上海、南京两地的讨袁军相继失败后，8月2日孙中山乃乘德轮约克号离沪，本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯乱命，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至香港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项600元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。
  孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本，不料袁已要求日本拒绝孙上岸，幸孙得船长的掩护，以及国民党在日本的负责同志丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知的协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。
  9月6日北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要，以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
  民国2年的讨袁之役（又称为癸丑之役、赣宁之役、湖口之役和二次革命），可惜是昙花一现，它是民国成立后的第一次南北战争。这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。
  袁在对南方用兵过程中，在用人问题上充分表露出无制度，无标准，完全是家天下作风，既派刘冠雄为南洋巡阅使（他所指的南洋是江浙一带），又派雷震春为长江查办使；既派冯国璋为江淮宣抚使，又派张勋为江北镇抚使，还有一个江北检讨使蒋雁行；既派段芝贵为江西宣抚使，还有一个连职名也相同的赵惟熙；至于湖南，就派了三个查办使：曹锟、汤芗铭和郭人漳，又派了两个检查使：张学济和朱树藩。这一幅多采多姿的升官图，据说连袁自己也记不清楚总共发表了多少官职。真是五花八门，叠床架屋，在袁来说是羁糜天下英雄，网罗人才的手段。
  不要说有官无职的空头衔如此，就是有官有职的情形也是乱得一塌糊涂，有些省既有都督，又有护军使，有些省有护军使或镇守使却无都督，有些省以文人为都督，却以武人为民政长，有些省则以武人兼军民两长。
  但是，主要的安排却没有含糊，从民国2年7月到12月，袁先后任命了倪嗣冲为安徽都督，郑汝成为上海镇守使，龙济光为广东都督，李纯为江西都督，张勋为江苏都督，汤芗铭为湖南都督，段祺瑞为湖北都督，刘冠雄为福建都督。此外，又派北洋军第四师师长杨善德驻松江以扼浙江的咽喉，第卅九混成旅旅长伍祯祥驻长沙，第三师师长曹锦驻岳州以扼湖南的咽喉。
  国民党第二次革命失败，对于中华民国的影响是极大的，因为袁世凯的胜利鼓励了他独裁称帝的野心，使中华民国民主事业，受到了致命的打击。
  五十二、虽胜犹败得不偿失
  当黄兴在南京组织讨袁军后，江苏都督程德全阳为赞成，阴存观望，于7月17日托病由南京赴上海。迨7月25日，袁军已攻下江西湖口，程德全乃发出通电，向袁输诚，电云：“南京独立，系黄兴及第八师师长陈之骥所为，现已另刊关防，召集水陆军警，亟图恢复云云。”这时，上海的讨袁军因受外人干涉，司令部被解散，南京无以为恃。冯国璋、张勋乃各率大军沿津浦路南下，黄兴于是功败垂成，退出南京，陈之骥亦取消独立，以师长名义维持南京秩序。8月11日何海鸣重组讨袁军于南京，与冯、张两军作殊死战凡20日，9月1日袁军大举进攻，何兵外无奥援，孤军苦战，困疲万分，不能再守，南京遂被袁军攻占。张勋和他的辫子军攻城时，曾下令城下之日大掠三日以为奖赏，于是南京城被辫子军攻下后，遂遭浩劫。
