至元二十五年(1288)，援引唐制吐蕃来朝见于宣政殿的典故，总制院更名为宣政院。西藏为宣政院辖地，下设乌斯藏宣慰司、朵甘斯宣慰司等统属。元朝对黑龙江边远地区的水达达、女真人，在辽阳行省之下设合兰府、水达达路等,各仍其俗，随俗而治,以相统摄。四川行省设上罗计、下罗计等长官司和四十六囤蛮夷千户所等，以管辖“诸部蛮夷”。云南诸路行省设丽江路军民宣抚司、大理金齿等处宣慰司都元帅府、乌撒乌蒙宣慰司；湖广行省设管番民总管、海北海南道宣慰司、八番顺元蛮夷官、沿边溪洞宣慰使司等，设蛮夷官，分别治理当地少数民族。元朝中央还设有都护府，“掌领旧州城及畏吾儿之居汉地者，有词讼则听之”。至元十一年（1274），“初置畏吾儿断事官”。十七年，“改领北庭都护府”。
  明朝恢复鸿胪寺，并设过九关通事、外夷通事等官，掌少数民族事务。还设有提督四夷馆，掌国内外各种民族文字的“译书之事”。从永乐五年(1407)起，设蒙古、女真、西番、西天、回回、百夷、高昌、缅甸八馆，置译字生、通事，翻译语言文字。正德年间(1506～1521)，增设八百馆；万历年间(1573～1619)，又增设暹罗馆。明朝在全国分置十三个布政使司，分领天下府州县及羁縻诸司。“又置十五都指挥使司以领卫所番汉诸军，其边境海疆则增置行都指挥使司”。在少数民族地区，行政区划主要有三种形式：①沿袭唐制，设羁縻之府十九、州四十七、县六。②推行土司制，全国有土官宣慰司十一，宣抚司十，安抚司二十二，招讨司一，长官司一百六十九，蛮夷长官司五。③在西藏设朵甘乌斯藏行都指挥使司，并广封当地佛教各派法王。
  清朝设鸿胪寺，但只管朝会、宾飨赞相礼仪，不管民族事务。中央设管理民族事务的理藩院，其职位与六部等同。理藩院的机构和职责是逐步扩大的。清入关前，崇德元年(1636)便设蒙古衙门，专理蒙古事务。蒙古各部尽归服于清之后，崇德三年(1638)蒙古衙门改名为理藩院，以后其职权扩大为全面管理全国的民族事务。从咸丰五年(1855)起，理藩院与礼部协同，分管一部分外交事务。光绪三十二年(1906)，理藩院更名为理藩部。理藩院的主要机构有6个：①旗籍清吏司，掌考内扎萨克(即内蒙古)的二十四部四十九旗疆里，“畴封爵，辨谱系。凡官属、部众会盟，军旅邮传，并隶治之”；同时，还兼稽归化城土默特、黑龙江布特哈等游牧内属各部。②王会清吏司,“掌内扎萨克宾礼,典朝觐、贡献仪式。凡飨赉、馆饩,视等级以为差”。③典属清吏司,掌包括外蒙古、青海蒙古及新疆金山、天山之间各部在内的“外扎萨克”各部旗封爵、置邮驿、颁屯田、互市政令；同时兼稽游牧内属的察哈尔、额鲁特、乌梁海、哈萨克等部。④柔远清吏司,“掌治外扎萨克众部,凡□嘛、番僧禄廪、朝贡，并司其仪制”。⑤徕远清吏司，“掌回部扎萨克、伯克岁贡年班”，及四川土司之政令，并掌回城卡伦外各民族的职贡。⑥理刑清吏司，“掌蒙古、番、回刑狱诤讼”（《清史稿·职官二》）。理藩院的直属机构还有:“主章奏文移”的蒙古□译房;“主宾馆缮完□除”的内馆、外馆，为培养熟谙蒙文、藏文、托忒文人才的蒙古官学，唐古特学和托忒字，编拟理藩院则例的则例馆等。
  清朝全国地方行政区域分为省、府(州、厅)、县三级，省设总督、巡抚以统辖。府设知府等官。同时，清朝还“自畿辅达各省，东则奉、吉、黑，西回、藏，北包内外蒙古，分列将军、都统及大臣镇抚之”。对少数民族地区的统治，除了西南各省相当一部分实行改土归流以外，其他少数民族地区大都采取了不同于内地府州县制的组织，主要有5种形式：①在内、外蒙古及青海、新疆、西藏等地派驻将军、都统、副都统或办事大臣等军政大员，分别统管当地少数民族事务。如在内蒙古设有察哈尔都统、副都统，热河都统,绥远城将军,归化城副都统等官。这些军政大员的职责是“掌镇守险要，绥和军民，均齐政刑，修举武备”。②在蒙古地区实行盟旗制度,分全国蒙古族为19盟、203旗，除察哈尔、归化土默特、准噶尔和呼伦贝尔等蒙旗之外，各旗都设扎萨克（旗长）,旗以上是盟,设盟长。旗扎萨克和盟长，都由中央王朝委派蒙古王公贵族担任。③在新疆维吾尔族地区,沿用当地的伯克制,各城设阿奇木伯克等官。阿奇木伯克为伯克中最高的职位,“掌综回务”;其次为伊克罕伯克,“掌赞理回务”；再次为噶杂拉齐伯克,“掌地亩粮赋”，以及商伯克、哈资伯克等。各城的伯克都听命于驻防大臣。④在西藏，由驻藏大臣统辖全西藏的政教事宜。以达赖□嘛掌全藏政令,驻拉萨;班禅□嘛掌后藏寺院与其教民，驻扎什伦布。达赖和班禅都“受成于驻藏大臣”。“藏地分卫、藏、喀木、阿里四部，各置噶布伦治其地,职任綦重。仔□以降,为佐理国事官。戴□以降，为各城典兵官。边营官以降，为各城治民官”。西藏的僧官，“有国师、禅师、扎萨克大□嘛、扎萨克□嘛、大□嘛、副□嘛，并堪布监督之”。自国师至□嘛，专司教事。⑤在西南各省和甘肃一些少数民族地区，沿袭明制，设置文武土官，由当地少数民族头人、贵族自理其政。土官有土知府、土知州、土知县；土指挥使、宣慰司宣慰使、安抚司安抚使、长官司长官等。土官有文职、武职之分,文职由吏部验封司“堪土官世职”,武职由兵部武选司典“土司政令”。各地土官由各省督抚、大臣分别管辖。
