“正义之师行动”结束后，留在巴拿马的特种部队的任务是促进民主自由、控制冲突，行动计划中包含着国家重建的计划，因此许多行动需要民间事务和心理战部队参与，战后的许多任务需要他们来完成。
  伊拉克：沙漠盾牌/沙漠风暴行动（1990～1991）
  1990年8月2日凌晨，伊拉克入侵科威特。伊拉克轻易摧毁了科威特的防线，同时侵犯了沙特阿拉伯的边界。因为沙特阿拉伯边界防线很薄弱，因此美军紧急将空军和地面部队调往阿拉伯半岛，以阻止伊拉克军队继续侵入沙特。美国中央司令部负责这一区域的军事行动，准备派兵以加强沙特的防御力量，它下属的特别行动部队即特别行动中央司令部（SOCCENT），也做好准备进行作战侦察及其他特别行动。
  1990年8月10日，特别行动部队人员进驻沙特阿拉伯的首都利雅得，8月17日，他们移师法赫德国王国际机场。8月10日，特别行动部队下属的海军特别作战特遣队也到达沙特，9月9日，它的第二批人员到达沙特。这期间，于1990年8月17日，特别行动部队下属的空军司令部在法德国王国际机场成立。8月末，第5特别行动大队（航空队）把它的两个中队调到哈义德国王军事基地，3中队仍然驻守在法赫德国王国际机场。陆军第160特别行动航空大队也进驻法赫德国王国际机场。
  在特别行动部队的所有任务中，联合作战（1个以上国家的军队之间协同作战）是最重要的。1990年8月19日，特别行动部队的海军特别行动特遣队与沙特的军队联合，开始在科威特和沙特的边境上进行巡逻，形成一条“绊网”，以防止伊拉克入侵沙特。1990年9月5日，第5特别行动大队替换了海豹部队，他们开始训练参与联合作战的沙特部队。
  在沙漠盾牌/沙漠风暴的行动中，联合作战的次数和种类不断增加，沙特要求特别行动部队派更多的分队，对他们的M-60A3坦克部队、炮兵、装甲兵及其他技术部队进行训练。随着其他部队从美国调到阿拉伯半岛，他们也需要特种部队的帮助，保证他们与友军的顺畅联系。这些不断增加的要求，很快就挤满了第5特别行动大队的任务表。
  特种部队同样对沙特的海军进行训练。一些沙特的海军官兵已经在美国加利福尼亚的科罗纳多完成了基本的水下行动训练，还有一些海军军官在“重要意志行动”期间，在波斯湾也与海豹部队有过合作。通过进行水下作战和指挥能力两方面的训练，沙特建立了3支海陆空三栖部队。其他的海豹队员对沙特常规海军的快速艇队员进行了训练。
  海军特别行动特遣队的另一项任务是重建科威特海军。从伊拉克的攻击下逃出来的只有两艘炮艇、几艘巡逻艇和一艘“沙维哈”号海岸警戒驳船。9月，海军特别行动特遣队开始训练科威特海军，在“沙维哈”号上，他们对35名科威特海军进行了机械、航行技术、武器使用等方面的训练。为了教他们进行海上作战，特地从美国海军常规部队请来了有关专家。从11月开始，“沙维哈”号和海军特别行动特遣队一同进行联合演习、参与有关军事侦察行动。在“沙漠风暴行动”期间，“沙维哈”号是联合部队的一艘“海上平台”，特遣部队的巡逻艇、科威特的巡逻艇以及海豹部队都以它为海上基地。
  直到地面进攻开始的那个傍晚，联合作战训练才结束。负责在东面和南面进攻的阿拉伯军队面临着巨大的军事障碍，他们的前进途中有多个伊拉克人布下的雷区、“燃烧的堑壕”和地面输油管。一个特别行动队和沙特的一个工程营，要在两个雷区之间开辟出一条供部队前进的小路。因为持续一个多月的空中打击，伊拉克人未能用炮火覆盖雷区，所以到1991年2月22日，沙特工程兵和美国特别行动队很容易就开辟出了6条道路。在北面，特别行动队与沙特和埃及部队一起，也为前进的部队在雷区开辟出了道路。2月25日，埃及军队进入了科威特，他们只遇到了零星的抵抗。在第5特别行动大队的支持下，埃及部队是进攻科威特的先头部队。2月26日深夜，埃及部队和他们来自美国特种部队的顾问，一同到达了科威特城外。
  2月28日，随着停火协议生效，特别行动部队的联合作战行动也宣告结束。联合特别作战行动中涉及了特种部队的各个兵种，海豹部队、特别巡逻艇部队以及后援部队，从营到军，特遣队参与了109个部队的行动，包括为部队提供空中援助、通信联系等，经特种部队训练过的当地官兵达3万余名。
