西班牙人占领萨尔瓦多、洪都拉斯地区后，开始了对尼加拉瓜地区的征服。
  尼加拉瓜地区东部为海岸平原，长满着茂密的原始森林；西部为沿岸低地，北中部为山地，多火山。最大的湖泊就是尼加拉瓜湖，该湖的北部还有一个大湖——马那瓜湖（Managua Lake），东西长约60公里，南北宽约25公里，面积约1040平方公里，平均水深20米，湖面海拔39米，湖内多岛屿。尼加拉瓜湖、马那瓜湖周边有很多火山，如蒙巴科（Mombacho）火山、圣地亚哥火山、莫莫通博（Momotombo）火山、塞罗内格罗（Cerro Negro）火山等，有的是死火山，有的是活火山，随时会喷发。尼加拉瓜地区属热带海洋性气候，年平均降水量1500-2500毫米，西部沿岸低地的降水量比东部平原要少得多。居住在尼加拉瓜地区的印第安人主要是乔罗特加诺族（Chano）、尼加拉诺族（Niquirano）、乔恩塔尔族（tal）、莫斯基托族（Mosquito）等。乔罗特加诺族、尼加拉诺族、乔恩塔尔族主要生活在西部沿岸低地和中部山地，莫斯基托族主要生活在东部沿海（故尼加拉瓜的东海岸也称莫斯基托海岸），他们分成许多部落，靠渔猎、采集为生，农耕较少。
  吉尔·冈萨雷斯·德·阿维拉（Gil Gonzalez Davi，也叫冈萨雷斯·达维拉）在成为奥利德的手下时，曾于嘉靖元年（1522年）率100名西班牙人从尼加拉瓜东海岸登陆，他们深入内陆后，发现了一个大湖，因当地的一个酋长叫“尼加拉奥”，他们便把这个大湖称为“尼加拉瓜湖”。冈萨雷斯·达维拉也发现很多土著人披金戴银，心想这个地区一定有很多金矿、银矿。他们对尼加拉瓜湖周边的土著人一番劫掠后，因粮食不足，又遭到土著人的不断袭击，就退出了尼加拉瓜地区，没有在当地留下任何据点。
  嘉靖二年（1523年），巴拿马总督佩德拉里亚斯·达维拉派部将埃尔南德斯·科尔多瓦（注：与发现尤卡坦半岛的弗朗西斯科·埃尔南德斯·德·科尔多瓦不是同一个人）入侵巴拿马以西地区。埃尔南德斯·科尔多瓦率100多名士兵离开巴拿马城，来到了一个大海湾，乘坐帆船沿着巴拿马南海岸向西航行，绕过巴拿马的阿苏埃罗（Azuero）半岛后，继续向西搜索，来到了一个海湾，当地人称“尼科亚”（Nicoya），于是这个海湾称为“尼科亚湾”，海湾西部的半岛称为“尼科亚半岛”。他们在海湾东岸登陆后，征服了当地的一个印第安人部落。当他们想继续向内陆挺进时，遭到了印第安人的激烈抵抗。科尔多瓦见远征队战死了好几个人，就退到海岸边，准备另找地方登陆。于是他让手下一个叫布鲁塞拉斯（ Brusues）的队长带几个士兵留在被他们征服的印第安人部落，自己率部乘坐帆船沿着尼科亚半岛西海岸向北搜索。
  西班牙远征队很快来到了尼加拉瓜西海岸。登陆后，埃尔南德斯·科尔多瓦和部将塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔（Sebastian de Belcazar）一路杀向内陆，首先征服了尼加拉瓜湖、马那瓜湖周边的印第安人部落，然后杀向中部山区。经一年多的征战，埃尔南德斯·科尔多瓦、塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔占领了尼加拉瓜地区，将尼加拉瓜并入巴拿马总督府。
  嘉靖三年（1524年），埃尔南德斯·科尔多瓦为了加强对征服地区的统治，在尼加拉瓜湖西北海岸建造了格拉纳达城（Granada），并在马那瓜湖西北岸莫莫通博（Momotombo）火山脚下建造了莱昂城（Leon）。不久，西班牙人在马那瓜湖西部的特利卡河（Rio Telica）上游河谷、在尼加拉瓜湖东部的米科河（Rio Mico）中游河谷发现了砂金矿，大批的土著人沦为了矿工。随着土著人的大量死亡，西班牙人又运来了黑奴做矿工。
  嘉靖十年（1531年），巴拿马总督佩德拉里亚斯·达维拉去世后，尼加拉瓜地区划归危地马拉都督府，由罗德里戈·德·孔特雷拉斯 (Ro de treras)担任都督 。
  隆庆四年（1570年），尼加拉瓜地区划归危地马拉都督府。
  万历十六年（1588年），英国人击败西班牙的无敌舰队后，频频来到尼加拉瓜东海岸，袭击西班牙人在那一带建立的庄园。海盗也经常出现在尼加拉瓜东海岸，并在东海岸建造了布卢菲尔兹港（Bluefields）。西班牙人在东海岸的庄园主在英国人、海盗的袭击下，纷纷逃离。西班牙人与英国人为了争夺尼加拉瓜地区，进行了多次战斗，但输多赢少，英国人逐渐在尼加拉瓜东海岸占据了优势。
  万历三十七年（1609年），一场大地震摧毁了莱昂城。次年，西班牙人在距马那瓜湖西岸30公里的地方重建了莱昂城。
  崇祯二年（1629年），英国人在距尼加拉瓜东海岸240公里的普罗维登斯岛（Providencia Isnd）登陆，并在岛上建立了殖民点。然后，英国人以普罗维登斯岛为基地，开始逐步在尼加拉瓜东海岸建立殖民点。
