因为唐和南方革命党人相处甚洽，又深通洋务，和英美关系都搞得不错，所以在袁系中，唐是个能够被中外接受的理想人选。
  3月13日袁世凯正式向南京参议院提名唐绍仪为内阁
  总理，南京参议院予以同意。3月25日唐绍仪亲来南京，29日列席参议院发表政见，并将新阁名单提请表决如下：
  外交总长陆徵祥（当时系驻俄大使，故由胡惟德署理）
  内务总长赵秉钧
  财政总长熊希龄
  陆军总长段祺瑞
  海军总长刘冠雄
  教育总长蔡元培
  司法总长王宠惠
  农林总长宋教仁
  工商总长陈其美（未到职，由王正廷署理）
  交通总长原提名梁如浩，未被参议院通过，乃由唐绍仪暂兼。后由施肇基代理。
  这份名单，好像是容纳了各方面，因为唐虽是袁的亲密朋友，可是他又和同盟会方面是好朋友，陆徵祥是无党无派的外交家，熊希龄是君主立宪派，袁系的人只有赵秉钧、段祺瑞、刘冠雄三人，而同盟会方面却有蔡元培、王宠惠、宋教仁、陈其美四人。袁认为这是非常公平的分配，其实则是掩耳盗铃的，因为唐绍仪是袁的老友，而陆徵祥则为袁系的附庸，而君主立宪派在同盟会和袁系间是选择亲袁的路线。因此在唐内阁中，外交、内务、财政、军事、交通六个重要部门都抓在袁手中，同盟会所得到的只是教育、司法、农林、工商四个无所事事的冷衙门。
  同盟会原来推荐黄兴在新内阁中继续蝉联陆军总长，当然这是想限制袁的军事特权，使他不能把国家的军队当作私人的工具。可是这只是一种幻想，因为袁世凯是必需要掌握军队作为自己力量的基础，因此决不肯把陆军总长这个人选让给袁系以外的人担任，更不会同意给同盟会的“实力派”领袖黄兴，所以只同意改派黄兴为参谋总长。参谋本部在当时是个有名无实的机关，黄兴当然坚决拒绝接受这个空名职位。
  唐绍仪虽然是袁的老朋友，可是他不是北洋军出身，他与袁在朋友与部下之间，不像北洋军系的人，对袁完全是衣食父母，因此他一方面获得袁的亲近和尊重，一方面则受到袁部下的排挤和诋毁。南北议和时，唐与南方代表协议成立一个解决新国家国体问题的“国民议会”，会议的成员是由革命军人所占领的14省和清廷所统治的八省，每省各派三人组织之。袁认为唐未请示他而擅自同意国民会议代表的比率，使北方占少数，处于绝对劣势，非常不满，乃通电谴责唐越出了代表的职权范围，唐因此被迫通电辞职。
  3月26日，南京临时政府公宴唐绍仪于总统府，觥筹交错，颇尽欢洽。酒筵进行时，蔡元培起立致词，对唐绍仪赞誉备至，随后举杯庆祝唐内阁已获参议院通过，预祝中华民国第一任内阁将有满意成就，最后希望唐氏能加入同盟会，实行同盟会政纲政策。接着黄兴也起立敦劝，全体与会人士鼓掌表示赞成。
  唐绍仪由北京南下时，袁曾一再敦嘱，要唐尽量与革命党方面建立友好深切关系，唐本和南方人士有好感，因此蔡、黄两氏的提议，唐很愉快加以接受。居正乃离席取出同盟会的入会同志志愿书送给唐绍仪，唐即在誓书下签字认可，再由蔡元培、黄兴签名作介绍人，孙大总统签字主誓，唐绍仪起立宣誓，大家高呼同盟会万岁，宾主尽欢而散。
  这次唐南来，除了加入同盟会引起北洋军系的不满而外，还有一件大触北洋军人之怒的，是唐竟同意南方提议，调兵北上，这在北洋军人看来，简直是召引外兵入京，是件不可原恕的举动。赵秉钧复京师总董事会函有云：“调兵北来唐君主之，鄙人甚不谓然，早间见总统（袁）之意见相同，必须竭力磋商，以不来为是。”李书城致熊希龄电有云：“国务员带卫兵北上，系当时唐总理在南京与众拟之辞。”
  此外，最使北洋军人痛恨的，是唐主张孙、袁、黎、黄合作，以奠定民国基础。在北洋军人看来，这四巨头的合作，就是北洋军系的没落。
  民国元年4月1日，孙大总统至临时参议院正式宣布解职，并致辞说：
  “本大总统于中华民国正月初一日来南京就职，今日四月初一日至贵院宣布解职。……三月以来，南北统一，战事告终，造成完全无缺之中华民国……本大总统受职之初，不料有如此之好结果，亦不料以极短之时间，而能建立如此之大事业……。今国务总理唐绍仪组织内阁已成立，本大总统自当解职，今特莅贵院宣布。……中华民国成立之后，凡为中华民国国民均有国民之天职。何谓天职？即促进世界的和平是也。……促进和平，即是中华民国国民之天职。……本大总统解职之后，即为中华民国之一国民，政府不过一极小之机关，其力量不过国民极小之一部分，大部分之力量，仍全在吾国民，本大总统今日解职并非功成而退，实欲以中华民国国民之地位，与四万万国民协力造成中华民国之巩固基础，以冀世界之和平。望贵院与将来政府勉励人民，同尽天职，从今以后，使中华民国得为文明之进步；使世界舞台，得享和平之幸福，固不第一人之宏愿已也。”
