中亚船务公司的全面突破拓宽了办案人员调查取证的思路：赖昌星集团尽管进行了有组织有计划的销毁走私证据的犯罪活动，但仅限于厦门地区且是与之有共同利益的单位和部门。而在厦门地区以外，走私活动遗留的痕迹应该比较完整地保留着。
  为此，办案人员在突破中亚的同时，又派出两路人马飞赴福州、深圳调查取证。
  福州一路主要是获取“海峰山”轮的假出口的证据。该轮的船东是福建省轮船总公司。福建轮船总公司提供了反映海峰山9702X航次向总公司报告的船舶航次、运载情况的“船舶、航次动态日报表”和“生产实绩汇总表”。这两张报表上清楚地记载着该航次从厦门港运载空箱出口的有关数据。办案人员找到了该航次的船长邵某、大副吴某，两人均证实了装上船的是空箱的事实。
  深圳一路主要是寻找通兴轮其时的行踪，准备上船查抄。通兴轮的船东是烟台救捞局，被深圳通海公司长期承租，期间曾有若干航次承租给中亚，中亚又转租给富天。
  办案人员到了深圳后得知通兴轮将在防城港停靠，就急飞防城。由于1996至1998年间航行的船长、大副一个也不在当班，而且船上交出的资料也未有有用的东西，办案人员不得不亲自重新查抄。翻遍了船上的各个角落，最后在6个储藏室的3个中抄出了极具价值的资料：通兴轮9612、9706N两个航次的韩国釜山港的理货单；大副梁×的个人工作笔记本，上面有7个航次的离靠港时间、装卸货物的实际情况，其中6个航次明确记着在釜山卸下的是空箱，而9606N航次记载着重柜卸下，但有涂改液涂后重新记载的明显痕迹；航海日志中有两个航次记载了卸下的是空箱。应该说，此行收获颇丰，至少是得到了通兴轮共10个航次在釜山、那霸港卸下空箱的书面证据。
  11月中旬，办案人员飞赴烟台，找到了1996至1998年间涉嫌参与走私的2个船长、3个大副并带回厦门，让他们对留存于口岸有关单位的出口舱单、载货清单以及理货单等书证进行确认。他们确认的结果是：通兴轮整船运装香烟从厦门出口的16个航次的单据中，除9707N和9712N的大副梁某的签名是真的，其余全系假冒签名。而同益码头的理货员张福民证实，假冒签名系富天船务驻厦办事处陈滨所为。9707N和9712N的单据上假签名曾被梁某于无意中发现，陈滨花去数千元买通梁某自己签上真名。不想，这成了参与犯罪的记录。
  梁某笔记本上9606N航次的记录涂改为重柜又是怎么回事呢？原来，通兴轮上富天船务派驻了一个台湾籍的退休老船长江某为航运监督。江在9606N航次期间发现梁记载厦门口岸装上空箱的情况，个别对梁施以利诱，仅以1000元代价就买走了作为一个大副的良心，梁先用涂改液涂掉原来记载的真实情况而改写上重柜的字样。并且由于江的监督，航海日志上几个航次均伪记上重柜装卸的内容。而有的大副既不愿违背良心，又不敢冒犯江某，干脆不记装卸内容。有两个航次在中转港口那霸和香港卸下空柜的情况被客观地记上了。
  老船长杨某回忆他轮值船长的航次结束后，自己都要列一件“某某航次终结报告”，内有用油量、装卸货的真实记载，主要用于向中亚结算费用。当晚12点，办案人员再次查抄中亚驻厦代表处，终于获得9702X、9704N、9705N、9706N4航次的“航次终结报告”，证实了4航次在厦装空箱上船，在釜山卸空箱下船的事实。