代表蒙古公王集团来和陈毅接洽的，是外蒙古自治政府中的外务总长车林多尔济。
  陈毅和车林从8年1月中旬商谈撤销自治问题，一直没有具体的发展。到了8月4日，库伦大会开会，王公喇嘛之争益烈，王公们为了重掌政权，决心牺牲自治，故授权车林与陈毅具体磋商，双方决定了两项原则：（一）恢复前清旧制，五部直属驻库大员（以代替活佛）。（二）设置地方自治议会，由王公组织之（以排斥喇嘛）。以上的协商和条款，均系秘密进行，俄人及喇嘛毫不知情。
  陈毅把交涉情形电告北京政府，国务院于8月21日提出阁议讨论，当时对于条件内容并无任何意见，不过认为在程序上必需由外蒙王公先用全体名义呈请政府恢复原制，然后政府根据外蒙的请求再与磋商条件。国务院根据这个意见训令给陈毅，陈却没有办到，只是继续和王公们磋商条件，同时敷衍政府说外蒙古希望先以非正式商妥协商各项条件，才能安心撤消自治。
  陈和车林商妥的条件，于10月1日派秘书黄成垿把条件草案送到北京，这就是外蒙善后条件六十三条，其中重要的事项如下：
  一、中央政府无论何时何事，不能更改外蒙原有之分盟分旗制度。各盟旗沙毕，盟长、将军、扎萨克，高卓特巴等原有之管辖治理权，永远照旧。中央政府并不得施行殖民事项，将蒙旗土地改归他人所有。
  二、设驻札库伦办事大员一员，乌、科、唐、恰，可设参赞人员，帮办参赞一员。正副人员，必须一蒙一汉，并且轮流更换（如第一任汉正蒙副，则第二任蒙正汉副），而汉员必须以文职为限。即在北京之蒙藏院，其正副总裁之一，亦必须以外蒙王公任之。
  三、中央在外蒙驻军，其计划布置及额数，由驻库大员及帮办大员会同商定。遇有紧急事项，增派军队，事定仍须撤回。
  四、内地人民建筑房屋，经营商工等业，以及开垦，种菜，伐木，割草，必须先取得该管扎萨克之许可。
  五、开发矿产，兴办铁道，电报，邮政，必须由驻库大员及帮办大员会商办理。如必须借用外款，并必须先得外蒙地方议会通过，始得办理。
  陈毅和外蒙古王公们的交涉有个最大的阻碍，就是陈毅所选的对象根本没有力量，外蒙古自治政府的一切，完全操纵在喇嘛手中，而外蒙古人民的偶像是哲布尊丹巴活佛，也就是自治政府的领袖，活佛只信赖喇嘛。现在陈毅和王公商量外蒙古撤消自治就是对抗喇嘛，王公们想借北京政府的力量来推翻喇嘛，喇嘛既然有势力，当然不会轻易就范，所以成功的希望不会太大。
  陈毅想透过王公去说服喇嘛，又透过喇嘛去说服活佛，可以说只是一厢情愿；而王公们又不断供给陈毅错误情报。8月19日陈毅给北京外交部电报说：“至喇嘛方面，王公既愿，彼必无词。且活佛亦久向中央，殊无可虑。”9月26日陈毅又有电报说：“喇嘛方面，经王公竭力疏通，亦全体通过，册封一事……复经回禀活佛，亦奉允许。”可是这封电报发出后的第五天，10月1日，哲布尊丹巴活佛却写了一封致徐世昌总统的信，叫墨尔根堪布等五个喇嘛于10月9日带到北京，信内略云：“今突由中国驻库办事大员陈毅，提出取消自治……并提出所拟60余条前来……于是本外蒙大众，咸以单独破坏协约……徘徊犹豫，本哲布尊丹巴呼图克图汗，亦多忧虑，实深不安。”这封信很明显地看出活佛是不同意六十三条的。
  哲布尊丹巴接着又于10月24日给徐世昌第二封信：
  “大总统钧鉴：顷据库伦陈都护使声称，给予请求取消我外蒙自治公文，并编造蒙古以后遵行条件六十余条，与各赛持私室传观会议等情。本处当以如果大总统知悉此事，宜暂候如何平定谢米诺夫所招之乱党，并招集本蒙古各王公扎萨克会议，解决内患等情，函至大总统去后，今蒙古各扎萨克大致尚未到齐，间有来者，不但不愿取消自治，希望仍旧存在，即库伦所有众蒙古喇嘛民人所属人等一闻知此举，亦议论沸腾。据此以观，非惟本外蒙各官民等，咸称仍旧保存旧制，难于迫其遵从。即取消自治之举，亦非出自我蒙赛特等之本意，只系陈都护使授意，借边患未平宜取消自治等词，迫令出此。
  本呼图克图汗至再思维，我外蒙不惑谢党谄言，一意恪守三方协约，保持自治。今复违反协约，请求取消自治，实多不合之处。而库伦陈都护使对于此案，异心不息，反根据与各赛特私议事件，不体众议，再三勒迫，近日益甚，由应在买卖城驻扎之防兵内，拨出支队，分驻逼迩库伦学经及喇嘛等地点，擅占外国商人房院。似此种种滋事情形，委实有拂众议，鄙心殊抱不安。深信前此我大总统密谕亲王朝克图尔巴达尔胡之仁谕，为此列举情形，密请鉴核。特派萨密迪巴克什诺门罕北勒岗禅呼图克图达木唐巴札尔，前去与我大总统献帛请安。恳将在我边地内人地不宜之陈都护使立予调任，自治官府仍旧存留有效。若是，则黄教益形尊重，逐渐扩张，永昭仁慈。中华大国与外蒙古之睦谊，益觉敦重无极矣。谨呈。
