但为了敷衍美国和缓和孙的反对，乃提拔孙的亲信余伯泉任“副参谋总长”。尽管如此，蒋氏父子仍觉得孙对“王朝”有潜在的威胁，不可“养虎遗患”。
  疑谋不轨1955年8月20日，蒋介石下令成立调查委员会，审查“孙立人兵变案”。事出在台湾特务机关，抓到一个名叫郭廷亮的“匪谍”，该犯是孙立人部队的少校营长，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百余人，预备于适当时机，发动“兵谏”。
  江南依台湾“官方”公布的调查报告，以及其它非官方的资料，在《蒋经国传》中，对“孙立人事件”的经过，描述如下：主犯郭廷亮，34岁，原籍云南，税警总团干部教练所学员队二期毕业，当时孙立人任团长。改新38师，郭是中尉排长，改新一军，郭升少校营长。1948年6月，新一军调驻沈阳时，郭和米店主人白经武结识，经白介绍，与李玉竹女士结婚，白借机“以匪党言论煽惑”。沈阳解放后，郭要求白协助取得路条，白通过其兄白经文给予办理，但白经文嘱郭到台时，须为中共工作。郭因而顺利离开解放区，经天津、上海转台。
  郭到台后，先后任孙部少校营长、“陆总”搜索组大队长、步校教官、“陆总”
  第五署督训组组长。在1954年8月以前，郭并无显著或积极之“匪谋”活动。1954年9月，某晚7时许，有操北方口音的李某到郭家相访，李谓：“白先生要你积极进行，不久他会到台湾来。”郭随即执行所交代之任务，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百余人，预备于适当时机，发动“兵谏”。
  孙交卸“陆军总司令”时，曾令“陆总”督训组副组长于新民造册，把各军师团单位的联络人送孙。1954年8月和10月，孙曾两度召见郭廷亮，了解联络进展情况。
  从犯6人，为37岁的江云锦，曾任陆军官校干部训练总队大队长，“陆总”
  第5署督训组副组长。“借到部队督训机会，在每一团中，指定职阶较高，学识较优，年资较深之同学为负责人，与部队中之各同学联络。”田祥鸿，30岁，四川人，任上尉情报官，受郭指示，“把军训班（第4军官训练班）同学联络起来，结成一股力量”，“向政府提出改革事项”。刘凯英，29岁，安徽合肥人，供职某部，任第4军官训练班学生联络人。还有陈良坝，34岁，福建林森人，孙的随从参谋。还有中校督导官李成亮。
  6月初，“国军”在台南地区，举行“总统”亲校，孙等选定此时，为兵变日期。郭廷亮于5月15日在台北谒孙，向孙报告，××部队将在5月22日至6月2日开始团教练。“此项休息时间为采取行动最佳之时间。”于是孙计划于5月25日左右南下，以×××为指挥所，“将于5月底或6月初有所行动”。
  然而事情发生变化，孙决定于28日去南部，但“奉谕”于30日与蒋介石同坐飞机。郭廷亮则已于25日被捕，仅由陈良坝于28日乘车南下，沿公路通知各地人马。
  6月6日，南部地区7万部队，举行检阅，来宾有专程自南朝鲜抵台的美国第8军军长泰勒中将和蔡斯团长。受检部队原规定是4时半前抵屏东机场，预定上午9时半正式检阅开始，但延至11时30分才举行。检阅台前，曾两度用扫雷器进行反复检查。
  一说，孙事机不密，已先后有20余人向当局告密，郭廷亮干事发前12日被捕，情治单位，早掌握同谋人的动态；一说，某炮兵连突奉命携带弹药，引起某炮长怀疑，偷偷溜出营房向“政治部”主任阮成章报告，阮转报“安全局”，于是毛人凤奉命专机南下，孙事败案发。
  孙的“同谋”事发先后，分别被捕，仅刘凯英脱逃，且获孙资助。但国民党当局仍不动声色。6日，蒋介石在高雄设宴，为泰勒洗尘时，陪客中尚有孙立人在座。此后，6月15日的黄埔军官学校校庆，和为蔡斯返国举行的联合欢宴席上（俞大维主持），再看不到孙立人的身影了，孙实际上已受到看管侦讯。
  外电率先报道孙被捕消息，台湾当局却闷声不响，到8月3日，也就是说封锁了两个且，才开始公布孙辞职的消息。
  辞职书虽吞吞吐吐，已呼之欲出。孙说：“。。近者陆军部队发生不肖事件，奉副总统谕示郭廷亮案情，日前黄、傅两局长奉命交阅江云锦等供词资料，职涉有重大之罪嫌，钧座未即付之法司，仰见格外爱护之恩德，天高地厚，感激涕零。伏念弱冠之年，即追随钧座，今已两鬓均斑，无日不在培植之中，感激知遇，应有以上报，乃今日竟发生此种不肖事件，抚衷自省，实深咎愧！拟请赐予免职，听候查处，倘蒙高厚，始终保全，傅闭门思过，则不胜感激待命之至！”
