事实上，这时候的孙军孟昭月部约万余人均已到达兰溪，分向诸暨、永昌、洋埠、罗埠、游埠方面前进。周荫人的残部一师人也到了金华，向汤溪前进。皖南刘宝题部向祁门移动，李德明部趋严州、淳安间。原在杭州的白宝山、冯绍闵两师则向钱塘上游推进。这些迹象显示孙军欲乘革命军还没有集中完毕时，以主力沿衢江北岸，一部沿衢江南岸，会犯龙游和衢州，以一举击破革命军的前敌之师。
  针对孙军的企图，革命军乃以一部沿衢江南岸，主力沿衢江北岸攻击金华、兰溪。1月27日开始行动，中央军第二师进占龙游，孙军退守汤溪、洋埠、游埠。而皖南的刘宝题亦宣布起义，参加革命。29日晨革命军分三路进攻，右翼廿六军向汤溪攻击；中央军第一师向洋埠，第二师向游埠攻击；左翼军第四、第六两师向永昌、诸暨、寿昌攻击，经过激烈的战斗，全线挺进，占领洋埠、游埠及汤溪。孟昭月由兰溪仓皇逃走，全线向严州、桐庐、浦江和诸暨溃退。2月1日革命军中央军进占兰溪；2日右翼军进占金华。革命军乃乘胜分途进击，2月3日中央军先遣部队进占建德，右翼军进占浦江，左翼军一部进占淳安。白崇禧即令右翼军续向诸暨推进，中央军先遣队则向桐庐进击，左翼军以一部守备遂安、淳安，其余主力向分水推进，桐庐经过了一场小战斗遂被革命军占领。
  孟昭月逃返杭州，以其第十三团团长郝云亭为杭州戒严司令，以第二师第三旅段承泽部转调富阳，孟昭月且亲赴富阳督战，分两路反攻，血战四日，革命军士气如虹，终于摧毁了孟昭月的最后攻势。
  革命军在浙东赢得辉煌的胜利后，孟昭月逃回杭州，在杭勒索军费300余万元，然后率部转进松江，段承泽退武康，李俊义经德兴移吴兴，周荫人至嘉兴。
  16年2月18日革命军中央军即进占杭州；右翼军占萧山；左翼军主力进占临安、余杭。19日白崇禧入杭州。
  何应钦所直接指挥的东路军第四、五、六等三个纵队在16年1月下旬由闽北出发，第四纵队向江山，第五纵队向处州，第六纵队向温州分途兼程前进。何应钦将福建省政交方声涛以代理主席身份处理，福建治安则令谭曙卿负责维持。
  1月28日何应钦由福州经延平、建瓯、浦城越仙霞岭入浙，2月17日至衢州，23日抵杭州。
  2月上旬孙军蒋起凤和段承泽等部尚盘据宁海、绍兴，周荫人的司令部还在台州，另一部在临海、黄岩一带，革命军遂全面出击，从事肃清浙东的军事行动。
  浙东的战斗反复而曲折，可是由于革命军士气如虹，因此终告肃清浙东，收到辉煌的战果。
  孙传芳自2月中旬由杭败退后，其残部集中松江、上海一带。其时直、鲁军褚玉璞、张宗昌等部，纷纷南下，至3月初旬，鲁军毕庶澄部，已进抵苏、沪一带，一面积极部署，一面与革命军互通款曲，将鲁军作战计划密交与革命军，并声言愿与革命军合作，但以革命军不攻苏、沪，毕即率部由江阴北渡为条件，革命军不信毕有诚意。
  这个时候孙传芳内部已告分裂，其驻沪第九师师长李宝章部，已派员至杭州向革命军输诚，愿将上海及沪、杭线交出，率部向南京、浦口迎拒鲁军，当经革命军委为第十八军军长。此时上海工人正作大规模之罢工，要求孙传芳撤退，在沪海军已改树革命军旗帜，其陆战队已在沪登陆，又因皖南孙传芳部第六师陈调元部、第三混成旅王普部加入革命，皖南地区亦已为革命军江右军领有。不过孙传芳自战败后，野心未死，仍欲保有苏境，以图反攻，曾求救于鲁军，鲁军亦将南下参战，革命军如果不及早消灭孙军残部，则鲁军到达后必将先期发动。何应钦、白崇禧即在杭州召开军事会议，策定进军方略。
  一、以前敌总指挥所部之第一、第二、第三各纵队，沿沪、杭路前进，攻略上海。
  二、以东路军直属之第四、第五、第六各纵队及第二军经宜兴、溧阳，向常州、丹阳前进，进占该两地后，以一部右旋回向无锡、苏州，协同前敌部队围歼淞沪地区之敌，以主力左旋回向南京前进，与江右军协同攻略南京。
  何应钦和白崇禧在杭州商定进攻计划后，即分途率军前进，白率第一、第二、第三各纵队及李明扬先遣队，集中平湖、嘉兴附近，暂取攻势防御，俟何率领之各纵队占领宜兴、溧阳后，乃向淞、沪进攻。16年3月15日，革命军正围攻溧阳，白崇禧乃提前令各纵队于3月16日向淞、沪之敌开始进攻。
