在这其间，明军应当再派兵进攻辽阳、沈阳。清兵倾巢而出，本部全然空虚。明军要攻占辽沈决非难事。取得辽沈后，将一些清军的家属送去清军营中，清兵哪里还有斗志？
  事实上当然不能这样顺利。皇太极和众贝勒善于用兵，立刻就会全军急退，冲出长城，如果退得早，退得快，明军尚未合围，相信袁崇焕拦他们不祝但西路沿途追击，东路另出大军去攻辽沈而作牵制，清兵大军虽能退回本部，却非输得一败涂地不可。皇太极这次偷袭实在十分冒险。孙子兵法的重要原则是：设法引敌人进入于我有利的阵地；让敌人辛辛苦苦的远道来攻，我以逸待劳；敌人初来时兵势锋锐，应当持重不战，待得敌人困顿怠懈而想退兵之时，便乘机进击。这些求之不得的良机，突然之间都出现了。袁崇焕熟读孙子兵法，以他的大才，当然能善于利用，就算不能一举而灭了满清，至少也可以令清兵十余年不敢再来进犯。
  二次世界大战时德军猛攻斯大林格勒。苏军一面扼守坚城，一面另遣大军抄德军后路，终于聚歼德军三十三万人。经此役后，德军就此一蹶不振。苏军元帅朱可夫的战略，基本原则也不过是“守坚城，抄后路，聚歼之”九字而已。然而崇祯是个十分急躁、毫无韧力的青年，那时还没满十九岁，一见袁崇焕按兵不动，登时便不耐烦起来，不住的催他出战。袁崇焕一再说，要等步兵全军到达才可进攻，现在只有九千骑兵，和敌兵十余万决战，难求必胜。料想崇祯就怀疑起来了：“你不肯出战，到底是甚么居心？想篡位么？想胁迫我答应议和么？你从前不断和皇太极书信往来，到底有甚么密谋？你为甚么一早就料到金兵要从西路来攻北京？”他的性格本来就十分多疑，敌军兵临城下，又惊又怕之际，想象力定然十分丰富。这时又有尤世威一路援兵到达，另有侯世禄部一军，两路部队人数不多，战斗力也不强，如派去和清兵交锋，一战即溃，反而扰乱全军军心，影响京师城防。
  袁崇焕派尤世威部去守昌平，那是明成祖以来历代皇帝的陵寝所在，如果给清兵攻占，掘了皇帝祖宗的坟墓，此事非同小可。他派侯世禄部去守三河，以作蓟州的后应，目的是牵制清军，乘机可截断清兵归路。北京的卫戍部队本来有所谓“京营”，在明太祖时是全国诸军之冠，精锐之极，可是这时久未训练，早已无用，所以袁崇焕派满桂和自己所带的九千骑兵守北京。崇祯见他并不将所有援兵都调来守北京，更加忧虑重重。总之，他见清兵来攻，已吓得魂飞魄散，只盼望所有援军的一兵一卒，都在北京城外保卫他皇上万岁一个人。他完全不明白打仗的道理。一支部队如果派出去攻击敌军后路，所发生的作用，往往比守在北京城外要大得多。
  清兵于十一月二十七日退到南海子，溃败之后，心中不忿，便在北京郊外大举烧杀出气。北京城里居民的心理是和皇帝一样的，顾到的只是自己身家性命，大家听信了谣言，说袁崇焕不肯出战，别有用心。许多人说清兵是他引来的，目的在“胁和”，使皇帝不得不接受他一向所主张的和议。于是有人在城头向城下的袁部骑兵抛掷石头，骂他们是“汉奸兵”。石头砸死了几名兵士。
  这种盲目的群众心理，实在是很可怕的，近代的群众心理学书籍中常有提到。第一次宁远大战，清兵猛攻，眼见城破在即，百姓就大骂袁崇焕害人，清兵退后，便即大哭拜谢。据动物学家的调查报告，合群的动物（如老鼠）在遇到危难时，往往会撕杀同类，或许是出于同一心理。就在这时候，清兵捉到了两名明官派在城外负责养马的太监，一个叫杨春，一个叫王成德。皇太极心生一计，派了副将高鸿中、参将鲍承先、宁完我、巴克甚、达海等人监守。俘虏了两名小小太监，何必要派五名将领来监守？其中当然有计。高、鲍、宁三人是投降满清的汉人。到得晚上，鲍承先与宁完我二人依照皇太极所授的密计，大声“耳语”，互相说道：“这次撤兵，并不是我们打了败仗，那是皇上的妙计。你不见到么？皇上单独骑了马逼近敌人，敌人军中有两名军官过来，参见皇上，商量了好久，那两名军官就回去了。皇上和袁督师已有密约，大事不久就可成功。”
