袁世凯在清帝退位后即以全权名义布告中外大小文武官署，全文如下：
  “现在共和国体，业经宣布，世凯忝膺组织临时政府之任，力小荷重，深惧弗胜。窃念政府机关，不容有一日之间断，现值组织临时政府，所有旧日政务，目下仍当继续进行。庶政方新，百端待举，全赖群策群力，互相匡济，务以保全治安，共维大同为要务。在新官制未定以前，凡现在内外大小文武官署人员，均应照旧供职，毋旷厥官。所有应行公务，应司职掌，以及公款、公物均应照常办理，切实保管，不容稍懈，倘有借端规避旷厥职官者，不独违背官规，抑且放弃国民义务。窃愿在官诸君子，共懔此意！”
  同日并将退位诏旨致各国公使，转达各国政府。袁称临时政府首领，各部大臣名为首领。
  元年2月15日，临时参议院开临时大总统选举会，到17省代表人，共计17票。投票结果，袁世凯得17票，当选为中华民国临时大总统，当即致电北京，电文曰：
  “北京袁慰庭先生鉴：昨孙大总统辞职，经本院承诺，业已电知尊处。本日开临时大总统选举会，满场一致，选公为中华民国临时大总统。查世界历史，选举大总统，满场一致者，只华盛顿一人。公为再见。同人深幸公为世界之第二华盛顿，我中华民国之第一之伟业，共和之幸福，实基此日。务请得电后，即日驾莅南京参议院受职。共和万岁！中华民国万岁！”
  2月20日，临时参议院公举黎元洪任中华民国副总统。
  民国议和代表伍廷芳及参赞温宗尧、汪兆铭，以清帝退位，民国统一，议和任务告一段落，乃于2月16日向孙大总统及各省都督通电报告关于清帝退位与优待条件之交涉经过，并作数项解释。电文曰：
  “南京孙大总统、武昌黎副总统、各省都督公鉴：廷与前清内阁协议清帝辞位后之优待条件，已于初九日致各省都督青电，略陈梗概，谅蒙洞鉴。初十、十一等日，与前清内阁往复磋商，昨日得其复电，已全体承诺。案清帝辞位问题，彼此筹商，一月有余，关于辞位以后优待条件，尤费筹划。民国政府宗旨，在合汉、满、蒙、回、藏各民族，以建中华民国，已屡次剀切宣明，而所定满、蒙、回、藏各民族赞成共和之待遇条件，于平等大同之义，委曲调护之心，皆已周至。然满、蒙王公所注目者，不仅在本族之位置，尤在清帝辞位后待遇之厚薄。果使清帝辞位，得蒙优待，则皆以为清帝且如此，满、蒙诸族更何所虑。设其不然，则皆以为清帝犹不免如此，满、蒙诸族更无待言。此种存心，骤难解说。前因优待条件，久未商定，大起恐慌。谓即不见容于汉人，不如托庇于外国。东三省及蒙古等处。已见端倪，因疑成隙，将为巨患。延劳心焦思，迭与临时政府商酌，以为中国历史上，凡遇鼎革，兴朝对于胜朝余裔，恒从优看待，既以成宽容之德，亦以安旧臣之心。况今者民国政府持人道主义，又值清帝赞成共和，自愿辞位，民国政府法汉高雍齿且侯之意，承明祖宽待元裔之风，予以优待，必为国民所不拒。惟事关重大，廷虽受议和全权代表之任，而再三审度，不敢擅作主张。爰于本月初四日，将前清内阁所开优待条件，携赴南京，面商政府诸公，于所开条件，有所修正后，提交参议院再加修正，得多数表决。并谓将来字句之间，如稍有斟酌，无关大体者，不必复须得参议院之同意。廷以议决案电达黎副总统，承表示同情，复前清内阁后，复有所争持，当经稍加修改，告以自此无可再让。民国政府于赞成共和自愿辞位之清帝，虽可予以优待，然万不能于共和国体稍有妨碍，致蹈虚君位之嫌。迨十二日下午，得前清内阁回电，已全体承诺，同日清帝辞位之诏，亦已宣布。自此清国统治权全归消灭，中华民国统一，全国永无君主之余迹矣。详审优待条件中，多关于清帝之一身及其祖宗家族等事，与政治无关。其必宜注意者，应一一解释，以期共喻。谨历举如下：
  一、清帝名号案关于清帝一身之待遇，廷前只许以待外国君主之礼待之。旋经彼此磋议，以为虽以外国君主之礼相待，不能无所称谓，乃予以让帝之号，而彼方以为近于谧法，坚不肯从，始定为清帝辞位之后，尊号仍存不废。清帝与大清皇帝，名称不过有详略之殊，犹之直隶总督，简称则为直督。故参议院所坚持者，在辞位之后四字，而于清帝与大清皇帝之别，谓为无关宏旨，可以大清皇帝辞位之后，尊号仍不废，为最后之决定，盖如是则辞位之后，自可称为已经辞位之大清皇帝，与虚君位主义风马牛不相及也。至于清内阁初所要求者为大清皇帝尊号，相承不替，廷已严加拒绝。彼亦虑蹈于虚君位之嫌，承认廷所主张矣。
