孙中山先生担心袁仍摇摆不定，因再复一电，以释误会，电曰，“袁慰庭君鉴：盐电悉。文不忍南北战争，生灵涂炭，故于议和之举，并不反对。虽民主君主不待再计，而君之苦心，自有人谅之。倘由君之力，不劳战争，达国民之志愿，保民族之调和，清室亦得安乐，一举数善，推功让能，自有公论。文承各省推举，誓词具在，区区此心，天日鉴之，若以文为诱致之意，则误会矣。”孙中山先生这个电报的诚恳，简直是对袁指天誓日，只要袁能把清室推翻，他即以总统一席相让。袁世凯认为最重要的一点已得结果，所以剩下来便是对清皇室如何处置了。
  本来，早在独立各省代表到汉口开会时，便已决定议和纲要四款：（一）废除清朝政府；（二）建立共和政体；（三）清帝优给岁费；（四）以人道主义待满人。所以对于清皇室的优待，是不成问题的。当袁对自己地位问题有了保障后，便就清皇帝和皇族优待条件寻求协议，有了这个优待条款，他便可以胁迫清室退位。
  廿九、南京临时政府
  辛亥年十一月初二日，孙中山先生由欧洲返国抵香港，胡汉民、廖仲恺由广州赶至香港迎候。胡对于当时的革命形势自有一套看法，因此主张孙中山先生不要北上，留粤主持一切。他的理由是：
  “当前的革命形势，满清垮台已无问题，可是袁世凯则是革命最大阻力。袁的问题不仅是他本人为一奸雄，加上他还有北洋系的四镇兵力，这四镇兵力无疑的乃是当前最富战斗力的部队，所以袁的势力至少可以达到武汉，甚至湖南，而广东对北洋军来说，因为距离较远，鞭长莫及，自可埋首建立一支反袁的革命部队。目前姚雨平已组成劲旅，不过人数不多，若有半年时间，简练民军，全力扩充，则五六万精兵不难组成，以此和袁一拼，才有必胜把握。所以先生目前以留粤为上策，因为现在赴上海，必被拥为总统，这个总统没有能战的兵卒，一定受制于袁，对革命事业是无补的。”
  胡的意见很正确，可是孙中山先生却更有卓见，孙先生说：
  “你只知其一，不知其二，我们革命不是靠坚甲利兵，如果我们不能登高一呼，身入虎穴 ，那么人民所仰望于革命志士的是什么呢？我们如果能以和平收革命全功，则是开世界革命的先河，何必先在家乡练兵。目前的形势是急需要一个革命政府以资号召，如能建立一个政府，则满清必然倾覆，袁世凯也不可能抗拒。我们是革命同志，应该示人以诚，信任别人，不宜先预防他人不服，而一意谋以武力取天下。”
  胡汉民、廖仲恺都被孙中山先生伟大抱负和开诚胸襟所感动，胡表示愿随孙先生北上。这时追随孙先生同赴上海的还有吴敬恒、马君武、张继等。十一月初六日，孙中山先生一行抵达吴淞，上海方面革命党人陈其美、黄兴、汪兆铭等均在码头欢迎，大家相见狂喜，竟至拥抱跳跃。
  孙中山先生抵沪后下榻爱俪园。初七日召集最高干部会议，出席的有：黄兴、胡汉民、汪兆铭、陈其美、宋教仁、张静江，居正、马君武等，会商组织临时政府方案，一致公举孙中山先生为中华民国临时大总统。宋教仁主张实行责任内阁制，孙先生认为责任内阁不是中国鼎革时所宜实行的制度，但宋坚持，孙中山先生终于勉强同意，并命宋和张继等磋商内阁总理人选。张继主张推宋教仁，宋坚决不肯接受，并提议推黄兴。黄初不肯接受，宋乃请居正、田桐、吕天民等再敦劝黄兴，黄最后才应允。但此拟案，必须交由南京的各省代表通过，因各省代表原已通过中华民国临时政府是总统制，而现在却要改为内阁总理制。
  辛亥年十一月初八日黄兴、宋教仁专车赴南京，驻丁家花园，晚赴咨议局出席各省代表大会，讨论修改临时政府组织法。可是各省代表多不赞成内阁制，因此表决时还是通过总统制。
  初十日17省革命代表开正式选举会，出席的17省代表名单为：奉天代表吴景濂，直隶代表谷钟秀，河南代表李搫，山东代表谢鸿焘，山西代表景耀月、李素、刘懋赏，陕西代表张蔚森、马步云，江苏代表袁希洛、陈陶怡，安徽代表许冠尧、王竹怀、赵斌，江西代表林子超、赵士北、王有兰、愈应麓、汤漪，浙江代表汤尔和、黄群、陈时夏、陈毅、屈映光，福建代表潘祖彝，广东代表王宠惠、惠宪甫，广西代表马君武、章勤士，湖南代表谭人凤、邹代蕃、廖名搢，湖北代表马伯援、王正廷、杨士杰、胡瑛、居正，四川代表萧湘、周代本，云南代表吕志伊、张一鹏、段宇清。由浙江代表汤尔和为议长，广东代表王宠惠为副议长，江苏代表袁希洛为书记。首由议长汤尔和宣布开会，并报告我国数千年专制政体已告结束，共和政体已经实现，大家热烈鼓掌。随后即进行选举，每省为一票，共17票，开票结果，孙中山先生以16票当选，另一票为黄兴。议长遂隆重宣布孙中山先生当选为中华民国首任临时大总统。大会同时通过，推举汤尔和、王宠惠至上海恭迎孙中山先生至南京就职。十二日开会，黄兴临时提议以中华民国为纪元，改用阳历，大会亦一致通过。散会后黄兴乃发两则电报，一致陈其美：“陈都督鉴：今日参议会决议改用阳历，并以中华民国纪元。明日为中华民国元年正月一日，请公布。”一致《民立报》于右任：“《民立报》于君右任鉴：今日由参议会决议，以明日为中华民国元年正月一日，孙大总统来宁发表临时政府之组织。”
