博登提出控告时，他甚至不在美国。他被聘担任英国广播公司1953年的声望很高的里思讲座。而在英国期间，牛津大学决定授给他第六个荣誉博士学位。究竟这样做是奥本海默还是牛津大学赢得荣誉，还是个问题。到了这时，这位美国最著名的科学家已是欧洲各个学会的会员。各种奖金，奖状、外国勋章都雪片飞来。而在国内，从美国文理科学院到《大众机械》的名人用物收藏馆，都有他的大名。
  现在博登却说他是俄国的间谍。更加可能的是，他是科学界里政治斗争的牺牲品。在美国两个著名核实脸室洛斯阿拉莫斯和利弗莫尔之间，有两种不同思想体系，双方核物理学家们正展开激烈的争论。洛斯阿拉莫斯派包括奥本海默的同事和门人，他们认为核导弹只应是美国各种武器中的一种。这就是所谓“有限遏制论”。利弗莫尔派或者说特勒派，则认为美国的安全，取决于核打击力量的无限制发展，这就是所谓“无限制遏制论”。大多数科学家是赞成前者的。但赞成“大规模报复”理论的政府，很显然是从“无限遏制”这角度来考虑问题的。利弗莫尔派的人现在掌权，这实际上就是奥本海默躲到普林斯顿高级研究所的原因之一。但在他的对手看来，这还不够。这场争论使有些科学家失却清醒头脑——这也没有什么奇怪，因为这个问题可能决定人类将来的命运——有些爱德华·特勒的崇拜者决意要把奥本海默搞到声名狼藉。很显然，这些人是支持博登的。
  但是博登只不过写了一封信，而那时在华盛顿各机关里，到处都是这样的信。除非某个官员认为信里有什么新问题，否则这样再来个涂污抹黑决不会引起他的注意的。这次情况就是如此。埃德加·胡佛长期以来就已怀疑罗伯特·奥本海默。1947年胡佛已尽他一切能事，把奥本海默打为危害安全的人物。《先锋论坛报》报导说，联邦调查局有关奥本海默的档案共有四尺六寸厚。博登寄信给他，可说是找到最会适的人了，而他很可能是早就知道这点的。
  接着那三个星期，胡佛把奥本海默的档案，摘要成为一寸厚的材料。11月30日，他把材料送去白宫。同时抄送原子能委员会的刘易斯·施特芳斯和五角大楼的查理·威尔逊。威尔赴看完以后，给总统去电话，要求马上不让奥本海默到各个军事设施里面去。艾森豪威尔认为这“使人很不安”（当然，不管你对奥本海默看法如何，你也会觉得不安的），召开紧急会议来研究这个指控。这位科学家知道这些指控吗？艾克提出问题说。当总统知道他还不知道时，他就指示要举行听证会。同时决定在奥本海默与各种政府机密之间，要筑有一道“大墙”。这是个引人注目的提法。尽管当时在场的只有威尔逊、施特劳斯、布劳内尔和国家安全委员会的罗伯特·卡特勒，但这个决定还是引起华盛顿议论纷纷，终于又传到了国会山约瑟夫·麦卡锡的耳朵里。
  奥本海默从英国回来，就接到一封信，要他访问海军上将施特劳斯。施特劳斯要他马上到华盛顿一行；事情很紧迫，又不能在电话里谈。12月21日下午，这位科学家走进宪法大道原子能委员会那座亮晶晶的大理石大厅，到了第236号房间这位上将的壁上镶板的大办公室。施特劳斯正和委员会的总务处长肯尼思·尼科尔斯在商量事。他们请他在会议桌前坐下。接着寒暄了一会和谈谈熟人的情况以后，施特劳斯就尽可能有礼貌地告诉奥本海默，他已被怀疑犯了叛国罪。他把艾森豪威尔的指示向他解释，并提出一些体面的下台方法来和他研究。但奥本海歇拒绝接受。
  圣诞节前夕，他遭到一个特别难堪的侮辱。原子能委员会的保卫工作人员光临普林斯顿研究所，把他手上所有的机密文件拿走。听证会这时已定在4月份举行。赖斯顿了解到这情况，他原来准备等作出了具体决定后才把事情公布的。但既然麦卡锡准备在参院公开这一个消息，说他迫使政府采取这个步骤，于是赖斯顿就把消息透露出来了。这是个轰动一时的新闻。而为了使它不再引起更大轰动，接着举行的听证会就有点偷偷摸摸的气氛。会议是在T－3号楼一所临时建筑物内举行，这房子是战时的物价管理局遗留下来的官僚主义的见证。会议不让记者和公众参加。为了不让记者们知道会场地址，奥本海默从后门走进去。这场审判——其实这就是审判——是在T－3号楼第2022号房间举行。这是个二十四英尺长，十二英尺宽的办公室，特别把桌子、椅子和一张破旧的皮沙发布置一番，以便临时象个听证会会场。奥本海默坐在沙发上，后来参加会议的人说，这位科学家“懒洋洋地坐在沙发上，有时好象心不在焉，而这个沙发就成了当时的被告席。”
