中国和韩国的官员们也提出正式抗议，指责日本试图将其侵略历史从人们的记忆中抹去。为在年轻一代中复活军国主义打下基础，但是，日本教科书委员会却试图为自己辩解，他们告诉记者：“用三到五行字描写南京暴行，而只用一两行字提到苏联或美国对日本的暴行，是不公正的。”
  最后，教科书争论的公开化产生了两个后果。其一，日本文部相藤尾正行引咎辞职，他曾疯狂地维护文部省洗刷二战历史的政策。其二，文部省内部已更深刻地意识到南京大屠杀是不能再被忽视的。但是就在藤尾辞职前，日本防务委员会还准备了一本极右的历史教科书，该书是这样概括南京大屠杀的："南京的战斗非常激烈。据报道，在南京被攻下之后，日本军队杀害、打伤了很多中国士兵和平民，因此引起了国际上的批评"。
  当然，教科书审查之事至今还未结束。目前一些日本官员正致力于缩小屠杀的规模，而不是彻底否认屠杀的事实。1991年，文部省的审查官命令教科书作者删去所有教科书中关于南京暴行中国人死亡数字的资料，因为当局认为这些数字缺乏足够的依据。3年后，文部省甚至迫使一位作者将南京大屠杀期间日军在一天内杀害的人数从2．5万人减至1．5万人。该教科书的初版中，摘录了一份日记中的统计：在一天中“消灭”了25，000名战俘。在文部省的压力之下，教科书出版者做了让步，将日记中的摘录缩短为：“佐佐木部队消灭了15，000人。
  学术界的掩盖手段
  日本学术界很少有人研究南京的暴行。有人说，此事过去时间并非久远，还不值得去进行历史研究或是让历史学家去评判日本的错误。一些人甚至对批判日本战争罪行的作法表示愤怒。(有人激动地说，"我们究竟要为我们犯过的错误道歉到什么时候)
  其他一些学者则充当了日本的道歉者，甚至还与日本保守的极端民族主义者联手，共同压低南京大屠杀的影响及死亡之数字。东京大学教育学教授，藤冈信胜就是一位著名的篡改者，为了扭曲南京暴行的历史和二战史上的其他方面内容，……进行了狂热的行动。在其煽动性的声明中，……认定：南京暴行中的死亡人数远远低于中国人所声称的数字；南京大多数死者是游击队员，不是平民；日本军队的亚洲性奴隶，或称"慰安妇"，都是些普通的妓女。……将那些妇女得到的经济赔偿比做是："摸彩票中了奖，还要求日本政府收回对这些妇女的道歉，并在日本的历史教科书删去与他们有关的内容。
  在日本，对南京暴行进行严肃的研究，基本上是由那些在传统的学术界之外的人进行的，比如自由撰稿人和记者等等。工厂工人小野宪次就是一个典型的例子。1988年，他开始采访附近的一些农民，这些人曾于南京暴行期间在若松师团服役。小野是个单身汉，因为工厂每次轮休有36个小时，他又没有家庭责任，所以有时间全力投入这项工作。据报道，6年以后，小野已经访问了大约600个家庭，采访了200人，从30多本日记中影印了20多本，把他与7个人的谈话做了录音。他的一些发现发表在《金曜日周刊》周刊上，被赞誉为是第一个完全采用日本本国的资源对南京大屠杀进行研究的成果。或许小野最后会就南京大屠杀出版一部重要的书，但与此同时，他却生活在可能会遭到报复的阴影之下。由于担心成为日本右翼狂热分子的袭击对象，小野甚至拒绝拍照。
  自愿承担的审查
  日本审查制度破坏教科书的行为不仅是仅仅由政府做出来的，媒介为了保护自己，也运用了审查制度。私人机构的自我审查微妙而诡秘，难以使人察觉，因而往往比政府的审查制度更为阴险。
  日本的电影发行商在电影《末代皇帝》中对南京暴行的镜头所作的手脚，明确地说明了日本自我审查的存在。1988年，日本富士电影发行公司从伯纳多·贝托鲁奇这部关于溥仪生平的影片中剪去了30秒描写南京暴行的镜头。贝托鲁奇知道此事后，当然十分愤怒。他说："在未经我授权甚至没有告知我的情况下，日本发行商违背了我的意愿，将'南京暴行'的全部镜头剪掉了。他们还对新闻界说，我与制片人杰里米·托马斯早就打算肢解这部电影"，贝托鲁奇声明："这种做法完全是错误的，令人厌恶。"
