由于桂系的压力，广东代理省长翟汪力辞代理职务，派张锦芳暂行护理省长。
  桂系在广东对广东军人的压制行为，引起了广东人民和各方面的极大反感，因此广东人民举行了大罢工、罢市、罢课来表示抗议。广九、广三铁路火车停驶，广州市电灯不明，形势极为紧张。这时候广东老百姓只希望桂系力量能够早日被逐出，他们曾有计划拟选举伍廷芳为省长以对抗桂系另派省长。同时在军事上粤系地方派也想连络国民党内的粤系军人，当时国民党内的粤系军人实力分子是陈炯明，陈炯明这时担任粤军总司令正驻军闽南，陈炯明的离粤，也是受到桂系的排挤，他内心当然想回广东，广东地方派军人魏邦平和李福林派人暗和陈炯明通款曲，要求陈率军秘密开回广东，魏李等在内接应，以便里应外合驱逐桂系。
  然而桂系在广东的力量究竟是最大的，所以魏邦平和李福林这个计划是不容易实现的，因为桂系一直有军队监视粤闽边区的陈炯明，陈炯明回车的行动立刻会引起阻止行动，很难达到目的。
  陈炯明率军回粤的消息传出去了，可是实际行动却很难实现，因此陈炯明只好公开通电否认他要率军回粤的谣言。否认尽管否认，事实上陈炯明在6月25日即秘密与福建督军李厚基签订了粤闽划界停战协定，这就表示陈炯明随时可能率军由闽南撤出 ，不会受到福建方面的追击。
  陈炯明当然是日夜希望回到广东，他又何尝忘了广东督军的宝座。
  南方的军政府由单一的大元帅制改组为合议形式的总裁制后，实际上的军政府并不在七总裁控制中，而是由桂系所控制。同时名虽号称七总裁，可是这时候，孙中山先生已去上海，宣布辞职。唐绍仪一直在上海担任南方的议和总代表。唐继尧在云南。陆荣廷则留在广西。所以在广州只有岑春煊、伍廷芳、林葆怿三人。虽然那些不在广州的总裁们都派有代表列席政务会议，可是桂系只承认陆荣廷的代表合格。孙、唐、唐的代表桂系都不承认。主席总裁岑春煊则一切听命于桂系。
  8年8月7日孙中山在上海通电辞去总裁一职，并声明自辞职日起，以后军政府所发文电如果仍签署他的名字，概不负责。11日广州国会开会议决挽留孙中山。这个期间广州旧国会内政学系议员和照霞楼派议员之间冲突更尖锐化了（照霞楼派是国民党系议员的代称，因为当时国民党籍议员多数下榻照霞楼）。由于对军政府极为不满 ，照霞楼派策动第二次改组军政府，首先提案查办广东财政厅厅长杨永泰，提起杨永泰也是个了不起的人物，他是政学系的军师和智囊。随后照霞楼又建议撤回南方议和总代表，改组军政府为正式政府。对北京政府明令讨伐。又因岑春煊私派代表到北京秘密接洽和议，违反《约法》精神和军政府的合议制，照霞楼派议员提出不信任主席总裁一案，岑春煊于是忿而辞职。这期间政学系很孤单，旧国会各党派与国民党联合起来，于是改组军政府一案遂得通过。九十月间，军政府和国民党占有优势的旧国会已经处于对立的地位，使得军政府的地位摇摇欲坠。
  这时候，滇系和桂系还是和好时期，所以唐继尧、莫荣新、谭延闿、刘显世联名通电，反对军政府改组。陆荣廷、林葆怿、谭延闿、谭浩明则纷纷通电挽留岑春煊。
  9年初，滇桂两系因为争夺驻粤滇军的统率权而翻脸，唐继尧也打算辞去总裁以拆军政府的台，于是南方的政治局面为之一变，滇系和国民党结合起来，桂系便陷于孤立。国民党计划以云南为新根据地，把广州的非常国会搬去昆明，并在云南组织新的西南政府。当北江滇军问题发生时，广州参众两院议长吴景濂、林森都秘密地由广州潜赴香港，旧国会议员们也一批一批地前往香港集中。
  唐继尧计划和粤军总司令陈炯明两面向广东进兵，夹攻桂系，粤军由闽回粤的谣言盛传一时，陈炯明不但和福建督军李厚基秘密妥协，并与亲桂系的滇军师长方声涛部在粤闽边境发生冲突。
  9年3月29日军政府政务总裁伍廷芳及参众两院议长林森、吴景濂以反对岑春煊，悄然离粤赴上海。
  伍廷芳的不辞而别，使军政府有点手足无措，并不是伍廷芳有什么重要过于孙、唐、唐三总裁，而是伍廷芳有他的价值，因伍兼任军政府的外交部长和财政部长。8年6月外交团取得北京政府的同意，以关税余款的百分之十三拨交南方军政府作为政费，这笔款项指定由伍廷芳签字具领，如今伍廷芳悄然去港，外国人只认签字，谁也无法冒签伍的签字，换句话说领这笔钱发生了极大的麻烦，这就是伍廷芳比其他总裁重要的地方。
