他的重心是从整顿军队入手，而整军工作以健全下级军官最为重要。因此曾在南方秘密网罗黄埔军校的学生到山西服务，从7月到9月，黄埔同学陆续至山西的，传闻已达两三千人，晋军中的排、连、营长多数都是黄埔学生。
  奉方确知晋阎正式参加革命军讨奉行动后，最为痛心，据吴俊升对人发牢骚说：“奉方对于他人容有对不住之处，但对阎锡山总算仁至义尽。去年冯玉祥进攻山西，奉方不分昼夜，拚命赴援。事定之后，绥远地盘给予山西，铁路收入双方分取。追击冯玉祥败军时，晋方要求奉方勿过绥远，奉军亦即照办。要求奉军勿置重兵，至今平地泉仅有奉军两营。于珍经晋军防地而至平地泉检阅部队，随身所带不过参谋副官，足以证明奉方对晋毫无作战部署与准备。奉晋双方重要人员随时均有见面，奉方整理内部，点验军队，决无对晋作战之意，晋方代表在北京岂有不知，即有怀疑，亦不妨明白质询。今竟事先毫不表示即将于珍等人全部扣留，实在太不够朋友。”
  吴俊升这种想法也可以说是奉方大多数人的想法，同时他们认为阎锡山自以为弃暗投明，可是在时间上的选择则非常错误，因为革命军阵营中正闹宁汉分裂，所以南方革命军势力不能给阎以强有力的支持，至于冯玉祥虽已消灭了靳云鹗，但阎、冯之间并不能水乳相融。所以这个时候奉方可以全力对付山西，如果解决了阎锡山，北方腹心肘腋之患就可以消灭，河南、陕西问题均可迎刃而解，北方统一可以告成，这是奉方的如意算盘。
  16年10月2日张作霖发表讨阎通电，电云：
  “（前略）阎锡山长晋有年，从前一切政变，向不参预。上年为冯逆所迫，围攻大同，蹂躏雁、代，晋北不保，太原垂亡。阎锡山信使往还，叠电告急，摇尾乞怜之态，如在目前。本大元帅以晋省系完善之区，晋民多纯朴之众。倘被赤徒恶化，地方不堪设想，用是激励诸军，力攻南口，接济械弹，救其灭亡。南口既下，大同解围。我军直趋绥北，转战数千里，兵无宿粮，马无积秣，甫克扫除绥境。功成之后，举土地、俘虏、械弹、战利品一无所取，拱手让晋，口不言功。此上年已往之事实，对于晋省人民，对于阎锡山个人，可谓仁至义尽，足以大白于天下者也。不意阎锡山狼子野心，认贼作父。年余以来，倒行逆施，反颜事仇，与冯逆相勾结。今年春间，竟于我军攻豫之际，出兵石家庄，意在断我归路，截我辎重。幸我军见机尚早，全师而归。当此之时，我军若问罪兴师，理无不可。本大元帅意存宽大，曲予优容，仍不忍以救晋者祸晋，非真于阎锡山之多行不义，毫无闻知也。自袭取石家庄，对于直境附近各县搜括骚扰，无恶不作，叠经派人疏通劝告，迄无悛改。其祸晋祸国之心，路人皆见。上月二十九日，突在大同附近，截劫火车，扣留我军官佐，并敢进兵察境，公然敌对。本大元帅维持大局，维持晋省之苦心，至此乃忍无可忍。兹已分饬诸军，实行讨伐。惟是上年驱除冯逆之后，北方大局，汔可少安。今阎锡山被人利诱，甘为戎首，是破坏北方大局者，阎锡山一人当负其责。本大元帅护国救民，始终如一。晋省军民，皆我一体。但期阡厥渠魁，决不穷兵黩武。倘阎锡山能悔过息兵，或其部下能自拔来归，仍当一体优容，不追既往。从前牺牲多数，尚能以绥、晋地归诸晋军，今虽不得已而对晋用兵，仍必顾全晋省真正民意也。特布区区，敬告有众。大元帅。冬。印。”
  张电发后，复于4日另下讨伐明令，原文云：
  “迭据直隶督办褚玉璞、察哈尔都统高维岳，先后电陈，山西督办兼省长阎锡山，擅调军队，盘踞直境井陉、获鹿、灵寿、顺德等十余县，并在石家庄遮断京汉路交通……。本大元帅以该督办素以保境安民为自全之策，此次种种妄举，或系受人煽惑，并非出自本意，故迭饬各地驻军，节节退让。所以曲予优容者，一则保全地方，不忍使三晋人民惨遭涂炭。一则阎锡山苟有丝毫爱国之心，冀其最后省悟，仍循正轨。讵该督办近复收编匪队，纵容滋扰深泽、藁城、晋县、无极等四县、荼毒生灵。突于九月二十九日，在察境京绥线永嘉堡、西湾堡破坏铁路，扣留客车，及中央检阅军队人员。同时并在石家庄一带，进兵侵犯各该地驻军，施行攻击，似此弄兵思逞，蹂躏地方，破坏和平，甘为戎首。既属人民之公敌，亦为国法所不容，应即听候严行查办。如系被人利诱，悔过息兵，仍当宽其既往，俾图晚盖。倘有抗拒情事，着由各路驻军一体痛剿，以维大局，而靖地方。其有被迫军官，准其自首，一经查实，免予追究，仍量加任用。倘始终不悟，甘心附逆，一律重惩，决不宽贷。此令。”
