袁洪宪称帝时调马继增到湘西打护国军，不知怎的马忽然自杀，第六师长乃由第十一旅旅长周文炳升任，可是周不久又害了精神病，于是改由第十二旅旅长齐燮元升任。齐绰号“齐瞎子”，前清秀才出身，在天津办过小报，并曾在《大公报》投过稿。由于冯国璋北上做总统，乃调嫡系大将李纯继任江苏督军。李是个好名不实的人，他离开江西前，授意南昌人开会挽留他，8月1日南昌总商会开挽留督帅大会时，他派副官谭毅到会索阅挽留电，看措词是否合意。公然有一位先生建议请仿照黎总统遥领赣督，另一个则提议以第六师长齐燮元升任赣督，也有建议建生祠、铸铜像、立去思碑等等。
  省议会和绅、商、学、农各界均纷纷通电挽留李帅。80老翁欧阳霖被江西各界推出来做“卧辙代表”。“督帅”启节之先，警务处阎恩荣派巡警多名，沿街命各商家设席祖饯，每席赏大洋四元，不料仅有四家遵办，临时拜托商会副会长卢芳亲自出马，逢人作揖打拱，勉强凑足了30余席，据说这些路饯有的只摆果盘，有的更马虎，只盛些清水或剩菜，所花本钱不到两毛钱。“李督帅”徐步路过，路饯的主人恭而敬之地行礼，大帅含笑点头答礼，轻举贵手把桌上的茶汁倾点在地上，算是受饯；商会还买了花爆20万串，一路放到江边，学校放假以备学生们成群排队送“大帅”上洋船，商绅有送到九江才作别的，也有一直送到南京的。
  最扫兴的是新闻记者，他们报道“督帅”离赣的花边新闻中说：“督帅”动身时收了门生和义子30余人，每人收费竟多至数万元，在南昌的金库提了30万元，又令财政厅转托中国银行向日本银行商借了日元100万。这些消息颇使李纯为之气沮。
  冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不干涉，段对冯在态度上也比对黎时好得多。可是他们是两个实力派，冯颇有心机，段则刚愎自用，冯当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
  争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
  冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8日起，每天派一位官员向总统报告政情。
  可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，于是权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大。
  段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁，这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。因此当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
  冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘，直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的孔道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
  冯并不是凡事坚持到底的，对湖南问题便是一个例子，当段的压力加强后，冯就软化，10月22日，冯终于同意褫夺了刘建藩和林修梅两人的官职和勋章，并且予以通缉。冯的直系和陆荣廷的桂系较为接近，具有秘密同盟关系，因此对湖南和两广问题较为关心，和滇系的唐继尧较少联系，所以对四川问题不太关心，段便在四川问题上不受冯的牵制。
  段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途，当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，后来就是有名的“西原借款”。
  综合民国六七年间，中国向日本的贷款为数极钜，现在把这些贷款项目分述于次：
  （1）善后续借款第一次垫款日金一千万元。民国六年八月二十八日财政总长梁启超，与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年利七厘，以盐余担保。
  （2）交通银行借款日金二千万元。民国六年九月二十八日曹汝霖、陆宗舆与日本特殊银行团代表缔结，借款期限三年，年利七厘五，以交通银行所有国库券二千五百万元为担保。
  （3）吉长铁路借款日金六百五十万元。民国六年十月十二日曹汝霖、梁启超与南满铁路代表缔结，借款期限三十年，年息五厘，以吉长铁路之财产及收入为担保。
  （4）第一次军械借款日金一千八百万元。民国六年十二月三十日北京陆军部与日本泰平公司缔结，双方皆严守秘密，不将契约发表。由日方交付军械，以作现款。
  （5）善后续借款第二次垫款日金一千万元。民国七年一月六日财政总长王克敏与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年息五厘，以盐余作担保。
  （6）无线电台借款五十三万六千余英镑。民国七年二月二十一日海军部刘传绶与三井物产株式会社代表缔结，借款期限三十年，年息八厘，以无线电信局之收入为担保。
  （7）有线电信借款日金二千万元。民国七年四月三十日曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限五年，年息八厘，以全国有线电讯之一切财产并其收入为担保。
  （8）吉会铁路垫款日金一千万元。民国七年六月十八日曹汝霖与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息七厘半，以吉会铁路财产及收入担保。
  （9）第二次军械借款二千三百六十余万元。民国七年七月三十一日由陆军总长段芝贵与日本泰平公司代表缔结。由日方付军械，以作现款。
  （10）金矿森林借款日金三千万元。民国七年八月二日农商总长田文烈及曹汝霖与中华汇业银行代表缔结，借款期限十年，年息七厘五，以吉黑两省金矿及国有森林与其收入作担保。
  （11）满蒙四路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结满蒙四路（开原海龙至吉林，长春至洮南，洮南至热河，洮南热河间一地点至海港）预备借款契约，借款期限四十年，年息八厘，以四路现在将来之一切财产及其收入作担保。
  （12）济顺高徐二铁路垫款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与日本兴业银行代表缔结，借款期限四十年，年息八厘，以二路之财产及收入作担保。
  （13）参战借款日金二千万元。民国七年九月二十八日驻日公使章宗祥与朝鲜银行代表缔结，借款期限一年，年息七厘，以中国将来整理新税中收入，作为偿还财源。
  上述借款总额高达2．2亿日元。段祺瑞为求财政上的充裕，贯彻其武力统一的迷梦，不惜饮鸩止渴，断送国权，让日本假借款以夺取中国之利益，而中国因西原借款所损失的有：
  一、吉长铁路、吉会铁路及满蒙四路均被抵押。
  二、无线电台、有线电信事业管理权的让与。
  三、吉林、黑龙江两省金矿及森林的让与。
  四、山东济顺、高徐二铁路的让与。
  五、山东问题换文的损失。
  六、中国参战军必用日本军官训练。
  同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资2500万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。这个消息首先由北京的英文《京报》登出来，段派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中国军械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。
  段相信这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时相信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。因为江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果，不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求，因为他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。不止是江苏督军李纯在反对，直系的其他督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。10月28日，段内阁和日本方面拟订了凤凰山开矿草约。李纯又来一电，指出凤凰山是江苏辖境，事关地方问题，应先征求地方当局意见才能签约。