长江方面各省面对北方的新形势，不能不自作打算，13年11月10日，苏、鄂、浙、陕、闽、赣、皖、豫八省和海军方面重要人物在南京召集会议，决定由齐燮元、萧耀南、孙传芳领衔联名通电邀请段祺瑞出山。
  张作霖于11月17日到了天津，立即电邀冯玉祥到天津和段祺瑞会面，段、张、冯的会晤，是直系战败后有名的天津会议。
  天津会议的第一项决定，就是拥段祺瑞到北京主持政务，段祺瑞表示要有权才肯出山，张、冯都表示决对服从命令。其实段虽然坚持要全权，实际上则不能不迁就奉系和国民军。张作霖为了敷衍段，主张推选卢永祥率领奉军张宗昌、吴光新两部沿津浦铁路南下，攻取南京，以卢为苏浙巡阅使，张宗昌为江苏督军，吴光新为浙江或安徽督军。同时承认国民军由京汉路南下向豫、鄂发展。
  苏、鄂、浙、陕、闽、赣、皖、豫八省则以联防的姿态而反对北方势力的南下，俨然和奉系及国民军对峙，段祺瑞既然受张、冯的拥戴，又得到东南八省的推举，当然是唯一的一位适当人物。因此段在天津会议中向张、冯强调和平，勿对东南用兵，同时对长江各省则分别派员南下疏通，请勿轻举妄动。
  11月17日吴佩孚在汉口发表筱电，组织所谓黄河上游及长江各省护宪军政府，这也促使天津会议积极求得一个协调的行动，并促成段祺瑞早日入京。
  段祺瑞自从在民国9年直皖战败后在北京政坛上退了下来，一直息隐天津。他本是袁世凯死后北洋军阀正统的继承人，只因迷恋于武力统一中国，对湖南用兵，导致直、皖两系分家，终至兵戎相见，被直奉联军所击败。如今东山再起，已没有当年的雄心和气概了。
  段祺瑞在天津会议上接受了出任中华民国临时执政，于13年11月21日发表通电，宣布就任执政后大政方针云：
  “（衔略）共和肇造，十有三年。干戈相寻，迄无宁岁。驯至一国元首，选以贿成，道德沦亡，法纪驰废，诛求无厌，户鲜盖藏，水旱交乘，野多饿莩，国脉之凋残极矣，人民之困苦深矣。法统已坏，无可因袭，惟穷斯变，更始为宜。外观大势，内察人心，计为彻底改革，方足以定一时之乱，而开百年之业。祺瑞历秉大政，无补艰危，息影津门，栖心佛乘，既省愆于往日。冀弭劫于将来。迩者慧起天角，芒缠直北，征糈则千万一掷，拘役则十室九空。萃久练之兵，为相煎之用，人民何辜，遭此惨黩。所幸各方袍泽，力主和平，拒贿议员，正义亦达。革命既已，百废待兴，中枢乏人，征及衰朽。祺瑞自顾疏庸，讵胜大任，乃电函交责，环督益坚，不得已拟于十一月二十四日入都就中华民国临时执政之职，组织临时政府，暂维秩序。海内久望统一，舆论趋于革新，愿与天下人相见以诚，共定国是，如制定国宪，促成省宪、改订军制、屯垦实边、整理财政、发展教育、振兴实业，开拓交通、救济民生诸大端，必须集全国人之心思才力以为之，庶克有济。现拟组织两种会议，一曰善后会议，以解决时局纠纷，筹备建设方案为主旨，拟于一个月内集议，其会议简章另行电达。二曰国民代表会议，拟据美国费城会议先例，解决一切根本问题，期以三个月内齐集。其集议会章，俟善后会议议定后即行公布。会议完成之日，即祺瑞卸责之时。总之，此次暂膺艰巨，实欲本良心之主张，冀为彻底之改革，谨宣肝膈，期喻微衷。邦人君子，幸垂教焉。段祺瑞。马。”
  段祺瑞于13年11月23日由天津乘专车至北京，冯玉祥和黄郛都在车站迎接。第二天，段即在陆军部大礼堂宣誓就任中华民国临时执政，并公布中华民国临时执政府制六条：
  第一条：中华民国临时政府以临时执政总揽军民政务，统率海陆军。
  第二条：临时执政对于外国为中华民国之代表。
  第三条：临时政府设置国务员，赞襄临时执政处理国务。
  临时政府之命令及关于国务之文书，由国务员副署。
  第四条：临时执政命国务员分长外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育、农商、交通各部。
  第五条：临时执政召集国务员开国务会议。
  第六条：本制自公布之日施行，俟正式政府成立，即行废止。
  段祺瑞就任执政后，就发表内阁名单如下：
  临时执政：段祺瑞
  内务总长：龚心湛
  财政总长：李思浩
  外交总长：唐绍仪
  陆军总长：吴光新
  海军总长：林建章
  司法总长：章士钊
  教育总长：王九龄
  交通总长：叶恭绰
  农商总长：杨庶堪
  执政府就设在陆军部，执政府秘书厅则设在相连的海军部，秘书长为梁鸿志。
