于是陈树藩乃发表独立通电：“树藩以辛亥以来，民力枯竭，不忍发生战事，重困吾民，力持镇静，数月于兹。乃南北协商，久无效果，而陕民对陆督军之贪暴行为，积怨久深，一发莫遏。致郡邑连陷，远近骚然。加以陆部所至，扰乱更甚，同种相残，殊悖人道。树藩情不获已，因于月之九日在陕北蒲城以陕西护国军总司令名义正式宣布独立，期促和议之进行，谋吾陕之治安。风声一树，义旅全归。今已驻军三原，与陆军切实交涉，令将所部军队缴械退出陕境。陆已承认，树藩明日即进驻西安受降，预备建设一切。”
  5月15日，陈树藩率领部队进入西安。5月18日陆建章以威武将军名义，陈树藩以陕西护国军都督名义会衔发表通电：
  “树藩因欲缩短中原战祸，减少陕西破坏区域，于九日以陕西护国军名义宣告独立，一面请求建章改称都督，与中央脱离关系。建章念项城二十载相知之雅，则断不敢赞成，念陕西八百万生灵所关，又不忍反对，拟即各行其是，由树藩以都督兼民政长名义，担任全省治安，建章即当遄返都门，束身待罪。”
  陈树藩就任陕西护国军都督后，就把自己所称陕西护国军总司令一职让给陆承武。5月20日陆建章离开西安时，就把他在陕西将军三年任内所搜括的几十箱财物带走，才出了西安城，就被陈树藩所属的部队劫去，后来由陈树藩亲自出面才追回了一部分，并且派兵护送陆出境。
  国民党领袖之一居正和吴大洲等在山东潍县、高密、周村一带组织了武装力量，居正称中华革命军东北总司令，不久吴大洲改称山东护国军。山东的反袁力量大为膨胀，5月上旬民军进展到济南附近，劝促山东将军靳云鹏宣布独立，如果靳云鹏拒绝就要采取军事行动。靳见民军力量极大，不敢拒绝，乃用缓兵之计，他伪称极赞成倒袁，但山东不能和云南、贵州相比，何况地理上又不毗连，没有独立的必要，只有敦促袁下台，如果袁不答复，山东全省军政界人物就以总辞职来对付袁。当前为了地方安靖，民军应各守原防，如果侵犯政府军防地，政府被迫只好兵戎相见。这时山东境内的袁军和民军旗鼓相当，双方一直处于僵持状态中。靳云鹏在北洋军系中，和冯国璋、段祺瑞有密切关系，洪宪帝制后，他们都对袁离心离德，当山东民军力量逐渐强大后，遂借此致电劝袁辞职让贤，如果没有满意答复，只好宣布独立。5月29日袁召靳入京讨论退位问题，靳奉命即行，走到半路上就被袁下令免去其督理山东军务一职，改派第五师师长张怀芝继任。这一来山东的独立就流产了。
  居正所领导的中华革命军起义时通电如下：
  “孙中山先生、唐少川先生、肇庆岑云阶先生、云南唐都督、贵州刘都督、广西陆都督、浙江吕都督、四川蔡总司令、百色李总司令公鉴：戎事方始，南服粗定，挞伐未张，凶逆无恙，和议屡传，日月坐荒，辜中原父老之望，灰海内壮士之心，纵使和平解决，草率就事，豺狼虽去，狐狸犹存，共和之实不举，革命之祸无穷，内讧屡起，元气愈伤，一时姑息，万劫难复，怅望来兹，能无泣下。今我师崛起青齐，逼近京国，暂住潍邑，屡下名城，士有死心，人无生志，奖率三军，以候明教，戮力同仇，靡有二心。区区之忱，当希鉴察。驻潍东北军总司令居正叩。”
  驻周村的山东护国军都督吴大洲也发表护国军起义讨袁的通电：
  “袁贼肆虐，祸我国家，摧挫民权，攘窃神器，普天同愤，万众离心。吾人亡命异域，尝胆卧薪，历有年所，奈贼禄未尽，天命难谌，空拳徒张，大勋未集。兹幸贼恶贯盈，皇天悔祸。亿兆同声，杀贼护国。吾人恫瘝桑梓，蒿目时艰，奖帅三军，廓清妖孽，誓使海表雄邦，再睹天日。东亚圣域，重现文明。上报国恩，下尽天职。原非得已，岂曰佳兵。凡我同胞，允宜共谅。谨此露布。山东护国军都督吴大洲，总司令薄天明。歌。印。”
  九十五、皇帝总统归天
  袁世凯的历史走到尾声了，他毫无问题是一个枭雄，是政治能手，而他的致命缺点是不肯以诚待人，不肯轻信于人。他出身本是一无凭借，他的崛起，当然是由于他的才智，于是他由庙堂柱石一跃而为民国总统，由民国总统又变为洪宪皇帝，再由洪宪皇帝腼颜回任民国总统，李宗吾的《厚黑学》以形容袁，实在再恰当也没有了。他任事躬亲，集中权力，他明知皇帝不可为而又愿为皇帝，是由于他不喜欢总统受制于国会以及责任内阁削减了总统权力，以为皇帝可以免去这些困惑。
