阿尔瓦拉多占领危地马拉高原后，向东挺进萨尔瓦多地区。
  萨尔瓦多地区位于危地马拉的东南部，地形以山地为主，与危地马拉一样也有很多火山，最高的圣安娜火山海拔2380多米，气候与危地马拉南部地区差不多。居住在萨尔瓦多地区的印第安人主要是玛雅人、皮皮尔族人、伦卡人，从事渔猎、农耕，过着原始部落的生活，各部落还经常为了争夺土地发生冲突。
  阿尔瓦拉多率部进入萨尔瓦多地区后，境内的印第安人奋起抵抗，但在遭到西班牙人的打击后，才知道自己的石器根本打不过手持铁器的入侵者，只得暂时屈服。
  西班牙人占领萨尔瓦多地区后，来到了圣萨尔瓦多山下一个皮皮尔族人的苏哥托托村（Sukototo，即今苏奇托托镇（Suchitoto）），他们在这里发现土著人在用一种叫西奎利特（Xiquilite）的植物制作蓝色的染料（属靛蓝系颜料），这种颜料看上去十分靓丽，于是西班牙人将土著人制作的染料掠走，运回西班牙售卖，发现价格竟然比黄金还贵，苏哥托托村就成了西班牙靛蓝染料的生产基地。
  西班牙人占领萨尔瓦多地区后，将这里称为新西班牙总督区（1521年设立）的“库斯卡特兰”。嘉靖四年（1525年），西班牙人在苏哥托托村附近建造了“圣萨尔瓦多城”（San Salvador），作为库斯卡特兰的首府（历史上，萨尔瓦多独立后，1854年发生了强烈地震，圣萨尔瓦多城被毁，萨尔瓦多人在旧城附近重建了圣萨尔多瓦城）。
  嘉靖六年（1527年），西班牙撤销了“库斯卡特兰殖民区”，将萨尔瓦多地区划归危地马拉都督府管辖。
  嘉靖九年（1530年），阿尔瓦拉多被任命为危地马拉都督。同年，西班牙人在圣萨尔瓦多城东115公里的圣米格尔火山附近发现了金矿，于是建造了圣米格尔城（San Miguel）。
  嘉靖十六年（1537年），萨尔瓦多的印第安人因不堪忍受殖民者的残酷压迫，发动了大规模起0义，遭到了西班牙殖民当局的血腥镇0压。
  嘉靖三十六年（1557年），西班牙人在圣萨尔瓦多城西北50公里的地方建圣安娜城（Saint Anna，也称Santa Ana）。
  阿尔瓦拉多征服危地马拉、萨尔瓦多地区时，科尔特斯于嘉靖二年（1523年）一月派部将克里斯托瓦尔·德·奥利德（Cristobal de Olid）走海路远征洪都拉斯。
  洪都拉斯地区位于危地马拉、萨尔瓦多东部，北临加勒比海，南濒太平洋，全境主要以山地为主，山间多谷地，沿海有平原，以热带雨林气候为主，年降水量在3000毫米以上。土著居民以阿查帕斯人为主，他们分属十几个城邦国。
  奥利德受命后，率120名西班牙士兵、250名阿兹特克人，从韦拉克鲁斯离开墨西哥，走海路，到古巴岛的哈瓦那。奥利德出发前，科尔特斯已派他的亲信阿隆索·德·孔特雷拉斯（Alonso de treras）前往哈瓦那购买马匹。奥利德到达哈瓦那后，找到了孔特雷拉斯，孔特雷拉斯已将马匹、给养都准备好了。
  奥利德的手下有5名士兵，他们在随科尔特斯攻下阿兹特克帝国的都城特诺奇提特兰后，由于没有分到掠夺来的黄金，因此十分痛恨科尔特斯。船队到了哈瓦那后，那5个士兵鼓动奥利德背叛科尔特斯。奥利德听了那5个士兵的话后，心动了，就写信给古巴岛总督贝拉斯克斯。
