陈自动解除督军职务后，曹锟马上保荐“援赣总司令”蔡成勋继任江西督军。黎元洪打电报给吴佩孚，希望废督从江西开始，所有赣军可以归蔡成勋节制指挥，吴佩孚对此无意见。
  6月15日黎政府的第一次国务会议开会，黎自称以旁听资格列席，在会中建议批准陈光远辞职，派蔡成勋节制江西各军，嗣后督军如果辞职或出缺，一概不许简派。黎的建议获得通过，当天就发布了准陈光远辞职和派蔡成勋节制江西各军的命令，17日又补下了废除江西督军的命令。事实上，这位节制各军的总司令根本就是变形易貌的督军。
  第二个实行废督的，是浙江。浙江的卢永祥，对北京是半独立状态，6月15日他邀集浙江省议会及各团体举行联席会议，宣布废除督军，但又声明，本人并不服从北京政府，废督后仍以第十师师长名义维持全省治安。接着浙军第二师师长张载扬发言，认为师长与师长之间必须有一个联系机构，希望大家作一个决定。于是卢永祥宣称请各团体在两天内商定善后办法，本人一定服从。第二天浙江各团体通过了“浙江军务善后办法大纲”，这个大纲规定设立善后督办一人，仍推卢永祥担任。同一天浙军第二师师长张载扬，北洋军第四师师长陈乐山，浙军第一师师长潘国纲联名推举卢永祥为浙江军务善后督办，浙江各团体通电赞成。20日卢宣布接受新职，并公布“善后纲要”七条。这一废督措施并不是拥护黎元洪，却是对北京政府的变相独立，因为善后纲要的要点为：“自废督后，浙江境内不受任何方面干犯，以防督军制之恢复，并变相督军制之发生。如其假借名义侵入本省，当本诸民意，力图抵抗。自废督之日起，在合法政府成立前，浙江一切维持原状。”这就是变相的独立，如果北京政府敢于变更浙江现状，浙江就要武力对抗。因此这一措施引起了直系极大的忿怒，准备向浙江和上海用兵，以铲除皖系的残余势力。曹锟、吴佩孚电请北京政府裁撤淞沪护军使，改设上海镇守使，归江苏督军节制。新任海军总司令杜锡珪准备装载苏军6000人在上海登陆，何丰林在上海颁布了戒严命令，可是黎元洪不主张用兵，曹、吴也不敢干为戎首，遂授意齐燮元和杜锡珪向卢永祥、何丰林解释误会，江浙之间的大战才告避免。
  第三个表示赞成废督的是奉系领袖张作霖，他也承认黎元洪为事实上的总统，并且写信给黎赞成废督裁兵。事实上东三省已经没有督军了，因为奉系战败退回关外时，他就改用东三省保安总司令的名义行使东三省的统治权，孙烈臣和吴俊升则用“保安副司令”的名义行使吉林和黑龙江的统治权。奉直停战协定成立后，黎本打算叫张作霖用“镇威上将军”名义办理东三省军务善后事宜，这也就是变相的东三省巡阅使，因为由北京发布了这道命令，就在形式上使东三省仍成为北京政府的管辖区，而废督的省区又增加了三个，岂不是使黎面子好看得多，可是由于不能打通吴佩孚这一关，所以这一道命令没有发出。
  吴佩孚对于废督裁兵问题，主张在全国范围内建立几个军区，实际上“军区长”就是“巡阅使”，黎早在鱼电中表示反对，未便接受。由于全面废督问题有困难，黎又打算下一道先行裁兵的命令。正在这个时候，曹锟打来一个电报，认为督可废，而兵不可裁。理由是北伐军深入江西，奉军仍图再举，各省土匪横行，裁兵必须推迟进行。曹锟这通电报到了北京，裁兵命令便留中不发了。
  因此黎元洪的废督裁兵，变成了督不能废，兵不能裁，吴佩孚又不肯就任陆军总长，使黎的第一炮完全放不响。黎为了下台，遂在国务会议上建议设立全国裁兵委员会，以北洋派王士珍为委员长，南方的李烈钧为副委员长。这个建议也无法实现，因为王、李两人都不肯就职。其实，即使他们就了职，也无法贯彻裁兵的任务。
  后来，黎终于想出了一个好主意，对于兼任省长的督军，裁去督军，存留省长，就用省长名义办理一省的军务善后，对于不兼省长的督军，改派为督理军务善后事宜。
  黎打电报给山西督军阎锡山，劝他辞去督军名义专任山西省长。又召见新疆驻京代表，叫他劝杨增新辞去新疆督军。
  又打算派冯玉祥为苏豫皖剿匪总司令而将河南督军一职裁撤。
  山西的阎锡山和新疆的杨增新都不理睬黎元洪的主张，根本就不答复黎。同时江苏的齐燮元则反对黎把江苏划入苏豫皖剿匪区域，因此黎的这三个打算也都无法实现。从6月18日到7月24日，黎下令任命高凌霨为直隶省长，张绍曾为陕西省长，张其锽为广西省长，王永江为奉天省长，汤芗铭为湖北省长，王瑚为山东省长，韩国钧为江苏省长，原任直隶省长曹锐是曹锟的兄弟，高凌霨怎敢取而代之，黎乃改派王承斌。后来除了王承斌和韩国钧外，其他五位黎任命的省长都没有到任。
