段离职后，袁又指使肃政厅弹劾徐树铮订购外军火浮报40万元，并于6月26日免去他陆军次长职 ，以田中玉继任。袁段之间由于段的病假，袁的明令给假种种而惹起满天风雨，争传袁段正式决裂，因为所有迹象都显现两人之间有问题，袁越做作，越启人疑窦。8月3日段发表通电辟谣：
  “廿年前大总统在小站练兵时，祺瑞以一武备学生充下级武秩，与大总统素无关系，乃承采及虚声，立委为炮队统带，升任统制，不数年由千总微秩，擢道员、总兵、副都统各职。及大总统东山再起，祺瑞复见任湖广总督、陆军总长各职，以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加。是以感恩知己，数十年如一目，分虽部下，情逾骨肉。近数年来，祺瑞因吐血失眠，吁恳息肩，乃包藏祸心之某国报纸，以挑拨离间之诡计，直欲诬祺瑞为忘恩负义之徒，甚至伪造被人行刺之谣，更属毫无影响，不得不略表心迹以息讹言。”
  中国官场向是谣言越辟越真，段所谓行刺及某国报纸，原来是这样的：陆军部曾发生茶役偷置炸弹案，日本报纸指为是袁欲谋杀段的政治阴谋。
  北洋军人都认定袁、段分家的导火线是袁克定编练“模范团”触发的。自袁小站练兵起，他即积极抓紧军队，不过自他当总统后，已没有更多时间全神贯注于军队，北洋军人多是段的学生和部属 ，下级军官几乎全是段所培植，因此，段在北洋系中的势力便渐渐抬头。加以冯国璋调往南京后，中央全国军事完全由段统率，在北洋系中冯段可说是势均力敌，现在段却超过了冯，冯心中自然很不高兴。因此袁克定主张把兵权拿在自己手中，同时另创一支生力军，冯是从旁极力推动的。
  在大元帅统率办事处未成立时，袁克定便经常和德国的丁克满少校，法国的白礼苏中校讨论军事学和训练新军的问题。为了成立一支更新的新军（20年前袁世凯在小站练兵时，即是为了建立新军；新军经过20年，已变成了旧军了），袁克定向袁建议，在统率办事处下面成立一个模范军，由大元帅兼模范军军长，这个计划和清末宣统年间摄政王载沣集中兵权于皇室中央，组织禁卫军而自为统帅一样。模范军预定先成立两个模范师，中级军官尽量用留学生，下级军官则用军官生和速成生。
  原来北洋军的军官来源，多是天津武备学堂和北洋各军事学堂的毕业生，这些学堂一直是段祺瑞负责。袁克定筹编新军计划中，军官来源改用保定军官学校和陆军速成学校的毕业生。保定军官学校和天津武备学堂一样，都是在清末创立的，袁不愿段多树力量，保定军官学校的校长总是亲袁派，一次他未经和段商量，便派蒋方震为校长，因此保定军官学校的经费种种，多受到陆军部的留难。蒋方震不胜其烦，竟在校长任内自杀，幸被抢救但坚决求去。袁乃改派蒋为总统府军事参议，段这时还兼总统府军事处长，余恚犹在，竟拒发委任状，蒋遂不能到差。
  袁不愿太刺激段和一般北洋旧人，因此把模范军缩小为模范团，模范团的性质与规模都和模范军不同，它好像是一个军官训练班的扩大，派王士珍为模范团筹备处处长 ，直隶于统率办事处。用北方人又是北洋宿将来筹备，是袁避免引起北洋旧人的反感。
  民国3年10月23日正式成立模范团，团址设在西城旃檀寺，袁世凯自兼团长，以曾任赤峰镇守使的陈光远为团副，王士珍、袁克定、张敬尧、陈光远为办事员，团本部设在北海。模范团的成立最使段祺瑞不愉快，最明显的是袁家父子不放心段在北洋军中的坚固力量，因此另立新军以代替北洋军。可是，袁以北洋军为本钱起家，如今天下还未完全底定，即欲取消北洋军，这是袁一生最失策之处。
  因为很明显的，模范军的成立，是袁家班“大圈圈中的小圈圈”。
  模范团成立后，士兵由北洋军各师下级军官中抽调，驻在上海的第四师就被抽调了490人，又由荫昌自保定军官毕业生中抽调直、豫、吉、奉各省籍贯280人为中下士，以北洋军各师中的上级军官为该团下级军官。袁预定模范团分作五期训练 ，每期训练半年，每期可产生四旅的新军军官，暂以训练十师的模范军官为目标。第一期训练成熟后，袁特设“新建陆军督练处”，成立拱卫军步兵四旅，炮兵一团，骑兵一团，机关枪营一营、辎重营一营。模范团的军火都是购自德国的最精良武器弹药。
  第二期以袁克定为团长，陆锦为团副。克定自作聪明，特挑选一批中学以上学生与各师下级军官配合训练，毕业后因程度不够，仅能成立两旅。第一期成立者在后来编为第十一、十二两师，以李奎元、陈光远为师长（袁死后拱卫军名义取消，编入正式陆军内）。第二期成立者后来仅编为第九师一师，以陆锦为师长。
