7月12日再局部改组，以孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。8月1日改派谷钟秀为农商总长，张国淦转任总统府秘书长。
  7月6日对于各省军政首长的名称加以修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。令张作霖为奉天督军，孟恩远吉林督军，张怀芝山东督军，赵倜河南督军，阎锡山山西督军，冯国璋江苏督军，张勋安徽督军，李纯江西督军，李厚基福建督军，吕公望浙江督军，王占元湖北督军，陈宦湖南督军，陈树藩陕西督军，蔡锷四川督军，陆荣廷广东督军，陈炳焜广西督军，唐继尧云南督军，刘显世贵州督军。令朱家宝为直隶省长，郭宗熙吉林省长，毕桂芳黑龙江省长，田文烈河南省长，沈铭昌山西省长，齐耀琳江苏省长，倪嗣冲安徽省长，戚扬江西省长，范守佑湖北省长，张广建甘肃省长，杨增新新疆省长，朱庆澜广东省长，罗佩金广西省长，任可澄云南省长，戴戡贵州省长，胡瑞霖署福建省长，孙发绪署山东省长，张作霖兼署奉天省长，吕公望兼署浙江省长，陈宦兼署湖南省长，陈树藩兼署陕西省长，蔡锷兼署四川省长。令朱家宝兼署直隶督军，毕桂芳兼署黑龙江督军，张广建兼署甘肃督军，杨增新兼署新疆督军。令湖南督军陈宦迅速赴任，未到任前以陆荣廷暂署，广东督军陆荣廷未到任前以龙济光暂署。令授李烈钧勋二位，陆军中将加上将衔。
  段祺瑞发表的各省军政首长名单，是煞费若心的，一方面要促进南北统一，一方面要巩固北洋势力，求全而不全 ，换汤没有换药。举例言之，袁颁布的将军名义和护国军方面的都督名义同时取消，代之为督军，只是在都督和将军两个衔头中各抽出一个字合创督军的新名词而已；其次是委曲求全方面，这次人事安排，无论帝制与反袁派，在台上或新被逐（如陈宦）者，都给予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上总算尽了最大努力。段的本意想在各省达到军民分治，所以只有少数省份是以督军而兼署省长的，署是临时性质。以省长而兼署督军的，只有四个省。这些省都是以小军阀或者以文人而权充军事长官，这当然是临时性质。至于段在四川、湖南、广东、广西四省的权力分配，简直是播下了战争种子，制造了纷乱的根源。尤其是对湖南，湖南是南北用兵必争之地，较之四川还要重要，因为在北洋军来说，取湖南比取四川容易得多。
  为什么段不维持汤芗铭的湖南督军而改派他为广东查办使呢？原来就在段发表各省督军名单的前两天，湖南出了事，汤芗铭逃之夭夭。湖南独立时，北洋军第六师在湘西，安武军倪毓棻部在岳州，汤直接指挥的，是北洋军一个混成旅，由旅长车震率领，驻扎在长沙附近。这时候，广西军已有一部分到达衡阳和宝庆。陆荣廷以护国军湘、粤、桂联军总司令身份，于6月初由广东开到湖南，进驻衡州。在湖南内部，赵恒惕等已组成了湘军两师，湘西一部分民军也开到长沙附近成立了一个师。这是个剑拔弩张的局面，袁军与护国军无法和平相处，随时可能发生冲突。汤芗铭的处境，和陈宦在成都有点相同，既不能指挥驻扎在湘西、湘北的袁军，又不能指挥湖南的民军和桂、粤的客军。最糟的是湖南人恨透了这个杀人如麻的汤屠户，因此各路民军围攻长沙，以及国民党人要用手枪和炸弹对付汤的风声传遍了长沙城。7月4日深夜汤芗铭在四面楚歌中离开了长沙。
  汤芗铭走后，湘军已成立了三个师，师长是陈复初、赵恒惕、陈忠洵。曾继梧以湘军第一军长暂代湖南都督，龙璋暂代湖南民政长。随后程潜以湖南护国军总司令名义由云南到了湖南，他的部队也改为湘军第四师。汤芗铭的离去，并未减轻湖南的火药味，而7月6日北京政府又发表陈宦为湖南督军兼署省长，陈宦未到任前，派陆荣廷署理督军和省长。这个命令使湖南更加复杂了。
  段祺瑞对陈宦印象恶劣极了，那么段又为什么派陈为湖南督军兼署省长呢？这是由于黎元洪坚决主张必须给陈一个督军职务。当汤芗铭逃离湖南后，段打算迅速派遣一支北洋军进驻湖南，又苦于无兵可调，恰好这时陈宦由四川撤出时 ，手上还有两旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又给陈一个戴罪图功的机会。
  这道命令立刻引起了湖南人民的激烈反对，湖南人赶走了一个北洋军阀，断不容又来一个北洋军阀，因此湖南各界推举年已七旬的刘人熙为湖南都督。为什么推刘呢？因为刘人熙以前做过广西藩台，与桂军陆荣廷颇有渊源，想通过刘的关系取得桂军协助以拒北洋军。
