袁崇焕厉声道：“你道本部院是个书生，瞧我不起。本部院却是能管将官之人。你说没有罪么？你犯了十二大罪，我数给你听：“一、明朝的制度，大将在外，必由文臣监督，你专制一方，军马钱粮不肯受核。二、杀戮降人难民，谎报冒功，说杀的是清兵。三、宣称如果南下，取登州和南京犹如反掌。四、每岁饷银数十万，但发给兵士的粮饷每月只有三斗半，侵盗军粮。五、在皮岛开马市，擅自与外国贸易。六、部将数千名都冒称姓毛，擅自封官。七、败退时剽掠商船。八、你自己强抢良家妇女，部下效尤。九、驱策难民到辽东去偷挖人参，不肯去的就不发粮食，让他们大批在岛上饿死。十、将大量金银送去京师贿赂，拜魏忠贤为义父，在岛上替魏忠贤塑像。十一、铁山一仗，大败丧师，却报称有功。十二、设立军区已达八年，不能恢复寸土，观望养敌。”这十二条罪状数了出来，毛文龙魂不附体，只有叩头求饶。袁崇焕问毛的部将：“毛文龙该斩么？”诸将都吓得不敢作声。有人说毛文龙这些年来虽无功劳，但也辛苦出力。袁崇焕叱道：“毛文龙本来只不过是个寻常百姓，现今官居极品，满门封荫，已足够酬答他的辛劳了，为甚么他还这样悖逆？”于是向着北京叩头，宣称：“臣今天诛毛文龙以整肃军纪，诸将中若有行为如毛文龙的，也一概处决。臣如不能成功，请皇上也像诛毛文龙一样的处决臣！”请出尚方剑来，命旗牌官将毛文龙在帐前斩决，向毛文龙部属谕示：“只诛毛文龙一人，其余各人一概无罪。”毛文龙麾下将士无一敢动。袁崇焕命人收殓毛文龙，次日开吊拜奠，说：“昨日斩你，是为了朝廷大法。今日祭你，是为了僚友私情。”
  随即将毛部分为四队，派毛文龙的儿子毛承禄、副将陈继盛等四人分领，犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。
  崇祯得讯，大吃一惊，非常不以为然。但想毛文龙已经死了，目前又正倚赖袁崇焕尽力，只得下旨嘉奖他一番，又下旨公布毛文龙的罪状，逮捕毛文龙的驻京办事处主任，以安袁崇焕之心。袁崇焕担心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已深深伏下了杀机。毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。这十二条罪状中，有几条平心而论并不能成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有甚么大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，却非有罪，要打败清兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以加他罪名。
  天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。毛文龙死后，部将心中不服，颇有逐渐叛去的，其中重要的叛将有孔有德、耿仲明、尚可喜。这三人投降满清，为清朝出了很大力气，后来都封王。清初四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部。不过这也不能说是袁崇焕的过失。对于“杀毛事件”，当时舆论大都同情毛。一般朝臣认为，毛文龙即使有罪，他是一个大军区司令，也只能由皇帝下旨诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，是严重的侵犯了君权。我也觉得袁崇焕这件事做得不对，过分的横蛮。将毛文龙逮捕，押解北京，交由皇帝去处置，才是合理的方式。当时盛行，有人做了来称誉毛文龙。一部是四十回的《辽海丹忠录》，是杭州人陆云龙所作，大捧向乡毛帅。另一部是作者不署名的《铁冠图》（不是讲李自成事迹的那一部），以毛文龙为主角。当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过分的批评了。推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，首先是出于他刚强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟读孙子兵法，对于孙子杀吴王爱姬二人、因而使得宫中美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在军，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻。那时候宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成分。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中也难免有些党派成见。
  ①督师本来比总督略高，但在于谦的时候还没有设督师当时总督是地位最高的带兵文官。见吴晗：《明代的军兵》。
  ②即今辽宁省安东之北的九连城，与朝鲜的义州隔鸭绿江相对。
  ③皮岛在朝鲜写作椴岛。这个“椴”字，汉文音“驾”，但朝鲜人读作Pi音，所以中国人就简称为皮岛。有一本相当流行的讲清史的通俗著作说皮岛即海洋岛，地理弄错了。海洋岛在皮岛和大连之间，离皮岛约一百海里。皮岛是朝鲜地方，海洋岛是中国地方。
  ④据朝鲜派去皮岛的使者记载：毛文龙每天吃五餐，其中三餐有菜肴五六十品，宠妾八九人，珠翠满身，侍女甚多。
  ⑤一般书籍（包括《明史》）上记载，都说袁毛的会晤地是在双岛。《荆驼逸史》中辑有《袁督师计斩毛文龙始末记》一文，采用的是日记体，从五月二十二日袁崇焕出发到六月十一日回宁远，逐日记录海程、所经岛屿、风势、船只、兵员、官员姓名等等，十分详尽，作者显然是袁崇焕随行的幕僚或部属。他写作态度异常忠实，对于袁毛密谈三日三夜，只记两人“二更后方散”、“密语三更方散”，记录两人密谈后的神色，却不记密语内容，全天凭空推测的言辞，合于现代要求最严格的报导体。该书记载袁毛相会的地点是在岛山，离旅顺陆路十八里，水路四十里，距双岛有半日水程，中间隔了松木岛、猪岛、蛇岛、虾蟆岛等许多岛屿。我比较各种资料，觉得岛山的说法更为可信。
  ⑥《始末记》记载当时情形说：“酒叙至终，（袁）方有傲状，毛帅有不悦意态。”
  ⑦后来大大有名的孔有德、耿精忠、尚可喜都是毛文龙的义孙，那时叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
  ⑧梁启超在《袁崇焕传》中说：“吾以为此亦存乎其人耳。毛文龙不死，安知其不执□
  为诸降王长？”意思说，毛文龙如果不死，说不定他反而是第一大降王呢。然而这也是揣测之辞了。