在CJSOTF下面，在第10航空大队1中队的基础上，成立了美国特别行动部队总部。
  每一支COMARRC的3个师编配一支“特别行动指挥控制队”（SOCCE），它直接由师的司令官领导，负责一个师的特别行动，并向FOB101报告，协调特种部队与常规部队之间的联合行动，向师司令提供有关SOF行动方面的战略战术建议，同时负责联合国及北约各部队之间的通信联络。
  SOCCE派联络小队到北约部队，更重要的是，他们为每个师的非北约单位提供通信联络。每个联络小队直接由营长或旅长领导。与“沙漠风暴行动”时的多国部队不同，联络小队的任务是师和非北约的营之间保持联络，他们下属的营、旅指挥官能准确地理解来自师部的信息和命令。在需要的时候，联络小队可能直接呼叫火力支援或医药救援。而且，联络小队有自己的行动军车，因此他们可以始终与上级单位保持联系。
  联络小队的任务还有：在所在的营、旅担任日常巡逻任务、通信联系、分析冲突前各派的情况、为突发事件提供精确的信息以及路线侦察。除了特别行动人员之外，有时特别战术人员也会加入小队，以要求给予空中火力支援。每当某个营、旅已经完全适应了他们的任务之后，LCE小队就会转往别的部队。除了SOF，没有哪一支部队能够胜任这种“战场外交家”的角色。
  在“共同努力行动”一开始的时候，SOF队员应用他们的灵活性和专业能力，引导北约部队在规定的时间到达行动地点。他们的主要作用是：确保部队按时到达指定地区；无论天气和地面情况如何，SOF全天候飞机能确保作战人员调拨到巴尔干的任何地区；SOF的飞机运送各部队指挥官参加各种会议；SOCIFOR提供快速反应部队；海豹部队保护萨瓦河上的大桥。
  在“共同努力行动”中，民间事务部队也担任着重要的任务，他们负责重建当地基层组织，安排包括联合国在内的约500个政府及非政府组织的救济行动。民间事务队员由“联合民间军事行动中心”领导，帮助重建一些基础性的服务，如公共运输、公共设施、公共健康等，包括进行地方选举、建立新政府。民间事务部队的专家与世界银行等机构密切合作，以帮助他们在当地开展工作，民间事务部队的士兵协助设立难民营等工作。
  心理战部队的重要任务，是把事实的真相告诉前南斯拉夫境内的人民。在“联合心理战特遣队”的领导下，美国心理战部队利用印刷品（《和平使者》周报）、电台广播和制作电视节目等方法进行广泛的宣传。他们也进行有关地雷威胁的宣传教育，主要是针对儿童，他们发送彩色画报，使他们认识到地雷和军火的危险性。
  “联合保护行动”
  1996年12月，“共同努力行动”宣布结束，“联合保护稳定部队”（SFOR）接替了特别行动执行部队（IFOR）。SFOR是在特别行动执行部队的基础上建立起来的，经过18个月的努力，由北约领导的部队分化了前冲突的不同派别，组织居民迁移、收缴重型武器、解散武装派别，成功地稳定了前南斯拉夫境内的局势。SFOR的任务是在此基础上，继续消除民族仇恨、稳定局势并重建当地政府。
  12月20日，特别行动司令部解散了特别行动执行部队司令部，将波斯尼亚境内所有的SOF部队的指挥权暂时交给联合特别行动特遣队。现在，在美国特种部队军官的指挥下，CJSOTF向每个多国部队师派出特别行动指挥控制小队，向罗马尼亚营、匈牙利营、俄罗斯旅派出了联络小队。此外，SOF队员负责担任联合任务观察员，这些6人分队走遍了前南斯拉夫的每一个地区，像“诚实的经纪人”，负责联络每一支部队的司令员。特别行动司令部同时担负作战侦察和营救、个人调查、空中火力援助及特别侦察任务。此外，心理战和民间事务部队继续进行他们在“联合努力行动”中的工作。直到1998年6月，一轮新的行动又开始了。
  “联合推进行动”
  1998年6月20日，“联合保护行动”后，“联合推进行动”开始了，它的目的依然是在波斯尼亚—黑塞哥维那地区维持和平稳定、建立新政府。为了这一行动，北约继续向巴尔干地区派出稳定部队，这些部队来自北约或非北约国家，这些部队的任务是维持和平、解除前冲突派别的武装、阻止种族冲突。
  在“联合推进行动”中，SOF的任务有了一些变化。联合特别行动特遣队与美国特别行动部队总部共同行动，他们直接归属COMSFOR指挥。除了负责联络的军官、心理战和民间事务专家外，所有的SOF队员都在波黑北部地区行动。
