握把最大厚度达 29mm(壁厚4mm，再加容弹16发的弹匣)，CZ-100手枪握把窄些，但其弹匣容量只有13发。
  P99手枪握把的握持角度和基本造型与P38手枪非常相似，但为了利于供弹，插在其中的弹匣比P38里的陡直些，因为无击锤的击针系统许可这样。
  公司没有采用聚合物弹匣，尽管枪要重些。P99不带弹匣的重量完全可以向格洛克17手枪看齐，它重635g，只比首批格洛克(聚合物弹匣重40g，后来改成了钢弹匣)重20g。P99容弹16发的钢板弹匣重80g，其底部和托弹板为塑料，所以带一个空弹匣重为715g。
  扳机护圈部位结构
  扳机护圈旁边的弹匣卡笋和分解卡笋是一个整体，非常平滑，并可左、右手操作。分解卡笋位于扳机上部。杆式弹匣卡笋在扳机护圈的根部，可以两头按压，其形状为“非线式”，可由扣机之手的拇指或食指操作(此时，扳机处于保险状态)，因此不会出现偶发火的现象(如把枪插入枪套时)。
  扳机护圈前部有大家熟悉的便于持枪的战斗角。在批量生产前的P99手枪上，扳机护圈前面呈与食指弯曲度一致的弧形，如今又变成了直形，带有显著的握槽。
  在扳机杆的下方，扳机护圈上有与食指相匹配的滑动斜面，以减少摩擦感和减轻夹皮之痛。此处只有一个杠杆，即挂机柄稍微凸出一点，其侧面有与之平行的小护翼。扳机护圈后面两侧有拇指槽，其右侧的拇指槽也适合于右手射击的射手食指。左侧的则适合左撇子射手食指。P99手枪除挂机柄只适合右手射击者以外，其他操作零部件均适合左。右手射击者使用。在套筒座前部有两个榫槽供安装激光瞄具或其他光电瞄具。
  当别的设计师最近将外观像钢的聚合物用做套筒座导轨的时候，瓦尔特公司则对钢质导轨又进行了优化：前后导轨采用钢制件，左右导向板的联接呈弓形，导轨外包一层塑料。分解卡笋和锁膛月牙板(Gegenkulisse)也是这种结构。击发机构安排在套筒座后面，包括单动击发阻铁、击针体和抛壳挺，全部由结实的钢板做成。套筒导轨向后远远地延伸到握把后方，成为静止的握把助锄(Griffsporn)。这样，扣扳机的那只手在射击中不可能因套筒的移动而受到伤害。
  同套筒座一样，P99套筒的设计也比往常击针/聚合物手枪家族那种犹如四棱形的结构略胜一筹。它的套筒呈梯形斜坡，前部略细些，其外形与该公司的P5手枪类似。由整块高强度合金钢铣削而成的套筒外部有一层瓦尔特公司特有的，坚硬而均匀的“特尼氟”涂层，比镀铬还好。套筒上没有杠杆之类，除闭锁窗外，另外还有两个射击时关闭的敞口，一个是击针通道，另一个是待击解脱按钮槽。它的右边是相对较长的抓弹钩槽。
  枪管和闭锁机构
  同它的外观一样，P99的内部结构也有不少革新之处。该枪同当前世界上广为流行的改进型勃朗宁系统一样，也是以枪管部分锁定在抛壳口里。与众不同的是该枪的枪管和套筒不是直角形状，而是以对半平分的八棱形即梯形相互扣合。
  枪管与套筒之间的锁定，就像人们熟悉的索格绍尔手枪那样，通过枪管弹膛部分与抛壳口的正面啮合来完成。射击时，枪管和套筒一起后退，直至套筒座里的闭锁卡铁与枪管下凸起里的一个斜槽啮合，枪管向下，离开继续后退的套筒。在枪管回转过程中，套筒推其向前、向上与闭锁卡铁相撞，使套筒和枪管再次闭锁。枪管内部经过研磨，刻有6条右旋膛线。枪管下方是复进簧，由平直金属丝做成，结构合理，节省能量。复进簧与复进簧导杆一起构成了复进系统。
  击发和保险机构
  套筒座内的四个部件即扳机组件，扳机杆，单动阻铁和单动阻铁驱动簧，外加两个小弹簧，这些构成了P99的双动和单动机构。在双动状态下，扣动扳机，使扳机杆推击针体向后移动，压缩击针簧。临近扳机行程终点时，扳机杆开始向下运动，释放击针，击发枪弹。第一发弹双动射击后，其他射击都是单动击发。在这种情况下，击针体被一个单独的单动阻铁阻住，单动阻铁由单动阻铁驱动杆驱动，后者又由扳机杆推动。
  在单动击发时，扳机杆将手指的压力传递给一个由下面将击发阻铁卡住或释放的套简卡铁上。击发阻铁在松开瞬间向下，从侧面释放击针。这种单动释放击针的过程比采用自动拨回式扳机释放击针多后退1mm。单动时的扳机行程5mm，双动时14mm，为了单动释放扳机，需要约2.5Kg的扣力，双动释放需要约4. 2Kg。