  贝拉斯克斯与科尔特斯原本是连襟，关系十分好。可自科尔特斯娶了小妾玛琳切，且科尔特斯攻下特诺奇提特兰城后开始狂妄了，未经贝拉斯克斯同意就擅自派阿尔瓦拉多远征危地马拉、萨尔瓦多，派奥利德远征洪都拉斯，科尔特斯一下子成了贝拉斯克斯的死对头（实际上，科尔特斯反了贝拉斯克斯）。贝拉斯克斯接到奥利德的信后，立即来到码头，与奥利德达成了协议，贝拉斯克斯同意奥利德以西班牙国王的名义统辖待占领的洪都拉斯地区，并为奥利德提供所需的一切物资。
  奥利德离开哈瓦那后，就与科尔特斯切断了一切联系，来到洪都拉斯的北海岸的一个小海湾，登陆后在海岸边建了个叫“特里温福德拉克鲁斯”（Triomf deCruz）的镇子，任命了镇长。然后，以特里温福德拉克鲁斯为基地，深入内陆，开始进攻附近的印第安人。
  八个月后，科尔特斯才听说奥利德背叛了他，于是派他的亲信弗朗西斯科·德·拉斯·卡萨斯（Francesco de s Casas）去征讨奥利德。卡萨斯率5条舰船来到洪都拉斯北海岸的特里温福德拉克鲁斯镇。此时，奥利德手下的大部分士兵正在内陆与印第安人作战，留守的士兵乘坐舰船去拦截卡萨斯的舰队时，一下子被打死了4人，还有几名士兵受了伤。奥利德见状，向卡萨斯提出讲和。卡萨斯当然不会答应讲和，可心想如强行登陆，必会付出重大伤亡，于是退出海湾，准备另找合适的地方登岸。谁知当晚一阵大风把卡萨斯的舰船吹向了海岸，所有船只都倾覆了，淹死了30多名士兵，其余的人全成了奥利德的俘虏。奥利德囚禁了卡萨斯，在其他俘虏发誓不再反对奥利德后，奥利德释放了他们。奥利德将此事写信告诉了贝拉斯克斯后，率部来到被他们荡平的印第安人村落。奥利德派布里奥内斯（Briones）率一部分人马继续深入内陆进攻印第安人的村落。布里奥内斯是5个鼓动奥利德背叛科尔特斯的人之一，他率部离开村落后，竟然没有去进攻印第安人，而是反叛了奥利德，率部回了墨西哥。消息传来后，留在奥利德身边的士兵人心惶惶。被囚的卡萨斯趁机买通了奥利德手下一个叫吉尔·冈萨雷斯·德·达维拉（Gil Gonzalez Davi）的队长，杀了奥利德。
  随后，卡萨斯率部在洪都拉斯境内一路杀伐，最后来到了一个海湾。他见这个海湾很大，就在岸边建造了特鲁希略镇（Trujillo），海湾自然也就称为“特鲁希略湾”。
  吉尔·冈萨雷斯·德·阿维拉（Gil Gonzalez Dávi）带着他自己的部下回到他以前在北海岸边建造的圣吉尔·德·布埃纳维斯塔镇（San Gil de Buena Vista。今称阿尔迪·布埃纳维斯塔（Aldea Buena Vista）），然后阿维拉动身回墨西哥，准备亲自向科尔特斯报告情况。
  此时，科尔特斯因好久没得到卡萨斯的消息，认为肯定遇到了麻烦，就决定亲征洪都拉斯。这次他带了3000人马，其中很多是阿兹特克人，包括阿兹特克的傀儡皇帝夸乌特莫克。因科尔特斯的远征队人员太多，就准备横穿尤卡坦半岛，前往洪都拉斯。途中，很多阿兹特克人死于饥饿、疾病。在渡过一条河流时，夸乌特莫克就与几个酋长商量，准备杀了科尔特斯，然后返回墨西哥，召集大军进攻留在城内的西班牙人，重建阿兹特克帝国。谁知，有2个阿兹特克酋长竟然向科尔特斯告发了夸乌特莫克的计划。随后，科尔特斯处死了夸乌特莫克和他的堂弟塔巴库（Tabaku）。