  那么，究竟是什么事使陆军部队发生的“不肖事件”，使孙“抚衷自省，实深咎愧”呢？当局讳莫如深，贯彻其“民可使由之，不可使知之”的原则，或持“犹抱琵琶半遮面”的无奈心理，以致谣言四起，众说纷坛，甚至距至今，迄无是那非耶的公断。
  亲台湾的《新闻天地》，在《孙立人将军被黜》一文中，即对案情公布的方式，提出指责，认为“步骤仓卒”，“事前未有整个计划”，“予人以突兀含混印象”。
  8月20日，蒋介石下令成立调查委员会，委员包括陈诚、王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维，并指定陈诚为主任委员，案情有密锣紧鼓的趋势。调委会成员，除陈诚、何应钦（在日，根本未参与）是军人，其余7位和孙都谈不上任何恩怨纠葛。如吴忠信、许世英，德未必昭，年事甚高；王云五、俞大维两位，非国民党员，理论上“不致受到党组织的影响”；王宠惠，司法权威，“一定会坚持公正立场”。可以看得出，蒋介石立意要制造出一个客观、公正的形象。
  是非曲直由于国民党当局的信誉欠佳，持独立言论立场的海外刊物，对台湾当局处理孙案的公平性，颇“忧心如焚”，试举香港的《祖国》杂志的社论为例，该文说：“这一事件，实为蒋经国氏与孙立人氏冲突斗争的结果。。就政府处理龚德柏与马乘风案件经过看来，也使我们忧虑政府当局，是否能做适当的处理。”
  社论特别提到吴国桢和任显群涉嫌“匪谍”案，“尽管舆论沸腾，人心激愤”，其中几项政治案件，如今依然在“不审不判”之中，“这次如果对孙立人以及郭廷亮的案件，也照以往的办法拖成‘无声无息’，或不顾舆论而专行到底，那不但对内要失尽人心，同时将再次降低国际声望，而使反共复国的大业更加重的蒙上一层愁云惨雾。”
  因此，《祖国》建议，善处此案的三原则，要求“认识事态的严重，幡然醒悟，改变作风”，“洗雪前衍，以正视听。”解除对孙立人的软禁状态，使他获有足以向舆论界公开的自由的发表意见的机会。否则使人只能听到当权者一面之词，无从判断事实真相。从法律观点和既有的资料来看，郭廷亮是否共谍，尚无充分证据，纵然是共谍，绝不能因为他是孙立人的部属，竟把孙立人也当“准共谍”来看待，尤其在未能证明孙立人与郭案有犯罪关连之前，不能先以对待罪犯的方式软禁起来（设非软禁，则何以不子孙立人以公开发言的机会？）。
  对郭廷亮等的审判，应该公开，如果碍于实际困难不能公开，也应组织由公正人士所组成的陪审团来参加审判，绝不能在秘密拘禁之后，是否经过合法审判尚不知道，即以共谍罪名将之处决。
  公开事实真相，是政府公开处理此事而能取信于国内外的首要原则。
  政府应即出面向舆论界，详细说明此案发生的原委，发表逮捕三百名军官的事实真相，并应说明到目前为止，获有哪些具体证据。单就传闻的资料来说，除了3月（6月之误）间那次军事演习时，配发实弹阴谋叛乱一事以外，反对政工制度及硬性规定师长级军官两年辞职两事，显然并不能证明郭廷亮等即是共谍。
  不可否认，海外的舆论，的确使台湾当局对孙案的处理，既不敢造次，更不敢拖延。“9人委员会”，历时50天，完成调查报告。孙立人接受侦讯时，地点在草山第一宾馆，“方式颇似座谈”，“坦白诚恳，在座诸人，有感极泣下者。”
  调查报告，长达1万6千余言，10月31日正式公布。但其结果，和1937年的张学良案，有异曲同工之妙。“总统’’命令，“以孙立人久历戎行，曾在对日抗战期间作战立功，且于案发之后，即能一再肫切陈述，自认咎责，深切痛悔，既经令准免去‘总统府参军长’职务，特准予自新，毋庸另行议处，由国防部随时察考，以观后效。”
  张学良交军事委员会管教，孙立人由“国防部随时察考”，“管教”也好，“察考”也好，词义有别，结果相同，孙立人送台中软禁迄死。
  孙如真的图谋不轨，罪证累累，交军法议处，大公无私，任何人服与不服，亦将向“法律”低头，但蒋介石故意师法前人，交叉运用恩威并施的游戏，即西方所谓棍子萝卜的技巧，先予打击，再故示宽容，让受害人感恩不已。蒋“明令”“毋庸议处”的理由，是因为（1）孙抗战期间，作战有功。（2）坦白陈述。