Cadiz，也称卡地兹）出发，来到了南美洲西北部的瓜希拉（Guajira）半岛。
  瓜希拉半岛呈西南——东北走向深入加勒比海，它的东边就是委内瑞拉湾。半岛长约115公里，宽在45-85公里之间，www.youxs.org，西部地势平坦，气候干燥炎热，年降水量仅350毫米左右，东部以低矮丘陵为主，气候比较温润，最高的马库伊雷山（Macuira Hill，也叫马奎拉山）海拔约860米。瓜希拉半岛有丰富的煤炭、黄金、铜、磷酸盐、油气资源，土著人很早就在丘陵里淘金、采铜（红铜），沿海土著人也在沿海养殖珍珠。
  巴斯蒂达斯在瓜希拉半岛登陆后，用屠刀征服了当地的印第安部落后，建造了卡波·德·拉维拉城堡（Cabo deVe），成了西班牙在哥伦比亚的第一个殖民据点。然后，巴斯蒂达斯以该城堡为基地，沿着海岸向西航行，发现了一条大河的河口，他将此河命名为马格达莱纳河（Magdalena River），将河水注入的海湾命名为乌拉巴湾（Gulf of Uraba）。
  马格达莱纳河是哥伦比亚地区的第一大河，发源于上游的马格达莱纳河，流经安第斯山脉在哥伦比亚境内的东科迪勒拉山脉、中科迪勒拉山脉之间的谷地，全长约1500公里，自河口以上可通航约1300公里。
  巴斯蒂达斯本想率舰船沿着马格达莱纳河深入内陆，没想到遭到了沿岸土著人的激烈阻击。他见沿岸的土著人太多，再冒险深入内陆会付出重大伤亡，就不得不退出马格达莱纳河，沿着哥伦比亚北海岸继续西行，到达巴拿马北海岸后，继续西行，一直航行到巴拿马与哥斯达黎加边界处，登陆后击败了沿岸的土著人，建造了曼萨尼约城堡（Manzanillo，今属哥斯达黎加）。他本想继续沿着海岸西行，但由于乘坐的舰船木壳被船蛆啃食得非常严重，不得不令他返航，回到海地岛的圣多明各城。巴拿马地峡
  由于哥伦布、巴斯蒂达斯都发现了巴拿马地峡，巴斯蒂达斯又瓜希拉半岛、马格达莱纳河，西班牙王国决定征服巴拿马、哥伦比亚，批准建立巴拿马、哥伦比亚殖民地。
  正德四年（1509年）十月，发现了委内瑞拉马拉开波湖的阿隆索·德·奥赫达（也叫奥杰达）率70名西班牙士兵在哥伦比亚北海岸登陆，击败了当地的印第安人后，建造了卡塔赫纳（Cartagena）城堡。次年，奥赫达以卡塔赫纳城堡为基地，率部向内陆挺进，行进了15公里后，来到了图尔瓦科（Turbaco）地区，他们在这里遇到了土著人的猛烈攻击，随奥赫达深入内陆的领航员胡安·德·拉·科萨（Juan deCosa）中毒箭身亡。
  胡安·德·拉·科萨曾是哥伦布的制图师，随哥伦布多次远航美洲。弘治十三年（1500年），他将一份完整反映委内瑞拉、哥伦比亚北部海岸的地图呈给了西班牙王室。弘治十五年（1502年），科萨出版了一份世界地图，在图中描绘了发现的新大陆。弘治十六年（1503年），他代表西班牙王室来到葡萄牙的里斯本，抗议葡萄牙人入侵属于西班牙的新大陆。这次是他最后的一次航行。
  科萨被杀后，奥赫达对图尔瓦科地区的土著人展开了疯狂的报复，几乎杀光了当地的土著人，不过奥赫达也付出了沉重代价，远征队损失了十分之九，他不得不退回海岸，回到海地岛（奥赫达在海地岛重整旗鼓后，率部赶往巴拿马的波托韦洛湾，在圣玛利亚·德贝伦城上岸后，沿着地峡东海岸向东侦查，在圣玛利亚·德贝伦城东20公里的地方建造了诺姆布雷·德迪奥斯城（Nombre de Dios））。
