面对这一局势，6月份，朱基亲自兼任中国人民银行行长，央行下文严令“各企业单位必须把钱存进银行，要走正路，不许搞体外循环”。也正是在这种背景下，中央政府决心严肃处理沈太福“长城事件”——在领导者看来，如果纵容沈式融资的存在，那么金融管制根本无从谈起。
  朱基在经济治理上的强势风格，在对金融秩序的维护以及对禹作敏和沈太福两案的处理中得到了充分的展现。朱基开始用一种更专业、更具体而微的方式来管理中国经济。
  朱基于1991年从上海市委书记任上调入北京，出任主管经济的副总理，此前他曾经长期工作于国家经济委员会。在上海主政期间，他以亲民和对官员的严厉管理而闻名，上海的某些厅局长向他当面汇报工作，小腿肚子会打抖。在他北上之际，一些国际媒体都不太看好他的“前途”，认为他那种管理风格在中南海一定吃不开，有人甚至预言他最多能在中南海待上六个月。出乎这些人意料的是，朱基将在此后的十年内主导中国的经济，并成为继邓小平之后，对中国经济改革影响最大的政治家之一。
  朱基到京后的“第一战”是清理三角债。当时，各企业之间拖欠的“三角债”已累计达3000多亿元，其中80%是全国800多家大型国有企业拖欠的。几年以来，年年清欠，却越清越多。朱基面对的是一个积重难返、几成无解乱局的债务连锁现象。
  到京赴任之后，凳子还没有坐热，朱基就赶赴“三角债”纠结最深的东三省，亲自坐阵，现场清欠。他提出注入资金、压货挂钩、结构调整、扼住源头、连环清欠等一整套铁拳式的解决措施，只用了26天，清理拖欠款125亿元，东北问题基本解决。
  带着一片赞誉声，朱基回到北京。第二天他就召开全国清理“三角债”电话会议，他用长途电话、传真、电报向全国各地政府下达了一道口气强硬的“军令”：“各地务必在1999年9月20日21时以前，将你省（区、市）固定资产投资拖欠注入资金情况（银行贷款、自筹资金和清理项目数），报至国务院清欠办公室，如果做不到，请省长、自治区政府主席、市长直接向朱基副总理汇报，说明原因。”朱容基还明令新华社、《人民日报》、中央电视台、中央人民广播电台，要求媒体给予监督，详细披露各地清欠的进展情况。在此后的半年多里，朱基限时清欠，令出必行，让各地官员无从躲避。到1992年5月，全国总计共清理固定资产项目4283个，收到了注入1元资金清理3.5元欠款的效果。困扰了中央和各地政府、企业数年的“三角债铁链”终于被解开。经此一役，朱基以前所未有的务实和强硬风格确立了自己的治理权威。
  清理“三角债”首战告捷之后，朱基在金融领域开打“第二战”，他在金融政策的调控上再显铁腕手段。
  首先，他亲自兼任央行行长，下定决心清理金融领域的体制外活动，对于任何有可能扰乱现有金融秩序的行为都严惩不怠。在这种背景下，沈太福的集资案便被视为顶风作案而受到了最严厉的惩处。
  其次，他顶着巨大压力，提出分税制，重新梳理中央与地方政府的财政关系。多年来，地方经济的发展和国营企业的发展，靠的都是中央财政的投入，用经济学家马洪的话说，是“一个老子，养了成千上百个儿子”，因此便陷入一放就乱，一收就死的局面。到90年代初期，中央财政已非常拮据，不得不靠大量发行货币来解困，因此带来的通货膨胀危机则让人不寒而栗。1992年，全国财政收入3500亿元，其中，中央收入1000亿元，地方收入2500亿元，中央财政支出2000亿元，赤字1000亿元。当时出任财政部长的刘仲藜回忆说，他曾经三次找朱基副总理，希望他批条子向银行借钱，朱容基不允许。当时连某些中央机关都已经到了不借钱，工资发不出去的境地。财政体制的弊病，从上海和北京可窥见一斑。上海实行的是定额上解加递增分成的模式。定下每年财政收入165亿元，100亿元归中央财政，65亿元归地方财政，每增加一亿元，中央与地方五五分成。结果，上海实行财政包干5年，年年财政收入是163亿元~165亿元之间，一点没增长。对北京采取的是收入递增包干分成模式，约定的年增长率是４％。５年之中，北京每年财政增长从没有超过４％。中央政府在这种财政分配体制中表现得非常被动。鉴于这种现状，朱基采纳经济学家董辅等人的提议，决定“分灶吃饭”，中央与每一个省份磋商分税种类和比例，实行分税制。1993年7月23日，朱基在全国财政会议上首次正式提出分税制的想法，一个多月后，分税制改革的第一个方案出台。