中央本无责难之意，吾弟又何必有引咎之辞，即令谦冲为怀，则安民保境，正足为补过之资，余以诚待人，当不轻事吹求也。吾弟英年重寄，笃实为先，欲宏远犹，必勋明德。段祺瑞。虞。”
  14年1月7日卢永祥抵达蚌埠，张宗昌率奉军第一军进驻浦口。卢永祥旧部第十师亦由江北开赴南京。原驻南京之齐燮元旧部第二、第六两师及补充旅奉韩国钧令，悉调驻镇江、江阴。
  1月10日，卢永祥、张宗昌进入南京。11日上海事变。上海是由宫邦铎和张允明分治南市、北市。宫邦铎是主力，他是淞沪护军使，北京承认的第六师师长兼第十九师师长。齐燮元到上海后，即运动宫的部队迫宫去职。宫无法指挥，遂于10日晚致电段祺瑞和卢永祥，宣布辞职。齐燮元掌握了第六、第十九师后，即联络孙传芳的军队联合攻击张允明，张军被攻溃散，张允明则逃入租界。于是齐燮元即自称淞沪联军第一路总司令，孙传芳称第二路总司令，联衔宣言占领上海，拒绝奉军南下。
  上海事变后，段祺瑞即于1月12日责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸迅速戡定上海事变。同时电令安徽军务善后督办王揖唐就近派兵协助卢永祥，并令何丰林收编已溃散的陈乐山旧部第四师。
  孙传芳也派谢鸿勋为第四师师长，收编陈乐山的溃军。
  上海总商会则乘宫邦铎、张允明被逐时，宣布上海为不设军职、不驻军队及将兵工厂迁移他处的不设防城市。
  东南大学校董和教职员则反对北京教育部将校长郭秉文免职，主张教育独立，不宜随政潮进退。
  14年1月13日北京执政府下令奖励孙传芳撤兵回浙。
  这显示段祺瑞把齐孙分别处理，孤立齐燮元。
  同日又令派陈调元帮办江苏军务善后事宜，白宝山为海州护军使，马玉仁为淮扬护军使。
  在上海的张允明部一师一旅，及陈乐山的第四师残部只有少数投入齐、孙两军。其余为数1万余人悉向租界缴械，即由租界当局收容。
  上海的领事团，鉴于战争可能波及上海，乃开会决议：禁止中国失意军人在租界活动，并调各国的海军陆战队登陆，监视所收容的中国溃兵。
  卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。
  苏军总指挥秦洸在苏州被当地驻军攻击，苏州商会付出一笔钱请秦洸离苏州。上海齐燮元军队即通过苏州，与常州镇江的齐氏旧部联合。
  1月14日淞沪联军孙传芳齐燮元联名发表通电：愿意撤退上海地域内所有两省驻军，废除护军使及镇守使名目，反对以后再设类此军职，兵工厂亦即日择地迁移。北京执政府亦颁布处置浙、沪问题三令：（一）淞沪护军使一缺着即裁撤。（二）上海兵工厂着陆军部即日饬令停止军用工作，以便招商承领改组商业工厂，并先委托上海总商会暂行接收，妥为保管，即由该部遴派专员会同该商会妥筹办理。（三）上海嗣后永远不得驻扎及设置何种军事机关。
  1月16日北京执政府令：
  “此次苏浙军队发生冲突，闻齐燮元有从中煽惑情事。……应另派员查办外，嗣后各该省军长官，务各严饬所部，恪守疆界，不得轻信谣诼，致启衅端。如再有前项情事，定惟各该长官是问。”
  又令：
  “暂兼督办江苏军务善后事宜韩国钧，准免兼职。特任苏皖宣抚使卢永祥兼督办江苏军务善后事宜。特任方本仁督办江西军务善后事宜。长江上游总司令王汝勤着兼任帮办湖北军务善后事宜。山东、福建督理缺员着即裁撤。特任郑士琦督办山东军务善后事宜。孙传芳督办浙江军务善后事宜。周荫人督办福建军务善后事宜。派卢金山为长江上游副司令。”
  卢永祥在南京自有一套想法，其实对他来说仍是旧调重弹，他于三年前做浙江督军时，因受第一次直奉战争影响，曾一度通电倡议废督，通电中慷慨陈词，一时极为舆论所赞美，可惜后来卢氏对于通电所提倡的事，仅能做到改“督军”名称为“军务善后督办”而止。致舆论对他颇为失望。
  14年2月27日卢永祥又电段祺瑞吁请废督。他的电文中有不少的警句：
  “……废督之议创之久矣！上既惮而莫敢为，下遂锲而不忍舍。一日不废，则一日不能息民。废督以前大要者二，曰定军制、曰划军区。然此非一省之事也，有一省以创之，中央鼓其激昂之气，推之邻省焉。推之全国焉。则事无不举矣。……应暂以徐州一带为国军区域，大江以南不再驻国军。凡驻苏国军一律调赴国军区域，悉听中央指挥。饷由部给，不干省政。苏省固有师旅，酌量苏之财力另行改编，归省长节制。浙省同时将国军调赴国防规定区域，不得仍驻江浙毗连境壤，并将军务善后悉听中央主持。”