  嘉靖四年（1525年），巴斯蒂达斯被西班牙国王授予开发卡波·德·拉维拉到马格达莱纳河之间的地区，于是他再次率远征队来到哥伦比亚，在北海岸建造了圣玛尔塔城堡（Santa Marta）。他在圣玛尔塔一带从土著人手里抢夺了大量黄金，又不愿与下属分享黄金，于是他的副手维拉弗尔蒂（Vilfuerte）与五十多个人密谋后，偷袭了巴斯蒂达斯。巴斯蒂达斯深受重伤，准备返回圣多明各城疗伤，但由于遇到恶劣气候，船只停留在了哈瓦那，最后死在了哈瓦那。
  嘉靖十二年（1533年），西班牙船长佩德罗·德·埃雷迪亚（Pedro de Heredia）率远征队来到了哥伦比亚卡塔赫纳，发现奥赫达建造的卡塔赫纳城堡已被土著人摧毁，于是他对周边的土著人展开了大屠0杀，重建了卡塔赫纳城堡。
  佩德罗·德·埃雷迪亚以卡塔赫纳为基地，也率部杀向了内陆，在图尔瓦科地区发现了金矿，于是强迫被抓来的印第安人开采砂金矿，并建造了图尔瓦科镇（Turbaco）。土著人被杀光后，西班牙人又从非洲运来黑奴开采金矿，图尔瓦科地区成了西班牙人在哥伦比亚最早开产的金矿区。
  嘉靖十四年（1535年），西班牙在哥伦比亚地区设立圣玛尔塔殖民地，任命贡萨洛·希门尼斯·德·克萨达（Gonzalo Jiménez de Quesada，也称奎萨达）为地方行政长官。克萨达受命后，率一支900人的远征队来到圣玛尔塔。他在圣玛尔塔建立殖民地政府机构后，率部来到了马格达莱纳河，沿着河流深入内陆。他们一边穿越茂密的热带雨林，一边与沿途的奇布查人进行战斗，于次年终于来到了哥伦比亚中部的大平原。西班牙人杀光了遇到了土著人后，占领了奇布查人的一个小城巴卡塔（Bacata，印第安语的意思是“高的田地”）。克萨达宣布这里是西班牙人的领土，并将这所小城改名为圣达菲（Santa Fe）。
  西班牙人建造了圣达菲城后，以圣达菲城为基地，不断向南推进，很快占领了整个哥伦比亚大平原，土著人的穆伊斯卡联盟彻底崩溃。随后，西班牙人开始征服生活在东、中、西科迪勒拉山脉的土著人部落。
  圣达菲城周边有宝石矿，以绿宝石（祖母绿）为主，土著人很早就在这里开采宝石。西班牙人占领圣达菲地区后，就强迫抓来的土著人替他们开采宝石矿，然后把宝石运回西班牙牟取暴利。
  嘉靖十五年（1536年），西班牙人在中科迪勒拉山脉南部的考卡（Cauca）地区发现了几个金矿，于是建造了波帕扬城（Popayan，今考卡省首府）、卡利城（Cali，今考卡山谷省首府）。同年，西班牙人在马格达莱纳河中游建造了巴兰卡韦梅哈城（Barrancabermejia），并在城周边建设了几个牧场、农场，用于养殖从本土带来的牛、羊、猪、马等家畜，种植从欧洲带来的麦子、大豆、葡萄以及哥伦比亚本地的玉米、土豆、木薯等作物，巴兰卡韦梅哈城成了西班牙在哥伦比亚地区的畜牧中心、农业中心。
  嘉靖十七年（1538年），西班牙在占领的哥伦比亚地区建立了新格拉纳达（Granada）殖民地（注：不是1717年成立的新格拉纳达总督区），首府就设在圣达菲城，并将圣玛尔塔殖民地并入新格拉纳达殖民地，任命克萨达担任第一任新格拉纳达殖民地行政长官。克萨达就任后，将圣达菲城进行了扩建，并改名为圣达菲·德·波哥大城（Santa Fe de Bogota）（印第安语的Bacata，即为西班牙语的Bogota。哥伦比亚独立后，将城名称为波哥大，并作为首府。1991-2000年，城市名又改回了圣达菲·德·波哥大城，2000年后再次改名为波哥大）。同年，西班牙人在波哥大城东北58公里的地方建内莫孔（Nemo）城。内莫孔城有个盐矿，印第安人很早就在这里利用盐矿制盐。西班牙人建造了内莫孔城后，在这里设立了盐厂。万历二十八年（1600年），西班牙人在内莫孔西南15公里的地方找到了更大的盐矿，于是建造了锡帕基拉城（Zipaquira），成了哥伦比亚的盐业中心。