  自云南倡义后，他更不放心，遇事躬亲，不幸的是，他已没有当年得心应手的好运，如今全是不如意事，今日接一个独立电，明天接一个劝退电，国贼之名不绝于口；他的老友、部下、学生，甚至亲戚，都指名呼姓地痛骂他。虽然他表面镇静，可是内心的苦恼已臻极点，尤其是陈宦5月22日“与袁个人断绝关系”的来电，更对他是致命打击。他明于责人，昧于责己，他以权诈取天下，当然要失败的。他的御人术，第一是金钱收买，第二是宠以官爵，第三是武力镇压。这三点有时而穷，穷途末路时，以为别人对不起他，其实他从来就不以诚待人。
  袁身体素健，平日食量也很大，尤其是喜啖河南烤鸭，每天晚上睡觉前要饮参茸酒一杯。旧中国的士大夫总要摆出一副倚老卖老的姿态，袁也一样，50岁以后见客时就要人搀扶，别人叫他老头子，他则常把“吾老矣”、“衰朽之年”一类的话挂在口头边。民国5年他不过58岁，不应该有骤死的可能，也许他平日过分养尊处优，少于运动，加上妻妾过多，房事消耗，所吃的都是大补大热药品，过分的刺激和打击遂使他一病不起。他害的是什么病，言人人殊，袁死后《政府公报》说是尿毒。当病危时，中西药杂投，罗瞎子、王神仙之类的草药医生也来奉药。由于袁病倒时，正遇陕西陈树藩、四川陈宦、湖南汤芗铭先后来电独立，所以大家便有“送命二陈汤”之语。“二陈”指陈宦和陈树藩，“汤”指汤芗铭，“二陈汤”是中国的药名。
  袁病时，每天仍在病榻开榻前会议，处理一切公务，直到病危时，亦不中断 ，只是改由袁克定在榻前襄助。
  袁的病开始于5月27日，在此以前袁已心疲力竭，27日发病时，来势很猛，其家属乃急延中医刘竺笙、萧龙友会诊，但无效果。29日湖南独立，袁左右本不打算让袁知道，可是袁在病中仍逐日召集榻前会议，躬亲处理文电，所以无法瞒他。
  6月2日袁命张一麐打电报给老朋友徐世昌，这时徐已归隐河南辉县，袁请他立即到北京来见最后一面。徐于6月5日抵京，立即赶到总统府，袁仰卧病榻，有气无力，喘得很厉害，颤气地说：“菊人，来得……好，来……得好，我……已是不中用……了。”
  徐世昌和袁缔交最久，40年的好朋友，不论公谊和私交都相处甚欢，这时见到袁垂危的病容，也不禁老泪纵横。他悄悄背过身去试了眼泪 ，然后轻轻地说：“总统不必焦心，好好养几天就会好的。”袁却摇摇头闭了眼睛，眼角旁流下了一大颗眼泪。原来先一天袁已病势加剧，总统府急请法国公使馆医官卜西尔诊视病状，卜西尔诊视结果，确定为尿毒症，加以神经衰弱，肝火涌塞，病入膏肓，断定已难挽救。到5日，袁的精神越为不济，卜西尔替袁打了一针“强心针”，袁的神志才略为清醒，正巧徐世昌来了，可是不久袁又陷于昏迷状态。
  在袁最后弥留时，口中断断续续地说出了“他害了我”四个字，这好像是他最后的遗言。是谁害了他？他的儿子吗？还是他的朋友或是部下呢？袁死后这一句话以讹传讹，竟说成是革命党以40万金贿赂法籍医生卜西尔给袁打了一支毒针，所以袁打针后喃喃说：“他害死了我”一句话。这当然是无稽之谣，然而袁这句话的真意则和他的去世而埋葬了。
  民国5年6月6日清晨3时，袁终于断了气，这位乱世奸雄，清末民初两个时代的重要人物，终于和人世永别了。
  袁死后发表遗令如下：
  “民国成立，五载于兹。本大总统忝膺国民付托之重，徒以德薄能鲜，心余力绌，于救国救民之素愿，愧未能发摅万一。溯自就任以来，昼作夜息，殚勤擘画，虽国基未固，民困未苏，应革应兴，万端待理；而赖我官吏将士之力，得使各省秩序粗就安宁，列强邦交克臻辑治，抚衷稍慰，怀疚仍多。方期及时引退，得以休养林泉，遂我初服；不意感疾，寖至弥留。顾念国事至重，寄托必须得人，依《约法》第二十九条，大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。本大总统遵照《约法》，宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统忠厚仁明，必能宏济时艰，奠安大局，以补本大总统阙失，而慰全国人民之望。所有京外文武官吏，以及军警士民，尤当共念国步艰难，维持秩序，力保治安，专以国家为重。昔人有言：‘惟生者能自强，则死者为不死’，本大总统犹此志也，中华民国五年五月六日。国务卿陆军，总长段祺瑞。外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐。财政总长周自齐。海军总长刘冠雄。司法总长、农商总长章宗祥。教育总长张国淦。”
  袁死后，张一麐在他办公桌的抽屉中发现了他亲笔自撰的挽联：
  为日本去一大敌；
  看中国再造共和。