  在当时浙江人民环请撤兵的时候，这些话是中听的，也是必要之举。同时他对江浙军务善后督办一职要求北京政府迅颁明令永远废除，为各省倡。
  卢永祥这一个电报的“动机”从善的一方面说，他已经真实觉悟了；从恶的方面说，他想玩弄三年前的老手法。至于影响方面，在善后会议中已经有人向政府责问处置办法，政府答以通盘筹划四个字，似乎还没有同意卢氏这个废督的计划。皖督办王揖唐在京，表示赞成卢氏办法，愿将安徽军务善后督办陪同裁撤。对卢更备极揄扬，而江浙各团体亦以“与人为善”之心，纷纷通电赞成。南京方面虽有人假造省议会电报，说废督尚非其时，请政府催卢氏速就江苏军务善后督办职，可是随即经省议会正式否认了。政变以后，冯玉祥的呈请辞职，通电下野出洋，就曾博得当时舆论界的称扬。现在舆论也对卢永祥电请废督一事大为推崇。不过有实力的人附合的并不热烈。
  江浙和约签定后，上海的护军使等军职真个废掉了，军事上所必争的兵工厂完全交由总商会接收了，浙奉两军的大队也都离去，兵也可算是没有了，上海人半年来所努力进行的避免兵祸运动，仅仅就军事关系说，到此可谓已经成功，剩下来的是上海地域内所尚未解决而成为问题的，就是上海怎样成为特别市或商埠的建设问题。
  上海民政的改组，当初从事于避免兵祸运动的上海人似乎都还没有考虑到，执政府于1月15日所下的三个命令亦仅说到上海为通商重埠，此后永远不驻兵队及设置任何军事机关，而未说及民政事宜的如何处置。反而是齐燮元、孙传芳的联合通电中倒能说出“……其民政事宜，与平常县份不同，拟另组成政厅以理之”的一句话。战事粗定时，江苏省长韩国钧于1月29日在百忙中首先声明于上海设特别市，电聘上海旧市董李平书等11人为筹备委员，令先行拟定区域如何划分？机关如何组织？职权如何分配诸事宜。而上海有几个商人，则提出意见于总商会，反对上海市政悉由少数苏绅主持。申述执政府拟改上海为特别区域，永不驻兵，特设督办处理民政，而主张督办直隶中央，地方事宜由地方绅商共同处理。同时，上海的舆论，则一致主张上海应筹改为特别市，市政厅须以市民为主体，市长须由市民公选。战后一个月间，关于上海的建设问题，引起了剧烈的争议，中央与苏省政府、商人与市民，都各表示不同的态度与意见。
  事实上，执政府对于江苏省长聘请委员筹备特别市一事，并未有所表示，可说完全不承认其效力。2月6日北京政府下令任孙宝琦为淞沪商埠督办、虞和德为会办。不过定上海为商埠，是与上海人民设立自治市的希望背道而驰，因此舆论反对，颇为剧烈。至于江苏省政府所聘的筹备委员会，则积极进行筹备，一面拟成淞沪特别市筹备会章程，大致划定上海、宝山、川沙、南汇、太仓等五县所属40余市乡为特别区域，并与各县公团所组织的市政协会联络，定于3月5日召集特别市临时市议会，讨论一切重要问题；一面力争特别市根本立法，须由筹备处拟定，经市乡同意施行。这项关于特别市筹备会的事情，迭由江苏省长电致北京内务部，但迄未得到复电。
  江浙二次战后，闹得最有声色的是上海问题。废使、撤兵与迁厂的运动均告成功，于是，使得同受兵灾各地望而生羡。和上海地域相毗连的如松江等处，纷纷要求加入上海区域，相距稍远的如苏州等处，则图谋仿上海组织特别市。于是江南同受兵灾的各地方，乃形成了大规模的避兵运动，所谓太湖流域联合自治的运动乃告发生。
  太湖流域联合自治运动，酝酿于14年2月中旬，发动于3月初旬，它的目的在谋组织特别区域，实行自治，永避兵祸。他的方法在仿效上海的办法，联合太湖流域的镇江、常州、苏州、太仓、松江（以上属江苏省），杭州、嘉兴、湖州（以上属浙江省），八旧府属各法团的代表，一面请政府撤去域内军队，一面举办民团以谋自卫。最初发起的是在江浙战事中受祸最烈的常州、无锡、湖州三处旅沪人士。后经杭州等处绅商的赞同，乃在上海组织太湖流域联合自治筹备会，发电恳求卢永祥、张宗昌饬各军退出太湖流域，并推代表分赴南京、杭州及北京向各当局呼吁。
  太湖流域人民是由于两次江浙战争中饱尝兵灾滋味，因而进行避兵运动，他们入手的第一步，在吁请撤退域内军队，以免妨碍春耕及妨碍农事。这个太湖流域联合自治运动，在大体上，是值得同情的。