朝鲜政治腐乱，财政困难，军队粮饷不发，当然无心替王室作战，崔时亨率领东学党乘机起义，占领了全罗道，转攻忠清道，所向无敌，气势很盛，在全罗道有兵团千余名悉数被歼，韩廷派遣洪启薰率兵进讨，兵将都不用命，韩廷中有大半数主张请袁世凯代为征讨。袁认为必须依条约邀日本共同出兵，所以一面电北洋大臣陈述意见，一面为韩廷划策，建议用兵方略。怎知这时朝鲜民心士气都已失尽，兵不听命，将皆丧胆。北洋方面获知朝鲜东学党起义，乃派兵船一只，载精兵二三百人登陆仁川，另派提督叶志超率一千多人为后援，可是日本兵舰已载日兵七千余分向仁川、釜山登陆，在所有战略要地布防。东学党见中日均有大军到临，遂纷纷作鸟兽散，中日远征军均未发一枪一弹而东学党即已溃散。乱平后日军仍驻扎各重要地带，袁世凯看出日本别有用心，因此亲往访晤日本公使大鸟，对大鸟说：贵国大兵已至，中国先头部队虽少，继续还有大军增援，现在乱党已平定，中日两军如留驻朝鲜，可能因细故而生隙嫌。万一发生事端，必导引欧美各国派兵来韩，这样一来不止是朝鲜的灾难，亦对中日两国均不利，为今之计不如贵我两国同时撤兵。大鸟则对袁答复说要把袁的这番话报告日本政府，其实这不过是拖延策略。
  清廷运兵至朝鲜的军舰名济远舰，管带（即舰长）方伯谦率舰泊仁川港口，见日本军驻仁川的一天比一天多，深恐万一发生纠纷众寡不敌，为日军所乘，因此通知袁世凯后径行移船先去。清军一退，朝鲜京城和仁川到处都是日兵，中国旅韩商民纷纷迁避。日军咄咄迫人，袁世凯坐困朝鲜。他奉李鸿章的命令是继续敦促日方撤兵，可是在那种情形下，日兵如何会撤呢？袁因此密电北洋，请急调南北洋水师来援，同时集中陆军驻防东北，以应缓急。并且请欧美驻华使节出面调解，可是一切都太迟了，日本抓住了这个机会，决心吞吃朝鲜，即使与清朝一战也在所不惜。
  日本在朝鲜既不理会清廷要求同时撤军，相反的还陆续增兵挑衅，而在国际上则由外相陆奥重光提出一个中日两国共同改革朝鲜内政的建议。日本这个企图是看准了中方不会接受日本在朝鲜和中方站在同等地位共管朝鲜，只要中方不接受日本提议，日本便找到了翻脸的机会，借此独断独行。
  果然，清廷的答复依然还是要日军先撤出朝鲜才有谈商的余地，而日本则厚着脸皮，横蛮地坚持先要讨论改革朝鲜内政问题，待这个问题有了具体结果 ，才能撤兵。
  清政府中有头脑应付中日问题的，只有李鸿章一人，李鸿章当时应付国际局势的策略是“以夷制夷”。这个策略不一定是最好的策略，但在当时的情势，也只有这一着棋。所以日本在朝鲜问题上向清廷摊牌，李鸿章知道无法与日本诉诸战争，乃转而希望用俄国对付日本。因为俄国对朝鲜也有兴趣，也已插手，自然不愿见日本占有特殊利益，因此李鸿章便透过俄国驻华公使喀西尼，希望帝俄出面干涉，或由帝俄联合英美法意各国，制止日本的野心。可是这时日本也向帝俄及欧美各国积极活动，解释日本的目的是在改变朝鲜的现状，清除朝鲜的反动势力。各国鉴于朝鲜排外分子的过分顽固，对于日本的话也能接受，同时日本并向帝俄保证它对朝鲜没有领土野心，决不侵占朝鲜领土。这样一来，李鸿章所凭借的一张王牌便打不出来了。当中日面临决裂，李鸿章一再催促帝俄出面干涉时，帝俄的回答是：“俄国只能以友谊劝日本撤兵，不能相强”。于是李鸿章想透过国际干涉以阻止日本在朝鲜的野心这一计划便落空了。
  对于在朝鲜所发生的中日纠纷，清廷上下都很激动，愚昧的清廷朝野面对日本明治维新以来的进步竟是茫无所知。大家觉得若干年来受够了英法等国的欺凌，一股怨气无处发泄，如今还要受东洋小鬼的气，实在是“是可忍，孰不可忍？”因此当时主张对日强硬，对日宣战的呼声高达沸点了。
  了解当时清军无法和日军一战的，只有李鸿章。李鸿章自同治十三年（1874年）日本侵袭台湾起，就主张以日本为假想敌扩充海军。光绪十四年（1888年）开始，海军经费就被挪用来修建颐和园，以作西太后晚年休憩游乐之地 ，海军从此即未添置新舰。中日甲午之战爆发前六个月（1894年2月），北洋海军提督丁汝昌请求改装铁甲船镇远与定远上的大炮，需银61．3万两，可是海军衙门一文不名。这年四月李鸿章主持海军大校阅，发现中国的海军全无新舰，既无法和英美法俄的海军比，也无法和蕞尔小邦的日本比。对日作战需要海军，海军既然如此，怎能宣战呢？
