1999年9月，USJFCOM批准在SOCJFCOM的行动纲领中，增加以下内容：
  随着USJFCOM不断提高美军的全球范围里的联合作战能力，特联司令部也将发挥越来越大的作用，积极、有效、快速提高SOF的联合行动能力。
  “美国南方司令部”和南方特别行动司令部（SOCSOUTH）
  “美国南方司令部”（USSOUTHCOM）的职责区域包括大部分陆地及环绕陆地的拉丁美洲南部墨西哥、加勒比海和墨西哥湾的水域。这一区域包括32个非独立国家和15个独立国家，包括法国、英国、荷兰和美国的地区。除古巴外，这个区域的每个国家都进行民主选举，由民选政府执政。在经济上，这个地区对美国的持久繁荣有着重大的影响。美国所用原油的40%来自加勒比盆地，巴西是世界上第八大经济强国，阿根廷的国内总产值（GDP）与澳大利亚、俄罗斯或印度相当。生活在这个区域的4亿多人口使用7种官方语言：英语、西班牙语、荷兰语、葡萄牙语、法语、盖丘亚语和艾玛拉语，这是一个在地理、地形、繁荣程度、社会稳定及民族特点等方面差别极大的地区。
  南方特别行动司令部（SOCSOUTH）是南方司令部的一个下属机构，负责特种部队的统一行动，除了心理战部队和民间事务部队，它负责管理、调动这个战区的所有特种部队。以罗斯沃特海军港为基地，SOCSOUTH由3支部队组成了它的联合司令部：第7特别行动大队（航空）3中队C小队，海军特别作战队4队，第160特别行动航空大队D小队，它的主要职责是根据特种部队的能力，执行任何形式的任务，服务于USSOUTHCOM的“协作和平行动战略”，协助保持、推进这一地区的和平稳定，而且确保在美国利益受到威胁时，在最快的时间内、以最恰当的方式采取有效行动。为实现这一目的，每个SOCSOUTH要派出200多名特种兵在16个国家执行42余种任务。
  SOCCOUTH在以下几方面服务于SOCSOUTH的战区计划：
  在这个地区，大部分国家的民主十分脆弱，广泛的政治、经济、社会问题破坏着民主的基础，他们面对着多元的、地区性的安全问题。拉丁美洲是一个贫富差别很大的地区，40%的最贫穷人口的收入只占总收入的10%，贫困问题十分严重。快速增长的人口、跨国界犯罪率不断提高、国际毒品交易、犯罪集团、环境污染、非法移民、地雷泛滥以及非法准军事力量等，威胁着包括美国在内的西半球的繁荣与道德精神。这个洲的国家国内犯罪威胁着美国的经济利益以及在国外的美国公民的安全——全世界一半以上的绑架案发生在哥伦比亚。边境的相互连接，暴乱组织的影响不断扩大，非法贩毒组织与暴乱组织相互勾结，这些复杂的因素，使SOF面临着更大的挑战。
  这个地区军事活动的重心已经与传统的军事行动有很大区别，保持均衡的军事力量、联合防御以对抗西半球以外的军事威胁的观念已经不再适用了。现在，地区安全的重点，来自内部的动荡，包括自然灾害及其结果，非国家组织如恐怖主义、犯罪集团和准军事团伙等，威胁着国家的统一和政府的权力。
  为迎接这些挑战，捍卫国家利益，SOCSOUTH采用灵活的手段执行任何形式的任务。作为这个战区惟一的一支快速反应部队，SOCSOUTH经常在紧急需要军事援助时派兵。当“乔治”飓风席卷多米尼加共和国时，最先到达投入救援的是SOF士兵和直升机，“米奇”飓风在洪都拉斯肆虐时，SOCSOUTH立即派兵予以救援，他们到达的第一天，就帮助900人脱离了危险。
  完成救险后，SOF又利用自己的语言交流能力，协助多国在洪都拉斯、危地马拉、厄瓜多尔和尼加拉瓜对难民进行紧急救援。在一次救援中，当时其他的美国部队都因为恶劣的天气状况而被迫返回，最终，海豹部队队员和SOF的直升机在莱卡海岸附近的一只渔船上，救起了一个危在旦夕的渔民。还有一次，在执行低空侦察任务时，一架美国飞机坠毁在哥伦比亚境内的安第斯山中。由于复杂的地形和恶劣的天气，使善后任务面临着极大的困难，特种部队的直升机、SOF队员和特别战术队加入了搜索的任务，最终圆满完成了坠毁现场的善后任务。
  1999年12月，委内瑞拉遭受特大洪水，致使30000人死亡。仅在几小时内，SOCSOUTH即派兵前往灾难现场，派出指挥控制分队组织人道主义援助行动。
