第九条：国会非常会议于军政府有交议事件，或由六省以上之议员联合提议时，得随时开会议决。人民请愿事件经委员会审查后，得提出议决之。
  第十条：本大纲有议员四十人以上之连署，得提议修改，以列席议员三分之二以上议决之。
  第十一条：本大纲自宣布之日施行。
  8月31日非常国会通过《中华民国军政府组织大纲》，并宣布如下：
  第一条：中华民国为戡定叛乱，恢复《临时约法》特组织中华民国军政府。
  第二条：军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分次选举之，以得票过投票总数之半者为当选。
  第三条：《临时约法》之效力未完全恢复以前，中华民国之行政权。由大元帅行之。
  第四条：大元帅对外代表中华民国。
  第五条：大元帅有事故不能视事时，由首次选出之元帅代行其职权。
  第六条：元帅协助大元帅筹商政务。
  元帅得兼任其他职务。
  第七条：军政府设立各部如左：
  一、外交部。二、内政部。三、财政部。四、陆军部。五、海军部。六、交通部。
  第八条：各部设总长一人，由国会非常会议分别选出咨请大元帅特任之。
  前项选举，以得票过投票总数之半者为当选，但遇总长缺位未经选举以前，大元帅得为署理之任命。
  第九条：各部总长辅助大元帅执行职务。
  第十条：元帅府及各部之组织，以条例定之。
  第十一条：军政府设都督若干员，以各省督军赞助军政府者任之。
  凡有举全省兵力宣布与非法政府断绝联系者，依前项之规定。
  第十二条：本大纲至《临时约法》之效力完全恢复，国会及大总统之职权完全行使时废止。
  第十三条：本大纲自宣布之日施行。
  9月1日非常国会根据军政府大纲选举大元帅，孙中山在91票中以84票当选，次日补选元帅二人，陆荣廷以76票，唐继尧以93票当选。
  9月10日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外交总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为交通总长。孙中山并以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
  护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
  非常国会选出唐继尧为元帅后，9月8日唐来电不受元帅，非常国会和孙大元帅都去电劝勉，同时派章炳麟为劳军使，携带元帅印前往昆明，请唐接受。
  不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
  在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见，反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。非常国会对陆这个态度未敢谴责，且于9月3日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
  桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于9月8日招待广州报界，解释自己的立场，他说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”至于在广州组织军政府问题，他说，“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
  护法的军政府是设在广州的黄埔公园。当时南来的国会议员可分为三大系，即（一）政学系，（二）益友系，（三）民友系。政学系自称为旧国民党系的稳健派，其领袖李根源是拥护岑春煊的，岑和陆荣廷有部属关系，而岑、陆又和李根源有护国时期在肇庆军务院的关系，云南唐继尧亦因这种关系而有瓜葛，因此政学系在云南和广西占有人和之利。政学系内分为两派，一派是南关五十号，由杨永泰出资组织，为民主政学系之一部分，约有30余议员，拥岑春煊为领袖，重要人物有章士钊、冷遹、张耀曾、谷钟秀、杨永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孙光庭等。一派是石行会馆，系由李根源竭力组成，约占70余议席，利用漠不相关之莫荣新为傀儡。两派主张完全一致，在南方称为主和派，与民友社的主战派对立。
  益友系就是益友社，为旧国民党系嫡派中的温和派，其机关原为“褚寓”，主张采进步的唯民的倾向，态度温和，是政学系和民友社中间的调和人，也是非常国会中的多数党，议席近300人。以吴景濂、褚辅成、王正廷等为领袖，这三人中吴为众院议长，褚为副议长，王为参院副议长。