  “联合推进行动”期间，联络小队的一个小队依然与俄罗斯旅一同行动，在波黑战区行动特种兵转移到北部地区组成了8人一队的“联合任务观察队”，他们的主要任务是了解当地的真实状况，为CJSOTF/SFOR指挥官提供真实情报。为了完成这一任务，他们与冲突前各派的领导人以及当地的主要军事领导人直接联系。他们在北约部队领导人和地方民族领导人之间充当联络员，在不同的组织之间公正真实地传送各种信息，他们也向北约部队的领导人提供真实可靠的波黑地区的情报。美国特种部队还成立了快速反应部队，随时准备援救处于任何威胁情形下的JCO队。
  多数参加“联合推进行动”的特种兵是民间事务和心理战专家。他们协助建立政府机构，为民选做准备，最终于1998年秋天，波黑顺利举行了大选。1999年，特种兵继续执行各种“联合推进行动”任务，在科索沃冲突期间，保持当地的和平局势。
  “联军行动”
  1999年3月24日，北约在科索沃开始了“联军行动”。共有19个国家参加了这次行动，联军对塞尔维亚和科索沃进行了为期78天的空中轰炸，最终迫使塞尔维亚总统米洛舍维奇从科索沃省撤军。但是，空中打击没有阻止塞尔维亚把约80多万难民驱逐出境，这些难民涌入邻近的阿尔巴尼亚和马其顿，这两个国家面临着巨大的压力，急需国际人道主义援助。而且，空中打击并没有完全摧毁塞尔维亚的地对空导弹，正是这些导弹击落了两架美国飞机。
  在“联军行动”中，特种部队在巴尔干地区发挥着重要的作用。在阿尔巴尼亚和马其顿，民间事务部队参加了援助科索沃难民的“希望照耀行动”，队员们与美国政府的代理机构及国际救援组织合作，广泛开展人道主义援助，为难民营提供食物、帐篷和药品。在科索沃，常规部队的飞机到达之前，总是特种部队的直升机首先向难民营投放救济物品。
  特种部队同时在科索沃展开了密集的心理战。在塞尔维亚边境，EC-130E心理战专用飞机用塞尔维亚语进行广播、传送电视节目。MC-130运输机撒下了数百万张传单。
  在“联军行动”期间，特种部队成功地营救了两名美国飞行员。3月27日，一架F-117A隐形战斗机在贝尔格莱德附近被击落，飞行员跳伞，特种部队成功地完成了营救飞行员的任务。5月2日，又一架F-16“战隼”战斗机在塞尔维亚西部被击落，飞行员同样被特种部队成功救走。这两次行动中，均由MH-53“低空铺路”直升机与“黑鹰”直升机相配合，圆满完成了营救任务。两次成功的营救对“联军行动”产生了深远的影响。
  “联合守护行动”
  1999年6月9日，前南联盟政府同意从科索沃撤军。“联合守护行动”由北约的“科索沃部队”（KFOR）领导，以确保和约的实施、维护公共安全并提供人道主义援助。到6月15日，特种部队加入了在科索沃的美军，为常规部队进行战区侦察、收集情报。
  尽管KFOR的每一个官兵都深知在塞族人和科索沃阿族人之间的仇恨不可能很快平息，但受波黑局势良好发展的鼓舞，SOF想要在科索沃尽快取得同样的效果。SOF很快就成了联合保护稳定部队在科索沃的“真实侦察员”，特种部队担任美军的巡逻任务，也担任波兰部队和俄罗斯部队的联络员，心理战队员广泛散发用当地语言写成的传单，警告平民地雷的威胁，特种兵同时监视塞族部队从科索沃撤离，帮助难民重返家园。
  此前参加“希望照耀行动”的民间事务部队队员，现在担负协助重建科索沃基层组织的工作。他们的第一个任务是建立一个民间-军队联合委员会，使科索沃逐步过渡到文职政府。很快，队员们在全省展开了有效的工作，他们帮助管理供热油料，修复水电供应系统，在首府普里什蒂纳设立了民间的广播电台，以及学校复课等。他们还作为一个非政府组织的成员，帮助联合国“国际警察先遣队”在科索沃展开工作。
  特别行动联络队，包括与波兰营和俄罗斯旅共同行动的小队，开始在他们所在的区域进行街道巡逻，一旦发现种族暴行，他们立即召集阿族和塞族人参加的会议以解决冲突，此外他们还搜寻非法武器窝藏点，在大屠杀发生的地点协助进行战争罪行的调查。这些队员很快与当地的民众建立了良好的关系，虽然他们没有能够压制所有的暴力行动，但他们多次化解了紧张对立的局势，而且，由他们亲眼所见写成的情况报告，帮助领导机构掌握了当地的真实状况。