  黎元洪的废督工作由于受制于军人，因此根本行不通，彻底破产。而曹锟和吴佩孚还和他开玩笑，一再来电保荐蔡成勋继任江西督军。黎既不敢拒绝，又不愿接受。因为江西虽因情势改变面废督，可是究竟还是第一个废督的省份，所以他只好用参陆办公处的名义，派蔡成勋“督理江西军务善后”。这和卢永祥改称军务善后督“办”只有一字之差。
  裁兵问题也一样破产，曹吴电保靳云鹗升任第十四师师长（旅扩充为师），周荫人升任第十二师师长（这一师本是陈光远兼师长，陈已下台）。黎对于曹、吴这个电报违反裁兵原则，不好答复，改由陆军部批准备案。
  一九四、“黎”菩萨自身难保
  民国11年6月15日，重作冯妇的黎元洪颁布了全国停战命令，企图首先在江西停止南北两军的战争。可是“援赣军总司令”蔡成勋拒绝黎所派的欧阳武进行调解工作，并拒绝黎所任命的江西省长谢远涵到任，使黎的威信受到打击。为了适应各省自治潮流，实现军民分治，黎分别任命了七个省长，其中五个省长受到军阀的拒绝而不能到任。
  黎所派的湖北省长汤芗铭，早在民国4年就做过湖南督军，当时曹锟还只是第三师师长，驻防岳州，吴佩孚则在曹下面担任副官长，曹曾派吴到长沙去和汤芗铭有所接洽，汤对吴极为赏识，向曹要求要留用吴，因此使曹对吴刮目相看，所以汤可以说是最早识拔吴的，也可以说汤对吴是有旧恩的，如今曹、吴得势，汤因和黎同乡的关系受到黎元洪的提拔才得到湖北省长一职，黎叫汤到保定和洛阳去见曹、吴，联络一下，不料汤到保定后，见到了曹，曹的态度非常冷淡，推说湖北不是他的管辖区，叫他先去问吴佩孚。汤到了洛阳，吴竟拒而不见。同时曹、吴都有电报给黎，推荐萧耀南兼任湖北省长。黎看到这个电报不禁忿然说：“湖北是我的家乡，别的地方我可以不管，我的家乡，我一定要管！”便叫汤芗铭直接去湖北接事。
  7月29日汤到汉口时，萧耀南指使“拒汤派”横卧在京汉路的轨道上，阻止汤所搭的火车通行，汤只好在刘家庙下车，改乘军舰在汉口特区登陆，可是江岸上不少的“迎汤派”，竟被军警横施殴辱，受重伤者有四五十人。
  萧耀南派副官邹海清到军舰上见汤，劝汤不要登陆，以免引起骚乱。汤不听劝阻，登陆后亲自渡江到武昌去见萧，萧竟拒而不见 ，却在军署内召集一些不三不四的人举行所谓湖北各公团联席会议，当场推举萧自己兼任省长，而萧也就马上宣布就职。
  汤搞得很惨，把这些情况报告了黎，请求辞职，黎回答说：“这不是你干不干省长的问题，而是我干不干总统的问题。”
  萧耀南是吴佩孚所提拔的，因此黎元洪希望这位捧他复任总统的吴大帅能出面替他撑腰。可是吴却不声不响，装着没有这回事一样。
  黎元洪现在的日子并不比刚下台的徐世昌好过，总统一点权也没有，随时要看军阀们的嘴脸，随时要碰军阀们的钉子，这总统实在不如一个有实际权力的县长。
  黎元洪上台前所高唱的废督裁兵问题，在他上台后受到各方冷落。曹锟借口全国战事还未停止，督可废而兵不可裁，又一再电催任命蔡成勋为江西督军，说明他的真意在兵不可裁，而督亦不可废。吴佩孚虽然口称拥护裁兵，可是却在直、鲁、豫三省大招新兵，补充第三师的缺额。7月4日吴在致蔡元培的电报中露骨地说：“裁兵废督，须俟统一完成，通盘筹划，此时贸言裁废，适以增乱。”
  七八月间，黎先后下令把许多在职督军、师长加冠了“将军”的头衔，这是他想的新办法，为督军们下台后保留将军尊号预留地步。其实这并不是一个新办法，因为袁世凯早就采用了。袁就是用这个方法废督，可是就没有行得通。袁都行不通，黎又如何行得通。
  北京依然还是一个老问题——财政问题。北京老早就面临财政破产的绝境。黎任命英美派外交家顾维钧为财政讨论委员会委员长，目的在于取得西方国家的大借款。奉直战后，英、美、法三国公使会议，决定在财政上援助北京政府进行统一。日本为了要消除它曾经援助奉系的嫌疑，所以也同意参加。可是日本和西方国家在对华问题上的矛盾没有消除，所以日本内阁讨论“参加”与否问题时，认为时机未至，主张推迟进行。
  北京政府由于借债迟迟未成，军饷不能按时发放，于是全国各地到处发生兵变。光是七八两个月之间，保定、卫辉、热河等地就传来一片兵变之声，北京也被波及，特别是江西发生了多次的兵变，引起外交团一再提出严重的抗议。