三法司忙问原因。徐阶解释理由：杀沈杨二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你们说沈杨二人杀错了，那就是指责皇上的不是。皇上怎肯认错？结果当然释放严世蕃，以证明皇帝永远正确。三法司这才恍然大悟，于是胡乱加了一个“私通倭寇”的罪名，就此杀了严世蕃。但崇祯对于这样性质相同的简单推论，竟是完全不顾。至于“擅主和议”，也不过是进行和平试探而已，并非“擅缔和约”。袁崇焕提出缔和建议而给朝廷否决，崇祯如果认为他“擅主和议”是过失，当时就应加以惩处，但反而加他太子太保的官衔，自二品官升为从一品，又赐给他蟒袍、玉带和银币。又升又赏，“擅主和议”这件事当然就不算罪行了。这时关外的将吏士民不断到总督孙承宗的衙门去号哭，为袁崇焕呼冤，愿以身代。孙承宗深信袁崇焕是无罪的，极力安抚祖大寿，劝他立功，同时上书崇祯，盼望以祖大寿之功来赎袁崇焕之“过”
  。崇祯不予理睬。
  有一个没有任何功名职位的布衣程本直，在这时候显示了罕有的侠义精神。这样的事，纵然在轻生重义的战国时代，也足以轰传天下。程本直与袁崇焕素无渊源，曾三次求见都见不着，到后来终于见到了，他对袁钦佩已极，便投在袁部下办事，拜袁为老师。袁被捕后，程本直上书皇帝，列举种种事实，为袁崇焕辩白，请求释放，让他带兵卫国。这道白冤疏写得怨气冲天，最后申请为袁崇焕而死。崇祯大怒，将他下狱，后来终于将他杀了，完成他的志愿。
  大学士韩□是袁崇焕考中进士的主考官，是袁名义上的老师，因此而被迫辞职。御史罗万爵申辩袁崇焕并非叛逆，因而削职下狱。御史毛羽健曾和袁崇焕详细讨论过五年平辽的可能性，因此而罢官充军。
  当时朝臣之中，大约七成同情袁崇焕，其余三成则附和皇帝的意思，其中主张杀袁崇焕最力的是首辅温体仁和兵部尚书梁廷栋。温体仁是浙江乌程（吴兴）人，在《明史》中列于《奸臣传》。他和毛文龙是大同乡，一心要为毛报仇。梁廷栋和袁崇焕是同年，同是万历四十七年的进士，又曾在辽东共事。当时袁崇焕是他上司，得罪过他。他心中记恨，既想报仇，又要讨好皇帝。崇祯身边掌权的太监，大都在北京城郊有庄园店铺私产，清兵攻到，焚烧劫掠，众太监损失很大，大家都说袁崇焕引敌兵进来。
  毛文龙在皮岛当东江镇总兵之时，每年饷金数十万，其中一大部分根本不运出北京，便在京城中分给了皇帝身边的用事太监。毛文龙一死，众太监这些大收入都断绝了。此外还有几名御史高捷、袁弘勋、史等人，也主张杀袁崇焕，他们却另有私心。当袁崇焕下狱之时，首辅是钱龙锡，他虽曾批评袁崇焕相貌不佳，但一向对袁很支持。高捷等人在天启朝附和魏忠贤。惩办魏忠贤一伙奸党的案子叫做“逆案”，高捷、史等案中有名，只不过罪名不重，还是有官做。钱龙锡是办理“逆案”的主要人物之一。高捷一伙想把袁崇焕这案子搞成一个“新逆案”，把钱龙锡攀进在内。因为袁崇焕曾与钱龙锡商量过杀毛文龙的事，钱并不反对，只劝他慎重处理。“新逆案”一成，把许多大官诬攀在内，老逆案的臭气就可冲淡了。结果新逆案没有搞成，但钱龙锡也丢官下狱，定了死罪，后来减为充军。
  满桂部队最初败退到北京时，军纪不佳，在城外扰民，北京百姓不分青红皂白，把罪名都加在袁崇焕头上。个人的私怨、妒忌、党派冲突、谣言，交织成了一张诬陷的罗网，而最令人感到痛心的，是袁崇焕亲信谢尚政的叛卖。谢尚政是东莞人，武举，袁崇焕第一次到山海关、第一次上奏章就保荐他，说是自己平生所结的“死士”，可见是袁崇焕年轻时就结交的好朋友。他在袁的提拔下升到参将。袁杀毛文龙，就是这个谢参将带兵把毛部士卒隔在围外。兵部尚书梁廷栋总觉得要杀袁没有甚么充分理由，便授意谢尚政诬告，答允他构成袁的罪名之后可以升他为福建总兵。谢尚政利欲熏心，居然就出头诬告这个平生待他恩义最深的主帅。以袁崇焕知人之明，毕竟还是看错了谢尚政。要了解一个人，那是多么的困难！袁崇焕对崇祯的胡涂与奸臣的诬陷，或许并不痛恨，因为崇祯与众奸臣本来就是那样的人，但对于谢尚政的忘恩负义，一定是耿耿于怀吧？或许，他也曾想到了，就算是岳飞，也被部下大将王贵所诬告，因而构成了风波亭之狱。只是王贵诬告，是由于秦桧、张俊的威迫，谢尚政却是受了利诱，比较起来，谢尚政又卑鄙些。可是谢尚政枉作小人，他的总兵梦并没有做成，不久梁廷栋以贪污罪垮台，查到谢尚政是贿赂者之一，谢也因此革职。袁崇焕的罪名终于确定了，是胡里胡涂的所谓“谋叛”。崇祯始终没有叫杨太监出来作证。擅杀毛文龙和擅主和议两件事理由太不充分，崇祯无论如何难以自圆其说，终于也不提了。本来定的处刑是“