  民国3年10月27日，保定军官学校第一期学生举行毕业典礼，袁世凯派陆军上将、总统府侍从武官长荫昌为代表，前往该校颁发毕业证书，每人颁赠军刀一把，毕业文凭用的是大总统的名义。
  袁每星期必乘马至模范团观操一次，观操时必召集军官训话，各级军官升级时一定要到总统府向袁叩头谢恩，凡是在模范团受训的官兵一定要举行效忠宣誓。誓词共有八条，誓文是：“服从命令 ，尽忠报国，诚意卫民，尊敬长上，不惜性命，言行信实，习勤耐劳，不入党会。誓愿八条，甘心遵守，违反其一，天诛法谴。”民国4年1月13日，第一期全体团员均到关岳庙宣誓，袁特派荫昌监誓，由模范团团副陈光远宣读誓词，每读一句，全体团员则随声朗诵。
  模范团到拱卫军的筹组，是袁父子决心自己掌握军队的重要措施，过去袁只过问北洋军的上级干部，而下级军官则是段所负责部署，段既被冷搁一边，袁父子便进一步控制模范团的下级军官，因此模范团中无论头目升排长，或排长升连长，[奇·书·网-整.理'提.供]均必须谒袁叩头，袁亦必敦敦教诲如何忠于职守，效忠长官，这是袁不仅要拆段的台，并且要切实掌握下级军官的办法。这是不是聪明的办法呢？从前宋太祖杯酒释兵权，是在帝业已成之后，而袁竟不待天下真正一统便仓促行之，这不仅使段寒心，亦让整个北洋各师高级军官都有兔死狐悲的同感。
  袁待部下能抓人心，却不信人，还疑忌人，他的特务工作有所谓三套头：就是派甲（心腹）去监视乙（政敌），另以丙去尾随甲之后以监视甲的行动。袁连对最心腹的两员大将冯国璋和段祺瑞都无时不用心机的。
  袁有一位家庭女教师——宜兴女子周砥（号道如），是天津女师附设女子高小的教师，年近40尚云英未嫁，在袁家甚得人和，袁对周印象甚佳 ，相处颇洽。第二次革命后，袁忽然想到把周道如许配冯国璋，以示笼络。原来冯不久前元配夫人去世，正要续弦，一经说合，冯当然愿意，可是周却要冯迎亲，冯一口答应。民国3年1月，袁派三姨太送周女士南下，到南京时，冯待以最隆重的礼仪，鸣炮21响以示欢迎，下塌交涉署。1月19日冯周联婚，为了实践“亲迎”的诺言，便把女家从交涉署迁到都督府西花园，与都督上房毗连，门首标了“周公馆”字样，新婚佳日，冯穿了上将制服行亲迎礼，花车由碑亭巷绕花牌楼入督府，沿途军警禁止行人，莲舆入府，在大堂停下，鸣炮奏乐，由女傧相四人穿大红吉服陪伴新娘，后有女童二人各执鲜花篮扶新人下舆进府，前导为马队，继为乐队，新娘穿元色绣花外套，大红裙，由江苏省长韩国钧代表袁大总统为证婚人。这场婚礼，在现在看来不算特殊，对是在当时这种婚礼就叫做“文明结婚”。
  袁要蜕变，由总统而皇帝，因为廿一条的关系羁迟了一年。在中日问题发生前，袁把老友又是著名的遗老徐世昌搬出做国务卿，以及种种复古的举动，都不是简单的，有人认为袁搬徐是一种暗示，透露给大家，这是借尸还魂的手法。
  袁的帝制自为，有一行动是很特殊的，他完全不靠他的嫡系北洋军。前面已说过，北洋军人已经暮气沉沉，又恃功而骄，不仅袁克定认为难于驾驭，老袁自己对之也感头痛。因此他开始要削弱北洋军对他个人的重要性，所以他请老友和一群遗老出山，在政治上形成另一力量；派儿子袁克定组织模范团新军，以取代北洋军；有意拉拢蔡锷和重用陈宦，以显示给海内外，不是光用北洋系。所以在他酝酿帝制活动时，也就不让北洋系当他的主角。
  有这么一段故事可以说明袁对北洋系的敷衍：
  正当袁要做皇帝的谣言满天飞时，冯国璋由南京到了北京，他一连谒袁三次，北洋军人都希望袁冯这次会晤，可以使冯获知袁的动向，因为这时袁段之间已经很冷漠，大家搞得很僵，彼此不会讲真话，冯则刚和袁的女教师结婚，可能获知袁的真意。
  冯一连三次谒袁，每次都在袁处共进午餐，有一次午餐谈话中冯提到外间传说大总统要做皇帝的谣言，袁夹了一口菜正慢慢要放到口中，忽然很严肃地把筷子搁下来，菜也掉到桌上，袁说：“华甫，你我是自己人，难道你不明了我的心事？我想谣言不是无所本的，在国民党把持时期，曾经有人说过共和不适国情，我在口头上曾表示退位或者还正清室，我本人则决不愿做皇帝。最近由于新约法中有一条规定总统可以颁爵位，于是外间便附会这是变更国体的一种步骤。