  同时发出通电：“本日在宁开临时大总统选举会，到会者十七省。孙中山先生当选为临时大总统，特此通告。”孙中山先生当选为临时大总统后，有电给武昌的黎元洪：“武昌举义，四海云从，列国舆论，歌诵民军，无微不至，而尤钦佩公之艰苦卓绝。文于中国革命，虽奔走有年，而此次实行，并无寸力，谬蒙各省代表举为总统，且感且愧，惟有勉为其难，以副诸公之盛意。武汉为全国之枢纽，公之责任维艰，伏维珍重。”黎亦有复电给孙中山先生：“顷接各省代表会蒸电称：临时大总统之任，先生当选，曷胜欣贺！先生识高千古，虑周全球，挽末世之颓风，复唐虞之盛治，使海内重睹汉官威仪，不独四万万同胞之福，即东西各国亦莫不景仰高风，为中华民国庆！专此电贺。中华民国万岁！中华民国大总统万岁！”
  接着各省代表团也联名致电黎元洪：“各省代表会于元月二日决议，选举临时副总统，即于三日上午十时开选举临时副总统大会。我公当选。除通告全国外，并由本会特派员赍各省代表签名书敬呈钧鉴！兼表欢迎。”南京临时政府也致电黎元洪：“今日参议院选举副总统，经全数投票，举我公充任，共庆得人，谨为中华民国前途贺。”
  辛亥年十一月十三日于是成为中华民国元年1月1日。孙中山先生就在这天率领汤、王两代表和美籍顾问荷马李于下午5时专车抵达南京，下榻于宝华盦。提起这个宝华盦倒是一个有名的地方，它是清两江总督招待外宾的宾馆，后来变成了西箭道参谋本部。
  孙中山先生抵京后，有人问孙先生说：“您这次回国，带来了多少饷？多少枪炮？”孙先生笑着回答说：“我空着两手回来，可是我带回来国人最需要的东西，就是革命精神。”
  民国元年元旦（以下本文全改用阳历）晚10时，孙中山先生就任临时大总统，宣告中华民国成立。临时大总统誓词曰：
  “倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福。此国民之公意，文实遵之，以忠于国。为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职，谨以此誓于国民。”
  临时大总统提出内阁名单，仿照美国政府制，不设总理，分作九部，由总统提出各部总长、次长名单如：
  陆军部总长兼参谋总长：黄兴，次长：蒋作宾
  海军部总长：黄钟瑛，次长：汤芗铭
  司法部总长：伍廷芳，次长：吕志伊
  财政部总长：陈锦涛，次长：王鸿猷
  外交部总长：王宠惠，次长：魏宸组
  内务部总长：程德全，次长：居正
  教育部总长：蔡元培，次长：景耀月
  实业部总长：张謇，次长：马君武
  交通部总长：汤寿潜，次长：于右任
  总统府秘书长：胡汉民
  代表会对国务员名单亦小有修改，原来孙大总统是提名宋教仁长内政，章炳麟长教育，未获通过。
  中华民国临时政府组成，名单公布，各部总长中仅陆军、外交、教育三部是同盟会会员，其余各部总长都是立宪派人士中同情革命者。不过次长几乎全是同志。政府虽告成立，实业部总长张謇、交通部总长汤寿潜均住上海，内务部总长程德全则卧病租界，财政部总长陈锦涛则在上海洽商借款，司法部总长伍廷芳更因在上海主持和议，不克返宁，所以这时的南京政府，实际负责的总长也只是三位革命党人，就是陆军部总长黄兴、外交部总长王宠惠、教育部总长蔡元培。其余五部部务均由次长代理。
  临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特表列如下：
  机关名称成立日期地点
  陆军部一月九日督练公所
  海军部一月十七日水师学堂
  外交部一月十一日原设总统府内，三月
  二日迁鼓楼前狮子桥
  司法部一月十二日甲家巷
  财政部一月十七日旧藩署
  内政部一月十七日江南政务厅
  教育部一月十九日交涉署（碑亭巷外务司）
  实业部一月二十三日劝业道署
  交通部一月二十三日粮道署
  法制局一月十五日中协署（今肥侯府）
  南京卫戍总督府一月十四日
  本来武昌方面和上海方面的革命同志意见就不太协和，事情肇因由于黄兴，黄兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。