  夷三族”，要将袁崇焕全家、母亲的全家、妻子的全家都满门抄斩。余大成去威吓主理这个案子的兵部尚书梁廷栋：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书有好下常你做兵部尚书，怎能保得定今后清兵不再来犯？今日诛灭袁崇焕三族，造成了先例，清兵若是再来，梁尚书，你顾一下自己的三族罢。”
  梁廷栋给这番话吓怕了，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，七十几岁的母亲、弟弟、妻子，几岁的小女儿充军三千里。母家、妻家的人就不牵累了。“凌迟”规定要割一千刀，要到第一千刀上才能将人杀死，否则刽子手有罪，那就是所谓“千刀万剐”
  。所以骂人“杀千刀”是最恶毒的咒骂。袁崇焕被绑上刑场，刽子手还没有动手，北京的众百姓就扑上去抢着咬他的肉，直咬到了内脏。刽子手依照规定，一刀刀的将他身上肌肉割下来。众百姓围在旁边，纷纷叫骂，出钱买他的肉，一钱银子只能买到一片，买到后咬一口，骂一声：“汉奸！”因为北京城的百姓认定，去年清兵围城是他故意引来的。很难说这样的谣言从何而来，是痛恨袁崇焕的大臣与太监们散播出去的？还是一般群众天生的喜欢听信谣言？又或许，受到了重大惊恐和损失的北京百姓需要一个发泄的对象？
  从长远来说，人民的眼睛确是雪亮的，然而当他们受到欺蒙之时，盲目而冲动的群众，可以和暴君一样的胡涂，一样的残酷。但隔得远了一些，自己的生命财产并不受到直接的影响时，人们就可以冷静地思考了，所以除了北京城里一批受了欺骗的百姓，天下都知道袁崇焕是冤枉的，连朝鲜的君臣百姓也知道他的冤枉，为他的被害感到不平。袁崇焕死后，骸骨弃在地下，无人敢去收葬。他有一个姓余的仆人，顺德马江人，半夜里去偷了骸骨，收葬在广渠门内的广东义园。隔一道城墙，广渠门外的一片广场之上、城壕之中，便是八个半月之前袁崇焕率领将士大呼酣战的地方。他拚了性命击退来犯的十倍敌军，保卫了皇帝和北京城中百姓的性命。皇帝和北京城的百姓则将他割成了碎块。那姓余的义仆终身守墓不去，死后就葬在袁墓之旁。非常奇怪的是，余君的子孙世世代代都在袁崇焕墓旁看守。直到民国五年，看守袁墓的仍是余君的子孙，他们说是为了遵守祖宗的遗训。程本直、余仆的行为表现了人性中高贵的一面。谢尚政的行为表现了人性中卑劣的一面。袁崇焕的死法，却又显示了群众在受到宣传的愚弄、失却了理性之后，会变得如何狂暴可怖。袁崇焕是一团火一样的人，在他周围，燃烧的是高贵的火焰、邪恶的火焰、狂暴的火焰。这些火焰就像他本人灵魂中的火焰那样，都是猛烈地闪亮的。
  袁崇焕死后，旧部祖大寿、何可纲率军驻守锦州、宁远、大凌河要塞，清军始终不能越雷池一步。崇祯四年八月，皇太极以倾国之师，在大凌河将祖大寿紧紧包围，十月间祖大寿不支投降。副将何可纲不降，被杀。祖大寿骗皇太极说可为满清去取锦州，但一到锦州，立即就守城，此后皇太极派大将几次进攻都打不下来。皇太极两次御驾亲征，攻锦州、攻宁远，都无功而退。直到崇祯十四年三月，清兵大军再围锦州，整整围攻一年，到第二年三月，先击溃了洪承畴十四万大军，祖大寿粮尽援绝，又再投降。祖大寿到顺治十三年才死，始终不曾为满清打过一仗，大概是学了《三国演义》中“身在曹营心在汉”的宗旨，满清也没有封他甚么官。比之满桂、赵率教、何可纲、孙祖寿等人，祖大寿有所不如，但比之其余的降清大将却又远胜了。