  北洋军对南京的作战任务，是由张勋部攻打太平门，雷震春部攻打南门，冯国璋部攻打北门。张勋使用掘地道、埋地雷种种方法，轰倒了一段城墙，于9月1日攻进了太平门。城破后，北洋军放火烧了下关，城内还有三五成群的讨袁军残部在巷战，这时的讨袁军总司令何海鸣，躲在马棚草堆下得以乘机逃脱。从9月1日至3日，张勋大纵兵士任意地奸淫抢劫，他于9月4日才进城。洗城的那三天中，雷震春军在南门，张勋军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地烧杀抢掳，上自天花板，下至阴沟都不放过。许多妇女投秦淮河自杀。由于讨袁军总司令黄兴是湖南人，坚守南京的部队也绝大部分是湖南人，因此张勋对湖南人恨得最厉害，湖南会馆先被查封，湖南人被杀的也不计其数。在抢劫过程中，城内大街小巷出现了各式各样的怪现象，有些兵士脱下军衣，把步枪当作扁担来搬走他们的“战利品”，有的强迫人力车替他们搬运，有的则因抢夺赃物而互相枪击。张勋虽然打了一次胜仗，可是等到士兵们归队点名时，却少了很多，这些士兵不是战死而是失踪，他们为什么失踪呢？原来他们打完了仗，老总们都饱掳满载，发了一笔不小的财，于是他们便开小差回家去享福了。
  南京市民用罢市运动来抗议辫子军的罪行，张勋用武力对付，强迫商人开市，他认为开门七件事最要紧，乃勒令柴、米、油、盐、酱、醋、茶店铺首先开门，其余的则一概不理。
  9月9日，沪宁火车首次通车，南京市民们扶老携幼，不约而同地都赶到火车站，想搭车离京 ，以逃避辫子军暗无天日的洗劫。火车站上人山人海，拥挤不堪，人人都争先恐后要离开南京这座黑地狱。因为辫子军在南京的洗劫，毫无终止的迹象，同时又听说张勋且要驻节南京，遂使南京市民们一传十、十传百，这是由于张勋过去治理南京的余悸还深印在大家心上。
  提起张勋实在是中国近代史上的一个怪物，他的辫子军杀人放火无所不为。当清帝退位前，他曾率军勤王，勤王军在天津被洋兵挡阻，他才怏怏回到德州。这次听到革命党又在南京“造反”，“袁宫保”又要和革命军打仗，他乃自告奋勇率兵剿“匪”。袁派他会同冯国璋攻南京，这正给他恢复自己因辛亥革命而失去的江南地盘的大好机会。
  张勋和辫子军攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了也为之惊讶，于是发电给南京各军师，全电如下：
  “阅路透电，称南京城内住宅商店，茅舍草屋，无不被抢，妇女老小贫富 ，多被奸淫，其余均入外人家避难，各军皆然，而张部蓝衣兵实占多数。各官长目睹不理，所谓不伤一人，不惊一户之宣告，完全背弃。日本民居，亦多被害，有自日领署出者，被兵枪毙三人，受伤一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此强暴行为，如果尽确，则是丧尽名誉，大干军律。查各国军人素尚文明，即俘虏亦无凌虐。吾国削平内乱，自残同类，已属可矜，况无辜良民，久困匪中，日望援救，闻者坠泪，见者痛心。若以盗贼之行为，尤而效之，各国传布报纸，目为野蛮，于立国大势，所关非细。且乱党乘间抵隙，执为口实，更足以煽动人心，东南大局，何时可定？各弁目等，谁无身家妻子，入伍为兵，退伍即民，易地以观，忍乎不忍？民纳税以给饷，兵出力以卫民，不能卫之，而反扰之，天良何在？为之官长者，目睹何忍？本大总统治军数十载，素以保民为宗旨，闻此情形，不禁泣下。仰即传集各该官长，剀切诰诫，并明查暗访，得有奸抢实据，立按军法严办，以期湔洗于万一。至保护外人生命财产，更属文明通例，尤应格外留意，勿因细故，败坏大局为要。”
  张勋复袁电一：“大总统钧鉴：鱼电谨悉。此次南京城下之日，各军争功，蜂拥而进，与匪军巷战一二昼夜，全城鼎沸，子弹纷驰。嗣后匪军逃窜，乘机抢掠，土匪助虐，益肆凶残，多有假冒官军情事。当此之时，秩序已紊，加以各军号令不一，非以严刑，难期整饬。勋因破除情面，随派干练弁兵，巡行街市，随地正法者二百余名，截留衣物无算。然后始得渐就平复，此金陵各国旅居洋人之所共见。今路透电，乃以蓝衣兵独占多数为言。查勋军入城，仅占东北一隅，此处荒僻，民户无多，其余各处繁盛之区，均由各军分扎，孰抢孰否，不难按户而稽。且前次我军夺取天保城各要隘时，匪军屡次乔扮勋军装服，希图混进。且蓝衣之说，亦难据为确实证据，亦何所用其回护。应请简派公正大员来宁，亲赴被难之家，确实调查，以昭信谳，而全军誉。”
  张勋虽复电给袁，推卸洗劫南京的责任，可是辫子军的暴行，中外目睹，所以袁世凯和北京参谋本部、陆军部都来电彻查，使他也极为伤脑筋，不得不再二再三申复。下面是张勋的第二、第三次给袁复电：
  张勋复袁电二：“大总统钧鉴：拱密。