应是个流氓头子，洪于1月14日发给应一本密码电本“应密”，令应直接和国务院通电联系，后来因为赵太忙，乃派洪述祖到上海和应接头。洪赴上海接洽毕回到北京，把经过报告袁和赵，袁答应“毁宋酬勋位”，洪电应以后电报由洪转，不要直接向国务院联系，怕国务院人多嘴杂，容易把机密文件泄漏。洪给应电报中要他作一篇“激烈文章”，就是催应提前动手的隐语。
  应桂馨和武士英被捕后，在捕房中口供是：
  应桂馨又名应夔丞，是“中国共进会的会长”，据应自称共进会有会员一万万人。
  武士英山西人，年22岁，曾在云南当过营长，被裁后流浪来上海。他的供词中说：“宋案是我一人下手，与应夔丞无关。”
  应夔丞在辛亥革命前是青红帮头目，武昌起义时，帮会颇有贡献，其组织改名共进会，自以有功，骄恣跋扈，为害地方，浙督朱瑞要拿办他，黎元洪为之缓颊。应到湖北后又勾结军队，所行不法，黎亦通缉他，他乃投奔苏督程德全，又曾赴北京商榷改组共进会，遂与洪述祖互相勾结。
  洪述祖早年在台湾胡作非为，台湾巡抚刘铭传拟将其正法，辛亥革命时在上海和应夔丞一块，据说他小有文才，唐绍仪组阁时本有意任命他为内阁秘书长，后来发觉他不正派，才改派魏宸组，洪于是被赵秉钧延揽为内务部秘书。
  由于宋案急转直下，不仅凶手被捕，而且铁证如山，足以证明袁世凯、赵秉钧都是主谋杀宋的人，使得袁、赵非常难堪，不得不做一篇遮盖文章。这篇文章表面上看起来是一篇倒乱千秋的手笔，据说由“智多星”赵秉钧想出“移尸嫁祸”的妙计。这篇文章是于3月26日以国务院名义通电各省，内称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，特先判处宋以死刑，即时执行”云云。赵想以此转移国人视线，把梁启超、汪荣宝等风马牛不相及的人物列为陪客，并且把杀人主使犯也摆在一起，以为这样就能混淆事实，就能使人相信上海真有这样一个暗杀组织，这个组织不但要暗杀国民党领袖，也要暗杀其他政党领袖，甚至还要暗杀北京政府的首脑。
  袁为了表示“坏我栋梁”，乃命工商总长刘揆一以吊丧为名，到上海来疏通黄兴。他杀了一个湖南人，却请出一个湖南人到上海来疏通另一位湖南人。刘揆一也是国民党，竟为了一个总长地位，不惜替袁作说客，黄兴对刘毫不客气，他弄得很没趣，回到北京后便向袁称病辞职。
  上海地方检察厅公然宣布要票传赵秉钧出庭，这一来可把袁和赵搞得很头痛，他们也妙，只好横了心黑了脸，宣布在北京破了一个暗杀组织，名叫“血光团”，黄兴是团长，北京法院也要票传黄兴。袁的嫡系报纸《北京国报》公然用大字标题“伟人造反”，说湖北季雨霖谋反，是黄兴主使。而国民党的报纸则大字标题“总统杀人”以做报复。
  应、武两犯是于4月16日由上海租界的会审公堂移交给上海地方检查厅看管的。江苏都督程德全、民政长应德闳亲自从南京到上海来，会同上海地方检查厅长陈英，在上海交涉员署内执行检查手续。
  4月26日江苏都督程德全、民政长应德闳发表通电把有关宋案的证件全部发表。袁命令北京的司法部通电否认地方长官有宣布宋案证据之权，认为这样是干涉了司法独立。
  宋案发生牵连到赵秉钧后，赵很没趣，袁也很光火，于是赵乃避嫌辞职，袁在赵辞呈上批为准予请假暂时休息。4月3日赵在北京《新纪元报》发表了一段谈话，把他自己说成是宋教仁的最好朋友，他说：“我和钝初一任内务一任农林，以同僚而为至友，他住西直门外农事试验场，离城十里，有时天晚来不及出城，他总住到我家中，我们感情甚洽，无话不谈。他离北京南下时，欠了五千余元的债，都是我替他偿还的。”
  当孙中山把中华民国大总统让位给袁世凯时，革命党对袁修筑了三道围墙：一是临时政府设于南京，二是袁必须到南京就职，三是袁发誓必须遵守《临时约法》。
  可是袁在宣布要南下时，在北京制造了兵变事件，于是临时政府设在南京的计划为之粉碎，袁也不需南下就职。其后唐绍仪辞职和军警威胁临时参议院，把遵守《约法》的规定也粉碎了。孙中山和黄兴到北京参加巨头会议，本想用至诚感人的方法，使袁改邪归正，为了委曲求全，在“四巨头宣言”中，连迁都南京和贯彻责任内阁主张都没有提出来。在袁看来，不是革命领袖宽宏忍让，而是认为他可以用花拳绣腿的手段来对付革命党，因之鼓励了袁的予智自雄的野心。自唐绍仪被迫辞职后，责任内阁的路袁是绝对不走的，即使宋教仁组阁，袁也不会放松。张振武案不了了之，使袁胆子大了，认为可以用血案来解决政治问题，宋案就在这时发生。
