由于海军三舰退出，战斗实力减弱，孙中山乃决心守卫长洲要塞。9日下午1时，鱼珠炮台的叛军钟景棠部渡河袭击长洲。要塞司令马伯麟部开枪应敌，叛军死伤甚众。可是海军陆战队孙祥夫部叛降陈军，反戈相向，引敌登陆，长洲要塞遂告失守。海上各舰在望远镜下看到，愤恨不已，即向鱼珠叛军轰击，只以距离太远不能收效。
  马伯麟退出长洲要塞，即登永丰舰向孙中山请罪，孙颇予优礼，同时下令各舰集中新造西方，收容要塞溃兵。孙主张在长洲要塞失守后，惟有进攻东歪炮台，以为海军根据地。马伯麟及部分海军将领认为东歪炮台地形险隘，炮队密布，攻夺不易，就是想通过也很困难，所以大家仍主张把舰队移到西江去活动。可是孙中山坚持原意说：“我们如往西江，必须经过中山、鱼珠各炮台，何况三大叛舰驻守沙路港口，正监视我们各舰行动，就算我们能冲过中山、鱼珠，三大叛舰也会阻挡我们，到那时岂不是进退两难。所以我们唯有出击东歪炮台，驶入省河，别无他途。”各舰长在孙指示下乃鼓勇驶入省河。
  10日上午2时，孙中山率领永丰、楚豫、豫章、广玉、宝壁等舰由海心冈驶至三江口，天色微明，各舰乃向东歪炮台叛军阵地试射，叛军还击，一时炮声隆隆。当时舰队炮少，叛军据有炮台形胜之地，布置既密，大炮又多，因此各舰只虽然发炮，却彷徨不敢驶进。孙慷慨对各舰下令说：“民国存亡，在此一举，今日之事，有进无退。”9时半孙先以座舰永丰舰率先前进，然后再命其他各舰随后前进，向东歪炮台猛轰。豫章舰长欧阳格最告奋勇，攻击甚为得力。不料舰队刚到炮台附近，叛军两营野炮队早已密布两冈，由四面八方发炮还击，永丰舰中了六弹，船身震荡甚剧，其余各舰亦均受伤。
  孙中山在枪林弹雨中立于永丰舰的甲板上指挥若定。谢心准请孙入舱，孙不理，亲自指挥舰上炮手开炮，舰上有多人受伤仆甲板上，血迹殷然，孙亲扶伤者下舱，态度镇定而从容。
  7月10日孙中山率各舰冒枪林弹雨直入白鹅潭。永翔、同安二舰亦随从来归。当时广州税务司夏竹和英商惠尔来谒，夏竹先问：“总统是否来此避难？”孙说：“这是中国领土，我当然可以自由往来，你怎么可以说我是避难？”夏说：“只因白鹅潭是通商港口，接近沙面，万一战事发生，恐怕牵及外国兵舰。不如请总统离粤，以使广州商业不受影响。”孙听了大为生气，不过没有流露出来，只是庄严地说：“这话不是你所应该说的，我生平只知道公理和正义，不畏强权，不服暴力，决不怕无理的干涉。”夏竹为之悚然。英商惠尔在旁听了肃然起敬说：“总统真是中国的伟人，谁说中国没有人才，我今天亲见总统的大无畏精神，令人无限景仰。”两人乃告辞而去。
  接着海军部长汤廷光来函，请求孙中山停战，自己愿负调停之责。孙乃立即复了一信云：“专制时代君主尚能死社稷，今日共和国家，总统死民国分所应尔。如叛徒果有悔过之心，则和平解决，吾亦所愿也。”第二天孙正在慰劳海军将士，忽接汤廷光送来议和条件，完全以敌体相待，并限于第二天12点为答复期限。孙看了勃然震怒，即令秘书起草答复，信内有云：“叶逆等如无悔过痛改之诚意，即如来函所云，准以明日十二时为限可也。”
  19日孙中山再督军舰猛攻前山炮台，予叛军以打击。
  这时，由于孙所率军舰驻节白鹅潭后，与外人之战舰鳞次栉比。陈炯明、叶举等有投鼠忌器，势难炮击，生怕发炮不慎波及外人，惹出交涉。可是谋害孙之心并没有稍戢，曾暗中和桂系周天禄商量，周天禄主张以水雷去袭击孙的座舰，叶举乃许周天禄，如果奇袭成功的话，即任命周为水警厅厅长。周于是赴广南船澳和他的同事徐直等制造水雷，并教授徐直以施放水雷之法。于是徐直率同事三人携同水雷，自驾小轮潜向白鹅潭进发，迨放置水雷后即遄返广南船澳向周天禄复命，大家以为计时可以成功，于是置酒猜拳，兴高彩烈，以为永丰舰必被炸为齑粉。
  19日10时，白鹅潭海面隆然一声，水花怒放，可惜这个水雷系用白铁火水罐，内贮炸药15磅，炸力微弱，又值潮水涨满，永丰舰移动，距爆炸处远，故未击中，徐直等复乘小轮往观动静，见永丰舰无恙，相顾失色，正拟转舵图脱，为乘电船来追之水兵捕获，查出真相。由于白鹅潭内有英、美、日军舰，叛军乱放水雷足以威胁外舰安全，故各国领事向叛军提出抗议，叛军这项行动乃告中止。
  一九八、孙中山离粤去沪
