10月1日孙中山致电湘督谭延闿，促湘军出师助攻，直下北江以攻桂军。
  魏邦平和李福林的独立，摇动了广州的桂系，而海军亦逼桂系的粤督莫荣新离粤，莫荣新不得已乃倡调和之说用作缓兵之计，且用各种方法离间粤人，孙中山和唐绍仪、伍廷芳都致电魏李两人，敦促他们迅速驱莫以安粤局。
  粤局本可一鼓而定，不料粤军进入粤境后，政治因素复杂，反而胶着不前，于是孙中山再促留在上海的蒋中正赶赴粤境，共图收复广州，惠州。蒋于9月30日由上海启程，10月3日抵香港，拜奠朱执信灵枢；5日上午乘船至汕头，登岸后即赴粤军总部和各参谋晤面，并拟定作战意见致驻扎老隆的陈炯明。
  蒋的作战计划为左翼当独立作战，固守潮梅，海、陆丰暂时放弃亦可，目的在诱敌深入，俾松弛敌人在惠州的防务，以便右翼作战。右翼可分为二部：一向龙门、增城前进，独立作战；一部固守河源、紫金，监视惠州，相机规取。如果直取博罗，反而促成桂军死守死战之心，可能旷日持久，转不如西向龙门绕道。
  作战计划拟定后，蒋即驰赴前线，加入右翼军作战。
  粤军新攻势开始，桂军在各战线上俱露疲态，侧面后方俱受威胁，士气沮丧，战斗力大减。迫不得已，乃拟将惠州交与李根源，调回林虎、马济以对抗宣布独立的魏邦平和李福林。可是李根源却孤军难支，遭粤军猛击，损失子弹300余箱，团长一名亦被击毙，桂系的滇军陷于极端困境。
  10月20日粤军第二军军长许崇智因病请假，由蒋代统其军，声威大震，所向克捷，桂军三四千人弃泰尾焚掠民居向惠州溃退。
  10月21日，粤军第二军进至黄麻陂，粤军熊略部占领横沥，邓铿部进至家公岭与和平山的左翼军联络。合围后，粤军乃于22日一举攻克惠州城，桂军向博罗鲤湖退却。江门警卫军和高、雷、钦、廉、琼各处民军四起应援，东江桂军进退失据，广州桂军又陷于被围攻中。这时候的桂系已成强弩之末，只希望能安全离粤就于愿已足了。
  10月23日陈炯明召集军事会议于惠州，决定总攻广州计划。以左翼军扫除增城的桂军，向龙门埔前进，进攻广州的西北；以中路军扫除石龙的桂军，沿广九路右方前进，集中龙眼洞，担任东面的攻击；以右翼军扫除东莞的桂军，沿广九路左方前进，攻击广州东南。
  广州的桂系坐困釜底，不得已遂于10月24日宣布取销军政府，岑春煊、陆荣廷、林葆怿、温宗尧等通电解除政务总裁职务。
  桂系统治广东的局面到此结束，附庸桂系的政客集团也同归消灭。林葆怿本来是随程璧光一同南下护法的，随后受桂系的引诱，投奔桂系，现在桂系崩溃，林葆怿竟通电与北方海军联合。
  25日粤军第一军攻克石龙，桂军向增城、东莞退却。
  博罗、石龙相继落入粤军之手，广州已无险可守，26日莫荣新率领残军于逃出广州前，发出通电声称把广东交还北京政府，同时取消西南自主，公然向北方投降。林葆怿、沈鸿英也潜逃无踪。
  27日粤军进入广州。
  在东江的桂军残部由马济率领，绕道北江回桂，全粤遂次第光复。许崇智设军部于广州市内的潮州会馆。
  29日孙中山函勉蒋中正，有云：
  “我所求者，惟期主义政策与我一致，即我所谓服从我卅年来共和主义，而岂若专制之君主，以言莫予违为得意耶？兄与英士共事最久，亦知我所以待英士矣。……执信忽然殂折，使我如失左右手，计吾党中知兵事而且能肝胆照人者，今已不可多得，惟兄之勇敢诚笃，与执信比，而知兵则又过之。兄性刚而嫉俗过甚，故常龃龆难合，然为党负重大之责任，则勉强牺牲所见，而降格以求，所以为党，非为个人也。”
  北方因岑陆等宣布投降，遂颁南北统一之令，孙中山与唐绍仪、伍廷芳、唐继尧正式宣言军政府依然存在，西南护法，非为个人权利，北方如果有谋和诚意，唯有在和会中谋取解决途径。
  11月1日陈炯明抵广州。
  11月10日孙中山在上海的军政府办事处下令任命陈炯明为广东省长，兼粤军总司令，统一军政，并取消督军名义。这时候因为独断自专的桂系既已完全撤出广东，孙所领导的军政府本拟移驻云南的计划遂告打消，仍迁回广州。
  蒋中正这时在粤军中，深感陈炯明处处有私心，因此于11月6日由香港搭轮去上海，行前留书给粤军总司令陈炯明，指责他改变战略。原来陈炯明包藏私心，置西江要地肇庆于不顾，反以中央军派遣北江，名为掩护右翼军回攻四会，事实上右翼军既进至北江，攻克清远，除直上韶关，肃清北江任务外，自不必折回四会，再完成西江任务之理。因此蒋认为陈炯明有私心，乃毅然求去。12日抵上海即晋谒孙中山，报告广东情形，第二天再谒孙中山，这时孙得到粤军第二军军长许崇智的来电，亦愤陈炯明所行所为，欲弃粤来沪。
