西班牙人在卡哈马卡城内进行大屠0杀时，城外数万印加士兵还不知情，听着城内传出的阵阵炮声、枪声，以为是自己的皇帝正与西班牙人在城内搞庆典活动呢。等到被俘的阿塔瓦尔帕给城外的士兵下达放下武器的命令时，他们才知道城内发生了激战，但此时已晚，只得听从皇帝的命令，放下了武器。
  阿塔瓦尔帕被俘后，皮萨罗骗他，说只要给他一屋子的黄金、两屋子的白银就放了他。
  此时的阿塔瓦尔帕手下有三员大将，分别是镇守库斯科城的基斯基斯（Quizquiz）、镇守基多城的卢米尼亚维（Ruminahui）、镇守豪哈城（Jauja，今秘鲁豪哈省首府）的查尔库奇马（Chalcuchimac），仅这三员大将手下就有十几万印加士兵精锐。阿塔瓦尔帕听了皮萨罗的话后，竟然还相信了入侵者，不仅派人去卡哈马卡城外，让城外的大臣给他送黄金、白银过来，也给基斯基斯、卢米尼亚维、查尔库奇马送信，让他们不要进攻西班牙人，要友好对待西班牙人。
  于是黄金、白银被源源不断地从各地送到卡哈马卡城。
  位于库斯科城西北430公里、卡哈马卡城东南615公里豪哈城内，被关押在此的卡斯瓦尔得知皮萨罗需要黄金、白银后，竟然给皮萨罗送信，说阿塔瓦尔帕已很久没在库斯科待过了，根本不知道国库里有多少黄金，如皮萨罗能放了他的话，他愿给更多的黄金。
  皮萨罗便将瓦斯卡尔从豪哈城押解到卡哈马卡城，让瓦斯卡尔、阿塔瓦尔帕两人当面辩论，看看究竟谁更适合做皇帝。皮萨罗从兄弟两人的争端中，知道这二人都不堪重用，就想出了一个毒计，就是把瓦斯卡尔、阿塔瓦尔帕都杀了，然后扶持一个傀儡，以控制整个印加帝国。皮萨罗先杀了瓦斯卡尔，然后稳住阿塔瓦尔帕，让他的人继续给城内送黄金、白银。等到房间里堆满了黄金、白银，皮萨罗就把它们分给了手下。
  当阿塔瓦尔帕以为自己真的会获得自由时，皮萨罗宣布他犯有篡夺皇位、暗杀兄长、放纵淫0欲、反对西班牙人等罪名，判处火刑，立即执行。
  印加人的皇帝死后，要做成木乃伊，以供后人瞻仰。阿塔瓦尔帕心想自己被烧死的话，就没法做成木乃伊了，于是求皮萨罗能不能别判他火刑？
  神甫骗阿塔瓦尔帕，如他能皈依天0主0教，可以改判他为绞刑，不仅死的不那么痛苦，还依然能做成木乃伊。
  阿塔瓦尔帕听了神甫的话后，同意放弃自己的“太阳神”宗教，受洗皈依，这位新的皈依者被称为“胡安·德·阿塔瓦尔帕”。他临死前，将自己的一个妹妹嫁给了皮萨罗，然后把自己的几个幼子托付给皮萨罗，求他将他们抚养成人。
  从阿塔瓦尔帕被俘到被判死刑的这段时间里，皮萨罗在卡哈马卡城西南部海岸的印加人的昌昌古城（ ）附近建造了特鲁希略港（Trujillo），在特鲁希略港南500公里的西海岸建造了圣米格城（San Miguel）港，以保证物资、人员运输。
  随着特鲁希略港、圣米格尔港的建造，大批西班牙援军从巴拿马、海地岛等地赶到了卡哈马卡城。等到援军到齐后，皮萨罗绞死了阿塔瓦尔帕，扶持了阿塔瓦尔帕的弟弟图帕克·瓦尔帕（Tupaq a）为傀儡。接下来就是进军印加帝国的都城库斯科。
  为了防止印加人在沿途阻击，皮萨罗将驻守豪哈城的印加人将军查尔库奇马骗到了卡哈马卡城。查尔库奇马是阿塔瓦尔帕的舅舅，www.youxs.org，尽管外甥没让他进攻卡哈马卡城，但他一直担忧着外甥的安危。查尔库奇马接到赴卡哈马卡城的邀请后，想到自己有可能自投罗网，但为了能打听到外甥的近况，还是独自前往卡哈马卡城。谁知他刚进入卡哈马卡城，就被皮萨罗关押了起来。
  皮萨罗软禁了查尔库奇马后，就率部赶往豪哈城。阿塔瓦尔帕被处死后，印加帝国已分崩离析，他的军队大多投降了。在皮萨罗赶往豪哈城的途中，即使有印加士兵伏击，但大多是散兵游勇，也没给西班牙人造成多大损失。很快，皮萨罗来到了豪哈城。
  此时的豪哈城已是一座空城，原先驻扎在城内的印加士兵得知查尔库奇马被西班牙人抓起来后，都逃走了，其中有1万多人去了南方的库斯科城，加入了基斯基斯的部队。
  基斯基斯从豪哈城来的士兵那里得知西班牙人到来后，决定抵抗，在西班牙人必经的途中设伏，尽管打死了3名西班牙骑兵，但在西班牙人碾压式的火力面前，基斯基斯也付出了巨大代价。不过，基斯基斯没有退却，依然不断地偷袭西班牙人。