  嘉靖十八年（1539年），西班牙人在波哥大城东北130公里的印第安人的温萨村发现了金矿，于是建造了通哈城（Tunja，今博亚卡省首府）；在波哥大西南230公里的马格达莱纳河畔发现了银矿，于是建造了内瓦城（Neiva，今乌伊拉省首府）；在波帕扬城西南156公里的地方发现了金矿，于是建造了帕斯托城（Pasto，今纳里尼奥省首府）。西班牙人建造通哈城、内瓦城不久，在通哈地区、内瓦地区分别发现了宝石矿、金矿，于是通哈城、内瓦城发展成了繁华的城市（今哥伦比亚在通哈城还开采煤矿、磷矿，在内瓦城也开采煤矿）。
  嘉靖十九年（1540年），西班牙人为了方便把掠夺来的金、银、宝石、药材、木材运到海边，就在马格达莱纳河下游建造了蒙波斯（Mompox）中转港。
  嘉靖二十二年（1543年），西班牙在利马设立秘鲁总督区后，新格拉纳达殖民地划归秘鲁总督区管辖。
  嘉靖二十四年（1545年），西班牙人在圣玛尔塔东150公里的阿查河（Rio Hacha）河口发现了砂金矿，于是建造了里奥阿查城（Riohacha，今瓜希拉省首府）。
  嘉靖二十九年（1550年），西班牙人在波哥大西偏南135公里的地方发现了银矿，于是建造了伊瓦格城（Ibague，今托利马省首府）。同年，西班牙人在哥伦比亚北部佩里哈山西麓发现了金矿，那里原为印第安人埃乌巴里斯部落的居住地，西班牙人就在那里建造了巴耶杜帕尔城（Valledupar，今为塞萨尔省首府）。
  嘉靖三十年（1551年），西班牙人在帕斯托城（Pasto）东75公里的地方发现了铜矿，于是建造了莫科阿城（Mocoa，普图马约州首府。莫科阿城的铜矿至今还在开采）。
  万历二十八年（1600年），西班牙人在帕斯托城东南8公里的波0波河（Rio Bobo）河谷发现了砂金矿，于是建造了圣巴巴拉城（Santa Barbara，今为纳里尼奥省的一个小城镇）。
  万历四十四年（1616年），西班牙人在波哥大城西北240公里的中科迪勒拉山脉西麓的波尔塞河（Porce）河谷发现了砂金矿，于是建造了麦德林城（Medellin，今安蒂奥基亚省首府，为哥伦比亚第二大城市），不久在附近的山区又发现了银矿。
  天启二年（1622年），西班牙人在巴兰卡韦梅哈城（Barrancabermejia）东80公里的地方发现了金矿、银矿，于是建造了布卡拉曼加城（Bucaramanga，桑坦德省首府）。
  崇祯二年（1629年），西班牙人在马格达莱纳河入海口建造了巴兰基亚港（Barranquil），用于将掠夺的物资快速运回本土。
  崇祯七年（1634年），西班牙人在距马格达莱纳河口约80公里的地方建造了坎波德拉克鲁斯港（Campo de La Crus，今属大西洋省），进一步完善了马格达莱纳河的航运体系。
  在西班牙人对哥伦比亚殖民期间，哥伦比亚的土著人一边反抗外来的殖民者，一边还在不断内斗，由于战争及欧洲人带来的天花、麻疹等疾病，土著人越来越少，到目前为止哥伦比亚地区的土著人已不到10万人。
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