消息传到北京，冯国璋和段祺瑞，同感震惊；尤其是段祺瑞向日本借款购买的这批军械是为了训练自己嫡系部队“参战军”的，如今却被奉军捷足先登，怎不大伤脑筋。26日段电张作霖请“原物交还”，运来北京。张也在同一天发出通电，说他早已布置南征，因缺乏军火，所以未便开拔，现在未经呈报即提去军火，因怕往返请示费时，所以不得已先留用后呈报。27日他答复段说：
  “此次奉天请领军械，系奉元首讨伐明令，整饬军队，为政府之后盾。所练军队，无论对内对外，均属拥护中央，一旦编练成军，悉听政府驱策，运京留奉，宗旨无殊。盖全军均属国家，尚何器械之足计？”
  张作霖并不是擅自劫取军火，因为他并不知道这批军火抵达秦皇岛。那么是谁暗示张作霖的呢？原来却是徐树铮，小徐奉命到关外召奉军入京，他知道如不许以重利，张作霖不会奉召的，而事实上奉军不入关，北京局势不会一面倒向皖系，可是段为人刚愎，事先如果向他请示，他一定不许，唯有用行动先做了再说。他做过陆军部次长，知道购买日本军火的详情，同时在他交卸次长职以前，曾留下好几张盖了印信关防的陆军部空白公文纸，因此他用劫取这批军火作为交换条件换张作霖派兵入关，奉军即是持小徐发给的假陆军部证件去劫取这批军火的。
  由于奉军迅速入关，使冯玉祥进攻安徽的“奇兵计划”无法实现。北京政府前此撤换冯玉祥旅长的命令，冯曾以全体官兵同旅长共进退为威胁，这时情势也迫得他低头了。倪嗣冲请北京政府迅电曹锟派兵夹击冯旅，以弭长江巨患，并且控诉冯抗不交代，又于武穴上下游加兵扼堵，暗中与苏督往返密商军略，足见野心不悛，受人指使。但是曹锟不肯派兵，所以倪嗣冲也不敢单独进攻。
  冯玉祥这时已出人头地。张怀芝建议调冯旅到黑龙江驻防，冯玉祥当然不肯充军，“发往边疆效力”。而张作霖也不欢迎这支军队。直到3月18日，北京政府采纳曹锟的意见，给冯玉祥“革职留任”的处分，掳去陆军中将，暂准留任旅长，交曹锟节制调遣。
  奉军入关后，张作霖提出罢免李纯和讨伐冯玉祥两个要求，他说这是为了“拥护元首”。可是被他拥护的元首却吓得心慌意乱。2月26日在总统府召集紧急会议讨论奉军入关的对策。冯用悻悻的眼光问段：“这次奉军出兵入关事前既未奉令，也未呈报，居心何在？”段答不知。冯又大声问：“前任陆军次长徐树铮到奉天作何勾结？”段更忸怩无以置辞。这次会议当然没有结果。冯想要段叫张作霖退兵，段就是召奉军入关的原始人，他怎会再要奉军退出呢？何况召虎容易退虎难，他即使愿意叫张退兵，事实上也办不到了。
  段何尝不知道关外王张作霖不是好惹的，请了来就不容易请出去，可是既然饮鸩止渴，也只有“硬行”了。
  冯知道叫段退奉军是办不到了，他只得央请前清末年做过东三省总督，亲手招抚过张作霖的赵尔巽到奉天说服张作霖退兵，然而时移势易，张作霖早就不买他老上司的账了，赵尔巽自然是白跑一场。
  冯国璋这时的痛苦，真是求为太平百姓而不可得，他现在是一个光杆总统，内阁总理虽由钱能训代理，可是钱不肯代下去，天天闹着要交代。冯写信给杨士琦，要求这位安徽老狐狸出山，杨连信都不回。而督军们自作自为，目无总统，奉军不仅是擅自出兵，而且还擅取军械，是而可忍，熟不可忍？
  3月4日冯国璋拟就如下的通电致各省军政首长：
  “国步屯邅，日甚一日，内则蜩螗羹沸，干戈之劫难回，外则惨淡风云，边境之防日亟。剥肤可痛，措手无从。国璋代行职权，已逾半载，凡所设施，力与愿违，清夜扪心，能无愧汗？然国璋受国民付托，使国家竟至于此，负罪引慝，亦何必哓哓申诉，求谅国人。但揆其所以致此之由，与夫平日之用心，为事实所扞格，屡投而不得一当者，缘因复杂，困难万端。欲避贤求去，苦无法律之可循；欲忍辱图全，又乏津梁之可济。长此悠忽，必召沦胥。诸君子为国干城，同负责任，用特披沥肝鬲，为一言之。溯自京畿变生，国祚半斩，元首播越，举国骚然。于是黄陂委托于前，段前总理敦促于后，皆援副总统代职之规定，强国璋以北来，明知祸乱方殷，菲材绝难负荷，惟冀黄陂复职，主持有人，则不佞捍卫南疆，尚可分担艰钜。乃商请无效，各省区督军省长、及文武官吏，分驰电牍，敦促入都。猥以藐躬，过承督责，汤火之蹈，且不容辞，矧安危不仅系于个人，匡助可取资群力乎？惊涛共济，全恃同舟，初不料玺绶方承，而内部转愈趋纷扰也。国璋抵京，首先奉政黄陂，不获许可，而后受职。