  特点综观中国古代历代民族事务管理制度，有以下几个特点：①管理机构的设置源远流长，虽然历代的名称不同，但从未间断。从中央到地方，各级管理机构逐步健全，特别是元朝创立的因地制宜、分类设官，各仍其俗，随时而治的管理体制，对后代产生了深远的影响。②历代少数民族事务管理机构的职能，就上层而言，主要是朝觐、朝贡、宴劳、册封、迎送一类事务；就下层而言，则是开互市、置译官通事、设馆学生、课征赋役、置兵周边等，这就赋予各该管理体制以加强各族人民间的政治、经济、文化交流和促进统一多民族国家的历史发展的功能。③由于周边各少数民族的政治、经济、文化和社会发展层次上的差异，历代中央王朝基本上利用各少数民族头人、贵族等就地管理，在佛教盛行的西藏地区，则实行政教合一，使其在中央王朝统摄下自理其政，从而使古代少数民族管理体制多少带有民族地区自治的因素。④保证中央王朝对少数民族地区在军事上的监领和守护地位
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  而我们在现在的这种情况下，处理好民族问题 就 是一个重点了。这些历史上的有益的我们是要去学习的。
  任何区域特性、地方特色比如方言、特色生活习惯、种族、少数民族等等都有可能造成各地区之间的隔阂与摩擦，从而成为分裂的根源。不要小看那些看上去并不严重的分歧，只要产生了大范围的独特性，这个地区就会自然而然产生分离主义倾向。面对这样的情况，最好的防范措施就是强权统治。
  在我们的西部开发当中，西部的
  喀什地区是一个重点，这里在历史上先后有六七个国家，在西汉的时候成为我国的边疆，在这里散居着17个民族，是一个以维吾尔族为主体的多民族聚居区。在全区的350万人中，维吾尔族有大约300万人，占89。%以上;塔吉克族、柯尔克孜族、乌孜别克族、哈萨克族等信奉伊斯兰教的民族占1。5%左右，其他少数民族还有满族、蒙古族、俄罗斯族、回族等。
  新疆建设兵团农三师也在这个地区的叶尔羌河和喀什噶尔河流域，全师一共有9个团，共计人口有将近20万，其中汉族人口占一半以上，在这里是民族融合的典范，各民族相安无事，通行汉语，许多从这里走出去的少数民族到了内地也发展了不少事业。
  但是，喀什也是东突分子重点活动的地区之一，新疆开发了60多年了，民族居住也有了很大的变化，从1884年清朝建省到现在，汉人在北疆逐步占了多数，也逐步同化了不少当地人，而南疆则还是传统的维族地区，因此，东突分子也就把发展民族分裂分子的重点放在了南疆，从1995年起，这里基本上就是新疆那些闹分裂活动的重灾区。在南疆除了建三师以外，我们基本上没有向这里移民，也没有工业企业向这里扩展，一是当时的条件差，交通极其不方便。二是怕大规模的移民引发民族矛盾，原本的意思是给居住在这里的少数民族一个缓冲的空间，可是实际的情况却是恰恰相反，那些分裂分子利用我们政策上的空子，大肆发展分裂武装，残害我们的干部和群众，大量的制造恐怖事件，对于这样的组织，在联合国安理会上也被列为世界级的恐怖组织，成为各国打击的对象。
  可是纵观历史，这片和华夏民族联系紧密的土地却是战乱不断，分裂不断，明代以前对于这片土地的管理是松散和放任的，从清代开始中央加强了对新疆等地的管辖，但是叛乱也随之而来，光在康熙年间和乾隆年间就对西部的叛乱镇压和平叛不下几十次，最后的一次大的平叛是左宗棠1876年讨伐阿古柏收复除伊犁以外的所有新疆领土，解放后，新疆大的叛乱没有，可是小型的骚动几乎没有停止过，王震将军率领解放大军在新疆囤垦，实际上是一种变相的移民，由于建设兵团的存在才在北疆有了比较安定的局面，也使北疆地区汉族的比例大过其他民族，同时也使得生活在汉族居住区的少数民族得到了较大的发展，新疆历年来考上高等学府的少数民族学生，大多是来自和汉民族杂居的地区。