  陈炯明叛变后，北伐军回师，11年7月9日，先头部队与叛军开始接触，展开激战。10日三路北伐军均与叛军接触。叛军自占领韶关后，前进部队仅至大桥为止。以韶关及芙蓉山，帽子峰及河东莲花山一带高山之险要形势为防线，修筑坚固工事，布满铁丝网，以抗回师的北伐军。双方接触后，右翼滇军占领白虎坳、黄冈岭、鸡公岭等要地，迫近韶关外之帽子峰；中路李福林部迫近流塘、下长坝一带，向高地之陈军施行攻击；左翼许崇智部孙旅迫近东锡窟前背一带。
  许崇智部第九旅黄国华及何梓林两部，连占鲁溪、坝子圩等处，19日占领狮子岭及翁源城。叛军方面急调援军支持，因有粤汉路运输之便，增授迅速，而北伐军则水陆交通均形不便，翁源失守。20日许军张民达苦战再度收复翁源，但又失守。24日黄大伟部集中始兴，到达翁源前线，三度攻克翁源。火山方面战事亦极激烈，北伐军久战疲劳，前线颇有动摇之势，许崇智亲自进驻火山。24日北伐军猛烈攻击，大破叛军，叛军全线向大塘韶关方面总退却。北伐军乘势追击。27日许部左翼进占莲花山阵地向韶关车站猛攻，陆旅向马坝方面进攻，另一支进占大塘、羌在街之线。湘军第七混成旅旅长陈嘉祐驰援，助攻叛军。
  正当回师的北伐军节节胜利时，由赣返粤之第一师梁鸿楷部陈修爵团突投效叛军，由马坝向北伐军左翼陆旅进攻，陆旅久战兵疲，不能支持，首先退却，于是牵动全线。各部遂总退却。
  29日韶关方面之北伐军失利，翁源方面亦被叛军击破，全线摇动。湘军陈嘉祐所部三旅，一旅在火山，其余两旅在周田、仁化尚未加入阵线 ，亦连带退却。30日各军退至始兴县属之江口，才收容部队，重加整顿。叛军追击至长冈、水南、水口等处。北伐军获知翁源方面亦告失败，于是自江口退却。8月3日退至赣边的南雄，第九旅黄部退至虔南，赣军赖世璜部退至信丰，李明扬部退大庾，李福林部一支退仁化，一支退南雄，滇军朱培德部、湘军陈嘉祐部因为河川阻隔退南雄不易，向湘桂边境退却。当时李烈钧在南雄，主张各军全部退桂林，许崇智则因为在福建有延平王永泉的关系，以及多年和福建的历史，主张退福建。结果分道扬镳，许崇智军、李福林军及黄大伟部偕同退福建，李烈钧之赣军、朱培德之滇军、陈嘉祐之湘军退往湘边，李烈钧则赴上海养病。
  8月4日南雄为叛军所占，6日北伐军退至龙南、会昌、瑞金，转出福建。
  回师讨逆的北伐军全盘失败后，对于在白鹅潭坚守待援的孙中山自然是一个严重的消息，因为这表示守株“无兔”了。孙中山在永丰舰上维系军心可资号召的希望断绝了。因此随侍孙左右的人都劝他速离广州，别谋发展，而最重要的事是如何安置那些前线军队。孙认为一定要得到前方准确的情报，内心始安。
  8月9日得悉陈炯明又有攻袭孙中山座舰的计划，专攻永丰舰，并贿买海军将士保持中立，还有一个阴谋是收买某一舰长，伪为抵抗 ，向沙面的外人住宅区发炮，这一来当然引起了国际交涉，嫁祸于孙。由于这些情报，大家认为孙不能再居永丰舰，使自己目标如此暴露。孙说：“我们可以派人通知各国领事，促请他们自卫，并且注意这些阴谋。郑重告诉他们如果有这种行动，当由陈炯明负责。”
  这时，南雄失守的消息传到座舰，孙中山乃召集各舰舰长及重要干部会议，大家认为：赣南失陷，南雄不保，前方腹背受敌，战局当然恶化。总统株守省河，有害无益，还是离开这个困窘之地，别图发展为上策。
  孙接纳了大家的建议，决定离开广东去上海。派人通知各国领事。原订计划是乘搭商轮，但英国领事表示可派炮舰摩汉号护送去香港，乃改乘英舰。
  8月9日下午3时45分，孙中山率蒋中正、陈策、黄惠龙等由永丰舰登英炮舰摩汉号，舰队善后事宜委托秘书林直勉、参军李章达代办，加发所有官兵一月薪饷。
  孙中山在英炮舰上与幕僚人员讲述外交上应取的态度。当日下午4时摩汉号由广州启航，7时出虎门要塞。孙对左右感慨地说：“真没有想到我和各位能够脱险，还能到今天。今后只要一息尚存，此志不懈，民国责任仍在吾人身上，不可轻弃以负初心。”这天晚上孙意气自若，与幕僚纵谈时局至深夜2时才就寝。
  8月10日上午6时抵香港，即转搭俄国皇后号邮船去上海，香港政府派员照料一切。留港的国民党员古应芬、谢持、汪兆铭、刘纪文等都登轮晋谒。正午12时邮船由香港启碇出口驶沪。在邮船上孙中山曾纠正外人对广州事变的影响，因外传陈炯明叛变为“革命”，孙说：“革命与叛逆之名相反，革命为一庄严宝贵之名词，革命有革命之主义，革命之精神与道德，法国革命之主义在自由，美国革命之主义在独立，中国之革命在求实行三民主义。