  临时执政府是过渡性的组织，执政总揽军民政务，统率陆海军。不设内阁总理，实行民主集权制。
  和临时执政府配合的，是国会成立非常会议，由未参加贿选曹锟的国会议员组成，于11月25日通过组织大纲公布，共11条如下：
  第一条：本会议由未参加十二年十月五日非法大总统选举会之国会议员组织之。
  第二条：本会议制定一切临时法规，并议决关于政治重要事件。
  第三条：本会议非有十四省以上之议员列席，不得开议。
  蒙古、西藏、青海、华侨各选举区以省论。
  第四条：本会议之议事以列席议员过半数决之。
  第五条：本会议设行政委员，执行一切事务，由各省议员互选一人充之。
  第六条：本会议开会之主席由行政委员依次充任。
  第七条：本会议得设各委员会。
  第八条：本会议设秘书厅承行政委员会之命令，办理事务。
  第九条：本会议至正式代表民意机关完全成立时为止。
  第十条：本大纲有议员十人以上之连署得提修正案，以列席三分之二以上议决之。
  第十一条：本大纲自议决宣布日施行。
  段祺瑞就任执政后不顾大多数国人，尤其是国民党的反对，决定召开善后会议，依照善后会议组织条例第二条分别邀请，计合于第一项有勋劳于国家资格的，有孙中山和黎元洪两人，段于14年1月1日分别致电孙、黎两氏，电云：
  “北京孙中山先生、天津黎宋卿先生勋鉴：共和肇建，已十三年，追维缔造之初，同负艰难之责。乃自创始以迄于今，国困民贫，兵多法敝，独居深念，寝馈难安。因此不辞劳怨，不避艰险，暂膺重任，冀尽我心。方今急务，治标以和平统一为先，治本以解决大法为重。善后会议所以治其标，国民代表会议所以治其本。善后会议条例前经公布，计邀鉴察！现拟尽本年二月一日以前在北京开会，敬请我公惠临，共商大计。如因事不能列席，即乞迅派全权代表与会。民生憔悴，国势凭陵，忆当年袍泽之劳，动此日缨冠之念。想我公必具同情也。至国民代表会议，应由全国人民公意组织，以符主权在民之意。合并附陈，统希赐复，无任企祷。祺瑞。”
  同日段又电上海分致唐绍仪、章炳麟，岑春煊，电云：
  “上海唐少川、章太炎、岑云阶先生鉴：善后会议条例前经公布，计邀鉴察。此会专为整理军事、财政及筹议建设方案而设，并为国民代表会议之促进。质而言之，即沟通各方之意思，由各省以及全国共谋和平统一，拟尽本年二月一日以前在北京开会。素仰我公爱护民国，休戚与共，学术湛深，经验宏富，守正不阿，久孚人望。敬请惠然肯来，共商大计；至关于国家根本大法，应照马电组织国民代表会议，由全国人民公意解决，以符主权在民之意。特电布臆，即希电复。祺瑞东”
  另电致王士珍等，电云：
  “北京王聘卿、汪精卫、黄膺白、熊秉三、赵次珊、胡适之、李印泉、潘力山、乌泽生、刘慰斋、杨畅卿、邵次公、彭临九、李伯申、汤斐予、林宗孟，天津张敬舆、严范荪、梁卓如、朱桂莘、杨邻葛、饶宓僧，上海王竹村、杨沧白、褚慧僧、虞洽卿，香港梁燕孙，诸先生鉴：善后会议条例前经公布，计邀鉴察，此会专为整理军事、财政及筹议建设方案而设，并为国民代表会议之促进。质而言之，即沟通各方之意思，由各省以及全国共谋和平统一。拟尽本年二月一日以前在北京开会。素仰我公学术湛深，经验宏富，守正不阿，久孚人望。敬请惠然肯来，共商大计。至关国家根本大法，应照马电组织国民代表会议，由全国人民公意解决，以符主权在民之意。特电布臆，即希电复。祺瑞东。”
  段并电致各省区法团云：
  “北京、天津、上海、汉口总商会，暨各省区省议会、省教育会、省总商会、省农会均鉴，照善后会议条例第六条之规定。应设专门委员会审查大会所交议案，并得出席报告及陈述意见。兹决定聘请左列各团体人员为委员：（一）省议会议长一人。（二）省教育会会长一人。（三）省总商会会长一人。（四）省农会会长一人。（五）北京、天津、上海、汉口总商会会长一人。（六）各特别区与省同，无者缺之。善后会议现定于二月一日开会，望即迅速赴京与会，并盼将赴京人员姓名及行期先行电告为盼。段祺瑞艳。”
  孙中山一直反对召开善后会议，认为善后会议不能代表全国各党派和各阶层，因此不是一个解决国是的机构，所以在段祺瑞决定召开善后会议时，国民党中央执行委员会就发表一项宣言，声明对于善后会议的召开不能赞同。
  国民党的宣言如下：
  “去岁十一月十三日，本党总理公布对于时局之宣言，主张开国民会议，以解决时局，而先之以预备会议，以议定国民会议之基础条件，召开日期，选举方法等。