  孙大总统致词毕，遂将大总统印交还参议院，参议院答词如下：
  “……中山先生发宏愿救国，首建共和之纛，奔走呼号于专制淫威之下，濒于殆者屡矣，而毅然不稍辍，廿年如一日。武汉起义未一月，而响应天下三分有其二，固亡清无道所致，抑亦先生宣导鼓告之力实多也。当民国尚未统一，国人急谋建设临时政府于南京，适先生归国，遂由各省代表公举为临时大总统，受职才四十日，即以和平措置使清帝退位，统一底定，未忍生灵涂炭，靡诉于兵戎；虽柄国不满百日，而吾五大民族所受赐者已靡有涯矣，固不独成功不居，其高尚纯洁之风，为斯世矜式已也。今当先生解临时大总统职任之日，本院代表全国，有不能已于言者；民国之成立也，先生实抚育之；国民发扬光大也，尤赖先生牖启而振迅之；苟有利于民国者，无间在朝在野，责任一也。罗斯福总统解职后，周游演说，未尝一日不拳拳于阿美利加合众国，愿先生为罗斯福，国人馨香祝矣。”
  这两篇演说词都充满诚挚的感情，不是一般官式应酬语，孙中山先生之所自期，与国人之所期待于先生，均可以说是恰如其分。今天我们读到这些开国文献，就可以想见当年首创民国的伟人们雍容揖让，虚心诚意，令人向往不已也。
  4月2日临时参议院议决：中华民国临时政府迁往北京，参议院亦订于4月29日在北京行开院典礼。4月6日参议院将全体参议员名单咨文交由唐绍仪电告袁大总统。唐电曰：“参议院咨文。本院议决迁至北京办法，自四月初八日起，休会十五日。于二十一日齐集北京，已由歌电报告，并电请先行指定场所，并届期派员招待各在案。查各省参议员现在已到院共四十九员。合将全院参议员人数，开列清册，注明省分，并将议长、副议长暨审议员姓名，以及审查会审查长，并审查委员姓名一并分别开列，咨请查照，以便指定相当场所，俾各员到京后，即可克期开会。此咨大总统。计咨送清册一本。各省参议员到院人数姓名如左：
  直隶：谷钟秀
  奉天：吴景濂
  河南：李搫陈景南丁廷謇张启与李载赓
  山东：史泽咸于洪起陈命官彭占元刘星楠
  山西：李素刘懋赏
  陕西：赵世钰
  湖南：彭允彝刘彦欧阳振声覃振
  湖北：田桐刘道仁胡秉柯欧阳启勋
  安徽：胡绍斌常恒芳凌毅
  江苏：杨廷栋陈陶怡凌文渊
  江西：文群汤漪王有兰
  浙江：王正廷殷汝骊黄群
  福建：林森潘祖彝
  广东：钱树芬金章赵士北
  广西：邓家彦曾彦刘崛
  四川：黄树中李肇甫熊成章
  云南：张耀曾席聘臣段宇清
  贵州：文崇高平刚
  议长：林森；副议长：王正廷。审议长：李肇甫。外交审查长暂未举。审查员刘彦、钱树芬、刘星楠、吴景濂。请愿审查长暂未举，审查员李搫、刘懋赏、邓家彦、曾彦、刘崛。法律审查长王正廷，审查员王有兰、彭允彝、谷钟秀、赵士北、平刚、汤漪、熊成章、张耀曾。财政审查长潘祖彝、审查员李肇甫、欧阳振声、文群、殷汝骊、席聘臣、黄树中。再参议院法已由本院议决咨送，其第四章第二十六条载任委员分设法制、财政、庶政、请愿、惩罚五部。各提任审查本部事件云云。此次所开尚系院法未经议决以前暂时规定，应俟本院移至北京后再行查照院法分部另举，合并声明。元年四月初六日等语。仪。虞。印。”
  袁不肯把陆军总长一职给黄兴，可是却又不能不予黄兴有一安顿，因为当时黄兴的声望，仅次于孙中山。袁遂于3月30日发布命令：“任命黄兴为参谋总长。此令。”当时的参谋总长既无人事权，又无指挥权，纯粹一个幕僚长，因此黄坚决请辞。其辞职电云：“袁大总统命以兴继任参谋总长，已复电力辞。至两江一带军队，维持整理，刻不容缓，兴纵怀归隐之志，断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队，布置得宜，各安其所。俟布置大定，始行告退，以遂初志。”南方民军麇集，如果不妥为安插，确实很难善后，黄兴统筹负责，是最理想的人选。不过这个工作吃力不讨好，黄兴薄参谋总长而选择一个吃力不讨好的工作，这也可见革命党人勇于任事，不求名利的伟大襟怀。
  袁世凯于3月31日任命黄兴为南京留守，仍总辖南方各军。