  崇祯十四年（16si1年），西班牙人把英国人赶出了普罗维登斯岛，但英国人在尼加拉瓜东海岸还保留了一些庄园、贸易点，他们对当地印第安人的影响力甚至超过了西班牙人（注：历史上正是由于这个原因，尼加拉瓜独立后，在东部有2个自治区）。
  西班牙人在征服巴拿马、尼加拉瓜地区后，开始征服哥斯达黎加地区。
  哥斯达黎加的东部、西部是沿海平原，中部是山地。沿海属热带海洋性气候，中部山地属亚热带气候。居住在哥斯达黎加的印第安人约有40万，主要是布里夫里族（Bribri）、博鲁卡族（Boruca）和瓜图索族（Gatuso），以渔猎、农耕为生。
  弘治十五年（1502年），哥伦布在第四次远航时，曾到过哥斯达黎加东海岸的卡里阿伊（Cariay，即今哥斯达黎加利蒙港（Limon）），并在此停留了18天。他在那里见到土著人都带着黄金首饰，于是把该地区称为哥斯达黎加（ Costa Rica），意为“富饶的海岸”。
  正德八年（1513年），巴尔沃亚率部离开海地岛远征巴拿马时，也到过卡里阿伊，并建立了一个殖民点。
  嘉靖二年（1523年），布鲁塞拉斯受埃尔南德斯·科尔多瓦指派留在尼科亚湾东岸时，不仅建立了殖民点，还对被征服的印第安人村落建立了镇政府。
  科尔多瓦征服尼加拉瓜，赶回巴拿马，向总督佩德拉里亚斯·达维拉报告了情况后，达维拉决定向哥斯达黎加地区增兵，从东、西两个方向征服哥斯达黎加。但达维拉对哥斯达黎加的多次军事征服，都遭到了土著人的激烈抵抗，西班牙人进展缓慢，仅在沿海征服了几个部落。
  嘉靖十三年（1534年），费利佩·古铁雷斯(Felipe Gutierrez)率一支西班牙远征队再次进攻哥斯达黎加。这次他率部在尼科亚半岛登陆，并向内陆挺进，但这次远征因土著人的顽强抵抗、食物缺乏又失败了，费利佩·古铁雷斯不得不率残部退到了沿海。
  此后几年，由于西班牙人征服了秘鲁地区的印加帝国后，在那里发现了大量黄金、白银，很多西班牙士兵跑到了秘鲁去抢夺金银财宝了，因此对哥斯达黎加的军事征服暂停了。
  嘉靖十九年（1540年），巴拿马总督派埃尔南·桑切斯·德·巴达霍斯（Hernan Sanchez de Badajoz）率远征队再次进攻哥斯达黎加。同时，巴拿马总督令驻尼加拉瓜的西班牙军队从西部进攻哥斯达黎加。巴达霍斯率部在哥斯达黎加西海岸登陆后，建造了巴达霍斯城、圣马科斯港（San Marcos），然后向内陆挺进，征服了很多印第安部落后，到达了中部地区。他们在那里遇到了从尼加拉瓜过来的西班牙人。从尼加拉瓜来的西班牙人想把新征服的地方纳入尼加拉瓜地区，于是双方发生了冲突，巴达霍斯竟然被打败了，不得不退回到海岸。西班牙人在征服的地区设立了建造了加西姆诺斯城（Jasymnos）。
  嘉靖二十三年（1544年），哥斯达黎加的土著人不满西班牙人的统治，发动了起0义。西班牙人不得不放弃了巴达霍斯城。为了镇压土著人的抵抗，西班牙从本土派迭戈·古铁雷斯（Diego Gutierrez）率另外一支远征队从东海岸进攻哥斯达黎加。迭戈·古铁雷斯沿着加勒比海沿岸向内陆挺进。土著人实行了坚壁清野，砍掉了果树，带走了所有能吃的东西。当迭戈·古铁雷斯的队伍进入图里亚尔瓦（Turrialba，也称图里亚尔巴）火山的峡谷时，遭到了土著人的伏击，西班牙远征队几乎全军覆灭，连首领迭戈·古铁雷斯也战死了。
  迭戈·古铁雷斯战死后，西班牙人把殖民重点放在盛产黄金、白银的秘鲁、厄瓜多尔地区，直到嘉靖四十年（1561年），西班牙人才再次组织对哥斯达黎加地区的征服。这次带队的是胡安·德·阿瓦隆（Juan de Avalon），他率部到达哥斯达黎加后，吸取了前面几支部队的教训，一边在当地建立定居点，一边种植来自欧洲的农作物，并引入牛、猪、马，为部队提供稳定的粮食供应，一边收买当地的酋长，以分化抵抗力量。2年后，除了中部高地山谷、东部热带森林里的印第安人没被征服外，其它地方的印第安人部落都被西班牙人征服了，还皈依了天主教。隆庆十年（1570年），在中部高地山谷与西班牙人打游击的几个印第安人部落也被西班牙人征服了。万历元年（1573年），西班牙人彻底征服了整个哥斯达黎加地区，设立哥斯达黎加省，省府设在加西姆诺斯城（Jasymnos）（今哥斯达黎加卡塔戈城（Cartago）），划归危地马拉都督府。
  西班牙人占领哥斯达黎加后，发现的金矿、银矿十分有限，并不像哥伦布认为的那样“富饶”，于是把主要精力放在墨西哥地区、秘鲁地区，对哥斯达黎加采取了放任的态度，对经济的发展毫不关心。
  万历八年（1580年），一批犹太人来到哥斯达黎加的西北海岸，建立了圣罗萨（Santa Rosa）庄园，起先主要饲养骡子，用来运送货物，后来又饲养牛，到了万历二十八年（1600年），圣罗萨庄园成了该地区最大的养牛场（今有圣罗萨国家公园）。
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