其时国会早经解散，政府尚在板舆，继绝布新，有同草创。段前总理投艰遗大，独任贤劳，正宜共济时艰，中外一致，而西南诸省，忘再奠共和之绩，以非法内阁相攻，别挑衅端，遂开战祸。迨内阁改组，宜可息争，国会问题，又生枝节。对于中央之任命官吏，则啧有烦言，对于石黎之扰乱荆襄，则引为同志。是非乖忤，真相莫明。譬解百端，欲促返省，初不料唇舌俱敝，而结果仍诉诸兵戎也。民国元二之交，风雨漂摇，几毁家屋，项城运其雄才大略，曾不数月，而七省同时戡定，大权集于中央。国璋能力，固不逮项城，然前事之师，不妨相袭，徒以观念所在，元气之凋残，民生之疾痛，实过元二年。佳兵不祥，古有明训，内讧宜息，人具同情。本无厉行专制之心，何取经营力征之举？以故军事初起，第望促进和平，不因败绩而求伸，反示包容而停战，无非欲融洽南北，尽释猜嫌，耿耿寸衷，可质天日。乃北则疑其寡断，兵气几为之不扬，南则信其易欺，骄蹇益难于就范。湘桂各军，乘机陷岳，意在示威，予政府难堪，激同胞之宿愤。中央纵无统驭，亦何至听命于地方？必背公德而矜强权，不留余地以相让步。则最后解决，惟战乃成。因事制宜，绝非矛盾。更不料干城之寄，心膂之司，或竟观望不前而损声威，行动自由而滋谣诼也。凡此种种，皆事实上随时发生之障碍，足使国璋维持大局之希望，悉消灭而无余，而逆计未来应付之难，事变之钜，则更有甚于此者。国会机关，虚悬日久，颇闻旧议员麇集粤省，有自行开会之说。姑无论前此解散，是否合法，既经命令公布，已不能行使其职权，即各省区人民，亦断无承认之理……正式选举总统之期，转瞬即届，根本无着，国何以存？此大可忧者一。财政艰窘，年复一年，曩者政府每值难关，亦当恃外债以为生活，然能合全国之财力，通盘筹画，犹得设法挹注，勉强撑持。萧墙哄争，外省内解之款，大半截留，来源渐绝，而军政费之支出，复倍蓰于平时。罗掘久穷，诛求鲜应，主藏作仰屋之叹，乞邻有破产之虞，桑孔再生，亦将束手，此大可忧者二。内阁负责，取法最善，段前总理为国戮力，横被口语，托词政策挠屈，与各国务员相率引退，而总理一职，后来者遂视为畏途。聘卿暨今诸阁员，皆国璋平昔至契，迫于大义，碍于感情，暂允劻勷，初非本愿，满拟时局渐臻统一，再行组织以符法治，心力相左，激刺尤深。今聘卿业已殷忧成疾而在假矣，设钱代总理诸人，复谓事不可为，褰裳而去。强留则妨友谊，觅替则恨才难，推测其终，将陷于无政府之地位，此大可忧者三。至目前外交之情形，尤应激起吾人之警觉，个中利害，另电详闻。国璋一武夫耳，因缘时会，谬握政权，德不足以感人，智不足以烛物，抱救民之念，而民之入水火益深，郁爱国之忧，而国之不颠覆者亦仅。澄清无术，空挥三舍之戈，和平误人，错铸六州之铁。驯至四郊多垒，群盗如毛，秦豫之匪警频闻，畿辅之流言不息，虽名义同于守府，而号令不出国门。瞻望前途，莫知所届。何敢久居高位，自误以误国家？自应求卸仔肩，归还政柄，惟民国既无国会，而总理现属暂摄，又不能援《约法》条例，交其代行，追原入京受职所由来，实出诸君子之公意，国璋既备赏艰阻，竟不获补救于万一，坐视既有所不能，辞职又无从取决，只有向各省区督军省长暨文武官吏，详述危殆情形，应请筹商办法，为国璋释重负，为民国求安全，宁使国璋负误国之咎于一身，而不使民国纪年，随国璋以俱去。不胜至愿。特此飞电布达，务希于旬日内见复。至统治权所寄，国璋在职一日，仍当引为己责，决不肯萌怠驰之心而自丛罪戾也。敢布诚悃，伫盼复音。”
  这个通电稿被总统府秘书长张一麐知道，立即从机要室追回，并邀同总统府军事处长师景云一同谒冯，劝他暂勿发出这道通电，亦勿消极，冯只苦笑。
  奉军自入关后，其声势咄咄迫人，3月5日奉军一部由天津开到廊房，在车站检查往来旅客，使中外人士大吃一惊，北京国务院去电劝止，说明廊房不是戒严区，不可以检查旅客，奉军依然继续执行勤务，置之不理。而张作霖所发通电则顾左右而言他，他说：“出兵扣械，系坚元首主战之心，兵已入关，无可撤退，长江有事，即可南下应援。”他请北京政府在天坛一带指定营房以便奉军进驻，并没有等待答复，他的部属已在天坛、南城一带找兵房了。
  这时北京城内外又产生了新的恐怖，认为辫子兵复辟的局面又将重现。因为主战派军阀有联名通电保释张勋，张勋和张作霖是儿女亲家，张作霖幕中有许多复辟派，而奉军又长驱入关，直迫京师，一切都好像张勋入京前夕一样，怎不使人重惊旧事。