冯入京后，曹遂发表冯为陆军检阅使，仍兼十一师师长，冯虽失了河南督军，却换了一个检阅使，总算不错了。
  曹锟贿选前，要先迫黎元洪下台。拥曹派中积极分子遂由冯玉祥打第一阵，向黎元洪索讨军饷，陆军军官天天包围总统府，包围国务院，黎的离去主要是受不了军队逼宫，而军队的主使者就是冯玉祥。
  所以有人说曹锟贿选的三大功臣，一是冯玉祥，二是王承斌，三是吴景濂。
  曹锟就任总统后，冯以功高渐露不逊的态度。当时国务总理尚未产生，国务院秘书长张廷锷担任府院之间联系。农历年后还没有过元宵节，一天冯玉祥找到张廷锷，他就：“直卿（张廷锷的字）大哥，请陪我去见总统。”张廷锷以为他是礼貌上的晋谒，就陪了去见曹。怎知见到曹后，冯郑而重之地说：“初一这天，总统府的卫队把士兵打了，总统知不知道？如果总统知而不办，是总统护短；如果总统不知道，是被人蒙蔽。”冯这话一说，张廷锷吃了一惊，这岂是一个军人对总统讲话的态度。曹锟虽是布贩出身，究竟干了不少的重要职务，见过的世面不为不广，何况现在已是总统，他在冯报告时本是和蔼可亲，待冯的话说完，他眼睛一睁，端正而坐向冯说：“焕章，初一总统卫队把士兵打了，你们身为高级长官，为何不彻底追究惩办肇事的不良分子，我是总统，这种小事情还要我来处理吗？我几时对你们说情维护过总统府的卫队？”冯碰了一个大钉子，为之哑口无言，张廷锷只好打圆场说：“总统的指示我们立刻去办，焕章是总统的部下，对总统就像对父亲一样，言语可能过激，请总统原宥。”由此可见冯的态度是相当桀骜。
  四照堂点将后，冯玉祥便另有用心。他要求先发饷后才能开拔，吴听了大为震怒，吴说：“兵临城下，难道不发饷就不能打仗？王懋宣（王怀庆，十三师长，讨逆军第二军总司令）并没有来要饷呀！”冯部还要求多拨车辆，吴允拨40辆。冯玉祥则采用步步为营的策略，自北京至前线拉成一条塔形长线，前方只有疏疏落落的几个斥候兵，愈到后方兵力愈厚。
  事实上，冯玉祥已暗中和奉张有了秘密联系，奉军因为已暗中搭上冯玉祥，因此军事上并不如何积极。自9月4日响应浙卢通电“率兵入关”后，至9月15日始向朝阳方面进迫，守朝阳这一方面的直军是王怀庆部，还有毅军的米振标部为辅。奉军攻入朝阳后亦未疾进。
  至于直军方面，第一路出山海关的，为直军主力，彭寿莘、董政国、王维城都是吴佩孚手下的大将。第二路王怀庆部是三路中最弱一环。第三路出古北口，由冯部张之江、李鸣钟、鹿钟麟等担任。孙岳代理京畿警备总司令，曹锐为军需总监。
  第二次直奉战争，虽然双方各出动20余万大军，可是战场上的战斗并不激烈，因为奉张已和冯玉祥暗通声气，而冯玉祥则拖延军机，坐待时间。当吴佩孚在北京坐镇时，冯玉祥自然不敢动手，只派刘汝明等暗中调查吴军开赴前线的确实数字，以待吴军全部调往前线。
  朝阳失陷后，吴佩孚把第二路军前敌总指挥刘富有和副总指挥龚汉治撤换，派陶经武为前敌总指挥，张林为副总指挥，刘富有的独立旅长亦撤除，改以崔维藩继任。
  奉军始终采攻势，不断派飞机向山海关投弹，直军则奉令采守势。吴佩孚的锦囊妙计是暗调渤海舰队集中秦皇岛，用海军进攻葫芦岛，另以奇兵绕海道由营口登陆直捣沈阳。所以他安坐北京城内，在四照堂从容不迫，饮酒赋诗。
  然而前方军情并不利于直军，加以曹锟左右嬖幸，对于吴佩孚在京，有芒刺在背之感，所以怂恿曹锟催促吴上前线指挥军事。曹的左右说：“如果在北京城内做总司令，谁也会做啊！”
  逼使吴佩孚上前线，当然不是曹锟下面的反吴派，而是前线战况的不利，加上海军突袭的计划受了阻碍，吴所料不到的，是渤海司令温树德并不太为吴卖力。于是吴派讨逆军副总司令王承斌于10月3日率后路援军驰抵古北口，代行总司令职权，以对抗来攻的奉军李景林部。然而这一遭吴又错了，因为王承斌实际早和冯玉祥暗中联结，他已参加倒吴派，自然不会在前线打硬仗了。
  首先倒戈的直军是把守九门口的第十三混成旅旅长冯玉荣，他所部不战而退。吴佩孚这才于10月11日晚9时，乘坐讨逆军总司令专车，由北京正阳门出发，直驰山海关。讨逆军总部人员随行，还有外国观战武官和新闻记者100余人随车前往，声势之浩大，在民国初年内战场面中，是绝无仅有的一次。
  当吴佩孚上前线时，也正是北京城内谣言满天飞的时候，前方战报多不利于直军，有传第一军司令彭寿莘阵亡，有传某军哗变，可是这都是不可靠的消息。
