所以北京政府在军务院撤销后，立即发出“收束军队”的号召，责成各省军事当局将以前派出作战的军队撤回原防，并着手编遣各地民军，以及自从战事发生后扩充的新编军队，北京要求所有军队都应接受北京政府的直接管理。
  黎、段虽然对裁兵问题意见一致，可是在目的上则显然不同。黎的意思是全国普遍裁兵，无论南北，不厚此薄彼；段则是要大量裁减南方的军队，对自己所能控制的北洋军则不愿裁减，相反地还想继续扩充。黎的目的是：总统和总理应该分权分工，总统以陆海军大元帅地位管理军事，内阁总理则专管政务。军权既要集中于中央，总统的权力就要提高，使总统在实际上具有指挥全国军队和任免全国军事长官的大权；段的目的是：全国军权都应该由陆军部掌握，所谓中央就是责任内阁，并不是总统。
  至于废督问题，段认为当袁权势最盛时，曾把都督一律改称将军。同时计划废省改道，以削弱地方军阀的权力，可是废省改道计划完全行不通。段有鉴及此，乃想出一条比废省更为巧妙的方法，拟将全国行政区改革，缩小省区，把全国划分更多的省。北京内务部根据段的特别指示，制定了全国划分为49个省和特别行政区，只有东三省因外交关系暂不更动。缩小省区计划，在北方各省都一致反对，于是只好束之高阁了。
  在护国倒袁期间，由于战争的关系，所以南北双方都尽量扩充军队，当时全国军队究竟有多少数目，谁也无法统计，因为如果调查人数，是为了达到扩充的目的，自然尽量夸大。可是袁死后，全国重归和平，当务之急，在于复员，减小军队员额是复员的第一步，但这却是极其困难的问题。
  段拟就了一套裁兵计划，是规定全国陆军为40师，每师1万人，另编20个独立旅，每旅5000人，合共50万人。此外各省可以保留一些非正规性质的警备队，但全国警备队不得超过200营，每营500人，合共10万人。在这个计划中，陆军和警备队的区别是陆军有一定的番号而无固定的防地，可以调来调去。警备队则以维持地方治安为职责，其调动范围不出省境。这与袁在时的计划并无两样，袁是把全国军队分为中央军和地方军，规定中央军是正规军；中央军不仅在数量上超过地方军，同时在素质上也优于地方军。这时，北洋军多已有了正式番号，西南各省的军队则被列入暂编性质，其番号是××省暂编陆军第××师。暂编的含意就是等候整编，整编后可以编为中央军，也可以编为地方军。北洋军既然是正规的中央军，自然可以随时调赴各省驻防，可是地方军就不能任意活动。根据这个原则，段祺瑞在袁死后，还想继续北洋军留驻西南境内的已成之局，这便造成了更混乱的情势。如在四川和湖南两省，尤其是四川。
  段祺瑞要求西南各省裁军也未达到目的，因为这时只是表面上的和平和统一，事实上西南各省对北京仍采取一种貌合神离的态度，继续把持税款，扩充军队。
  不只是各省不肯听命中央，甚至平素以笔杆为武器的进步党也想在西南地区建立私有武力，这可以从梁启超给他信徒的信中看出这种野心：“吾侪自命为稳健派者，曾无尺寸根据之地，惟张空拳以代人呐喊，故无往而不为人所劫持，无时不为人所利用。”进步党实际上并没有什么组织，只是通过梁启超和蔡锷的关系，在四川和贵州有点力量，后来由于岑春煊和陆荣廷的关系而在两广有点力量。梁启超很想把四川、贵州和云南变成进步党的根据地，建立武力基础，把进步党变成一个有实力、有根据地的党派，以便在中央争取更大的权力。
  军阀和割据的局面就是在这些问题中逐渐形成的，所谓冰冻三尺，非一日之寒！
  一○二、国会和政党复活
  袁世凯称帝时，北京的国会饱受摧残，议员们纷纷南下，聚集上海的不下200余人，西南护国运动开始后，旅沪的国会议员也为之声援呼应。迨袁死后黎继总统，《约法》恢复，国会重行召开，原来南下的议员们遂纷纷回京。
  5年8月1日，国会在北京举行第二次常会开幕典礼，参议院议员到138人，众议院议员到318人。参议院仍由王家襄、王正廷为正副议长，众议院仍由汤化龙、陈国祥为正副议长，临时公推王家襄为主席。黎元洪总统及国务总理兼陆军总长段祺瑞，财政总长兼外交总长陈锦涛，交通总长兼内务总长许世英，教育总长范源濂，农商总长张国淦，海军总长程璧光，同时莅会，黎依照民国2年公布之“大总统选举法”第四条，郑重宣誓。誓云：
  余以至诚遵守宪法，执行大总统之职务。
  黎同时致词略云：