  但是，孙中山认为可以感化陈炯明，同时不应放弃以广东为革命基地的打算。于是25日孙率伍廷芳、唐绍仪由上海动身赴广东，国会议员已至上海的亦相继动身去粤。
  25日，粤军攻克肇庆、梧州等地，肃清西江。陆荣廷最初扬言宁失广西，断不失广东，可是现在桂军形势逼迫，唯有全部退出粤境。
  桂系既已投靠北京政府，北京方面对陆荣廷不能不加以安置，于是特派陆荣廷督办粤边防务，并任命谭浩明为广西督军。
  29日，孙中山和伍廷芳、唐绍仪抵广州，通电重新召开军政府政务会议。以广州观音山旧督署为军政府所在。唐绍仪嫌府址不够壮丽，移住亚洲酒店，伍廷芳兼外交部长驻观音山军政府内，孙则下榻粤秀楼。
  军政府恢复后，12月1日发表各部部长，内政部长由孙中山自兼，财政部长唐绍仪，交通部长唐继尧，陆军部长陈炯明，外交部长伍廷芳，司法部长徐谦，参谋部长李烈钧，秘书厅长马君武。唐继尧在云南，不能来粤，因此交通部长由王伯群代理，参谋部长李烈钧率军在外，亦以次长蒋尊簋暂代部务。
  国会议员们一再播迁，由穗去沪，由沪去滇，由滇去渝，现在再集于广州，出席议员220余人。
  军政府虽然恢复了，实际上势力仅及广东一省，而陈炯明则心怀异志，对革命事业没有信心。
  民国以来，孙中山颠沛磨折，所凭借的革命基础虽然薄弱，可是革命的意志，愈战愈强，愈挫愈坚，这种革命魄力和革命抱负，真是古今中外所少见。
  一七六、孙中山就任非常大总统
  军阀和革命事业中间距离是极大的，这可以从陈炯明身上证明，陈炯明的基本武力是粤军，粤军是孙中山向桂系千方百计争来的，是以广东省长公署警卫军二十营为基础，也可以说是孙一手造成的，孙自然认为这就是革命的基本武力，何况粤军困处粤闽边境时，也是孙一而再，再而三敦促陈炯明回粤赶走桂系。可是陈炯明回粤后，他便忘记了过去一切，他只知道粤军是他个人的武力，广东是他个人的地盘，对于孙和军政府，认为是芒刺在背，是眼中之钉，不仅不把孙中山、国民党和军政府放在眼中，而且还觉得是极大的累赘。
  孙中山认为陈炯明把粤军当作私人武力，广东当做私人财产是错误的，粤军应该是革命的军队，广东应该是革命的基地，革命事业不能偏安一隅，应该集中一切人力、财力和物力，从事北伐。
  孙中山和陈炯明之间看法和做法既然相差如此之大，因此影响到粤军内部也有革命的一派，和陈炯明不革命的一派。粤军共有两军，陈炯明以广东总司令兼任第一军长，许崇智为第二军军长。军政府改组后，孙改任许崇智为国防第一军军长，另派黄大伟为国防第二军军长，这两军直接由军政府直辖，不受广东总司令的节制。至于陈炯明所指挥的粤军第一军，原辖第一师师长邓铿、第二师师长洪兆麟两师，陈炯明又收编地方派军人魏邦平为第三师师长。这三师完全是陈的私人武力，陈炯明这时兼任陆军总长，可是他从不出席政务会议，只是用广东总司令兼广东省长名义发号施令，根本不理军政府。
  孙中山为了扩充革命武力，乃在广东各地设立了不少的招兵机构，这些机构常被陈炯明派兵予以解散。孙为了削减陈炯明的实权，所以划广州为特别市，任命孙科为广州特别市长 ，不受省长管辖。
  这期间，孙中山的处境仍是很辛苦，过去南北战争，列强驻中国的外交团曾和中国的南北政府成立协定，提出关税余款百分之十三交付军政府，迨孙接收军政府以后，外交团竟借口军政府权力只及广东一省，不能代表西南，停止这笔拨款。
  军政府外交部长伍廷芳曾屡次向驻粤领事团提出抗议，最后一次声称如果不履行协定，军政府将接收海关以资报复，可是列强竟出动了大批炮舰驶白鹅潭示威。
  北京方面因为徐世昌是总统名义，所以北京政府就比广州政府在国际上叫得响，因此孙中山忍无可忍，认为南方也必须成立一个名正言顺的政府。
  粤军回粤后，蒋中正深感和陈炯明难于相处，所以悄然回甬。10年1月间，戴传贤力劝，蒋出任艰钜，不应远隐高蹈。蒋遂于1月27日动身，过上海赴广州。2月6日抵达广州。晋见了孙中山，孙把计划北伐的打算和蒋商量，并要他和粤军总司令陈炯明、军长许崇智、师长邓铿等共拟办法。