  贝托鲁奇的强烈抗议迫使发行商们马上恢复了被剪去的镜头。发行商为他们的行为找了很多借口。富士电影发行公司的负责人久保谷，为该公司行为造成的"混乱和误解"道歉，他解释说，他的公司只是认为影片中南京的镜头"太惊人了"，不宜在日本放映。他说，"剪这部影片是我们自己的决定。我们没想到它会成为这么大的问题"。该公司另一位发言人，斋藤告诉记者，剪去这些镜头是"出于对日本观众的尊敬"。一位日本的电影评论家中根猛彦分析认为，决定剪去这些镜头是源自于发行商的胆小以及极端民族主义分子的暴力威胁。这位评论家告诉记者，"我相信这部电影的发行人和许多剧场主是担心右翼组织会在剧场外闹事，"他还说："一些这样的人还在认为，日本在中国和二战期间的行为是圣战的一部分"。
  关于南京大屠杀的辩论
  日本有勇气写关于南京暴行的书的人，常常面临冷酷无情的攻击。这里以洞富雄和本多胜一为例。洞富雄是早稻田大学的日本史教授。1966年，为了调查日本人在中国的暴行，他访问了中国。后来，他出版了几部研究南京大屠杀的著作。本多是《朝日新闻》的一名获奖记者，他打破了日本新闻界反对讨论南京大屠杀的禁忌，分别于70年代和80年代访问中国大陆，采访幸存者。他的调查结果首先在《朝日新闻》和其他杂志上发表后来汇编成书。洞富雄和本多都作出结论：在1937-1938年间，日本士兵在南京杀害了大约30万人。
  他们两人在日本都遭到了猛烈的恶毒攻击。对洞富雄和本多进行恶毒的一个批评者是铃木明，他是一个极端保守的作家，在一篇名为"南京大屠杀的假象"的文章中攻击洞富雄和本多的调查结果。铃木指责说，洞富雄和本多的故事都是编造出来的，没有足够的原始资料能证明大屠杀，南京的暴行是一个"假象"。根据他的文章而编篡出的书获得了《文艺春秋》的非小说类文学作品奖，并从日本的文艺批论家那时获得了"令人敬佩"和"勇气可嘉"的美誉。当洞富雄发表了一系列反驳文章时，日本许多著名作家立即站到铃木明一边，为他辩护。
  另一位批评者是田中正明，他自称是松井石根的门徒。1984年，他出版了一本针对洞富雄的书，名为《"南京大屠杀"的编造》，书中使用了松井的战时日记。为了指责本多传播"敌人的宣传"，田中说，与欧洲或中国不同，"在日本全部历史中，找不到一例有预谋的系统性地谋杀的例子"。他写道，这是因为日本人与西方人和中国人有着"不同的价值观"。篡改者们尾随之，田中也参加到对洞富雄和本多的攻击中。右翼作家渡边省一为田中的书做了序，他也猛烈地攻击本多，认为本多"不仅往当时的日本官员和老百姓身上，也往所有的日本人，甚至尚未出生的孩子身上"堆积罪行。
  两个阵营间很快展开了激烈的辩论。一边是由洞富雄、本多及其支持者们组成的开明的"屠杀存在派"，另一边是由铃木和田中领导的保守的"屠杀假象派"。开明派在《朝日新闻》和其他杂志上发表调查结果，保守派则在右翼出版物上写文章，如《文艺春秋》、《诸君》月刊等等。开明派要求日本政府为其在中国的罪行道歉，而保守派则认为道歉是对老兵的侮辱，是外国对日本国内事务的干涉。
  颇具意味的是，当篡改者们亲自研究这一问题，以求获得攻击"屠杀存在派"的弹药时，他们试图否认南京大屠杀的努力却事与愿违。例如，在80年代，日本士官学校毕业生的一个联谊会"偕行社"，要求其18，000名成员用目击材料来证明南京大屠杀并不存在。令"屠杀假象派"沮丧的是，许多"偕行社"的成员确认了南京大屠杀的细节，并做了令强硬的保守分子也感到恐怖的暴行。过去是松井手下军官的一位成员估计，在一名参谋长官的命令下，大约有120，000名战俘被杀。后来无疑是迫于压力，这位军官把数字改为"不少于几万人"。但他的证词搅乱甚至改变了这次调查的目的，偕行社杂志的一位编辑在系列文章的结束部分写道："如此规模的非法杀人没有任何借口可讲。作为一个曾与旧日本军队有关的人，我必须向中国人民深致歉意。"
  最令保守派尴尬的事情还在后面。1985年，日本一家著名的历史杂志《历史与人物》发现，新出现的松井石根的日记竟有900处错误。其中多数是蓄意改变原始文献，这一丑闻令日本各地的历史学家感到震惊。更令人吃惊的是，这些改动的作者不是别人，正是曾经宣称自己是对扭曲历史行为最坚定的批评家的田中正明。
  恐 吓
  东史郎是日本第一位公开承认自己在南京所犯罪行的日本老兵，他的遭遇是极端情况下的日本恐吓体系的绝好例证。1987年，当东史郎成为第一位公开为自己在南京所扮演的角色道歉的日本老兵时，他引起了一场轰动。