  陆荣廷支持湖南人民这个行动，因为桂军也不希望北洋军大举进驻湖南。北军人湘问题引起了湖南人民和滇军、桂军的反对，其他党派人士如熊希龄、范源濂等则希望调蔡锷回到湖南，国民党人士则希望以甫由美返国的黄兴担任。可是蔡、黄两人均无意于湘督。黄兴推荐谭延闿以自代。谭在各方都有很好的人缘，不过和北洋系的关系不够深。
  这时，穷途末路的陈宦知道自己不适宜于督湘，因此自动表示辞去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北军人湘 ，必会引起战争，段觉得这个用兵时间尚未成熟。因此他于7月16日改派刘人熙为湖南督军，并下令把第六师由湘西调回江西，第七师由四川调往洛阳，第三师也由四川调回岳州。
  段祺瑞本来预定的计划是派第三师师长曹锟继陈宦以后的湖南督军，可是，段自己觉得他在北京的基础尚未稳定，必须靠一个可靠的北洋大将在自己身边，以加强自己的地位，因此选中了曹锟。曹一直给人印象是“老实人”，所以段调曹为直系督军。同时把7月间开回岳州的第三师分批调回北方。
  这并不等于段完全放弃湖南，因为他又安了一个棋子在湖南，他派他的内亲吴光新率领北军第三旅接防岳州。这当然是埋伏吴做为将来湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫为。段内定吴为湘督的消息，立刻传遍了湖南，当然又引起湖南全省激烈的反对，甚至公开宣称为了抗阻北军。不惜一战。
  段这才了解湖南的强硬，于是在8月3日下令改派谭延闿为湖南省长兼署督军。所谓的“署”是暂代的意思，段这命令中，派谭为省长暂代督军，即表示将来还要派一个督军 ，所以段这期间给谭的电报都是称谭为省长。
  谭延闿是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失败后，他承当一切湖南的责任，袁调他和赵恒惕赴京。赵被囚，他亦形同软禁，有这段经过，更使他在湖南受人爱戴。
  湖南人对于湘督一职很敏感，这是因为汤芗铭杀戮太甚所招致，而湖南人甚至西南护国军方面，反对北洋军再入湖南的态度，则尤其坚决，不过北洋军留在岳州已是既成事实，所以当时等于有一个默契，只要北军不越过洞庭湖，似乎双方就能和平共存下去。
  谭延闿8月20日就任湘督。
  北京政府任命各省督军命令颁布后，首先发生了冯国璋和张勋互争地盘的纠纷。冯、张两人都是袁时代的“上将军”，不过冯在北洋派中的资望远在张勋之上。张勋的地盘在安徽，他的总部则在徐州，并将陇海线徐州以东的广大地区据为己有，这些地区是属于江苏的，冯国璋对此久已不能忍受。袁世凯末期，袁正想利用冯、张两人的利害矛盾以便从中操纵，冯鉴于袁的态度，所以只得隐忍，袁死后，督军命令又发表，冯认为再也不能容忍下去了，因此电请张勋移驻安庆以符定制。那知张勋却告诉冯，他除了安徽督军一职外，还兼长江巡阅使，江苏是在长江流域内，长江巡阅使驻防徐州怎能说不符定制。冯接了这个电报，气得一佛出世，二佛升天，竟气得向北京政府辞职。
  冯辞职当然是一种姿态，是敦促北京下令张勋让徐州，然而北京政府这时又哪儿有力量贯彻这种行动，只能委婉地劝张自动让防，张勋根本不理。8月29日，冯再电北京政府，历数辫子军在徐海一带横行不法种种，使人民痛苦不堪，冯身为江苏督军，不能坐视不理，加以张对政府命令置之不理，政府应该处理。于是北京政府再度劝告张勋移驻安庆，那知张勋也来一个辞职手段要胁，他电告北京政府宁可辞去安徽督军，也不会让徐州。冯、张的纠纷只好不了了之了。
  这是很妙的现象，安徽省督军的驻地，不在安徽而在江苏，省长的驻地也不在省会安庆而在蚌埠，安庆只设有督军和省长的驻省办事处。安徽的民政、财政、教育等庶政当然是在省会安庆，于是省政诸事每天要用函电向蚌埠请示处理。安徽省长倪嗣冲，也是一个骄横不法的军阀，他怎么说也不肯离开蚌埠。北京政府虽然一再敦促他把省长公署迁至安庆，他也来个相应不理。
  6月6日袁去世，6月7日陕西陈树藩宣布取消独立，6月8日四川陈宦宣布取消独立，6月9日广东龙济光也宣布取消独立。段祺瑞对这三个取消独立的地方首长采取各别不同的办法，他的目的只是达到北洋派专政和分化护国军力量。
  本来龙济光的独立就很勉强，他是在广西护国军和广东各地民军四面包围下被迫宣布独立的。在宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和谅解。所以他虽然独立了，却仍然和袁有密电往来，请袁飞调北洋军由海道开至广东以解救他的危机，袁死后，他又与继承袁的段祺瑞取得了密切联系。