  对于老手来说，P99的扳机操作起来得心应手，当他在射击后让扳机从最后方位置只向前行进约lmm时，他只听到或感到一个轻微的啮合过程。为了再次完成自动保险，必须让扳机向前移动约4.5mm。当把扳机仔拉回到这4.5mm范围的中间时，能够进行非同寻常的快速射击，因为自动击针保险仍处于解脱状态。这听起来很复杂，实际上稍加训练就能很好地掌握。
  扳机和单动阻铁驱动杆的脱离是借助扳机杆上的释放突笋实现的，此突笋伸进套筒中的一个凸起内。套筒运动时，其上的相应凸起迫使扳机十于向下，使扳机杆和单动阻铁驱动杆脱离。将击针回放1～2mm，又可以使扳机杆和阻铁驱动杆重新挂接。
  一个经过专业训练的军械士，只要取下两个零件，就可以在数秒钟内将P99手枪转换为双动状态。将这两个零件重新装上，则又回复到单动状态。
  压下套筒左上方的待击解脱钮，待击击针便解脱了。待击解脱钮内有一个销子，下降后能够向后移动单动阻铁驱动杆，松开单动阻铁，释放击针。此时，击针体和待击解脱钮本身就能阻止击针全行程运动。
  向后拉套筒仅9.5mm就可以使击针待击，这是P99手枪的又一个显著特点。在这种情况下，扳机停留在前方的双动位置。由于大多数的张力不是用于联动，所以拉套筒到常规的单动位置只需454g左右的力。
  尽管P99没有常规手枪那样的人工保险机构，但仍具有几种保险功能。
  第一个保险机构是扳机保险机构。它的肘节扳机钩另加了二个铰接机构，本身带有预压簧，后面连有一个片状体。当按常规扣扳机时，压力点在扳机钩牛央，扳机组件开始转动，凸出的片状体会进入套筒座上的槽内。当扣压方向接近铰接点时，扳机不转动，而是向后滑动，直到预压簧碰到套筒座，阻止扳机进一步运动。
  第二个保险机构是被动式的击针体保险机构。击针体上有一带预压簧的卡柱，当其处于下方位置时，卡在套筒上相应的槽内，阻止击针前移。只有当扳机被扣动时，扳机杆上的击针体卡柱凸笋将卡柱顶回，将击针体上抬，才能释放击针前移，打击底火击发。这种机构防止手枪枪口朝下落地时引起偶发火。
  第三个保险机构是待击指示保险机构。 枪膛内设有有弹指示和击针待击指示机构。当膛内有弹时，拉壳钩的后部旋进套筒内，套筒后部可以显露出一个红色的亮点。当击针待击时，在套简后面的凹陷部可以看到凸出的、带红点的击针尾端。这两个标志都可以显著观察到或触摸到。
  正确地待击比人们想象的容易得多：只要用射击的那只手从右下方抓住套筒(拇指停留在握把背面)，同时将套筒后拉9.5mm即可。只有当你时刻了解击针是否待击或膛内是否有弹，才能充分利用这种新操作方法。因此，击针待击和膛内有弹寸旨示机构也是P99手枪的一项重大革新。
  瞄准装置
  P99手枪瞄具的新颖之处在于高低调整。每支枪都备有 4.2mm、4.4mm、4.8mm和 5.1mm等四种不同高度的准星，根据需要安装其中的一种。在25码距离上命中点的高低允许误差±127mm，足以使大多数9mm弹调整归零。准星与套筒螺接在一起，装的时候拧紧就行了。为美国市场准备的P99上固定有3点图象，而为欧洲市场准备的枪上表尺缺口周围有固定的白色光环，准星上有白点。另外也提供自动发光的“夜瞄具”。这种瞄具的优点是坚固，紧凑，前瞄具能在野外修理。如果需要将高低精确地调整归零，可以用一锉刀调整准星高度。另外，可以在套筒座前部的凹槽里装激光瞄具或战术闪光灯之类的光电辅助瞄具。
  与一般铁瞄具不同的是，它由富有弹性的塑料制作，比铁瞄具更能抵抗持久的撞击而不变形。长方形准星宽3.6mm，直角形缺口宽4.6mm，仅通过棘爪螺钉调整风偏。前后瞄具角度合适，便于将枪拔出或插入枪套。后瞄具可以进行方向调整，瞄准基线长158.5mm。
  实弹试验
  用于实弹试验的有4支枪，2支是预制批的，2支是批量生产的。试验中，预制批的第一支枪一切功能正常，筇二支枪则出现了4次装填故障。批量生产的2支枪也是这种情况，第一支枪什么问题没有，而第二支枪却出现了抛壳故障。换用瓦尔特公司的比较软的复进簧后，故障即刻就消除了。现在，发射商用减装药弹也无可指责。
  因此，新型的P99手枪没有什么大问题，即使为官方需要而预定的扳机力也很少出问题。