朝中官吏多投奔到他的门下，有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等等名号。他的死党从中央到地方，自内阁、六部至四方总督、巡抚皆有。当然，魏忠贤也不是得到所有人的附合，和他做激烈斗争的，就是“东林党”。
  东林党由其领袖顾宪成所讲学的东林书院而得名。顾宪成曾经给东林书院题写了一幅很有名的对联：“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心。”由此可见此“党”人的抱负。他们往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，甚至敢于冒犯“龙颜”。他们提出反对矿监税使掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张，同时要求开放言路、抑制宦官和贵族特权、实行改良。这些针砭时政的意见得到社会的广泛支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对。魏忠贤乱政受到了他们的极力弹劾，就对他们恨之入骨，疯狂迫害。他捣毁了东林书院，还把全国的书院都关闭了，又诬陷已经退休的东林党领袖高攀龙贪赃枉法，派遣锦衣卫骑快马去加以抓捕。高攀龙却十分镇定，写好两封信交给孙子，让他们明天交给锦衣卫的人，之后便投入池中而死。
  魏忠贤又指使爪牙去苏州抓另一位东林党人周顺昌，结果在当地激起民愤，数千人聚集在官府衙门外，以颜佩韦等人为首击鼓鸣冤。太监们骄横不法，与民众产生了冲突，当场被打死了一个。东林厂于是，巡抚毛一鹭向朝廷报告“吴人尽反”，派军队镇压，逮捕了颜佩韦等五人，污蔑他们是“首乱者””，随即加以杀害。为防止民众再次造反，竟将五人首级悬于城门之上，来威慑民众。但当天晚上魏忠贤就做了一个恶梦，梦见五人索要他的首级。他极为恐慌，害怕自己就要死掉。这时手下人给他出了个主意，劝他给自己建祠堂，一来自己的肉身化成了塑像，可以镇住这些鬼魂；二来可以更好地控制民众，增添他们的恐惧心。一般祠堂都是为了纪念去世的人而建的，但魏忠贤还活着没死，所以就叫做“生祠”。于是魏忠贤就命令心腹在苏州为自己修建生祠。生祠建得富丽堂皇。匾额上是皇帝的御书“普德”两字。祠堂里面供奉着魏忠贤的肖像，用罕见的香木雕刻，眉眼口鼻，四肢衣着，都与本人一般无二。肖像的肚子里，装满了金玉珠宝。在头髻上留下一小孔，里面插着四季的鲜花，芬芳扑鼻，香气四溢。一帮马屁精每天都要到生祠烧香叩拜，命令凡是路过的人，也要行五拜礼，呼九千九百岁。
  有了打头的，别的马屁精自然纷纷仿效，都把这当成了向魏忠贤献忠心的手段。一时间“九千岁”生祠满天下。一座比一座富丽，“极壮丽庄严，不但朱户雕梁，甚有用琉璃瓦，几同宫殿”，祠中都供奉魏忠贤生像，头戴官帽，身穿朝服，手持玉笏，竟是帝王的规格了。各地官员在迎奉塑像时也庄严肃穆，俨然如迎接皇帝一般。不仅为官者如此，一般商人、土豪，乃至地痞、无赖也都跟着凑热闹，规模越搞越大，装饰越搞越华丽，有的地方甚至出现了拆民房、庙宇甚至于学校来争建生祠的。天启七年（1627年）五月，松江监生陆万令，居然奏请在国子监里为魏忠贤建造一座祠堂，还在奏章中肉麻地说“九千岁”功德盖世，堪比孔子，把魏忠贤和孔子并提。顾炎武在总结明亡原因时，说很重要的一条就是“士大夫无耻”，可谓在此得到了淋漓尽致的表现。
  但是，魏忠贤虽然是“九千九百九十九岁”，比“万岁”就差一点，但到底不是“万岁”，一旦皇帝不在了，他通天的权力也就没有了。天启七年（1627年），小皇帝一次在宫中花园里的湖中划船，不慎掉到了水里，魏忠贤吓坏了，赶忙跳下水去救皇帝，其他人也纷纷跳入水中。皇帝捞上来了，却因为惊吓，不久就生了大病。魏忠贤十分担心，他从宫中府库里找出大红寿字纱，做成衣服让宫中上下都穿上，来为皇帝祈福。还不停地让人对着皇帝的寝宫大喊：“圣驾万安矣”。但这一切都没有用处，八月二十二日，熹宗去世。因为他没有子嗣，皇后张氏主持立他的弟弟信王朱由检为帝，是为崇祯帝，也是明代最后一位皇帝。魏忠贤十分忌惮信王，对他即位百般阻挠，但在张皇后的坚持和周旋下，没能得逞。后来崇祯终于设计扳倒了魏忠贤，将之赶出宫廷，安置在凤阳。魏忠贤于路畏罪自杀。客氏则被赶到浣衣局乱棒打死。二人的亲族也大多被杀，依附他们的无耻之徒则被逐出朝廷。被魏忠贤排挤的东林党人再次上台，崇祯帝也有心励精图治。但已经太晚了，明朝已经是危急重重，从根子里腐烂了。十七年后，李自成大军攻入北京，崇祯帝在煤山自缢，明朝灭亡。
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