  3月16日，革命军开始攻击前进，孙军以松江为上海西南屏障，竭力抵抗，并以铁甲车及其所有炮火集中革命军铁路正面猛力轰击，革命军正面顿受损伤，无法进展。白崇禧为压制及摧毁正面孙军之火力，乃以铁路货车厢急造炮垒列车中山号增援攻击，并以第二十六军自右翼，总预备队自左翼，三面包围攻击。数次奋勇冲锋，孙军不支，纷纷向上海溃退，革命军遂于21日晨占领松江城。同日第二十一师自吴江前进，于当午占领苏州；遂分途乘胜追击，进迫沪郊。这时外国军队在租界内鸣枪示威，并越界构筑工事，借故抗拒与迟滞革命军之前进。经革命军强硬抗议后，外军始退入其租界内，革命军即续行进击，卒将直、鲁军第八军毕庶澄部，在闸北地区悉数包围缴械，淞、沪地区遂于21日全部平定。
  毕庶澄逃回山东。
  当革命军进攻淞、沪时，因得海军之协助，迫毕庶澄部撤退甚速。北洋海军总司令杨树庄，于革命军未入浙之前，即与革命军密取连络，当革命军东路军平定浙江，进攻淞、沪时，杨树庄即率海军向孙军及鲁军进攻，并袭击沪敌退却之长江后路，收效颇大。迨革命军攻克上海后，杨树庄就任国民革命军海军总司令职，将所有海军舰艇，编为四个舰队，以陈季良为第一舰队司令，陈绍宽为第二舰队司令，陈训咏为练习舰队司令，曾以鼎为鱼雷游击舰队司令，革命军有海军之加入，实力大增。
  淞沪之战告一段落，革命军即分由浙西和长江两岸向下游推进，打算把孙传芳的残部连同来援的直、鲁军一并围歼于沪宁之间。
  革命军以江右、江左两路军分向祁山、至德、潜山、霍山之线前进，16年2月20日孙部十五师师长刘宝题投效革命军，就任新编第三军军长兼江右军第四纵队指挥官；3月4日第六师师长陈调元亦投效革命军就任北路军总指挥兼第卅七军军长，叶开鑫投诚就任新编第五军军长，王普投诚就任新编第廿七军军长，安庆和皖南地区遂兵不血刃而全部底定。
  2月27日程潜率江右军主力向芜湖和宜城前进，3月6日占领芜湖，17日占领当涂。
  安庆、芜湖攻下后，革命军即可会攻南京，事实上革命军除了在当涂打了一仗外，余均势如破竹，国民革命军的北伐，在长江下游是进展神速的，而孙传芳虽然得到直鲁军的增援，可是对他的苟延残喘毫无帮助。
  孙传芳的主力和直鲁军毕庶澄、常之英两部，于16年3月中旬被革命军东路军在沪宁线及松沪地区击破后，即纷纷渡长江北退，国民革命军遂占领上海、苏州、常州、丹阳一带。革命军江右军同时占领当涂，进迫南京。江左军则向皖中挺进，与陈调元部协同压迫津浦南段及淮北地区。南京附近仅有直鲁军一部分，其余北洋军主力均已退集江北。
  南京方面褚玉璞部主力守备下关，一部在汤水、龙潭。粤军谢文炳、陈修爵等部，主力在江宁县，一部在淳化镇、龙都镇、秣陵关。鲁军第六军徐源泉部及白俄兵主力在陶吴镇，一部在江宁县，均积极加强工事，企图固守，待援反攻。江北方面：孙传芳所部，企图自运河两侧，张宗昌主力则企图自津、浦正面积极增援，期待革命军一旦渡江攻击时，乘机反扑。孙传芳及张宗昌则分驻于清江浦及蚌埠指挥。
  革命军以全力会攻南京。这时革命军的态势是白崇禧所率领的第一、第二、第三纵队已进占上海、苏州。何应钦所率领的第四、第五、第六纵队亦已占领横林、常州、丹阳；四方八面向南京合围。同时为了巩固淞沪防务，乃设立淞沪卫戍总司令部，以白崇禧任卫戍总司令，并抽调白军一部，增加南京方面之作战。16年3月22日，何应钦到达镇江，这时北洋军有死守南京打算，于是急电白崇禧，迅速肃清淞、沪残敌后，立即抽调一部与第五纵队乘车向南京增援。是日第四、第六纵队之先头，进至栖霞街、东流镇、汤水镇附近之线。
  16年3月17日革命军江右军占领当涂后，先头部队续进至采石矶、马家村之线，与东路军协定，会攻南京；原来拨归东路军指挥之第二纵队，亦于3月19日，到达溧水，归还江右军序列。这时第四师在柘塘镇，第五师在曹村镇，第六师在洪蓝埤各附近集结。程潜原定于3月21日，开始向秼陵关、江宁镇之线攻击前进。
  革命军既然已对南京合围，南京方面想作困兽斗的作为就有限了。
  民国16年3月23日革命军江右军第二纵队鲁涤平部占领江宁县后，进迫中山门、光华门；第三纵队贺耀祖部占领将军山、牛首山、幕府山，向通济门、武定门进击；第一纵队程潜部击破大小山、马石山、西善桥一带北洋军，向雨花台猛追。北洋军狼狈向城内回窜，革命军衔尾跟踪，自中华门冲入南京城。其余各纵队于是日晚亦分别进入城内，北洋军未再抵抗，纷纷逃散，一部由下关抢渡，窜回浦口，革命军遂完全占领南京城。