  房间的另一端设了审判席。坐在那里审讯奥本海默的法官是戈登·格雷，托马斯·摩根（已退休的工业家），沃德·埃文斯（西北大学化学系名誉教授）。代表原子能委员会的是它的人事保卫局的律师罗伯特·罗布。罗布采取起诉的检察官那样咄咄迫人的态度，使这次质询更显得有迫害的味道。他对奥本海默采取一种轻蔑的神态。要是一个陌生人走进2022号房间，他绝不会想到那个受质询的人就是完成原子弹试验的研究所所长。罗布把老掉牙的所有审判伎俩都使出来了：比如自己背着窗，让太阳直射着被告的眼睛。听证会上那九百九十二页的材料，到处都反映他那鄙夷的口气。
  每过一个时期，奥本海默的神不守舍的声音，可以通过一个手提式扩音机听到。这是用战时情报部门电话录音带录下来的，这样做并没有征求他本人同意，甚至他本人都不知道。这是有意侮辱，有时甚至到了使人难以相信的程度。安德烈·马尔罗后来阅读听证会的记录时表示非常诧异：奥本海默毕竟是个自由的公民，为什么愿意坐在那里让罗布有意识地侮辱他呢？马尔罗说：“他本来应该站起来大声说：“先生们，我就是原子弹！”但奥本海默太缺乏自信，性格过于内向了。广岛被摧毁以后，他沉思得太多了。正如他对他的朋友所说的，“我们干了魔鬼所干的事。”
  听了四十个证人的证词以后，这个听证会休会研究结论怎样做。把奥本海默说成是敌人间谍，这点是不成立了。“我们特别注意他的忠诚问题。我们已得出明确的结论，我国人民可以放心，他是个忠于美国的公民。”的确，调查小组认为“应该指出，奥本海默博士似乎极其审慎，这反映出他有异乎导常的能力保守重大秘密，不向别人透露。”调查小组中唯一的一名科学家埃文斯，要求恢复给奥本海默绝密工作许可证，但格雷和摩根不愿同意。他们不喜欢奥本海默的一些朋友。他们认为“他的社会关系，反映出他对保密制度的要求极其不放在心上。”同时，还有他对发展氢弹的态度冷淡得令人不安：
  『我们发现他对氢弹计划的态度，确实使人颇为不安，以致使人们怀疑，如果他在国防问题上对政府的计划还是采取这样态度，那么要他继续参加这类工作，是否能符合保密的最高要求。』
  奥本海默就这二比一的决定，向原子能委员会进行上诉，这个委员会又以四比一的票数，维持原议。委员亨利·史密斯要求委员们注意：经过调查，奥本海默的“忠诚与可靠是毫无疑义的”，而从他本人的光辉成就看来，“他的贡献对我们国家的未来会有重要价值，”而“那种保密审查制度既……无这种义务也无这种权利对一个人的每一生活小节都加以规定。”但是，正是在这个问题上，其他的委员们和他有不同的看法。对一个有伟大成就的人来说，在很多问题上是可以得到原谅的，而且比之格雷那个委员会来说，原子能委员会的委员们对奥本海默的对热核武器的复杂心情，也没有采取那么苛刻的态度。但是对于他不能同那些政治上相信邪说异端的亲友绝交，倒是认为一点也不能马虎的。
  可笑的是，奥本海默被清洗带来的效果却和他的仇敌们所冀求的正好相反。他现在具有一个殉道者的新形象。相反，特勒却有点象被社会摒弃的人。这些玩弄权术的人本来以为他从此就可以高踞核物理学的宝座。谁知他反而被科学界人士疏远了。在著名的科学家中，反对奥本海默的只有他一个，被人认为是联邦调查局的告密者，是科学界而且还是科学本身的叛徒。在料学界的集会里，他受到别人的奚落。当他表白自己时，人们便走开了。到了最后人们虽然还可以和他一起开会，但他再也不受别人的真正信任。在小组讨论和漫谈中，他的同行们对他的态度都是敬而远之。他求援于恩里科·弗尔米，那时弗尔米已快死了。这位伟大的意大利科学家还是写了一篇文章，登在《科学》杂志支持他。但对反对特勒的人说来，这不过又是他一次违反做人准则的做法。他们认定他是个沽名钓誉之徒，继续对他冷淡。在科学界人士当中，他的斯特兰奇勒夫博士的形象已经形成。
  与此同时，由于西太平洋地区偶然刮了一阵风，使斯特兰奇勒夫博士所象征的人类的命运，引起了人们的注意；也使美国人略为瞥见了，他们现在所做的事，对美国和对世界意味着什么的可怕景象。3月1日，在罗布准备奥本海默的材料时，原子能委员会又在埃尼威托克岛以东的比基尼珊瑚岛爆炸了第二个氢弹。