  哲布尊丹巴特派地位仅次于他的嘉亨尊活佛，亲持这封信，送往北京，嘉亨尊于26日启程，11月1日到京。
  哲布尊丹巴既然表明了反对撤治的态度，于是陈毅和王公们只好片面进行了。王公们决定单独具名递送一件呈文，由陈毅于10月29日、30日电达北京。这时的王公们已势成骑虎，在外蒙的自治政府看来，王公们这项向北京政府请求撤销自治，无异是外蒙自治政府内部发生了政变。
  北京方面，这时的国务总理已是靳云鹏，他在收到陈毅专人带来的六十三条后，立即召集各部开会商讨，并于10月20日电告陈毅说：“徐筹边使日内赴库，抚视所有军队，对蒙方面并无直接任务，蒙事仍由都护使完全负责，以明权限。”
  在段系中，靳云鹏和徐树铮是不合的，因此靳内阁当然不愿意见到徐树铮在蒙事上立功。陈毅以为外蒙撤治交涉，始终是自己一手经营，当然不愿徐树铮干涉，所以陈当于收到靳阁20日来电后，立即复电询问国务院：“前送条件，徐使曾否得阅？”
  徐树铮当然知道这个秘约，所以他于11月1日电告北京，对于六十三条件表示有“七不可”。同时要求待他召集一个会议研究后再作决定。靳云鹏对徐电大为反感，提交国务院会议时，靳认为此案已经阁议通过，就唯有决定去做，不可出尔反尔，自损威信。并且对徐要召集筹边副使等开一个会议，认为筹边会议只可在边防范围内讨论问题，而外蒙撤消自治案，已经政府交给陈都护专办，就不必他人越俎代庖；至于后果如何，等办理后再说，纵有不便，再行取消也没有损失。靳且指示照他的这番意见电告陈毅。
  原来，陈毅的秘书黄成垿携带六十三条密件到京时，徐树铮尚在北京，黄到后六七天，陈毅有电给徐树铮说：“黄成垿有秘密要务赴京，到时祈面晤”。可是黄成垿由库伦动身时，陈毅又曾嘱咐黄避免见徐，不要让徐知道此事，所以黄在北京尽量避免见徐。有一天黄在国务院碰到徐，黄不知陈毅有电给徐，所以见到徐时支吾其辞，只是说这趟是因私事请假赴奉天，陈都护嘱就近到北京来催队伍。
  徐树铮于10月23日由北京启程赴库伦，动身前一天，往谒徐世昌，大徐问及小徐有关外蒙古撤治事，小徐答称没有见到原案，大徐即令他向国务院秘书厅去调卷，卷调来后，原来是陈毅送来的秘件，上面有外交部所加的签注。徐因系奉总统命令，所以携带该件北行，10月29日抵达库伦。陈毅并不知道他送去北京的全案已在徐树铮手中，所以对徐尚支吾其词。而徐则于11月1日电告北京反对这份条件，认为有七不可。
  这件案中，陈毅不希望徐树铮介入，是认为已成的功劳不愿徐分享。国务总理靳云鹏则因与小徐有夙怨，自不愿见小徐立功，所以搞得非常复杂。
  陈毅可能不懂利用王公和喇嘛之间的矛盾，达成政治上收回外蒙主权的目的，他只是很呆板地和车林商讨办法，所以《外蒙善后条例》简直就是陈毅帮忙蒙古王公向中国“争取”自治，而不是“撤消”蒙古自治。当时外交部对这个六十三条的批评是：“如就条件全文加以研究，则名义上政府虽收回统治之权，仍属有限制。外蒙虽有取消自治之呈请，而按之条件，自治之精神与基础仍属照旧存在。……至于对俄国各条……则俄国在外蒙一切利益，并未因之受有损失。”
  徐树铮也向政府就此条例作如下的建议：
  “陈使所拟外蒙撤消自治善后条例，中有不妥之处，拟俟恩副使不日到库会同熟商，昨经陈明在案。兹先将管见所及，及连日采访蒙人言论，陈请鉴核。
  查原件共六十三条，其紪纇之大而显著者，约有数端……蒙在元金之际，雄武甲欧亚，而一蹶不振，极于今日，病在宗教限严，人口不昌，又土地属人私有，不能以政规法令，使民服习，逐渐昌盛其事业。利弃于地，日即穷困，所谓窖金而食脱粟，政府亦无如之何也，治蒙之要，既欲导之富庶，被以文化，即不得不渐有兴革；纵不宜强拂旧习，要必预留相机因应地步。此项条例乃举其历来锢疾，更从而护以重障，是不撤自治，尚可于中国领土名义之下，因势利导，权宜措施。既撤之后，反无术可进以文明，是曰坚固蔽之障，不可一也。