国务院秘书长张志潭本是他推荐的，不知怎的他也不满意张，张也只得辞职。段的文武两大幕僚都和小徐闹翻，其不能容人，于此可见。奇怪的是，段也不能容人，可是却容一个飞扬跋扈的徐树铮。
  徐树铮迫走靳云鹏后，段系内部便起了分化。
  这时候，徐树铮想做直隶督军，他想把曹锟再升一级，升曹为两湖巡阅使兼湖北督军，调湖北督军为江苏督军，这样既解决了李纯，又打击了直系，更为自己开了一条路，实在是“一石二鸟”的如意算盘。他认为曹锟由一省督军上升为两省的巡阅使，又仍掌一省督军，应该会心满意足的，如果曹锟同意，自己的直隶督军便垂手可得。不料这个消息传出后，曹锟大为光火，认为这是明升暗降，故意调虎离山，因此4月4日打了一通电报给北京政府，请辞两湖宣抚使，在未获批准前先请假一个月，以便到信阳鸡公山养疴。当时北洋军人常用辞职或养病来威胁政府；与曹的行动配合的，是前线总司令吴佩孚亦致电北京，称因所部作战疲劳，请将全军调回直隶休息。这是表示吴部随时可以撤军北返。
  曹锟是主战派的第一号大将，湖南的捷讯刚好挽回了北洋派威信，而吴部又是湖南战场上的主力，如果曹锟真的倦勤，吴部真的撤回 ，则段祺瑞武力平南的政策就功败垂成，付诸流水。因此，徐树铮这一遭碰了大钉子。段为了解释误会，特要徐树铮亲自跑到汉口来向曹锟道歉，劝阻曹锟不要辞职或请假，也劝曹令吴佩孚不要从战场上撤退。
  徐树铮在汉口同时部署了新的作战计划，他打算把调往四川作战的奉军改调到湖南战场上，用以监视直军，以防直军作战不力或撤退。
  段原来部署的第三期作战计划是西战场与南战场双管齐下，现在徐则把西战场推迟一下，集中全力解决南战场。徐这计划段没有完全同意。
  段祺瑞三度组阁前，一切有利的情势都倾向于他，可是等他上台后，情况就两样了，皖系和主战派的军阀拥护他是自有打算的 ，希望因为作战而能分到日本的借款和军火，同时因为作战而各自可以截留国税，买马招兵。奉军入关前劫夺了一批军火，段上台不久，第三批从日本运来的军火又在塘沽被奉军劫收。
  如果照第三期的北军对南作战计划，一个月打下湖南，三个月平定两广，至多半年内就可以完成全国武力统一。可是天下事就是那么不如人愿，在湖南作战的直军，于占领长沙后，借口饷械不敷，进兵缓慢。
  段鉴于前方军事进行不如理想，而主战派内部又不和睦，乃决定自己“南巡”到汉口召集一次大规模的军事会议，会议的目的是消除前方厌战气氛，积极地打仗，同时要消灭主战派内部的裂痕，尤其是直皖两系的裂痕，从而促成北洋派的大团结，以便部署对西南五省的全面进攻。因为北京的政治形势已成一面倒，新国会召集后，总统即将改选，今后段将是北洋派唯一的领袖，所以更有必要先进行大团结工作。
  段在国务会议上提出南巡计划，全体阁员都加反对，他们的反对也是有理由的，不久之前冯国璋以总统之尊曾往“南巡”，使得人心惶惶 ，如今总理又要南巡，岂不更增政局的不安，加深了时局的复杂性。
  段不顾阁员的反对，决定南巡，先发电给李纯、陈光远、张敬尧、张怀芝到汉口参加这个会议。
  4月20日段由京汉铁路南行，21日经过郑州，河南督军赵倜登车随行。22日抵汉口，本当在大智门车站下车，但是为了到刘园访问曹锟方便起见，改在循礼门下车。从循礼门到刘园的曹锟司令部，沿途军警林立，断绝交通，禁止临街偷望，真是十步一岗，五步一警。武汉人民第一次看到内阁总理的威风场面。
  可是，段所召集的督军会议却异常冷落，被邀请参加会议的四个督军，没有一个前来汉口参加。李纯和陈光远是主和的直系，心中有所顾忌 ，自然不敢赴会；而主战的张怀芝和张敬尧也托词“军情紧急”而不与会。原来张怀芝和曹锟有了隔阂。曹锟驻节汉口时，《顺天时报》说他曾在青楼中选到一位姨太太，张怀芝是曹锟把兄，就去电责曹不应“军中行乐”。曹大为光火，认为张根据“无稽之言”破坏他的名誉，从此便和张断绝往来。至于张敬尧则不敢离开长沙，因他自知在湖南不受人喜欢，卧榻之旁又有他人鼾睡，吴佩孚有战功又有人缘，如果他离开长沙，吴佩孚可能会取他的督军位子，所以也不敢前赴汉口。
  段觉得张怀芝是第二路军统帅，如不与会，汉口的督军会议势必流产，所以一定要张来，并命他接到电报立刻动身。24日张怀芝到了汉口，段在曹锟和张怀芝之间作了调人，张向曹道歉了事。
  段祺瑞在汉口主持的军事会议，参加者有曹锟、张怀芝、王占元、赵倜四个督军，徐树铮当然也参加，其他各省江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天督军则派代表出席。