  科尔特斯处死了夸乌特莫克后，率部继续横穿尤卡坦半岛，经长途跋涉后，终于穿越了尤卡坦半岛，来到了洪都拉斯北海岸的一个河口。他们在这里遇到了阿维拉手下的来自古巴的士兵。这时，科尔特斯才知道奥利德已被处死，卡萨斯已率部去征服洪都拉斯地区的印第安人部落了，阿维拉已动身回了墨西哥。
  科尔特斯就率部来到了圣吉尔·德·布埃纳维斯塔镇，与阿维拉留在镇内的西班牙士兵回合。科尔特斯见圣吉尔·德·布埃纳维斯塔镇面向大海，毫无遮挡，并不适合于船只进出港口，就下令放弃此镇，去寻找新的合适地方建港。于是，科尔特斯率部水路并进，沿着北海岸向东，同时去寻找卡萨斯。他们来到乌卢阿河（Ulua River）流域时，科尔特斯发现这里有很多印第安人部落，种植着大量玉米，能够给他的部队提供足够的粮食，于是征服了当地的印第安人部落。科尔特斯考虑到乌卢阿河可以通航，就在距河口5公里的地方建造了“卡瓦略斯港”（Carvalhos）（历史上，1869年洪都拉斯将卡瓦略斯港迁至海边，改名“科尔特斯港”（Puerto Cortes），成了洪都拉斯的第一大海港）。
  卡瓦略斯港建成后，科尔特斯令部将贡萨洛·德·桑多瓦尔（Gonzalo de Sandoval）率部走陆路向东挺进，自己走海路向东航行，去寻找卡萨斯。
  桑多瓦尔向东挺进时，凡遇到不愿臣服的印第安人部落，立即展开屠杀，很多印第安人部落酋长不得不宣布向他臣服，并愿意向西班牙人提供食物、女奴。
  科尔特斯沿着北海岸一路东行，发现了卡萨斯建造的特鲁希略港。他登岸后，才知卡萨斯已回了墨西哥。
  待桑多瓦尔到达特鲁希略与科尔特斯汇合后，科尔特斯返回了墨西哥。留在特鲁希略的桑多瓦尔率部杀向了洪都拉斯内陆，征服了一个又一个印第安人部落。占领了危地马拉、萨尔瓦多的阿尔瓦拉多也率部从西边杀入了洪都拉斯境内。洪都拉斯地区就这样沦为了西班牙的殖民地。
  西班牙殖民洪都拉斯后不久，就在特鲁希略附近的河谷中发现了砂金矿。
  嘉靖十五年（1536年），西班牙人在查梅莱孔河（Chamelekon River）谷地发现了砂金矿，于是建造了圣佩德罗苏拉城（San Pedro Su）。
  嘉靖十六年（1537年），洪都拉斯印第安人首领莱姆皮拉领导3万人举行起义，反抗西班牙殖民者统治，起义军与西班牙人进行了近3年的战争，终因武器落后，全军覆没。
  嘉靖十八年（1539年），西班牙人镇0压了莱姆皮拉领导的起义后，将洪都拉斯划归危地马拉都督府管辖。
  嘉靖十九年（1540年），西班牙人在瓜亚佩河（Rio Guayape）河谷发现了金矿，于是建造了科马亚瓜城（ayagua）。
  万历六年（1578年），西班牙人在乔卢特卡河河谷发现了银矿，于是建造了特古西加尔巴城（Tegucigalpa，印第安语意为银山，今洪都拉斯首府）。不久，在特古西加尔巴城东北20公里的地方也发现了银矿，于是建造了圣胡安西托城（San Juancito）（历史上，1821年洪都拉斯独立后，大力开采圣胡安西托银矿，鼎盛时有3000名矿工，1960年闭矿，今在矿区有拉蒂格拉（La Tigra）公园）。
  随着洪都拉斯地区矿业的开采，西班牙人运来了大量黑人矿工。
  此后，英国人频频袭击洪都拉斯北部沿海的西班牙人定居点。崇祯十六年（16si3年），英国人摧毁了特鲁希略港。
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