当军务院在肇庆成立时，代理抚军长岑春煊和广西都督陆荣廷都曾电请云南护国军第二军总司令李烈钧取道广西和广东向江西进兵。于是李烈钧便率领张开儒、方声涛两个梯团，于5月12日开到肇庆。这时袁世凯还未死，龙济光当然内心里极不愿意出兵北伐，又拒绝滇军通过广州，他所持的理由是害怕引起误会，主客两军自相冲突。陆荣廷也害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协，和龙商定滇军假道广东的路线，由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，避免经过广州。但是6月7日张开儒梯团到达韶关时，袁已去世，龙借此理由，电令韶关镇守使朱福全闭门不纳，迫使滇军露宿城外，龙军又在城上架炮轰击，因此爆发了北江战争。
  6月9日龙不和军务院联络便擅自宣告取消独立，龙这一着是想摆脱军务院的干涉，因为他内心一直认为自己是北洋系，所以心甘情愿倒向北京政府，他认为北洋军系是全国最强大的军事力量，依赖北洋系作靠山，他就不怕滇军和桂军，他认为必须要把滇军和桂军驱逐出广东，他才能在广东安枕，所以他在取消独立的同时，秘密电请段内阁要求段三路出兵“援粤”，除由海道运输北洋军来粤外，并令江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东，帮他夹击滇军，先击败滇军再驱逐桂军。龙济光的愿望是不让滇、桂军假道广东北伐，这和段祺瑞的内心打算相同，段当然不愿见西南护国军扩大力量，所以在龙济光取消独立后，北京政府发表命令对龙的行动大加赞扬，认为他“具有世界之眼光”。6月21日，北京政府又派龙济光兼任广东巡按使。段内阁的三路援粤计划也在加紧部署中。
  当军务院还未撤销前，龙济光就故态复萌了，他指使驻在龙州的嫡系部队济军以敌对态度对付护国军，用坚壁清野的方法对待李烈钧所率假道北伐的滇军，且在城楼上开炮轰击，同时密电请求段祺瑞迅速调派北军三路入粤援助。不料这个电报却被军务院截获，由代理抚军长岑春煊通电揭晓，龙无法抵赖，只好伪造军务院不肯撤销和岑春煊、李烈钧两人密谋攻占广东的往还电以资抵消。
  段祺瑞当然不欢喜护国军继续北进，所以接受了龙的乞援电，并电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南；福建督军李厚基率军开往闽南；并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，伺机消灭滇军，以保全广东为北洋势力范围。李纯已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盘，对于广东就不太感兴趣，所以对段的命令阳奉阴违，只是象征地派兵，其目的是防堵滇军侵入赣、闽。
  李烈钧率领的滇军在韶州遭遇龙济光的济军攻击，全军极为愤慨，乃发动猛烈攻击，于5年6月7日攻入韶州。龙派军增援，7月3日又被滇军在源潭予以痛击，济军大败，桂军莫荣新乘机由西路攻入三水，龙被迫放弃一切，集中兵力困守广州。
  由于广东形势的变化，段内阁乃于7月6日发表全国各省军民长官命令时，借机对广东问题作一大调动，将李烈钧调到北京“另有任用”，以陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光为两广矿务督办，同时又任命陆荣廷暂署湖南督军，陆未到广东前，仍由龙济光暂署广东督军。
  在这个人事命令中，包含了很多阴谋，第一调李烈钧入京是调虎离山，移开了广东北洋派正面的敌人；第二桂军虽然也和龙济光为敌，可是态度不似李烈钧那么顽强，所以发表陆荣廷为广东督军，就可以软化桂军；第三又派陆荣廷署理湖南督军，是阻止陆到广东接任督军，使龙济光可以继续留在广东督军位子上，以待北洋军的来援。这是一石两鸟的妙计，对滇军是调虎离山，桂军是缓兵之计。
  就段来说，对广东问题已是煞费苦心了。
  段祺瑞对广东的安排引起广东人士激烈的反对，以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表，纷纷电请北京政府罢免这个广东人民的公敌龙济光。于是段乃借口“粤事真相不明”，加派刚由湖南逃出来的汤芗铭为广东查办使，并派海军上将萨镇冰为粤闽巡阅使，借海军来向敌对方面镇压。
