在幕府山的大屠杀中，被杀死的人数只是日军在南京城内外杀死的总人数的一小部分，但清理尸体的工作也花了数日。掩埋尸体是一种处理方法，但中岛将军在日记中抱怨很难找到地力挖掘足够掩埋七八千人尸体堆的大坑。焚尸是另一种方法，但日军经常缺少足够的燃料去完成这个任务。例如，在幕府山的大屠杀之后，日本人在尸体上浇了几桶汽油焚尸，但还没等尸体烧成灰烬，汽油就用光了。“结果是一大堆烧焦的尸体”，日本下士写道。
  许多尸体就被扔进了长江。
  屠杀平民
  在士兵们大规模投降后，实际上已经没有人来保卫南京平民。日军对这一点是了解的，于是在1937年12月13日大量涌进南京，占领了政府所在地、银行和仓库，并在大街上随便开枪杀人，有许多人是在逃跑时从背后被击中的。日军用机关枪、左轮手枪和步枪向成群的伤员、老妇和儿童开枪，他们集中在中山北路和中路的大道及附近的胡同里。日军还在城市的每个地区杀害中国市民：无论是在大街小巷，在防空洞，还是在政府建筑物，在城市广场，他们到处杀人。随着一个接一个的牺牲者痛苦呻吟或叫喊着倒下，这座沦陷的首都的大街小巷、沟沟渠渠血流成河，许多人奄奄一息，但无力逃脱。
  日本人在南京挨家埃户地搜查寻找中国士兵，也就一家接一家地杀害这座城市的居民。但他们也在市郊和乡村屠杀中国人。在城墙外，在河边（河水早已被染成红色），在池塘和湖边，在小山旁和大山脚下，到处尸体成堆。在南京附近的村庄里，日本人向任何一个过路的男子开枪，因为他们怀疑他过去可能是个中国士兵。但是他们也向明明不可能是中国士兵的人开枪，例如老人和妇女，如果他们对用日语发出的命令表示犹豫或不理解而走错了路，就要遭到枪杀。
  12月的最后10天，日本人的摩托车队开始在南京巡逻，同时日军扛着步枪把守所有街道、大路和小巷的人口处。日军换家挨户也要求市民打开大门迎接胜利的部队，但是店主只要一开门，日军就向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后把这些商店洗劫一空，对他们没用的东西则付之一炬。
  日本的记者
  这些暴行使随军到南京的日本记者感到震惊。一位恐惧的《每日新闻》记者亲眼看到，日军让中国战俘排队站在中山门附近的城墙上，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去。“俘虏们一个接一个地摔落在墙外”，这位记者写道，“鲜血四溅，阴森恐怖的气氛真使人毛骨悚然，四肢颤抖。我站在那里丢了魂，茫然不知所措。”
  不止是他一个人有这种反应。其他许多记者，甚至是身经百战的战地记者们，对这种疯狂的暴行也感到畏缩，于是他们把感受倾注于文字。下面是一位日军记者今井正冈的记述：
  在下关码头，死尸体堆成了黑糊糊的山。大约50到100个人在那里干苦活，把尸体拖下来扔进长江。尸体还淌着血，有些人还活着并虚弱地呻吟着，他们的四肢还在抽动。苦为们一声不吭地干着活，像是在演哑剧。在黑暗中人们很难看到长江的对岸。在微弱的月光照射下，码头上是一大片闪着微光的污物。哇！那全是血！
  过了一会儿，这些苦力干完了拖尸体的活，日本士兵就让他们沿江边站成一排，砰！砰！砰！我听到了机关枪的开枪声。苦力们朝后栽进长江，被汹涌的江水吞没。哑剧到此结束。
  现场的一个日本军官估计有2万人被杀害。
  下面是一位日本战地记者小俁行男亲眼目睹中国俘虏被带到下关并沿江排队的情景：
  第一排人被杀了头，第二排人被迫将这些尸休投入江中，然后他们自己也人头落地。这种屠杀从早到晚不停地进行着，但他们用这种方法只杀了2千人。第二天他们对这种杀人办法已经厌倦，便架起了机枪。砰！砰！砰！砰！板机被扳动了。俘虏们跳入江中想逃走，但没有一个人能游到江对岸。
  以下是来自日本摄影记者河野公辉的记述：
  在“入城庆典”之前，我看到50-100具尸体沿江漂流。他们是死在战场上，还是被俘后被杀死的？还是被屠杀的市民？
  我记得南京城外有一个小池塘。它看上去像一片血海——有着耀眼的色彩。要是我带着彩色胶卷的话，……那将是一张多么令人震撼的照片！
  另一位在南京的日本随军记者佐佐木元政评论道：“在东京大地震中我曾见过成堆的尸体，但与这里相比，那简直算不了什么。”。
  南京的强奸暴行
  下一步，日本人把目光转向了妇女。