  这两名太监睡在旁边，将两人的话都听得清清楚楚。十一月三十日，皇太极命守者假意疏忽，让杨春逃回北京。杨春将听到的话一五一十的禀报了崇祯。
  第二天，十二月初一，崇祯召袁崇焕和祖太寿进宫，问不了几句，就喝令将袁崇焕逮捕，囚入御牢。祖大寿眼见之下，吓得手足无措，出北京城后等了三天，见袁崇焕始终没有获释。崇祯派太监向城外袁部宣读圣旨，说袁崇焕谋叛，只罪一人，与众将士无涉。众兵将在城下大哭。祖大寿与何可纲惊怒交集，立即带了部队回锦州去了。正在兼程南下赴援的袁部主力部队，在途中得悉主帅无罪被捕，北京城中皇帝和百姓都说他们是“汉奸兵”，当然也就掉头而回。中国历史上甚么千奇百怪的事都有，但敌军兵临城下而将城防总司令下狱，却是第一次发生。
  崇祯见祖大寿带领精兵走了，不理北京的防务，这一下可急起来了，忙派了内阁全体大学士与九卿到狱中，要袁崇焕写信招祖大寿回来。袁崇焕心中不服，不肯写，说道：“皇上如有诏书，要我写信，我当然奉旨。再说，我本来是督师，祖大寿听我命令。现今我是监狱里的犯人，就算写了信，祖大寿也不会重视。”但崇祯不肯低头，不肯正式下旨命他写信，只是不断派太监出来催促。后来兵部职方司郎中余大成劝袁崇焕说：“你的忠心和大功，天下皆知。君要臣死，不得不死，终须以国家为重。”袁崇焕想到了“以国家为重”五字，于是克制了自己的倔强脾气，写了一封极诚恳的信，要祖大寿回兵防守北京。
  这时候祖大寿已冲出山海关北去，崇祯派人飞骑追去送信。追到军前，祖大寿军中喝令放箭，这时袁部将士怒不可遏，已把崇祯当敌人了。送信的人大叫：“我奉袁督师之命，送信来给祖总兵，不是朝廷的追兵。”祖大寿骑在马上，等他过来。使者递过信去。祖大寿读了信后，下马捧信大哭，一军都大哭。祖大寿对母亲很孝顺，他母亲又很勇敢，儿子行军打仗，八十多岁的老太太常常跟着部队。这时她劝儿子说：“本来以为督师已经死了，咱们才反出关来，谢天谢地，原来督师并没有死。你打几个胜仗，再去求皇上赦免督军，皇上就会答允。现今这样反了出去，只有加重督师的罪名。”祖大寿觉得母亲的话很对，当即回师入关，和清兵接战，收复了永平、遵化一带。也即是切断了清兵的两条重要退路。如果这时崇祯立刻悔悟，放袁崇焕出来重行带兵，仍然大有击破清兵的机会。但崇祯只是一味急躁求战，下旨分设文武两经略。这又是事权不统一的大错误，大概他以为文武分权，总不能两个经略一起造反。文经略是兵部尚书梁廷栋，武经略是满桂。清兵于十二月初一攻克良乡，得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。
  申甫的所谓“车营”，是崇祯在惶急中所做的许多可笑事情之一。申甫本来是个和尚，异想天开的“发明”了许多新式武器，包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，自吹效力宏大。崇祯信以为真，立即升他为副总兵，发钱给他在北京城里招募了数千名市井流氓，成立新式武器的战车部队。大学士成基命去检阅新军，认为决不可用，崇祯不听。皇太极回师攻来时，这个战车部队出城交锋，一触即溃，木制大炮自行爆炸，和尚发明家阵亡。
  满桂身经百战，深知应当持重，不可冒险求战，但皇帝催得急迫之至，若不出战，势必与袁崇焕一样，无可奈何之下，只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等集骑兵、步兵四万列阵。皇太极令部属冒穿明兵服装，拿了明军旗帜，黎明时分突然攻近。明军不分友敌，登时大乱，满桂、孙祖寿都战死，黑云龙、麻登云被擒。京师大震。
  这时祖大寿、何可纲等得到袁崇焕狱中手书，又还兵来救。皇太极对袁部终是忌惮，感到后路所受到的威胁严重，于是并不进攻北京，写了两封议和的信，放在安定门和德胜门城门口，取道冷口而还辽东。