  10月5日，张学良、韩麟春亦有微电至阎，电云：
  “百帅勋鉴，顷得南京确报，知公与焕章定约，协以谋我，将信将疑，而贵军扣车拆路之耗又至，沉机一发，夫复何言。所不能已者，我两方数年合作之精神，千里驱冯之成绩，一旦毁弃无余，令人耿耿耳！民国以来，公既昌言保境，我方亦志在安民，玉帛往还，信使不绝。前岁焕章甘冒不韪，阴行诡道，煽惑友军，公与家君同申大义于天下，是以有张绥之役。道则相同，功则相让，奏凯雁门，酬庸绥远，未为过也。曾几何时，一变至此，良心迫我，如鲠在喉，故复略而言之。尝闻大人不顾小信，霸者不恤人言。不图今日亲承高义，我公高掌远距，非可以常格相绳。然不顾感情，当计利害，不泥小节，必为远图。今北方未残之局，公悍然冒为戎首而破坏之。黎元难欺，青史尚在！天下后世视公为何如人？此学良、麟春所未解者也。三晋河山，艰难缔造，十有六年。公苦心硕画，世所倾慕。今忽徇局外之诱，兴无名之师，徼非常之获，不至糜烂其民不已，表里山河，必无恙乎？此又学良、麟春所未解者也。夫荣辱在其所取，成败视其所与。论者谓公交邻之道善矣，今忽尽所为，为问北地胭脂之乱，所乱者何地？命乱者何人？公闻之否耶？大同怀左奸淫焚掠之惨，灭伦绝理，士民至今切齿，公知之否耶？公如云保守，不必视友为仇。公即有企图，何为认贼作父。人心固不可测，天性必无改移，证诸往事，为友为敌，固可了然。何去何从？岂容自误！公今所争，究为何事？所战究为何人？就令我军全数出关，北方大局，能统一乎？焕章交情能永久乎？苟一思之，不寒而栗。学良、麟春追随戎马之日久矣，天日不愧，何惧于公？而独为我公惧也。昨询仲雅，亦复无词。顾特表公诚恳，然则言与行背，得毋事与心违，往复百思，不得其解。彼方李二公，自为其友造机会耳……。今昔相衡，吾友安在？往事已矣，公既有必战之心，学良、麟春无退缩之理，鞭弭周旋，事非获已，临书待命，不敢告劳，即承动定不宣。张学良、韩麟春叩。微（五日）。”
  奉张自获悉晋阎参加革命军讨奉后，就积极布置一切，并召京外各将领入京，张宗昌2日晚由济到京，韩麟春、杨宇霆3日晨先后由奉赶到，连开两次通宵会议，对军事方针大体决定：（一）津浦线由第一方面军扼要防守，暂持人不犯我我不犯人宗旨。（二）阎锡山此次反奉，系以冯玉祥为后援，此路最为重要，二七两方面军，应依照原定步骤，努力向汴郑发展，以断冯、阎之联络。此路副总指挥，仍以张宗昌、褚玉璞分别担任。（三）阎锡山因奉主力军在京汉线，故对京绥路猛攻，意在分散兵力。其实阎之目的，仍重在京汉线，此线由张学良、韩麟春担任指挥，先取守势。（四）京绥路方面决定由张作相、汤玉麟分担正副指挥，一切照原定计划进行，亦应先取守势。10月4日晨张作相赴京绥，张宗昌返济南，张学良、韩麟春率八大处人员往保定，又令吴俊升为东三省边防总司令暂驻奉天，仍兼黑省督办原职，事实上代行东三省保安总司令职权，奉军全部入关，由吴直辖部队任奉天守备，以固省防。奉方认为晋省实力不多，接济困难，利在速战，故主张退至险要地点，严阵固守，以待晋军之疲。同时张家口非可守之地，决计放弃，集中实力于康庄、怀来、居庸、南口。京汉则分定州、高碑店两路固守，待时而击。
  晋军讨奉的战略，则已一变北方向来正面激战之老法，而多采旁击截攻之方，其最得意之便衣队，在京绥，京汉沿线时有出没。晋军进兵共分五路，第一路即系向张家口，而在柴沟堡激战。第二路由天镇向东南趋宣化。第三路由蔚县袭南口之后，意在附南口之背，俾京绥正面之晋军，可少牺牲。但奉军当局，亦已侦知，对此路甚为留意。第四路为石家庄，即在正定与奉军十五军激战。第五路在石家庄以南，沿京汉线，预备牵制大名之直鲁军。
  晋奉两军在京绥、京汉两路实力，至少均在10万以上。
  开战前奉、晋防军之分配情形大致如下：
  （一）京绥线奉军以高维岳之第九军为主力，辖三师一骑兵旅。第十六师郭希鹏驻丰镇，第十九师孙德荃驻张家口，第二十二师窦联芳驻张家口，察区骑兵旅董怀清驻集宁县。此外驻宣化怀来一带者，为汤玉麟之十二军，热河后防，则为热军一部及于花山第八师等。晋军以商震为晋绥军左路总指挥，所有驻大同之第十四师李服膺，第十师李生达，驻包头第九师吴汉华，第五师王靖国，驻绥远之第一师李培基，驻归化之第三师杨士元，及谭庆林之骑兵等皆归统率。