可是凶横的日本警察追踪而至，闯进了青年会，强迫学生立即解散。
  事后查明，两组学生共被日警捕去了36人。当由青年会干事马伯援召开一次临时善后会，筹议办法，同时向中国驻日代理公使庄景珂及留学生监督江庸交涉，请他们立即和日本政府交涉，释放被捕学生。庄、江两人竟置之不理，学生们气上加气，幸而马伯援愿意奔走，亲赴日警署探问，查出被捕学生在麴町区警署的有23人，在日比谷警署的有11个人，在町警署的有两人。经马氏的奔走，5月8日在麴町区警署的23名被捕学生被释，至于在日比谷警署的被拘学生，因日本报纸登载有胡俊同学用刀砍伤日警，不应释放，而胡俊在日比谷警署中，应移东京监狱治罪，所以一再拖延到5月14日才全部释放。
  东京事件震动了国际，对国内的爱国运动尤其是一种鼓励，请想一想爱国运动就是反日运动，而反日行动由留日学生在日本发动，如此壮烈，实在令人感动万分，所以这一事件更坚定了全国的反日爱国运动。
  上海总商会且发动不买日货运动，广州则组织国民外交后援会。
  北京政府的处境真是焦头烂额，巴黎和会无力应付。日本对山东问题毫无放手的可能，由此而引起的学潮遍及全国，加上南北问题，上海的和谈陷于僵局。就是在北京，皖系和安福系虽然二而一，一而二，但徐世昌和旧交通系联成一气，外而拉拢直系甚至南方。这一切的一切，都显示当时的中国是个四分五裂，困难重重的局面。
  北京的学潮，在段祺瑞来说是非常震怒的，他指使安福系分子，大理院院长姚震提出，必须查明为首滋事学生，依法予以制裁。同时授意安福系阁员，必须整顿学风，首先撤换北大校长蔡元培。其实蔡早已提出辞职，但教育总长傅增湘已予拒绝，现在段要政府免蔡的职，傅自然也反对。他气愤地说，如果政府一定要这么做，他就以不副署免职命令来对付。傅增湘是四川江安县人，是个书香世家，他在北京政府中比较超然，段对他本来很器重，由于处理学潮案使他和安福系中间极不愉快，他也有挂冠求去的意思，而安福系也酝酿罢免傅同时改组各大专校，派安福系的人去担任各大专校校长，以加强对学生的控制。5月9日蔡再度留下辞呈出走。北大学生议决“停课待罪”，以表示坚决挽留校长，北京各大专学校校长继蔡元培之后全体辞职，以示态度一致。
  段祺瑞愤怒地指责钱内阁无能，应付学潮太过软弱无力，傅增湘包庇学阀，所谓学阀就是蔡元培。他的指责开始了安福国会的倒阁运动。
  钱能训虽然近乎无能，但局面复杂又微妙到这种地步，他也实在无能为力，他去见徐世昌请示行止，徐要他去找段。5月9日钱能训去见段祺瑞，表示愿意下台，请段推荐继任人选，段内心很想让安福系领袖王揖唐出而组阁，不过却不好意思正式提出。
  这时北京政府完全是真空状态，因为外交总长陆徵祥在巴黎，交通总长曹汝霖被学生示威吓破了胆，躲在东交民巷和币制局总裁陆宗舆在一起，傅增湘也准备辞职，代理外交总长陈箓不敢到部办公，5月9日各国公使到外交部探询中国局势时竟无人接见。
  学潮蔓延成全国性，学潮又和政潮混合在一起，使得政治危机愈益增加。
  9日北京中等以上学生成立了学联，不久天津、上海、武汉以及全国的主要城市也都成立了学联，并在上海成立了全国学联会。全国的工商界人士则发起抵制日货，组织救国储金。上海还成立不计其数的“救国十人团”，随后集中成立了“中华救国十人团联合会”。北京学生们则组织若干演讲队，以宣传讲演进行反日救国运动。
  5月13日就是上海和会破裂的一天，徐世昌无心处理学潮，岌岌惶惶地通电北方各省军阀，历述时局危殆情形，请大家表示点意见。他本希望大家能共体时艰，相忍相让，支持他达成和谈顺利的愿望。不料段祺瑞竟提出坚决拒绝南方代表的八项条件，撤回北方代表，终止和平谈判。14日徐邀请段与全体阁员，安福会的两院议长在总统府举行紧急会议，讨论外交、和会与学潮等问题。这些问题在徐世昌和段祺瑞两巨头间距离极大。于是徐世昌施出他的一贯老作法，两面光、两面圆的办法。关于学潮问题，当天发表命令挽留蔡元培校长以安学生之心。也挽留曹汝霖、陆宗舆、章宗祥以安段的心。同时下令诰诫学生不得纠众滋事，如果不服弹压，即当“查明斥革，依法逮惩”。对于上海和会，决定拒绝南方的八条件，不过也不撤回北方代表。
  段系对于徐世昌这种做法大为不满，因此对徐大施压力。于是第二天，15日北京政府批准了出席上海和会的北方代表辞职，并罢免傅增湘的教育总长，而由教育次长袁希涛代理部务。同时对于上海和谈破裂，发表一道命令：