  反毒品是南方司令部的一项重要任务，SOF派兵前往毒品的生产和销售区，与东道主国家合作，从陆上、海上、河上切断非法毒品的耕种、制造和运输过程。在侦察与监视任务中，海军特别作战海岸巡逻艇发挥着关键的作用。海豹部队队员和特别巡逻艇队员一直担负着训练任务，帮助东道主国家训练他们的海域和航道巡逻队。同时，陆军和空军SOF也为东道主国家提供训练服务，提高他们的反毒品能力，独自进行反毒品空中行动。
  针对国内的毒品走私行动，哥伦比亚政府一直在努力打击贩毒组织，他们要求美国给予协助，以成立一个能在夜间、各种地形和天气情况下进行行动的反毒品陆军旅。现在，SOCSOUTH正作为USSOUTHCOM的代表，在哥伦比亚实施训练计划。1999年12月，哥伦比亚的第一支反毒品陆军旅正式投入了行动。
  每年，第7特别行动大队（航空队）3中队A小队都要组织召开“反恐战术与技术座谈会”（CTTTS），邀请这一地区的军队代表，就“反恐”的一般性问题，进行交流和探讨。同时，对这一地区内部动乱的国家，SOCSOUTH派兵对美国设在当地的有关部门和美国公民进行保护。
  SOCSOUTH为USSOUTHCOM的训练计划提供技术人员，它负责实施两项JCS训练。在卡比那建有南美国家的联合训练营，主要训练从事维和行动的部队。每年训练营组织一次《加勒比地区安全体系》协约国参加的防御演习。这些训练有效地促进了地区的稳定。同时，SOCSOUTH还参加其他的训练演习行动，如“椭圆回声”、“蓝色优势”、“统一努力”等，不断加强联合行动的能力。
  美国欧洲司令部和欧洲特别行动司令部（SOCEUR）
  美国欧洲司令部（USEUCOM）是第二大地区统一作战指挥机构，它的活动区域包括三大洲、89个国家、面积为一千三百万平方公里，人口超过10亿。在这一广阔的地区里，USEUCOM的职责是促进和平稳定、遏制敌对国家。为实现这一目标，USEUCOM在很大程度上要倚重欧洲特别行动司令部（SOCEUR），特别在一些时间急的非常规军事行动中。
  作为下属司令部，SOCEUR司令部负责特别行动的指挥和控制，负责指挥USEUCOM的民间事务和心理战部队。SOCEUR由驻扎在欧洲的SOF陆军、海军和空军组成，在执行任务时，常规性地由驻地的美军派兵以加强它的军力。SOCEUR的司令员参加欧洲司令部（EUCOM）的首长联席会和特别行动联席会，对涉及有关特别行动的计划，向战区总司令提出战略性的意见和建议。
  SOCEUR的任何行动，服务于USEUCOM的战略计划：促进和平稳定、遏制敌对国家。保持、促进这一地区的和平环境，SOCEUR发挥着重要的作用，它致力于通过行动减少、阻止冲突的发生，它的主要任务有：联合演习训练（JCET）、联合联络计划（JCPT）、非洲冲突主动反应（ACRI）和人道主义排雷行动。
  JCET是与这一地区的盟国之间进行的训练演习行动，确保在各项行动中，SOF优先考虑其盟国的需求。
  JCTP是为前“华沙”国家或前苏维埃国家提供的训练服务，SOF队员为他们所训练的部队树立了绝好的榜样。
  ACRI是有选择地为一些非洲国家提供训练服务，以提高他们解决地区冲突的能力和水平，其中包括人道主义排雷计划，通过为东道主国家训练排雷人员、教育公众认识到地雷的存在及危险性，这一计划每年都拯救数百人的生命。
  在这个地区，人的生活状况与战略环境差别很大，多数情况下，冲突的双边、甚至有时是多边基本上都欢迎美国的介入。在有些地区、特别是非洲次撒哈拉，由于战区小，美国的介入程度最低。SOCEUR以国家为单位制定行动计划，在EUCOM的领导下，将这些国家划分为几个区域，以便于行动的管理和控制。
  西欧/NATO
  在地区稳定方面，西欧将继续起“定海神针”的作用。这一地区稳定与合作的“模板”是北约。SOF担负着训练北约的陆、海、空军特种部队在各种天气与地形，从冰封的挪威海湾到炎热的非洲沙漠进行行动。相互协作能力、指挥与控制、战术交换等确保美国和他的盟国能随时在战区的任何地区进行行动。对新加入北约的国家，美国是率先与他们接触的国家，对他们的特种部队进行评估和训练，组织演习。
  中欧
  国家主义的浪潮正冲击着中欧，而且在某种情况下表现为极端国家主义。