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  重建科威特军队和非常规作战
  美国特种部队帮助重建科威特军队，包括常规和非常规部队。特别行动中央司令部司令约瑟。约翰逊上校和科威特陆军参谋长进行了会谈，达成的协议是自9月中旬开始，由第5特别行动团对科威特士兵进行训练。刚开始的任务只是成立一个特别行动营和一个水陆突击旅，但因为训练进行得非常顺利，所以又额外增加了建立4个步兵旅的任务。最后，美国特种部队共训练6357名科威特士兵，这些士兵组建成了科威特所需要的作战部队：一个特别行动营、一个水陆突击旅和“艾哈德”、“艾哈克”、“法塔”以及“巴德”步兵旅。训练内容包括武器、战术、指挥、空中支援、反坦克以及防御核武器、生化武器等。
  为了挑选、训练科威特非常规作战人员，约翰逊上校成立了一个特别计划队。大约在对伊拉克进行空中打击的一个月前，由美国特种兵对17名严格挑选出的科威特军人进行了为期5周的残酷训练。1991年1月16日，对伊拉克进行空中打击的“沙漠风暴行动”开始后，伊拉克封锁了边界，影响了进行军事渗透的选择。因此，除了必需的能力外，训练的主要内容调整为渗透方法。
  从1991年2月14日到20日，海豹队员训练13名科威特军人如何进行海上渗透，以到达科威特城南面的海岸区。1991年2月21日，他们进行了行动演习。第二天，行动正式开始，5名科威特军人被送到预定的地点。海豹潜水员首先侦察了海岸线，之后护送科威特人到达码头。因为无法与友军取得联系，科威特人发信号要求撤回，海豹队员在距海岸约500码外接到了他们。行动失败了，海豹队员和科威特士兵安全返回。战后对这次行动进行了总结，失败的主要原因是没有预计到伊拉克军队在海岸的重兵把守。
  侦察与营救行动（CSAR）
  “沙漠盾牌行动”期间，特别行动部队建立了营救行动（CSAR）程序，计划者希望用CSAR在最短时间内营救被击落飞机的飞行员。只要侦察到降落伞的迹象或是收到落地飞行员的求救，特别行动部队就能决定开始营救任务。在空中打击开始之前，特别行动部队对各种情况下有可能发生的营救都进行了演习。为了支持CSAR行动，特别行动部队在沙特边境特地设立了行动基地。
  1991年1月21日，“沙漠风暴行动”中的第一次CSAR行动成功了。在巴格达西北部，一枚伊拉克导弹击落了一架海军的F-14战斗机，飞行员逃过了伊拉克人的追捕。7点30分，一架MH-53J低空飞行的直升机从基地起飞，前去营救飞行员，因为雾大太，即使低到100英尺的高度，机上人员仍然无法看清地面。经过130英里的飞行距离，飞机进入了伊拉克，但他们无法与地面的飞行员取得联系——他们离他还有50英里！飞机返回基地补充燃料，12点再次出发，这一次飞机到达了飞行员所在的位置。飞机到达时，正值一辆伊拉克的军用卡车向他冲过来，直升机的副驾驶员呼叫两架A-10战斗机给予支援。两架A-10战斗机盘旋而来，几乎是一瞬间，炮火摧毁了伊拉克的卡车，直升机救起了地面的飞行员。
  1月23日，第二次CSAR行动又获得了成功。当时，一架F-16战斗机的飞行员跳伞后落进了海湾。营救行动开始了，一架海军的SH-60B直升机带着两名海豹队员从“尼古拉斯”号上起飞，他们发现落水的飞行员在距科威特海岸60海里的海域。两名海豹队员跳入水中，把营救绳系在飞行员的身上。仅用了35分钟，直升机便成功地返回了“尼古拉斯”号。营救者称这次行动进行得“完美无缺”，他们这样描述落在水里的飞行员：“他很冷，但状态良好。”
  1991年2月17日，在伊拉克南部距离科威特边界36英里的位置，一架F-16战斗机被击落。飞行员轻微受伤，他跳伞降落在伊拉克军队的重重包围之中，但他仍然与营救部队取得了联系。两架160特别行动航空大队的MH-60从拉法哈机场起飞，在沙漠中营救起飞行员，把他直接送到哈义德国王军事基地接受治疗。
  但是，大多数被击落飞机上的成员没有得到营救。原因很多，比如无线电通信设备性能欠佳、难以发现张开的降落伞等等。有时是由于飞行员降落在伊拉克的大军包围之中，营救人员无法接近他们。
  特别侦察（SR）
  在“沙漠盾牌行动”期间，特种部队沿着伊拉克边界进行侦察，及时向地面部队提供情况，给地面进攻部队以有力的支持。