为了说服各省，朱基在随后的两个多月里，奔波于全国，一一说服，其间颇多拉锯、妥协，但是，实行全国统一分税制改革的大原则，始终没有动摇。①刘仲藜在回忆录中说，为了说服各省，朱基最后勉强同意1994年之后的中央财政返还以1993年地方财政收入为基数。而这一协议达成的时候，1993年后4个月的财政数据尚未统计出，从而给了地方政府有意识增加后4个月财政收入，以便1994年后多从中央财政获得财政返还的空间。事实正是如此，最终地方政府上报中央的财政收入比1992年猛增将近50%。为了抬高基数，地方有许多高招。比如，一个企业原来承包了，税补交已经减免，现在叫他交税，把基数抬高，交了以后再私下返还。再比如，把死欠、积欠当基数。所谓死欠，就是哪个企业已经倒闭了，从来没有交过税，现在通过转账或者从银行借款缴税，这样把基数抬高。还有就是“寅吃卯粮”，收过头税，把明年的税在今年收了，把基数抬得很高。
  扭转战局分税制的实行，使中国的财政秩序为之大改，中央财政重获活力。1994年~2002年，我国财政收入年均增长17.5％，财政收入占国内生产总值的比重由1993年的12.6％提高到2002年的18.5％；中央财政收入占全国财政收入的比重为55％，比改革前的1993年提高了33个百分点；2002年，除税收返还和体制性补助外，中央向地方转移支付高达4019亿元，是1995年的8.6倍，年均增长36％。中国社科院的金融学家刘煜辉认为，分税制改革后，一方面中央把财权高度集中，在税收上削弱地方政府所占的比重，而留给地方的几乎都是收入来源不稳定、税源分散、征管难度大、征收成本高的中小税种。另一方面，中央又把更多的事权层层下放给地方政府，甚至经常以牺牲地方税权为代价来完成中央的某些政策，“中央请客地方买单”的现象大量存在。以经济发达、税源最为充沛的浙江省为例，在1993年，浙江的财政自给率是133.27%，1994年以后这一比率大幅下降到60%左右，而其他中西部地区的财政状况更可想而知。
  除了靠分税制拯救危机中的中央财政之外，朱基另一个具有深远意义的金融决策是，力排众议实行汇率改革，让人民币大幅贬值。在此之前，中国实行的是官方汇率与调剂市场汇率并存的汇率制度，它是计划经济的一条“金融尾巴”，既保护了国有公司的利益，同时也催生了一个庞大的外汇交易黑市。从1994年1月1日起，两种汇率实行并轨，实行“以市场供求为基础单一的有管理浮动汇率”，人民币兑美元的汇率定为8.72元兑1美元，比之前的官方汇率5.7元贬值33%——兑换1美元需要的人民币，在1978年是1.7元，1991年为4元，1992年初是5.7元。人民币的大幅贬值，使得中国商品一下子在世界市场上价格变得便宜了，而且更重要的是中国成为一个更加吸引外部投资商的地方。德国的《商报》在评论中认为，人民币的大幅贬值，首先意味着亚洲四小龙低廉的劳动力优势从此丧失，中国必将成为全球制造业的中心。
  这是一个十分具有标志性的政策变化。从此之后，中国公司开始集体远征，中国经济走上了外贸拉动型的道路，它将在2005年达到顶峰，并诱发中国与欧美乃至周边国家的贸易大战。①在1997年的亚洲金融风暴中，日本、韩国和东南亚诸国金融体制的脆弱性暴露无遗。1997年6月，国际金融狙击手终于在泰国撕开突破口，灾难发生。
  朱基主政的“第三战”，也是贯穿十余年的治理主题，是搞活国营企业。对此，他的思路也与之前有微妙的转变。
  从20世纪80年代以来，国营企业改革的成效一直无法让人满意，凡是有民营企业涉足的行业，它们都表现得不堪一击。这年的局面是，经营机制转换抓了多年但收效甚微，国营企业家们仍在嚷嚷权力太小。在这年的北京两会上，国内最大的钢铁公司总经理李华忠在分组会上大喊：“自主权万岁！”他还羡慕地对身旁的辽宁省海城市东房身村党支书王国珍说，“我的权力还不如你的权力大。”而另一方面，权力放了下去，到底能不能用好，却是另一个没有答案的问题。由于效益不佳和老企业萎缩，失业人口的增加已成一个严重的社会问题。
  在朱基看来，中国当今的企业问题已非改革之初可比，当时只有国营企业一支力量，不把它们搞活国家当然振兴无望，而如今，乡镇企业已经异军突起，占到了半壁江山，外资企业也蜂拥而入，自是另一股可以借助的商业力量。