思宗得奏大怒，下旨切责熊文灿，而杨嗣昌为之多方维护。到了崇祯十二年五六月间，降贼张献忠在湖北谷城复叛，罗汝才等贼共十三家群起相应。以下的演变，如《明史纪事本末》所记：
  （崇祯十二年）七月，二贼（按：谓张献忠、罗汝才）合于房县，左良玉追及之，大败而还，良玉失其符印。事闻，革文灿任，仍视事；降良玉职，戴罪杀贼。初，文灿与大学士杨嗣昌深相结纳，嗣昌冀文灿成功以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安，请督师南讨，上甚慰劳之。
  八月壬戌，命大学士嗣昌以兵部尚书督师讨贼，赐尚方剑并“督师辅臣”银印，给帑金四万，“赏功牌”千五百，蟒纻、绯绢各五百。
  九月丁卯，嗣昌陛辞，上宴于平台后殿，平觞三爵，赐诗，勒诗于各文庙。嗣昌南征，会兵十万，本折色银二百余万两。
  十月，嗣昌至襄阳，入熊文灿军中，诏逮文灿入京，论死，弃市西。
  按：熊文灿正法于崇祯十三年十月，距其拜命办贼只三年半。及至杨嗣昌督师，又错失了机会：
  当是时官军新胜，贼又闻宰相亲出督师，大军并集，颇惧。乘此声势，诸将推锋急击，宜可歼贼；嗣昌申养锐之戒，诸将遂无斗志。虽遗将，但遥相遏，未会合击。……嗣昌迁延至岁暮未一战。（孟著《明代史》）
  过了年就是崇祯十四年，这时李自成已成气候。李自成与张献忠其实大不相同，张但暴戾而李有谋略。《明代史》记：
  嗣昌自出督师，入蜀多与献忠接触，而自成独收群贼走河南，得阉党尚书李精白子信，以曾发粟活饥民，为民所德，归贼为之号召。……又有卢氏举人牛金星、卜者宋献策皆归贼……减杀戮以结民，又散所掠财物赈饥民，且为之造谣曰：“迎闯王、不纳粮。”使儿童歌以相煽，从自成者日众。福王常洵封于洛阳，拥厚资不恤士。营卒勾贼陷其城，汋王血杂鹿醢尝之，名“福禄酒”。