学潮和政潮，激怒了北京真正的主人段祺瑞。他发动潜力，压迫北京政府撤换了镇压学生运动态度缓和的步军统领李长泰，而代之以号称“屠夫”的王怀庆。段党本拟改组京畿警备总司令部为京师卫戍总督署，扩大其职权，节制北京军警，施行长期戒严，但因外交团方面颇不谓然而作罢。
  其实，北京早就一直是在军事控制下，报纸和邮电都受到严格检查，学生行动受到严密的监视，北京学联的电报发不出去，只得派人送到天津拍发。
  5月24日北京《益世报》被查封，《晨报》、《国民公报》被监视，《国民公报》新闻版面开了两个“天窗”。上海各报驻北京的记者发给上海有关时局的专电也被检查员删改和扣压，因此上海各报所登北京消息就支离破碎，语意不全。北京学生所办的《五月七日》刊被封禁，编者被逮捕，承印的文益印刷局被勒令停止。25日北大举行商学恳亲会，突然跑进军警200余人，强迫他们解散，并捕去学生六人。所以这时的北京，虽没有实行戒严，但实际情况和戒严没有什么分别。
  由于军警和马队经常在北京街上巡逻，学生演讲队遂时时遭到阻止，所携旗帜和传单也被夺去，因此演讲队的学生们遂化装成国货贩卖员，三三两两地秘密出发，在军警不注意的地方进行反日宣传。
  5月25日北京政府下令禁止人民集会游行和散发传单：
  “近日京师及外省各处，辄有集众游行演说，散布传单情事。始因青岛问题，发为激切言论，继则群言泛滥，多轶范围，而不逞之徒，复借端构煽，淆惑人心，于地方治安，关系至钜。值此时局艰屯，国家为重，政府责任所在，对内则应悉心保卫，以期维持公共安宁；对外尤宜先事预防，不使发生纷扰。着责成京外该管文武长官，剀切晓谕，严密稽察。如再有前项情事，务当悉力制止。其不服制止者，应即依法逮办，以遏乱萌。京师为首善之区，尤应注意，前已令饬该管长官等认真防弭，着即恪遵办理。倘奉行不力，或有疏虞，职责攸归，不能曲为宽假也。此令！”
  学潮继续扩大，遍及全国，各省当局都为学生这样闹法而深感不安，浙江当局异想天开地叫各校于5月28日提前放假，至于开学日期则由各校校长斟酌情势自行规定。北京政府也仿效浙江办法，可是被学生们拒绝。
  由于全国性的抵制日货运动，使日本深受打击，日本驻华公使遂于5月22日提出严重抗议，日本政府且派军舰多艘，集中秦皇岛和福州海面示威。北京政府倍感左右受逼，为了敷衍日本，遂再度下令各省取缔排斥日货运动，内称：“中日邦交素敦睦谊，各地方对日商不得歧视，倘有甘为扰乱者，自应严惩以笃邦交。”然而北京政府的命令，只收到相反的结果。
  为了避免引起日本有所借口，25日北京学联发出通告，学生进行演讲，不应仇视日本人，对日本人的生命财产，必须加意保护，即使有日本人前来挑衅，也只好退让，尤其防备日本人伪装故意纵火，阴谋嫁祸，作为侵略中国的借口。
  5月下旬，段祺瑞公然通电主张签字巴黎和约。6月1日北京政府正式下令宣示青岛问题，并为曹章陆三个亲日派辩护。令云：
  “国步艰难，外交至重，一切国际待遇，当悉准于公法。京外各处，散布传单，集众演说，前经明令申禁，此等举动，悉由青岛问题而起，而群情激切，乃有嫉视日人，抵制日货之宣言，外损邦交，内隳威信，殊堪慨喟。抑知青岛问题，固肇始于前清光绪年间，德国借口曹州教案，始而强力占据，继乃订约租借。欧战开始，英日军队，攻占青岛，其时我国，尚未加入战团，犹赖多方磋议，得以缩小战区，声明还付。迨民国四年，发生中日交涉，我政府悉力坚持，至最后通谍，始与订立新约，于是有交还胶澳之换文。至济顺高徐借款合同，与青岛交涉，截然两事，该合同规定线路，得以协议变更，又有撤退日军，撤废民政署之互换条件，其非认许继续德国权利，显然可见。曹汝霖迭任外交财政，陆宗舆、章宗祥等，先后任驻日公使，各能尽维持补救之力，案牍具在，无难复按。在国人不明真相，致滋误会，无足深责。惟值人心浮动，不逞之徒，易于煽惑，自应剀切宣示，俾释群疑。凡我国人，须知外交繁重，责在当局，政府于此中利害，熟思审处，视国人为尤切，在国人惟当持以镇静，勿事惊疑。倘举动稍涉矜张，转恐贻患国家，适乖本旨，所有关于保卫治安事项，京外各该长官，自应遵照迭次明令，切实办理，仍着随时晓导，咸使周知！此令。”
  一五二、曹、章、陆免职
  北京政府除了维护曹、章、陆三个亲日派而外，更进一步下令全国学校即日复课，令云：