  3月25日，孙中山自日返抵上海，距离他2月11日赴日考察，前后不过一个半月。孙登岸后即邀集在上海的国民党领袖在上海同孚路廿一号黄兴寓邸会商宋案应付办法，安徽都督柏文蔚也托词到上海省亲，参加了这个会议。这时袁向五国银行团进行大借款的消息也传到上海，国民党认为这是袁恃以发动内战的军费来源，更加愤慨。孙和戴传贤主张用兵。孙中山有“联日速战”的讨袁方略，主张国民党应该先发制人，通电各国阻止大借款，并由国民党控制下各省区组成讨袁军。黄兴对这个计划不赞成，他认为在国际方面中华民国还没有被任何一个国家承认，边疆形势日益险恶，如果国内再发生战事，中国岂不成为朝鲜第二；至于在国内的形势对比，国民党不敌北洋派，因为革命阵营中许多意志薄弱只想做官的人，都已经投向北洋派了，国民党控制的地区仅只有江西、湖南、安徽、广东四省，而这四省的内部也并不统一，国民党必需量力而行，知彼知己。
  由于国民党多数领袖主张避免使用武力而采循法律途径，因此经由江苏都督程德全建议袁成立一个特别法庭，推黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官，以避免来自任何方面的压力，全权处理宋案。袁表面上接受，却由司法总长许世英以“不合编制”为借口而反对成立这个法庭。
  黄兴主张不用兵可于他致袁的秘书长梁士诒一电中看出。3月27日黄电梁：“宋案连日经英廨审讯，闻发现证据颇多，外间疑团实非无关。兴以钝初已死，不可复救，而民国要基未固，美国又将承认，甚不愿此事传播扩大，使外交横生障碍。日来正为钝初谋置身后事宜，亟思一面维持，而措词匪易，其苦更甚于死者，公有何法以解之？乞密示。”梁对黄这通电报未予答复。
  上海租界捕房在4月16日把刺宋案凶手应桂馨和武士英移交给上海地方检察厅，4月24日武士英忽然在狱中暴毙，死得不明不白。
  刺宋案的另一凶手应桂馨在狱中过着非常舒适的生活，他有阿芙蓉的嗜好，开始时还用手帕涂上吗啡浆过瘾，随后竟公然要求抽鸦片烟，而法院方面怕他又来一个“死无对证”，也只好特准他在狱中公开抽烟。
  至于洪述祖呢？宋案破获后，他不敢在北京公开活动，乃从容不迫地“逃”到青岛。德国派在青岛的胶州总督因为他是闻名全国的杀人凶犯同谋者，所以把他扣押起来，袁世凯竟公然派内务部次长言敦源到青岛交涉，要求引渡。德国总督同意引渡后，洪就等于获释。5月3日洪公然在青岛发表通电，极力吹嘘他协助唐绍仪完成南京议和，建立共和的功劳，痛骂宋教仁：“借政党内容之名以遂其植党营私之计”。并且用一种荒谬绝伦的理由为他自己狡辩说：“毁宋仅欲毁其名，何得认为谋杀之证据。”
  赵秉钧在对记者谈话中谈到洪述祖，表示洪和他毫无关系，更不是他的私人，而是少川（唐绍仪的字）介绍到内务部来的。袁看到宋案闹得很厉害，自己陷于极不利地步，乃想设法解释一下，恰遇北京各界举行“宋教仁先生追悼大会”，袁乃授意京兆尹王治馨参加大会时相机为他解释。不料这个京兆尹是个糊涂鬼，他自作聪明地在大会上编造一段故事，他说：“去年应桂馨到了北京，向赵总理自告奋勇，要动手杀害宋先生，关于这个问题，总理曾向总统请示过，总统认为政见虽有不同，暗杀决不是个手段，所以不予同意，由此可见宋案与总统和总理都无关，完全是应桂馨和洪述祖搞的。”他的这番解释，简直是欲盖弥彰，气得袁世凯跺脚，赵秉钧扔茶碗。
  赵秉钧过分想远离刺宋案，这使到袁世凯很不高兴，赵辞职后被袁改为给假养疴，其意思就是“你越想避，我就越不答应”。
  赵秉钧除了对报馆记者解释外，还给了上海地方检察厅一封公开信为自己辩护。赵函如下：
  ……宋案一端，语涉秉钧，为秉钧一人之关系，虽不容借词掩饰，逆拒忠言，亦岂能含冤不伸，致同默认，兹特详细解答如左：原电内称宋案词连政府，洪犯固宜速求引渡归案讯办，赵总理亦应出庭受质，方能表白等语。查政府云者，乃国务总理及各国务员合同构成之有机体之谓也。此种有机体之政府，上负政治上之责任，此次宋案，纯然法律关系，而非政治关系，即云责任，何关政府，故谓词连秉钧则可，若谓词连政府则不可。不过秉钧以个人名义负责，决非以国务总理负责，揆之法理，皎然易明，浑称之曰政府，将与政治上连带责任有相混之处，未免失辞，此不可不辩者一也。