  13年10月12日上午4时半，吴佩孚的专车抵达山海关，停靠于长城墙傍，吴佩孚即率幕僚和卫兵急驰前线，登长城视察战况。这时直奉两军激烈鏖战，隆隆大炮震动大地，硝烟冉冉上升。
  吴佩孚上前线的消息，遍传直军，对军心士气有极大的鼓舞，而通奉的冯玉荣听说吴已到达前线，遂畏罪自杀。吴遂直接调遣十三混成旅，另筑阵地稳住了阵脚。
  讨逆军总部在吴亲赴前线后，遂设于吴的专车上。吴总部的直属部队则张营帐于车站内。吴每天早起偕同参谋长以下僚属四出视察，有时则乘坐渤海舰队司令官温树德所率领之旗舰游弋海上，指挥海军炮击葫芦岛。只是因为海军不够配合，所以不能收奇袭之效。于是改变作战计划，倾其全力对付奉军右翼，令后援军总司令张福来率重兵恢复狭隘的九门口，张福来军经过激烈战争，使榆关的战况渐趋有利。
  奉军在秦皇岛上空展开空袭，奉军飞机四架、七架的编队，不断盘旋轰炸，但损害并不严重。奉军之所以向秦皇岛空袭，因为秦皇岛是直方的海军集中地，当时在秦皇岛海面停泊了不少舰队，计有直军的渤海舰队六艘及运送海陆军的运输船20余艘，此外还有外国军舰20余艘，舷舵相望，桅樯林立。岸上则大军云集，往来紧张。
  吴在前线督战时，对于冯玉祥的行动颇为注意。冯本人在怀柔按兵不动，有坐观成败之势，吴命参谋长张方严电催各军急赴前线，张给冯玉祥一电，为了加强语气所以在电文后加了一句：“大局转危为安赖斯一举。”这本来是普通的加强语气句子，可是在微妙的时候，这句话就有了问题。冯玉祥虽然已和奉张暗通款曲，但他确有坐观成败之意，他要看直军有了败兆才敢动手。吴上前线后，冯是犹豫的，他怕吴在前线打了胜仗，他一发动，吴率师回京平乱，他就完了。所以他在待机而动，所得情报来自直军总部的，是胜利在望；来自日方的，则谓直军不利，前线危急。当他收到吴的参谋长来电催促进兵时，他认为直军失败的可能性增大了，因此乃下了决心“倒戈”。移后方作前方向北京回师，在吴佩孚后方放了一把火。
  13年10月23日的傍晚冯玉祥率军退出阵线，回师北京，直奉战场形势大为改变。
  24日晨，吴佩孚尚不知后方突变，他好整以暇地率僚属赴九门口督战，直军前线士气转旺，奉军攻势曾受阻遏，战局颇有转机。中午时分，吴佩孚的日籍顾问冈野增次郎先后接到来自北京和天津打来的最紧急电报，内容大同小异，均言“讨逆军第三军司令冯玉祥等于二十三日下午六时退出战场，未经枪战即攻入北京，发动政变，曹锟总统已失自由，北京情况不明，酝酿巨变。”电报中所列参加政变人士均为直系巨头，包括冯玉祥、王承斌、王怀庆、胡景翼、孙岳等。
  冈野增次郎接到这些电报，立即往见吴的红人、总部政务处长白坚武，把电报给白看。当时情报非常混乱，谣言满天飞，所以白坚武见到这几份电报，颇为怀疑。他认为冯玉祥叛变是可能的，但是叛变的阵容如此大，而且这些人各有各的背景和打算，似乎不可能结合在一起，因此判断这些情报靠不住。白坚武的政治警觉性实在不够高，冈野见白坚持己见，所以也不和白争辩。
  吴佩孚从战线上回到秦皇岛总部，冈野乃把这些电报呈请吴核阅，同时注明某电是日本公使馆所发，某电是北京日本守备队所发，某电是日本天津驻屯军司令部的公报，因此可靠性非常确实。
  当时，北洋军阀多有日籍顾问，即以直奉二系而论，张作霖有日本顾问，吴佩孚也有日本顾问，直奉军虽然作战，顾问与顾问间有联系，顾问与日本公使馆和军方有联系，而日本公使馆又与各地的使馆有联系，这一来，日本人对中国各地以及大军阀动态均了若指掌。他们押注不在一方，敌对双方均有连络。其实张作霖也好，吴佩孚也好，民族观念均极强，不完全受日人挟持，可是日本人为了他的既得利益，必需和中国实力派有所勾结。
  当吴佩孚看到冈野的电报，他立刻相信有这种可能，因为他对冯玉祥并不信任。据说，他当时对冈野和他的幕僚说：
  “这件事也可以说是在我意料之中，因为这次出兵前老冯曾向我要求，待平定奉系后，派他为东三省巡阅使以继张作霖之缺，我告诉他：东北和日本有特殊关系，我们对日外交很微妙，所以东三省巡阅使的任命，不能漠视日本的动向。你一向被认为亲美派，最招日人之忌，因此去东北很不相宜，不过对酬答足下的战功，国家有的是名位，我一定会考虑其他职务的，而且必令你满意。