  汤芗铭和黎元洪、段祺瑞都有相当关系。由于他是湖北人，和黎元洪是同乡，又同为海军学生出身。袁世凯未死前，冯国璋召集南京会议，汤芗铭和冯国璋都是主张袁退位的，冯这样主张，是为了自己想借南方支持登上总统宝座，汤则是自始至终主张由副总统黎元洪继任大总统。因为这个原故，黎内心对汤极有好感。段祺瑞对汤也不坏，虽然袁死前汤和陈宦是最后迫袁致死的“倒戈”人物，可是陈宦早已通款于蔡锷，对袁和北洋系都不忠，而汤则是在重大压力下被迫宣布独立的。段知道汤这个人不会投靠国民党，所以也对汤有好感，加以段这时正要借重汤芗铭的哥哥、进步党领袖汤化龙在国会内相助，所以拉拢汤芗铭，也是拉拢汤化龙。
  黎本想邀汤芗铭赴北京为海军总长，段却派了他为广东查办使。段这个安排是师袁的，袁世凯在癸丑二次革命时，曾派汤为湖南查办使，率领一部分军舰开到洞庭湖，随后即发表他为湖南都督。广东人士深怕段也来这一手，则赶走了一个杀人魔王，又来了一个杀人魔王，因此也坚决反对汤到广东。
  陆荣廷如何呢？他的桂军本是向广东和湖南两方面发展的，他在广东，不像滇军那样和济军尖锐化，他利用滇军和济军为敌，就带领了一部分桂军开进湖南，把湖南控制在他的手里。
  拿湖南和广东相比，湖南地当要冲，内部情况复杂，财源不及广东富饶，两者相较，鱼与熊掌不可得而兼，当然舍湖南而取广东，因此，7月10日陆荣廷不理睬北京命令他暂署湖南督军的命令，由衡州班师回桂，集中主力准备开赴广东。
  段祺瑞在北京听说陆荣廷由湘班师回桂，正准备入粤的消息后，大为不安，这与他的安排恰恰相反，他本是一套假戏，而陆则是认了真要假戏真做。于是他在7月29日以国务院名义秘密发出艳电，征求各省北洋军伐对处理广东问题表示意见。这又是师法袁世凯的，利用北洋军伐，引起他们对南方各省有兴趣。
  段祺瑞就是在处理广东问题时，引起了阁潮，他既然以袁世凯的继承人自居，当然最痛恨李烈钧，认为李是北洋系的死敌，他调李入京是勉强装出客气的样子，李不受调，他就想借机翻脸。他的秘书长徐树铮了解他的私心，乃把未经阁议讨论和通过，催促赣、闽两省出兵“讨伐”李烈钧的通电发出。因此导致内务总长孙洪伊和徐树铮正面冲突。
  这时，在徐州的张勋也于7月31日发出通电痛斥李烈钧，主张赣、闽两省出兵“援粤”，接着倪嗣冲电请北京政府下令“讨伐”李烈钧。北方各省立即随声附和，张怀芝、赵倜、孟恩远、杨善德、阎锡山、冯国璋、王占元、毕桂芳、陈树藩（依发电先后为序）纷纷通电“致讨”，对李烈钧极尽攻击。
  8月11日，北京政府发表处理广东问题的命令说：
  “龙济光未交卸以前，责任守土，自应约束将土，保卫治安。李烈钧统率士卒，责有攸归。着即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令开衅情事，自当严行声讨以肃国纪。”
  这真是一个强词夺理、颠倒是非的命令，把龙济光说成守土有责、维持治安的疆吏；而李烈钧则是抗令开衅、违反国纪的罪魁祸首。事实是怎样呢？李烈钧只是北洋系所深恶痛绝的人，他是反对帝制最烈，而在云南倡义的三巨头之一。至于龙济光却是袁所亲爱的功狗，因效忠“洪宪皇帝”而被封王爵。
  段以为用中央的威信向李烈钧摊牌，他有北洋军阀为后盾，如果李烈钧不听命令，就是反抗政府，背叛国家，他便可以号召全国，鸣鼓而攻。可是时间上不帮助段，这时陆荣廷已迅速带兵到了肇庆，龙济光在滇、桂军双重压力下，乃被迫提出卸职条件：（一）济军2万人（虚报）以上，应编为两师；（二）请拨付军饷和移防经费300万；（三）督办两广矿务，应选择两广扼要地点屯驻济军，在济军驻防区内，其他各军须撤出；（四）督办两广矿务公署应照督军公署的规模，直隶中央，本省长官无权调度。
  李烈钧这时留在广东已无价值，且留下变成众矢之的，所以便于8月17日通电解除职务，在粤境内的滇军由张开儒、方声涛两师长直接统辖。8月22日李烈钧和滇军告别，于27日到肇庆会晤陆荣廷后，取道香港赴上海。
  陆荣廷在肇庆装病。8月25日萨镇冰到了广州，和广东省长朱庆澜调停粤局。龙济光讨到饷款后率兵移驻琼州（海南岛）。陆荣廷则迟至10月才在肇庆就职广东督军。
  一○○、将星殒落，国丧元勋
  黄兴自二次革命失败后，一直在美国，讨袁军兴，他乃从美国赴日本，5年5月9日在横滨登陆。
  袁死后6月13日孙中山电黄，征询对时局意见，电曰：“东京黄克强兄鉴：南军举义，多数揭去袁、复《约法》、召国会为目的。袁死，黎能复《约法》，召国会，当息纷争，事建设，以昭信义，固国本。兄见如何？”
  黄于14日复电曰：
  “中山先生鉴：电敬悉。南方要求恢复《约法》及国会，黎若能诚意实行，以外问题自可迎刃而解。先生来电，主张息纷争，事建设 ，无任感佩！尚望主持，使国人晓然于吾人之无私无偏，尤所切要。”
  黄兴回到了上海不久，民国5年的10月10日突患胃中血管破裂症，吐血数盂晕倒，医生认为他这病是劳瘁过甚所引起的。