  “天佑吾华，政局聿新，经纬万端，宜叩众意。议会诸君子为国民所选举，其于民生国计，筹之熟矣。方今时局艰危，正赖贤豪补救，望诸君子一心一德，无党无偏，以法治为指归，立宪政之基础。国运昌隆，政象清明，皆将于诸君子是赖。元洪不敏，忝膺重寄，惟竭至诚，从诸君子后，冀有造于家邦。躬莅盛会，无任欢欣，谨贺一言为民国议会祝”。
  袁世凯末期之所以敢于称帝，因为他已把民国成立后一点点政治生机斩断，民初的政党活动，自癸丑二次革命后即销声匿迹，甚至连推翻清朝，创建民国的国民党亦被迫转入地下活动，开国人物如孙中山、黄兴、陈其美、胡汉民、于右任等，有的亡命海外如孙、黄二公，有的难逃厄命如陈其美被刺死。一直到护国运动开始以后，政党活动才开始在西南和东南各省重行恢复。
  梁启超的进步党由于蔡锷的关系，在云南和贵州省颇见活跃，国民党本以广东和上海为中心，上海方面因陈其美被刺，失去一位勇者而大受影响，广东因龙济光是反国民党最力的，因此也是一蹶不振。护国运动开始，国民党在广东、广西力量渐见抬头，进步党本来在两广没有甚么基础，迨陆荣廷迎梁启超入桂，进步党遂在两广展开活动，梁启超在《从军日记》正道出了他的心事：
  “干卿此次殷殷相招，期我以粤中善后。初时，同入殊不愿我以此自承。……虽然中国之政治，以省为单位也久矣。今后此种积重之势，有加无已，吾侪自审能否谢事不任？如其不能，宜审所择，欲行其志，恐地方较中央优也。此当视所以与干卿相处者如何。若其耦俱无猜，固当任之。”
  虽然进步党有机会可以扩展，可是进步党只靠梁启超，梁又只靠嘴能说，笔能写，比起国民党，无论在组织和人才上都相差甚远。所以西南各省国民党仍有潜在势力。
  梁启超在袁未死以前，就想巩固进步党在南方的势力，又想以川、滇、黔为活动的基础。他在5月14日致蔡锷的电说：“此役结果，最低限度，亦须造成南北均势，否则无以对死事先烈也。”又在致蔡锷的第五书说：“此时优在亡秦，虽云艰瘁，然有共同之向心，尚可力图控抟。神奸既殛之后，人欲横流，……过此以往，则为演水帘洞、演恶虎村之时，决无我辈插足之地，惟有与吾弟共艰苦于卬蜀滇爇间，冀庄严此土，为国人觅一遗种地耳。……”意思就是想用蔡的力量，据川、滇、黔为政治改革的小地盘。但袁一死，他的“造成南北均势”的思想，立刻消灭，却极力与段祺瑞联络，主张速撤军务院。及蔡因病去川，他“庄严卬蜀滇爇”的思想，也消失了。不过仍想扶植戴戡入川，以承继蔡锷。
  至于旧国民系的急进派——中华革命党，在山东、广东及长江流域各处的计划，皆未成功，因此不会取得一隅的地盘。加以陈其美在上海遇刺，失去了一位健将。所以倒袁战争结束后，只有所谓温和派的旧国民系和进步系，能够周旋左右于南北各武人间，成为一时政治的重心；可是他们的活动只是将顺武人为操纵政治的妙用，其结果助长了大小军阀，为日后军阀纷争的伏笔。
  在民国四五年间，政党活动比较沉寂，当时够得上称为政党的，也只有下面三个：
  一、中华革命党，自癸丑二次革命讨袁失败，国民党领袖孙中山、黄兴、李烈钧等皆避居海外，国民党亦被袁所解散。孙中山认识到革命形势主要必需把袁打倒，乃于民国三年在日本组织了一个中华革命党。从命名上来看，这个党是以革命为号召，袁氏称帝，革命两字更是当时政治活动的主流。有人称之为国民党左派。
  二、国民党温和派，被人称为国民党右派，他们部分散在海外，有的留在国内，有的则在日本，当孙中山筹组中华革命党时，亦曾联络他们，但他们反对中华革命党的过激立场，如：《中华革命党党纲》中对于参加革命和未参加革命的党员划分界限，享受权利亦不同，在孙中山方面，是惩前毖后，鉴于民国元、二年的失策，革命事业被袁的北洋派窃夺和排斥，因此要硬性地保障革命党员。这一点在温和派的人士是反对的，他们觉得革命不应该分彼此，也不应该分阶级。同时孙中山规定党员入党时要加盖手指模，也是温和派所不同意的。因此以黄兴为首，都不肯参加。到了日本提出廿一条后，温和派进一步希望国内团结抗日，其时黄兴已由日本去美国，未参加这次行动，这次行动是由李根源、钮永建、程潜、陈强、陈炯明、章士钊等二十八人列名通电，要求停止反袁行动，一致对外。且因当时欧战爆发，便组织了欧事研究会以联络同志。李根源是个有野心善权术的人，他借欧事研究会为活动基础，欲拥岑春煊为首领，岑本和革命党无关系，不过他是反袁的，癸丑之役，章士钊介绍李根源和岑认识，遂有部分人士欲拥岑在南京组织抗袁的酝酿，这一计划因二次革命失败而孕死腹中，此后李、章、岑遂时通声气。