倪元璐认为三案“经此二借”，面目全非，“故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父”；换句话说，在阉党谈三案，东林是欺诬先皇、离间骨肉的罪人，而魏忠贤则是苦心调护宫廷、安定政局的功臣，于是打击东林乃为势所必然。但“网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧成翻局”，阉党为了使东林永世不得超生，于是“创立私编，标题要典”，因为是奉旨所编的官文书，自具有法律上的作用，在当时，可据要典所认定的是非入东林于罪；在将来，万一有翻案的局面出现，则魏忠贤可恃钦定的要典为有力的证据，免去死罪。因此，倪元璐提出非常通达明快的结论和建议：
  三案者，天下之公议；要典者，魏氏之私书，三案自三案，要典自要典也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，唯有毁之而已。
  思宗接纳了倪元璐的建议，降旨收集《三朝要典》成书以及原版，加以销毁。时为崇祯元年五月，魏忠贤死后半年。
  魏忠贤死于思宗接位以后的第三个月，当时弹章纷飞，思宗都一概未发。以后有嘉兴贡生钱嘉征劾魏忠贤十大罪：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩过功；九、朘民；十、通关节。思宗看局面已经稳定，可以动手了，于是把魏忠贤找了来，叫一个识字的太监把钱嘉征的奏疏念给他听。
  由太监念奏疏，是明朝皇帝处理政务的一种特殊方式。清朝皇帝，凡有奏章，都是亲自阅看，降旨亦必出于亲裁，此即鉴于明朝政柄下移之失的有力矫正。明朝皇帝由值书房的太监念奏疏，出于两个原因：一是懒，自己不高兴看，叫太监念，像明神宗那样，可能一面躺着抽鸦片，一面听奏章；再有一个原因是看不懂，像熹宗那样。不看而听，必生流弊。杨涟劾魏忠贤二十四大罪，由王体乾念奏疏，把其中要紧的话略而不念，就是一个明显的例子。