  “国家设置学校，慎定学程，固将造就人才，储为异日之用。在校各生，惟当以殚精学业，为唯一之天职，内政外交，各有专责，越俎而代，则必治丝而益棼。譬一家然，使在塾子弟，咸操家政，未有能理者也。前者北京大学等校学生聚众游行，酿成纵火伤人之举，政府以青年学子，激于意气，多方启导，冀其感悟，直至举动逾轨，构成非法行为，不能不听诸法律之裁制，而政府咎其暴行，悯其蒙昧，固犹是爱惜诸生意也。在诸生日言青岛问题，多所误会，业经另令详切宣示，俾释群疑。诸生为爱国计，当求其有利国家者，若徒公开演说，嫉视外人，既损邻交，何裨国计？况值邦家多难，群情纷扰，甚有挟过激之见，为骇俗之资，虽凌蔑法纪，破坏国家而不恤，潮流所激，必至举国骚然，无所托命，神州奥区，坐召陆沉。以爱国始，以祸国终，彼时蒿目颠危，虽追悔始谋之不臧，嗟何及矣！诸生奔走负笈，亦为求学计耳，一时血气之偏，至以罢课为要挟之具。抑知学业良窳，为毕生事业所基，虚废居诸，适成自误。况在校各生，类多勤勉向学，以少数学生之憧扰，致使失时废业，其痛心嫉首，又将何如？国家为储才计，务在范围曲成，用宏作育，兹以大义，正告诸生。于学校则当守规程，于国家则当循法律。学校规程之设，未尝因人而异，国家法律之设，亦惟依罪科罚，不容枉法徇人。政府虽重爱诸生，何能偭弃法规，以相容隐？诸生劬业有年，不乏洞明律学之士，诚为权衡事宜，内返良知，其将何以自解？在京着责成教育部，在外责成省长暨教育厅，督饬各校职员，约束诸生，即日一律上课，毋得借端旷废，致荒本业，其联合会、义勇队等项名目，尤应切实查禁。纠众滋事，扰及公安者，仍依前令办理。政府于诸生期许之重，凡兹再三申谕，固期有所鉴戒，勉为成材。其各砥砺濯磨，毋负谆谆诰诫之急！此令。”
  学生们不但未被这道命令吓倒，反而更加坚定。北京学生决定从6月3日起发动一波一波的演讲队，在通衢大街上，堂堂皇皇地举行演讲。准备让军警来逮捕。如果第一天的演讲学生全数被捕，则第二天用加倍的学生去街头演讲，如果第二天亦全数被捕，则第三天更加一倍。
  北京中等以上的学生有25000人，他们一致决定支持这个行动，大家效法田横五百义士，众志成城，紧紧地团结在一块。
  6月3日北京学生按照预定计划，分作50余组出发演讲。这使军警当局大出意外。段芝贵急忙宣布戒严，派马队协同军警分途驱散演讲学生，并捕去学生178人。警察厅的看守所收容不下，只得解往北大法科看守。被捕学生不给饮食，不许亲友探视。军警当局并且派出大批武装军警占领北大，设帐宿营，并在周围地区架设大炮，禁止行人通过。
  学生按照计划，于6月4日用加倍的人数继续街头演讲，军警也不示弱，继续大规模逮捕，当天被捕的，约有700余人，北大法科也无法容纳了，临时又借用北大理科作为临时监狱的扩充部分。
  学生们不仅不逃避被捕，其他未被捕的反而自动前往法科的临时监狱，要求入狱。军警们以为他们来劫狱，当然阻止他们入内，遂在门外发生打斗，结果有三名学生被打伤。
  北京基督教教友目睹学生的英勇行为，因此自动停止了宗教宣传，参加学生行列作爱国宣传。中国有史以来，女学生没有在街头游行宣传的，现在女学生也参加了。
  6月5日，五千多位学生，背着包袱出发，沿途市民热烈致敬，无数的市民受了感召，自动参加游行行列。结果，学生们也不在街头演讲了，他们唱着歌，呼口号直奔北大法科。这时看守法科的军警也不敢对他们采取行动，而关在法科内的学生们则纷纷爬到窗子上眺望，于是法科内外呼应，声震街市，此起彼伏，军警们相顾失色。
  在这最紧张动人的时候，政府突然下令撤走北大的军警，无条件把被拘的学生释放，军警们奉到命令，如临大赦，立刻撤退。可是被关在北大的学生们不但拒绝出狱，反而自动组织门警代替撤走的军警，自己把自己拘禁。一些学生捉到了七名行动蹒跚的警察，夺取了他们的两具篷帐，他们把这些东西作为政府摧残教育，蹂躏人权的证据。他们派人到警察厅索取食粮，警察只得乖乖地送去一批食物接济他们。
  6月5日这天，学生总算扬眉吐气了，他们公然站在警察厅门前或者军警密集的地方大声进行演讲，军警们呆若木鸡，不敢干涉。
  这一天北京政府派傅岳蔡为教育部次长，以代替辞职引退的袁希涛。傅次长奉命于危难之际，他陪着笑脸向学生保证，今后教育部将负责处理学潮问题，军警不会再过问了。