  民友系就是民友社，是旧国民党中的急进派，在国会中为最硬派，故有主战派之称。其机关部原为照霞楼，在旧国会中为唯一激烈派。其包含的分子有（一）同盟会嫡派，以林森、谢持、马君武、丁象谦、居正、田桐等为中坚，（二）
  韬园俱乐部以孙洪伊为首，（三）为共和派。
  在非常国会中，政学系人数虽不多，可是最能翻云覆雨，其他还有新新俱乐部系，系新补两院议员的集团，在非常国会中议席近200人，其政治见地虽随个人之历史与地位而不同，但大多数和益友社系较接近，其党纲采全体合议制，著名人物有张知本、何陶、尹成福、刘云昭、赵中鹄、孔昭成。
  内中倾向褚寓的有60名，倾向照霞楼的约50名，倾向政学会的约60名。此外还有蒙古议员俱乐部、文社、广东议员俱乐部、广西议员俱乐部、云南议员俱乐部等五小政团。
  原来国会议员南来参加护法的只有100余人，召集正式国会不足法定人数，乃借用民国2年议院法第七条“议员于开会后满一个月尚未到院者，应解其职”之规定，把没有南来的参、众两院议员解职，然后由候补议员递补，凑足法定人数。
  护法军政府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，因此由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段不满意，至9月29日，冯终被迫下了通缉令。
  护法军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以资报复。
  一二四、段祺瑞在湖南碰壁
  段祺瑞第二次组阁后，一心要完成他武力统一中国的美梦，这是他想超越袁世凯的一个野心，这个野心，尤其在借款有着落后更为积极。他的敌人是西南军人，西南包括云南、贵州、四川、广东和广西五省。段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力又不强硬，是一个假道的理想地带。段打算由湖北、江西两路夹攻湖南，他原打算派吴光新为湖南督军，可是吴表示愿意向四川方面发展，于是段乃决定调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。其后因为段拟议中要段芝贵继任江苏督军一案行不通，乃不调走卢永祥。这时候湖南人唱出“湘人治湘”的口号。在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘，加以谭延闿以湖南省长而兼督军，颇得湖南人们的拥戴。
  段祺瑞针对这个情势，采取了一个将计就计的办法，就是派一个自己的亲信而又是湖南人去做湖南督军，既可堵塞一般人的嘴，又可以执行自己的计划，于是发表他最宠信的傅良佐为湖南督军，仍命谭延闿为湖南省长，同时表示傅良佐虽督湘，但不带北兵入湘。傅在接受新任命时，也发表了“三大治湘方针”：
  （一）湘人治湘；（二）军民分治；（三）不带北兵入湘。
  傅良佐是湖南乾城人，不过和湖南关系太浅，他一直追随段祺瑞，生长和做事都是在北方，所以他在湘人看起来 ，根本不算湘人。至于段祺瑞所保证的不带北兵入境，也很难令人置信，过去杨善德到浙江也有过相同的保证，但既成事实后，北兵即源源入浙。当段和傅良佐都指天誓日地说不带北兵入湘时，驻守保定第二十师（师长范国璋）已奉命调防入湘。
  在此以前，陆荣廷曾打电报给冯国璋，要求三年之内勿更动西南各省的军民长官，冯回电表示同意，所以在傅良佐督湘命令发布后，谭延闿乃向陆荣廷飞电告急，陆即电请冯履践诺言，收回成命，并主张划湖南为南北两军之间缓冲地带，维持湖南现状，以保和平。可是冯已难于作答。因为他已经把湖南和四川与段交换了江苏和江西，因此只得把陆这个电报交给了段作答，8月14日段以国务院名义答复陆说：
  “谭省长清亮淑慎，勤政爱民，惟军旅非所素娴，故以民事专畀。今日文人不能将兵，已为各国通例。为军事计，为湘省计，为组安（谭号）计，皆以专民事为宜。湘俗强悍，诚如尊论，善用之则为劲旅，以卫国家；否则逾越恒轨，以资扰害，尤非知方通变之才，不能控制统驭。湘省易帅，良非得已，以傅易谭，盖亦几经审慎。傅本湘人，感情素通，断不至因更调而生携贰。明令早颁，势难反汉。远承注念，感何可言。希以此意转告西南群帅为荷。”
  段在电报中把更动湘督一事说成是“为事择人”，而把自己私心隐矇，把傅良佐督湘说成是“良非得已”，实在是不由衷之言。
  陆荣廷接到段祺瑞以国务院名义所复的“官腔”电报后，知道无法情商，乃示意湖南采取武力抵抗，并表示愿以实力支援。