  当清廷对日本和战的争论还未一致，日军已大举进驻朝鲜了，袁世凯一再向李鸿章请示方策，李鸿章所能指示的也只是命袁谨守岗位，引据条约促日本撤兵。除了这样指示而外，毫无实际支援。可是弥漫整个中国的，是一片战争的呼声，因此袁世凯致电北洋大臣，他坦直地说：“倘若朝廷决定对日作战，则请先撤回在韩的使署人员，世凯以一身报国，无所恇畏，但恐有辱使命，有损国威。”
  袁世凯这时的处境的确很艰难，因为东学党人对袁不好，认为袁帮助韩政府对东学党强施压力，主张用兵，所以在东学党高涨的时候，一部分党人竟想暗杀袁世凯，使得袁在这一期间不敢出使馆大门一步，使馆等于被禁困，柴米油盐都很缺乏，许多职员看见情势不佳，都托故潜遁。等到日兵大举入韩，东学党虽已敛迹，可是朝鲜的亲日派拥大院君出场，朝鲜的亲日派当然是反袁的。大院君不忘旧仇——当年壬午之乱，袁助吴长庆捕捉大院君送至保定一段住事，因之恨袁入骨。而日本巴不得利用朝鲜人把袁除掉。迨日兵进占朝鲜京城后，遂公然派兵架大炮于袁世凯的使署前，炮口指着使署，于是朝鲜京城内外谣言纷起，人心惶惶。
  袁被困在朝鲜使署，幸得他在朝鲜所娶的第三姨太闵氏力予照应。袁在家乡已娶元配于氏，其后又在陈州讨过一位二姨太，在朝鲜时期，由唐绍仪的介绍 ，娶了这位朝鲜佳丽闵氏。这位闵氏夫人得侍清朝的钦差大臣，自也满心乐意。当东学党起义，袁处境危难，心情也十分恶劣；由于袁少年得志，在朝鲜一帆风顺，一旦遇到逆境，实在很烦恼。闵氏夫人侍袁体贴照料，尤其因她是朝鲜女子，出入使署不受人注意，所以袁对外的连络便多借助这位如夫人了。
  袁的处境不知是李鸿章不知道，抑或李鸿章不关心，当中日两国已面临最严重的关头，加上朝鲜亲日派和大院君宣称要砍袁的脑袋的时候，李鸿章仍旧对袁的进退不作决定，袁虽多次电请北洋指示进退，亦没有结果。这时袁乃求助于张佩纶，张正在天津，乃把袁的处境详详细细地报告李鸿章，李这才决定电告总理各国事务衙门，要召袁世凯下旗归国。
  清廷根据一项事实召袁返国——那是由于日军进占朝鲜京城后，亲日派在日军支持下进据王宫，胁迫朝鲜国王发表一项声明：不承认朝鲜是大清的属国，宣布朝鲜已独立自主，废除中朝之间的一切条约。
  袁世凯在光绪廿年（1894年）六月十五日下旗归国，离开曾得意了12年的朝鲜。他的职务由唐绍仪代理。
  五、张謇和袁的恩怨
  张謇字季直，号啬庵，清咸丰三年（1853年）出生，幼聪颖异常，四岁读千字文能全本背诵一字不错。11岁读《诗经·国风》，塾师以“月沉水底”命对，张不假思索即以“日悬天上”，于是大家称之为神童。16岁时应南通州试，排名在100名以外，大受业师宋某呵责，指着张的鼻子说：如果有一千人考试，只录取999名，有一名不取的就是你。”张被责至为沉痛，乃于卧房窗上和蚊账顶上大书“九九九”三字以自警惕。从此起早睡晚，努力奋进。中秀才后冒入如皋籍，改名张育才，参加县州院试，次第考中。冒籍有如今天的伪造文书，因此涉讼，前后五年，到了21岁讼案平反，归籍事始告段落，已负债千金，家况益苦。得到南通知州孙云锦赏识，介绍吴长庆，吴颇重张人品文章，乃邀张入幕府专治机要文书。
  张謇和袁世凯首次见面是在山东登州吴长庆军中，张自订年谱中曾记事：
  “光绪七年（1881年）四月，项城慰亭世凯至登州，吴公命在营读书，嘱余为其正制艺。公（指吴长庆）语余曰：‘昔赠公（吴父）以团练光复卢江（吴之家乡），为贼所困，命赴袁端敏公（袁甲三）军求救。端敏以询之子侄，子文诚公（袁保恒）以地当强敌，兵不能分；侄笃臣（袁保庆）以绅士力薄，孤城垂危，主救。迁延时日，而卢江陷，赠公殉，嗣与文诚绝不过问，而与笃臣订兄弟之好。端敏后命随营读书以示恤，义不应命。今留慰亭读书，所以报答臣也。’慰亭为笃臣嗣子，先是积忤族众，众欲苦之，故絜其旧部数十人赴吴公，以吴公督办海防，用人必多也。而防务实无布展，故公有是命。”
  据说吴长庆对袁世凯携数十人冒昧从军，颇不谓然，除留袁在营中读书外，其余皆给赀遣散。每月则给袁薪饷，亦无名义 ，袁大感失望。张謇奉命教袁八股，袁不能成篇，张亦无从删改。但袁处理事务则井井有条。有一天晚上张和袁促膝深谈，张问起袁的打算，袁说：“我家中有田可耕，衣食无缺，此来非为糊口，我以为中国现在正受到列强压迫。