  “国步多艰，民生为重，和平统一，实今日救国之要图。本大总统就任以来，屡经殚心商洽，始有上海会议之举。其间群言哓杂，而政府持以毅力，喻以肫诚，所期早日观成，稍慰海内喁喁之望。近据总代表朱启钤等电称：‘唐绍仪等于十日提出条件八项，经正式会议，据理否认。唐绍仪等即声明辞职，启钤力陈国家危迫情形，敦劝其从容协商，未能容纳，会议已成停顿，无从应付进行，实负委任，谨引咎辞职’等语。所提条件，外则牵涉邦交，内则动摇国本，法理既多抵触，事实徒益纠纷，显失国人想望统一之同情，殊非彼此促进和平之本旨。除由政府剀切电商，撤回条议，续开会议外，因思沪议成立之初，几经挫折，哓音喑口，前事未忘，既由艰难擘画而来，各有黾勉维持之责。在彼务为一偏之论，罔恤世棼，而政府毅力肫诚，始终如一，断不欲和平曙光，由兹中绝，尤不使兵争惨黩，再见国中。用以至诚恻怛之意，昭示于我国人，须知均属中华，本无畛域，艰危夙共，休戚与同。苟一日未底和平，则政治无法推行，人民益滋耗斁。甚至横流不息，坐召沦胥，责有攸归，悔将奚及？所望周行群彦，戮力同心，振导和平，促成统一。若一方所持成见，终戾事情，则舆论自有至公，非当局不能容纳。若彼此同以国家为重，凡筹虑所及，务期于法理有合，事实可行，则政府自必一秉夙诚，力图斡济，来轸方遒，泯棼何极！凡我国人，其共喻斯旨，勉策厥成焉！此令。”
  由于同情学生运动的教育总长傅增湘被罢免，改由次长袁希涛代理部务，北京学生遂再启学潮，5月19日，北京学联宣布中等以上学校全体罢课以示抗议。同时发表罢课宣言，列举三个失望和六项愿望。三个失望是：（一）上海和谈破裂后，北京政府准备签字巴黎和约；（二）北京政府竟罢免傅增湘而挽留曹、章、陆；（三）采用武力镇压学生运动，而对留日学生被殴被捕置之不理。六项愿望是：（一）拒签和约；（二）惩办卖国贼；（三）恢复上海和谈；（四）挽留傅增湘、蔡元培；（五）撤除对学生的警戒；（六）对日本政府提出抗议，要求释放中国留学生，惩办行凶的日警。
  罢课之外，同时决定利用罢课期间采取积极行动：（一）组织学生救鲁义勇队，采取自愿原则报名参加，然后集中施行军事训练，以备援救山东；（二）推行各校平民教育演讲团；（三）各校分组十人团维持秩序；（四）各校学生抽出一定时间研究经济问题。
  罢课的浪潮蔓延到上海，5月26日，上海中等以上学校响应罢课。随后杭州、太原等地学生也都卷入罢课高潮。于是上海码头工人首先拒绝装卸日货，上海各报拒登日商广告，先施、永安等大百货公司拒售日货。
  北京政府感到事态严重，于是国务院就巴黎和会问题分电各省：
  “（前略）……嗣因日人一再抗议，协商方面，极力调停，先决议由五国暂收，又改为由日本以完全主权，归还中国，但得继续一部分之经济权，及特别居留地。政府以本旨未达，正在踌躇审议，近得陆使来电谓：‘美国以日人抗争，英深瞻顾，恐和会因之破裂，劝我审察，交还中国一语，亦未能加入条文’但和约正文，陆使亦未阅及，尚俟续电，此事国人甚为注重，既未达最初目的，乃并无交还中国之规定，吾国断难承认。但若竟不签字，则于协商及国际联盟，种种关系，亦不无影响，故签字与否，颇难决定。本日召集两院议员，开谈话会，佥以权衡利害，断难签字为辞。……讨论结果，众论一致，现拟以此问题，正式提交国会，一面电嘱陆使暂缓签字。……国人亦当共体斯意，勿再借口外交，有所激动。……”
  日本政府也感到中国反日民气的激昂，乃由外务省通知中国驻日代理公使庄景珂，就日本对山东问题的立场加以说明，希图用这番伪装的和善来缓和反日空气，这个文件略云：
  “观日本与中国之关系，中国官民中，往往对于日本之真意，深怀疑虑，且有误信日本此次于交还胶州湾德国租借地于中国之既定方针，将有变更之图。余闻之甚出意外，且深为遗憾。近如牧野男爵，为关于山东问题，说明日本之地位，曾发表其声明于新闻纸上。余于此确认此项之声明，即日本于所口约者，严正确守山东青岛连同中国主权，均须交还中国。而中日两国，为增进相互利益所缔结之一切协定，亦当然诚实遵行。其中国因参战结果，由联合国商得之团匪赔偿金之停付，关税切实值百抽五之加增，……日本对于此等事项，无不欣然维持中国正当之希望……。”