  而西班牙人击退了印加士兵的一次次伏击后，继续向库斯科城挺进。此时，出现一件意想不到的事情，刚做傀儡皇帝才2个多月的图帕克·瓦尔帕得天花死了。这令皮萨罗十分伤脑筋，要是被印加人误以为是自己害死了图帕克·瓦尔帕，今后就很难控制印加人，皮萨罗想到了嫁祸于人的办法，对外宣称是查尔库奇马为了给外甥报仇，害死了图帕克·瓦尔帕。于是，查尔库奇马被判处火刑。
  嘉靖十二年（1533年）十月，皮萨罗的队伍来到了库斯科城，基斯基斯的部队已在城内严阵以待。双方随后展开了激战，在西班牙人的炮火下，库斯科的城防体系很快被西班牙人摧毁。基斯基斯见状，只得弃守库斯科城，率部沿着密林小道撤往3千里外的基多城。
  库斯科城原是瓦斯卡尔的老窝，阿塔瓦尔帕发动叛乱后，被基斯基斯率领的部队攻陷了，但城内的印加百姓心里依然怀念瓦斯卡尔。他们见基斯基斯撤退了，以为进城的西班牙人是解放者，竟然热烈欢迎入侵者的到来。他们还告诉皮萨罗，城内有瓦伊纳·卡帕克的儿子曼科·印卡·尤潘基（Manca Yupanqui），与阿塔瓦尔帕、图帕克·瓦尔帕一样，也是瓦斯卡尔的同父异母弟弟。尤潘基今年才17岁，阿塔瓦尔帕发动叛乱后，他支持大哥平叛。基斯基斯攻陷库斯科城后，就把尤潘基关了起来。基斯基斯撤离库斯科城时，由于时间仓促，没能把尤潘基带走。
  图帕克·瓦尔帕死后，皮萨罗一直为找不到替代者担忧着呢。现在听说尤潘基在城内，顿时欣喜若狂，立即扶持尤潘基为傀儡。
  尤潘基做了傀儡后，号令城内的百姓不仅不要袭击西班牙人，还要顺从西班牙人的统治。可西班牙人在库斯科城干了什么呢？尤潘基前脚发出号令，他们后脚就在城内疯狂抢劫、屠杀、奸淫，库斯科城成了人间炼狱。
  皮萨罗占领库斯科城后，令阿尔马格罗率部进军秘鲁北部，自己率部继续进军秘鲁南部，以征服不愿臣服的印加人。
  嘉靖十三年（1534年），危地马拉都督阿尔瓦拉多（Alvarado）听说皮萨罗征服了印加帝国后，心想国王查理五世给皮萨罗的领地是瓜亚基尔湾以南，也就是说厄瓜多尔并不是皮萨罗的领地，如自己攻下厄瓜多尔，那么厄瓜多尔的黄金、白银就属于自己了。于是阿尔瓦拉多率部从危地马拉出发，沿着海岸线南下，途径哥伦比亚、厄瓜多尔北部西海岸时，发现沿岸都是热带雨林，没法登陆，于是继续南下（1524年皮萨罗率部南下时，也是这个原因，才不得不选择在通贝斯港登陆），来到了厄瓜多尔的曼塔港。
  曼塔港曾是印第安曼塔部落酋长的居住地，印加帝国征服曼塔部落后，成了印加帝国在厄瓜多尔西南海岸的主要堡垒。
  厄瓜多尔是阿塔瓦尔帕的老窝，阿塔瓦尔帕没被处死前，厄瓜多尔的印加人还能听从阿塔瓦尔帕的话，臣服于西班牙人。阿塔瓦尔帕死后，厄瓜多尔的印加人就不再听从傀儡皇帝的话，坚决抵抗西班牙人。皮萨罗知道国王授予他的领地在瓜亚基尔湾以南，因此暂时也没派兵去进攻厄瓜多尔。
  阿尔瓦拉多在曼塔登陆后，凭着先进的火力攻下了曼塔港，然后向厄瓜多尔的都城基多城进军。
  正在秘鲁南部攻打印加人的皮萨罗得知阿尔瓦拉多来与他抢夺殖民地的消息后，立即令正在秘鲁北部的阿尔马格罗赶往基多，令部将塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔（Sebastian de Belcazar）赶到秘鲁西海岸的特鲁希略，防止阿尔瓦拉多从后方登陆。
  阿尔马格罗在离开库斯科城时就对皮萨罗心怀不满，因为当初皮萨罗答应他和卢克，将来在秘鲁找到金银财宝后，除分给参战士兵的外，余下的由三人平分。卢克在做通贝斯城主教后不久就死了，按说余下的财宝就由他和皮萨罗平分。可在卡哈马卡城，皮萨罗竟然把财物一分为五，自己只得到了五分之一，其余4分由皮萨罗和他的三个弟弟所得。他本想着到了库斯科城后，在城内抢一些金银财宝以弥补不足，谁知皮萨罗让他率部来到了秘鲁北部，连在城内抢钱的机会都没有，你说阿尔马格罗能不恨皮萨罗吗？
  现在阿尔马格罗接到皮萨罗让他去厄瓜多尔的命令后，心里就动起了歪念头。他在驻守通贝斯城期间，就听说厄瓜多尔是“黄金之国”，基多城内的黄金白银仅次于库斯科城。假如把阿尔瓦拉多赶出厄瓜多尔，那么厄瓜多尔的黄金、白银就是自己的了。于是，他忙带着部队离开了秘鲁北部，扑向了基多城。
  而被皮萨罗派往特鲁希略城防守的贝拉尔卡萨尔也心怀鬼胎，觊觎基多城的财富，在没有得到皮萨罗许可的情况下，擅自率140名西班牙士兵、大批印加人仆从军赶往厄瓜多尔。
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