  二、清帝居住前清内阁所要求者，为大内宫殿，或颐和园，随意居住。廷以专制君主为万目所共瞻，且居城之中央，阻碍东西南北之交通，必法拆改。清帝只居颐和园，不可仍留宫禁。而前清内阁谓严寒之际，仓猝之际，未能即行迁移，应听暂为居住，日后再退居颐和园，此不过暂时之事。
  三、禁卫军编制前清内阁以清帝辞位后，虽不应仍有禁卫之军，而数近万人，一旦解散，将以失业之故，而起恐慌，要求将该军额数、俸饷，仍如其旧。廷以该军原名禁卫，必改归中华民国陆军部编制，然后可侪于国民军之列，而不使人疑为已经辞位之清帝，仍有宿卫之兵。四、王公世爵案美、法同为民主之国，法有世爵，而美无之，此各因于其历史。美以平民手创新国，故世爵之制，无自而生。法以革命之力，变君主为民主，其历史所贻留之制度，苟无碍于共和主义者，未尽改易，故世爵之制，仍存不废。今我中华国体新定，而蒙古、回、藏各处，因于历史，部落之制，未尽蠲除，一旦去其王公，各部惊疑，必滋大乱，故待遇满、蒙、回、藏条件，有王公世爵概仍其旧一条。此中情形，想必为识者所鉴谅。颇闻论者有谓：既受世爵，不宜再享公权。案共和国以国民平等为原则，即有爵号，不过以历史所贻留，为一家一姓之荣誉，故平时以私人资格，虽可以爵号自娱，而当其行使公权，如为官吏及议员等，则不能以爵号并列。故关于清皇族待遇及关于满、蒙、回、藏各民族待遇条件，于一面留其爵号，于一面使其公权、私权，一切与国民平等，庶于共和国体无所妨碍。
  以上条件，固易滋疑议，故略为解释。其他皆清帝辞位后，关于一身及祖宗家族等事，无关宏旨，予以优待，使各国晓然于此次革命，纯持人道，尤为民国之荣誉。至于待遇满、蒙、回、藏各民族之条件，系因满、蒙、回、藏各民族赞成共和，合五大民族同建中华民国，民国当然有此办法，非因清帝辞位之故。参议院既已切实宣明，已一并于清帝辞位之后，由两方代表照会驻京各国公使，请其电达各国政府矣。兹将全文电陈左右，尚祈鉴察为幸。全权代表伍廷芳、参赞温宗尧、汪兆铭。铣二。印。”
  清帝退位后，定都问题成为当时一个争论的焦点，大多数人主张仍应以北京为首都，宋教仁、章炳麟持之尤力。章认为南京不能控制满蒙，清命虽黜，遗孽犹在，北军未必没有怀念旧主的、加以蒙古和满洲为其后援，则死灰将复燃。章并撰有致参议院公开信刊于2月13日上海《大共和日报》，力陈建都南京的五大害，参议员读了章函，颇受其影响。但同盟会要员则恐惧袁世凯在北方有雄厚势力，若定都北京，袁为总统，则推翻清朝换来袁世凯，亦是以暴易暴，所以坚主定都南京。
  当2月13日孙大总统辞职和举袁自代的咨文送到参议院后，参议院对选袁为总统一事全无异议，但对于都北抑或都南一事，则争辩甚烈。议员谷钟秀、李肇甫等力主建都北京。投票结果以20票对8票的多数，决议定都北京，并以咨文复孙大总统说：
  “今日南北既经统一，即应统筹全国，图所以统一之道。临时政府地点为全国人心所系，应在可以统驭全国之地，使中国能成完土，庶几以维系全国人心，并达我民国合五大民族为一国之旨。前经各省代表指定临时政府地点南京者，因当时大江以北尚在清军范围内，不得不暂定临时政府适宜之地。今情势既异，自应因时制宜，定政府地点于北京。将来新举总统无论何人，应在北京接收事权，事经议决，请查照行之。”
  孙、黄等闻悉参议院决定，均怒不可遏，急召参议院中同盟会议员黄复生、邓家彦、康宝忠、李伯中，严责参院不该通过此案而甘为袁世凯应声虫。黄兴尤为愤怒，两手插入军服口袋中，踱来踱去。黄、邓等主张由大总统再交参议院复议。黄兴则认为参议院应自动推翻此案，否则黄将以宪兵入参议院拘所有同盟会议员。
  2月14日孙大总统率文武官员往祭明孝陵，秘书长胡汉民则称病留府，草拟咨文将建都北京案退交参议院复议。于是参议院临时变更议程，首先讨论此案，争论仍极激烈。同盟会籍参议员某君且痛言此案如不获通过，则将身殉会场。投票表决结果，以19票对8票的多数，决议临时政府仍设南京。
  表决后孙大总统才祭陵完毕，一场国都风潮始暂告平息。
  在这两次国都表决时，直隶、奉天、江苏、云南、陕西、山西六省的议员始终投票主张建都北京。
  清帝退位，改朝换代，中华民国正式取代清王朝。临时政府参议院接受孙大总统辞职，并以17票一致通过，选举袁为临时大总统，到此时止，问题的重心便落在袁世凯愿不愿到南京就职了。