  “妇女深受其害”，一个日本驻南京114师的士兵田锁增三回忆说，“无论老幼，她们都逃不脱被强奸的命运。我们从下关派出拉煤车到城市的街里和乡村抓回许多妇女。然后把每个妇女分配给15-20个士兵，任他们奸淫凌辱。”
  活着的日本老兵认为军队强奸敌方的妇女是不合法的。但强奸在日本的军国主义文化和迷信中是如此地根深蒂固，以致没人认真实行这一规定。许多日本兵还深信强奸处女能使他们在战斗中更加有力。士兵们甚至戴着用受害者的阴毛制成的护身符，相信这样他们就有了魔力而不会受到伤害。
  军方的禁止强奸的政策只是鼓励士兵们在完成后杀死受害者。在一次为记录片《以天皇的名义》进行的采访中，一位日本老兵东史郎坦白地说出了在南京奸淫与谋杀的过程：
  我们先说一些不正经的话，如Pikankan。Pi意思是“臀部”Kankan意思是“看看”。Pikankan意思是“让我们看女人张开腿”。中国妇女不穿衬裤，只穿外裤，用一根绳子系住。没有皮带。当我们扯掉绳子，臀部就露出来了。我们就“Pikankan”。我们就看。一会儿就说一些诸如“今天是我洗澡的日子”之类的话，然后我们就轮奸她们。如果只是强奸她们，就没什么事儿。我不应该说这没什么。但我们通常还要用刺刀捅死她们。因为死人是不会开口说话的。
  在谈到这个问题时，田锁增三与东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们”，他回忆说，“一旦那些妇女拔腿而逃，我们就让她们跑，然后我们从背后‘砰’的一枪打死他们”。据活着的老兵说，许多士兵并不认为这是犯罪。“或许当我们强奸她时，我们把她看成女人”，东史郎写道，“但当我们杀她时，我们只是把她看成猪一样的动物。”
  这一暴行不仅限于士兵。各级军官也放荡不羁。（甚至连谷寿夫，这个高级将领和日本第六师团的指挥官，后来也发现他在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。这些军官不仅怂恿士兵在城里成群结伙奸淫妇女，而且提醒他们在完事后一定要把这些妇女处理掉，以消除罪证。一个军官对他的下属这样说：“在你完事后要么给她们点钱，要么在偏僻之处杀死她们。”
  松井石根的到来
  12月17日早上，因病而身体仍然虚弱的松井石根进入南京城参加庆祝阅兵仪式，屠杀和强奸才有所收敛。他从这次肺结核发病恢复后，乘海军的汽艇溯江而上，然而换乘小汽车去南京城东的中山门三孔拱门。在那里他骑上一匹栗色马，把马头转向东京天皇的皇宫方向，并在日本国家广播公司的录音下为天皇三呼万岁：“天堂之阶最伟大的大元帅万岁——万岁！”然后他骑马沿着一条大道向前走，道上已经仔细清除了所有尸体，两旁还站着成千上万欢呼的士兵，松井一直抵达南京城北部的大都会饭店，当晚在那里为他设宴。
  据记载，在宴会期间，松并已经察觉到南京发生了什么可怕的事情。当天晚上他召开参谋会议，并命令所有不必要的部队都调到城外。第二天西方新闻媒体报道说，日军约定对松井保密，不让他知道南京暴行的全部真相。
  当松井开始了解到城里发生的强奸、杀人和抢劫的巨大规模时，他的心情极为阴郁。1937年12月18日，他告诉他的一个文职助手：“现在我认识到，我们己在无意中给这个城市造成了最深刻的痛苦与创伤。当我想到我的那些已经逃离南京的中国朋友的感情和心情以及两国的未来时，我只能感到沮丧。我觉得很孤独，而且永远也不会有心思为这次胜利而感到高兴了。”甚至在当天早上对新闻界发表的声明中，松井也流露出一丝这种遗憾的情绪：“对民众遭受的苦难我本人甚为痛惜，但本军队决然继续挺进，直到中国悔悟为止。现在正值冬季，这个季节提供了反省的时间。本人对一百万无辜的民众不胜同情。”
  当天晚些时候，当这位日军指挥官为这场侵华战争中死去的日本士兵举行埋葬仪式（日本人称“慰灵祭”——译注）时，松井为该城发生的肆无忌惮的疯狂暴行谴责了300名军官、师团指挥官和其他人。日本记者松本写道：“以前从未有过一个上级对其下级给以如此严厉的斥责。军方对松井的行为感到奇怪，因为在这些军官中有一位皇族的太子。”
  星期六，即12月19日，松井搬到南京城外朝香宫的司令部，第二天便乘驱逐舰回了上海。但或许是被绝望所驱使，他一到上海就作出了一个甚至更令人吃惊的举动：他对《纽约时报》吐露了他的担心，甚至告诉一个美国记者“日本军队可能是今天世界上最无纪律的军队”。