  段在会议上说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的决定，然后提出第四期作战计划，发交有关各省按照计划执行。关于总统问题，主战派内部存在不同的两种意见：一种是主张以临时参议院代行选举权，选举总统；一种主张迅速召集新国会以便如期进行总统的选举。段决定采取后一种办法。
  曹锟和王占元联合请求恢复陈光远的原官，撤销王汝贤、范国璋二人的处分，对冯玉祥不究既往。这样一来，汉口的督军会议变成了对直系的缓和态度。这是因为曹锟态度大变。天下事就是如此奇怪，曹锟以直系的一分子，忽然转变为督军团盟主和主战派领袖，段祺瑞再起组阁，他是重要的一分子，现在他表示要对直系和好，也正符合段的北洋派大团结的要求，因此汉口会议便促成皖系对直系和善的决定。
  汉口军事会议结束后，曹锟、张怀芝、倪嗣冲于4月26日联合电请政府迅速召集新国会。北京国务院于5月4日通电否认要以临时参议院代行国会的一切职权。
  为了真的表示对直系的宽大，以达到北洋派大团结的目的，段又电约倪嗣冲、卢永祥两人先到南京等候。25日晚段由汉口动身，乘楚材军舰东下，因马力开得太足，撞沉了招商局的江宽号，溺死乘客近千人，楚材号负伤停驶，段换乘护送舰楚泰号鼓掉疾驰而去。26日在九江和陈光远见面。27日到南京和李纯见面。并且在李、倪、卢三人间做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。
  段在南巡期间，全国掀起了反对中日密约的浪潮。原来段在任参战督办时，以参战为名和日本洽商借款，名义上是编练参战军，实际是拿日本借款进行个人建军工作，并以一部分作为征南战费和筹备新国会之用，这些交涉不要说冯国璋不知道，连北京外交部也不知道。段组阁后，日本更提出四项条件：（一）共同出兵西伯利亚，由日军指挥华军。（二）发行军用票。（三）临时管理中国交通、军械、实业、经济、教育、外交。（四）合组运输大同盟。日方要中国严守秘密。3月24日中日双方交换照会，消息当然关不住，于是全国便掀起了反对中日秘密外交以及反对继续用兵的高潮。段在武汉也受到压迫，武汉各团体和商会都派代表直接请愿停止内争，段自然不予接见。段的苦恼是刚好压制了直系主和，可是全国性的反战，使他“武力统一”的政策又受到打击。因此他的南巡，毫无成绩可言。
  一三六、南方军阀各行其是
  北方直系和桂系纠缠不清，如果西南军人真能在护法旗帜下拥戴孙中山，那么南北局势就会改观了。可惜西南军阀们对孙并不支持，桂系对国民党也不合作，因此南方局势也和北方局势一样复杂。
  在广州，桂系有桂系的力量，地方军人是地方军人的力量，国民党是国民党的力量，6年11月30日，广东新任督军莫荣新前赴江岸迎接来自上海的伍廷芳，被人行刺未中。广东地方派军人也和桂系发生磨擦，省长李耀汉以辞职为示威手段，国民党程璧光等乘机推胡汉民继任广东省长，但是警卫军将领联名通电反对更动省长，李耀汉又于12月1日自动复职。李以肇庆为大本营，俨然自成一国，与在广州的福军司令李福林，警卫军统领兼警务处长魏邦平等联结一气，桂系对他们无能为力。
  在广东还有一支滇军，共有两师，是第三师和第四师。这时也发生了分化，唐继尧因为在四川作战不利，下令调这支滇军回云南，准备移赴四川作战。滇军第三师师长张开儒置之不理，第四师师长方声涛是福建人，自己想向福建发展，已把师部移驻东江，准备协助陈炯明的粤军进攻福建。因此滇军遂分为两支力量，同时滇系和桂系都争取这支军队的领导权。唐继尧委托李烈钧为驻粤联络员兼驻粤滇军统帅，桂系也委托与滇军有历史的李根源督办北江防务。李烈钧和李根源同是士官同学，又在护国之役并肩作战，可是这时却为了滇军领导权发生了磨擦。
  直系和桂系勾结时，直系要求桂系取消自主，解散军政府和非常国会，桂系没有完全照直系的要求做，是因为自身也有困难 ，一方面北方主战派还叫嚣讨伐，不能自乱阵容：一方面国民党也有武力，尤其是海军，因此投鼠忌器。不过桂系并不拥护国民党，而是暗中勾结西南各省的实力派，组织“护法各省联合会”，以拆护法军政府的台。
  桂系的骑墙手段，让孙中山大为愤怒，因此亦积极充实国民党的实力，争取广东地方派军人为同盟军，派人到各县招收民军以扩充自己实力。