  同时伍廷芳经手领取的关税余款共五次，全数390余万元，除支付外，还存了180余万元。这笔钱在伍出走时也没有移交，全数携之而去。
  伍这一着，比带了军队走还要凶，因为在当时的军政府，财政是最重要的一环。岑春煊赶回广州后立刻写了一封亲笔信，派专人到香港敦请伍回穗，岑在信中说了许多好话，只要求伍回来，无话不可谈，无事不可商。然而伍则坚决拒绝，任来人怎么恳求，就是不肯回去。
  军政府只好发表公报：4月8日军政府政务会议解除伍的外交、财政两部长兼职，仍留总裁本职。同时谴责伍廷芳不告而行，既不接受劝告回省供职，又不办理移交。尤有甚者，伍携走了关税余款180万元，致使库空如洗，军政各费均无从应付。另一公报则宣布：政务会议议决免除伍廷芳外交、财政部长兼职，特任温宗尧为外交部长，陈锦涛为财政部长。陈锦涛未到任前，由次长文群代理部务。
  伍廷芳这次携官印出走是第二次了，其第一次是在民国6年7月张勋复辟时，他携带外交总长的印信由北京到上海，仍然自居为合法的外交总长；这次也是一样，4月10日他在香港发出通电，宣布继续执行外交、财政两总长的职权。军政府除通电否认其职权外，并电请北京政府转告外交团，以后关税余款请直接解交军政府领收。
  4月中旬，军政府在香港延聘律师控告伍廷芳卷款潜逃，伍也聘律师对抗。香港中外报纸大登特登。这一来大家都知道南方的军政府不只是四分五裂，根本是一息奄奄了。
  这真是一件极可惜的事，对于南方军政府，因为这时正是北方直皖两系濒临破裂，战争一触即发，如果南方真的护法，团结一致，则北方的变局将使南方渔翁得利。不料南方也是一样，一方面滇粤军发生冲突，另方面军政府则四分五裂。相对的，北方也是自顾不暇，不能抓住这个机会来统一南方，如果这时北方直皖两系不是到了最后火并的时候，则用兵南方不难底定全局的。
  对南方军政府最严重的，是国会议员也成批地不辞而别，甚至还带走了档案。4月1日，非常国会众议院副议长褚辅成去了香港，行前曾召国民党籍议员到香港集中，两院秘书厅在国民党议长指挥下，把两院档案卷宗全部打包叠好，分批运赴香港，这一来真是彻底地搬了家。使得广州的非常国会变成了真空状态。
  4月3日，岑春煊风闻国会已搬空了，乃下令派宪兵前往两院搜查，果然发现国会重要文件全部已经运走，大为光火，因之派警察严密监视两院。
  4月6日，留穗未走的国会议员召开联席会议，非国民党议员公推孙光庭为参议院主席，陈鸿钧为众议院主席，代行议长职权。同时通电宣布众议院议长吴景濂、副议长褚辅成、参议院议长林森等“带印潜逃，嗣后如假议长名义在外发表文电，一概认为无效。”
  国民党籍议员在香港举行座谈会，会中讨论主题是把国会搬到什么地方？有的主张搬到云南，一部分则主张搬去上海。主张迁上海的人认为上海是皖系势力范围，而皖系对国民党日益表示好感，自不会干涉国会在上海集会。上海是全国重心，一举一动容易受人重视，耳目灵活，宣传的效果也很大。可是反对派则认为国会之所以播迁，就是因为受皖系军阀的迫害，当年就是皖系军阀强迫北京政府下令解散的，现在的安福国会也是皖系一手孕育出来的，因此国会再投奔皖系势力范围之内，未免太没有骨气了。所以这派人主张国会迁昆明。可是反对迁昆明的人理由也很对，他们认为云南僻处一隅，交通不便，国会迁滇无法号召，在政治上起不了广泛的影响。同时对唐继尧的态度也值得考虑，认为唐继尧在云南一向是关了门做皇帝，他是不是愿意欢迎这么多国会议员到昆明，也值得研究。
  最后，主张迁沪者占大多数，于是伍廷芳乃把他所携出的公款发给每位议员赴沪旅费200元，另汇100万元存上海汇丰银行为国会迁沪后的制宪经费。在上海方面，孙中山和唐绍仪也担承另筹100万元支援国会。
  4月8日，吴景濂先动身去上海，筹备国会在上海复会，国会存款50余万元由他带走。4月上旬，国会议员陆续抵达上海的已有200人左右，计划先召开两院联席会。
  于是，上海和广州的两派议员，就遥遥相骂，互骂对方“通敌违法”。这时在广州的国会议员仍有300余人，政学系议员建议：由于人数不足，可以改开非常会议，推举岑春煊为大元帅以代替日益没落的军政府。
  在北京看起来，广州的旧国会分家，是个好消息，总统徐世昌和总理靳云鹏认为这是南北直接交涉的大好时机，因此主张撇开上海的和会，直接向广州军政府谈和。